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R tips:RMarkdown代码控制选项

I 代码 eval 是否运行代码,有些代码是不运行,仅仅是为了展示使用RMarkdown代码选项是接受R变量,所以可以根据特定条件去控制一个代码是否执行。...```{r,include = FASLE} isShow 0 ``` ```{r, eval = isShow} {eval some code} ``` echo 是否结果展示代码...```{r, echo = FALSE}{eval some code}``` tidy 是否显示代码时候做格式化处理,如果为TRUE,那么会使用formatR格式化R代码:调整缩进、换行等等。...asis是非常有用选项,可以使用代码模拟Markdown语法,比如如下代码可以生成三级标题,它等同于RMarkdown书写### 测试三级标记可以通过代码产生 `。...fig.height,fig.width:设置图片大小地方。 注意RMarkdown图片输出是不需要使用pdf或者ggsave等方法进行保存,只需要将图片plot或者print即可。

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R」ggplot2R包开发使用

撰写本文时,ggplot2涉及CRAN上超过2,000个包和其他地方更多包!包中使用ggplot2编程增加了几个约束,特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是R编程改变了从ggplot2引用函数方式,以及aes()和vars()中使用ggplot2非标准求值方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2通常用于可视化对象(例如,一个plot()-风格函数)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R需要类都有plot()方法,但想要依赖一个单一plot()为你每个用户都提供他们所需要可视化需求是不现实...如果没有,则会将主题对象存储在编译后字节码,而该字节码可能与安装ggplot2不一致!

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networkx对象使用

开发过程,nx节点是我自己定义字典,由于业务需求,我需要将其抽象成一个对象,下面来讲讲我具体操作流程。...这个时候我有两种解决方法:1.创建节点时使用一个字典将perma_id和节点对象关联起来,查询信息时就直接将perma_id映射到节点对象,然后再去查询,字典查询复杂度永远为O(1),但是会有额外字典存储空间开销...,所以大规模数据场景下,使用filter会带来额外查询时间开销,所以方法选择还是要看具体应用场景,我选择了使用字典映射方法,因为我node节点具体业务也才不过几千个而已。...同时,如果使用是字典类型数据,也可以使用映射或者filter方法去获取字典详细数据,也可以将字典映射存储到数据库,或者将节点和边存储到数据库,而不是存储整个图结构。...也可以使用专门图数据库进行复杂网络研究,但是它们往往个人开发显得比较臃肿,小型项目里面又显得成本比较昂贵,所以nx不失为一个优雅选择。当然,各位看官大大们如果有更好方法也欢迎交流学习。

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vscode配置R开发环境

写在前面 有时候各位使用R用户不知道会不会有这样感觉,visual studio和Rstudio由于负载过重,在打开或者加载R script时会出现加载过慢情况,但对于很多数据工作者来说,variable...并且1.21完善了windows系统下extensionbug。...▶ pip install radian 四 R安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数智能识别,R session...配置 Path添加R执行文件路径,当然也可以选择radian.exe路径(该路径存在于pythonscripts文件夹)。...运行的话,则会出现R session watcher不启用状况,data和plotreview窗口则会自动调用自身gui所带review窗口,以windows中选择radian.exe路径为例

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Java对象数组使用

Java对象数组使用 一、Java数组使用 二、Java对象数组 2.1 问题提出 2.2 问题解析 2.3 问题拆分 2.4 代码实现 一、Java数组使用 对象数组其实和Java数组类似的,...所以要很清楚Java数组是如何使用,如果有不懂可以点下面这个链接Java数组使用 二、Java对象数组 2.1 问题提出 为什么会有对象数组呢?...今天我们来教大家如何使用对象数组来解决这个问题,对象数组,我们前面学过Java(OOP)编程—(Java OOP编程),想必大家也对面向对象这个词也会稍微有了一些了解,对象数组就是可以存放多种不同数据类型...接下来我就来告诉大家如何使用对象数组,完成这个成绩排序问题 2.3 问题拆分 我们可以把问题简化一下,输入五个学生成绩,然后进行排序打印输出 先创建一个学生类 给学生类添加学生信息—姓名,学号,成绩...,学号,成绩 为了方便,我把两个文件放进了同一个包中使用 package A /** * @author gorit * @date 2019年4月10日 * 对象数组学生类创建 * */

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JVM之对象流转

JVM之对象流转 对象优先在 Eden 区分配:大多数情况下,对象新生代 Eden 区分配,当 Eden 区空间不够时,发起 Minor GC。...大对象直接进入老年代:大对象是指需要连续内存空间对象,最典型对象是那种很长字符串以及数组。经常出现大对象会提前触发垃圾收集以获取足够连续空间分配给大对象。...-XX:PretenureSizeThreshold,大于此值对象直接在老年代分配,避免 Eden 区和 Survivor 区之间大量内存复制。...长期存活对象终将进入老年代:为对象定义年龄计数器,对象 Eden 出生并经过 Minor GC 依然存活,将移动到 Survivor ,年龄就增加 1 岁,增加到一定年龄则移动到老年代。...空间分配担保 (1)发生 Minor GC 之前,虚拟机先检查老年代最大可用连续空间是否大于新生代所有对象总空间,如果条件成立的话,那么 Minor GC 可以确认是安全; (2)如果不成立的话,

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Javascript中使用面向对象编程

同时Web设计人员开始使用在IE浏览器定义对象模型,来处理Web页面的内容。但是大多数开发者并没有认识到Javascript在其自身就具有强大面向对象功能。...) 继承 (Inheritance) 虽然,通过一系列范例(对于好奇读者,这些范例片断代码是很生动),我将会阐述对象Javascript对象是如何被使用,并且如何实现面向对象。...简单对象(Simple Objects) Javascript,最简单可构建对象,就是机制内建Object对象Javascript对象是指定名称属性(property)集合。...当我们使用 obj.Function 语法调用函数时候,将把函数原来定义this 指向,当前这个对象(就像它在构造函数那样)。...当代码,引用一个属性时候,它并不存在于对象本身里,那么Javascript将会自动原型定义查找这个属性。

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1.5w字Rmarkdown入门教程汇总

RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用cheatsheet下载,可以公众号后台回复cheatsheet,获得包括rmarkdown在内小抄。...默认情况下代码和结果会在输出文件呈现。如果通过参数来控制代码运行结果输出情况可以{r }设置。一般包括代码及运行结果输出、图片表格格式定义等。...方式三 代码使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成图形情况相同。...但是,某些情况下,例如在经文和地址,我们可能希望保留缩进。在这些情况下,我们可以通过以竖线(|)开头线来使用线。换行符和所有前导空格将保留在输出。...外部数据你可以不用markdown形式输入,可以R代码使用 knitr::include_graphics() 具体可以见:和我b站视频。 5.8.代码行号?

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R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据为例。...stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾...gsub一样结果 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成三个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾A,B或者C等字母,例如Stage IIIA,Stage IIIB...参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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R语言ggplot2画热图时候上添加文本

今天推文没有详细介绍代码,代码介绍会以视频形式放到B站,欢迎大家关注我B站 小明数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据格式...画热图数据 image.png 用来添加文本数据 image.png 如果还有其他文本需要添加,可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图 tidyverse 是用来做数据整理 see 这个包里有很多配色函数...小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记...今天推文示例数据和代码可以在后台留言20211007获取

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__init__设置对象父类

1、问题背景Python,可以为对象设置一个父类,从而实现继承。但是,如果想要在实例化对象时动态地指定父类,则会出现问题。...第一个解决方案是使用类工厂。类工厂是一个函数,它可以动态地创建类。类工厂,可以根据传入参数来决定创建哪个类。...如果parent是Blue,则创建两个类,Circle和Square,它们父类都是Blue。最后,它返回创建类。这样,我们就可以实例化对象时动态地指定对象父类了。第二个解决方案是使用依赖注入。...依赖注入是一种设计模式,它可以将对象依赖关系从对象本身解耦出来。这样,就可以实例化对象时动态地注入它依赖关系。...然后,它定义了一个Circle类,它接受一个颜色对象作为参数。最后,它创建了两个Circle对象,并指定了它们顏色。使用依赖注入,我们就可以实例化对象时动态地为它注入它依赖关系。

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1.5w字Rmarkdown入门教程汇总

也可以 rmarkdown 插入代码,并将代码运行结果输出在 markdown 里。...默认情况下代码和结果会在输出文件呈现。如果通过参数来控制代码运行结果输出情况可以{r }设置。一般包括代码及运行结果输出、图片表格格式定义等。...方式三 代码使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成图形情况相同。...但是,某些情况下,例如在经文和地址,我们可能希望保留缩进。在这些情况下,我们可以通过以竖线(|)开头线来使用线。换行符和所有前导空格将保留在输出。...外部数据你可以不用markdown形式输入,可以R代码使用 knitr::include_graphics() 具体可以见:和我b站视频。 5.8.代码行号?

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使用容器化存储OpenEBSK3s实现持久化存储

vSphere设置K3OS K3OS内核是从Ubuntu-18.04 LTSfork出来,它用户空间二进制文件来自alpine。...[在这里插入图片描述] 从Github上release页面下载最新K3OS iso文件(撰写文章时最新版本为v0.9.0,目前已经更新到v0.10.1),将iso文件添加到虚拟机,然后使用实时安装选项启动它...如果未配置DHCP,则需要使用connmanctl分配IP地址和其他详细网络信息,然后以rancher用户身份登录server,输入在上一步配置密码。...将K3OS安装到磁盘时,你需要选择选项2,agent,以计算机配置K3s agent。 [在这里插入图片描述] 选择了Agent之后,你需要提供agent必须配置到serverURL。...磁盘或设备由称为节点磁盘管理器(简称为NDM)组件管理。将磁盘连接到agent计算机后,通过执行以下命令来检查设备。

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Java对象都是堆上分配吗?

注意看一下JIT位置 中文维基上对逃逸分析描述基本准确,摘录如下: 在编译程序优化理论,逃逸分析是一种确定指针动态范围方法——分析程序哪些地方可以访问到指针。...当一个变量(或对象子程序中被分配时,一个指向变量指针可能逃逸到其它执行线程,或是返回到调用者子程序。...如果指针存储全局变量或者其它数据结构,因为全局变量是可以在当前子程序之外访问,此时指针也发生了逃逸。...简单来讲,JVM逃逸分析可以通过分析对象引用使用范围(即动态作用域),来决定对象是否要在堆上分配内存,也可以做一些其他方面的优化。...someMethod()方法,并不存在多线程访问问题,所以synchronized并无意义,会被优化掉: private void someMethod() { Object lockObject

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R沟通|Rmarkdown教程(2)

安装 假设你已经安装了R[1](R Core Team 2020)和RStudio IDE[2]。 不需要RStudio,但建议使用RStudio,因为它可使普通用户更轻松地使用R Markdown。...R配套软件包tinytex可以帮助你将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少LaTeX软件包,并确保将LaTeX文档编译正确次数以解决所有交叉引用。...选项框 新建markdown文件里,主要包含三内容:1.YAML、2.markdown文本、3.代码。 ?...2)markdown文本 markdown文本是rmarkdown主要内容(上图3位置),由编辑人员按照markdown语法自行编写文本内容, 3)代码 rmarkdown一个主要功能是可以执行文件内代码...这对撰写数据分析报告带来了极大便利。Rmd文件除了R代码段以外, 还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言代码段, 常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。

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.NET 创建对象几种方式对比

.net ,创建一个对象最简单方法是直接使用 new (), 实际项目中,我们可能还会用到反射方法来创建对象,如果你看过 Microsoft.Extensions.DependencyInjection...源码,你会发现,为了保证不同场景兼容性和性能,内部使用了多种反射机制。...这是使用反射最简单和最灵活方法之一,因为可以使用类似的方法来调用对象方法、接口和属性等,但是这个也是最慢反射方法之一。...使用 Activator.CreateInstance 如果你需要创建对象的话,.NET Framework 和 .NET Core 中正好有一个专门为此设计静态类,System.Activator...接下来就是.NET Core 很熟悉 IOC 容器,Microsoft.Extensions.DependencyInjection,把类型注册到容器后,然后我们使用 IServiceProvider

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80-R分享03-Rmd中使用行内代码与参数化

前言 [[70-R茶话会15-你编程菜鸟路上缺失一课]] 和[[04-可重复工作执行简明指南()]] 我们都提过,Rmd 参数化功能非常实用。...这里还结合Rmd 文中使用代码功能,来聊聊如何自动化执行脚本。 参数化 [[71-R分享01-Rmd新手入门指南]] 我们提过Rmd 头文件配置。...比如下面: params: group1: Stimulated group2: Ctrl s: sd sd 这个过程就相当于R 创建了一个名为params 列表对象...,其包含三个向量对象: > params$group1 [1] "Stimulated" 当然你也可以代码通过列表赋值创建,只是没有yaml 头部定义使用方便。...比如上例yaml 头部创建变量对象,就可以通过行内代码调用: 显示输出结果,就会输出group1,2 对应值: 通过这样参数化方法,我们可以直接对文档进行一次修改,甚至外部传递参数,实现更好自动化处理

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