Shiny reactive的用法与案例展示 在Shiny中，reactive()是一个函数，用于创建一个响应式变量（reactive variable）。...什么时候会用到 reactive 以下是一个简单的 Shiny 应用程序，演示了如何使用 reactive() 函数。该应用程序根据用户输入的两个数字，计算它们的和并显示结果。...当需要在 Shiny 应用程序中创建一个简单的响应式变量时，可以使用 reactiveVal() 函数。它创建的变量不需要依赖其他变量或表达式，而是直接返回一个初始值。...例如reactiveValues()，在以下 Shiny 应用程序中，我们创建了一个 reactiveValues() 对象 data，其中根据数据的cut列，更改comment里面的数据。...主要是用reactive()函数，然后在server里面创建一个数据，后面就不用重复计算了。
我们通过前面的文章已经对响应式编程的基本思路有所熟悉，这里我们将讨论更加高级的技术，它可以让我们更加合理地使用响应表达式。...点击时更新 在上面的场景中，思考一下如果代码本身的运行需要花费 1 秒钟会发生什么事情？由于我们每 0.5 秒自动更新数据的模拟，Shiny 会产生越来越多未能完成的工作，因此永远也无法处理完。...想要知道为什么，我们先使用和上面相同的方法创建 Shiny，直接使用 simulate 为响应表达式引入依赖。...}) } observeEvent() 和 eventReactive() 有两点重要的区别： 我们不能将 observeEvent() 的结果赋值给一个变量 我们不能从其他响应表达式中指向它 观察器和输出非常相关...为了强调这种紧密性，我们将使用响应图相同的方式绘制它。如下图所示： ? 观察器看起来与输出控件相同 此处结束我们的响应式编程之旅。接下来的文章将通过创建一个大型的数据分析 Shiny 进行实战。
整理之前在知识星球打卡汇总的 Shiny 笔记，作为速学、速查使用和分享。 基于 https://shiny.rstudio.com/tutorial/ 视频而非文字教程写的笔记。...p8：响应值（reactive values） 响应值就是 Shiny 中的数据流，input 是响应值的列表，这些值展示了当前输入的各自状态。注意⚠️：响应值只能在对应的设定好的响应环境中使用！...p9：reactive 工具集 render* 函数构建 shiny app 中要显示的对象。 它会将结果保存到 output 对应的元素中。...p10：使用 reactive 表达式模块化 Shiny 回顾上一部分的学习中，当多处使用同一随机数据时，不同地方的数据将变得不一致。...p12：使用 observeEvent 进行事件触发 有时候我们需要做一些按按钮才进行分析或者绘图的触发操作，在前端我们可以使用 actionButton，在服务端我们需要使用 observeEvent
通过纠正拼写错误。 > rnorm(1) [1] -0.7503872 CASE 2 : 或者（在大多数情况下）您忘记了加载包含该函数的软件包。...Correction : 在终端中启动install.packages("dplyr")将解决此问题。...在错误消息中包含解决方案。 Correction : 在错误消息中已经给出了如何校正的方法。您只输入了一个=，但条件必须用==编写。...) { res <- input$go } shinyApp(ui, server) 您使用 Shiny 并尝试在observe()，observEvent()，reactive()，render...不应在您的 shiny 应用程序中同时使用observe()和reactive()（有时间的话我们将讨论这个问题..）
0.背景知识 在预后分析中，构建了多因素cox模型后可以选择森林图或者是诺谟图进行可视化。 之前看诺谟图，如果有一个新的病人信息，可以从诺谟图上面自行比划看该新病人的1、3、5年生存率。...ggplot(dat,aes(time,surv))+ geom_line()+ theme_bw() 3.更好玩的是可以做成shinyapp 哈哈，看起来很厉害实际上就是唬唬人的东西，有人会用shiny...rm(list = ls()) library(shiny) library(rms) library(prodlim) library(survival) # 定义全局模拟数据和模型 simulate_data_and_model...，以便在Shiny中使用 data_and_model reactive(simulate_data_and_model()) ui <- fluidPage( titlePanel("病人生存曲线...mainPanel( plotOutput("survivalPlot") ) ) ) server <- function(input, output) { observeEvent
这里代码就不 show 了，下面 shiny 的代码也会提到。 改造成 Shiny App 成品展示 这是主界面： ?...可以看到界面主要分成四个区域，分别完成上传，预览，设置作图参数和绘图的功能（绘图区是隐藏的，等按下 Plot 按钮后会显示）。 ? 若不上传数据，则默认使用示例数据作图。...5 53 53 53 53 53 20 20 20 20 40 40 •group file：样本分组信息，第一列为样本，样本名需和第一个数据矩阵中的相同...，包括： •X 轴字体大小•Y 轴名称•Y 轴字体大小•第二张图的配色方案，这里用了 RColorBrewer 中的 qual 色板•输出图片的长宽•第三张图的自定义配色方案（使用了 uiOutput(...为输出文件定义临时目录 td <- tempdir() 判断是否有文件输入 这里程序会判断是否有文件上传，如果没有则上传文件则会使用示例数据绘图： counts reactive({
模仿的是 https://github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny 基本功能是用户输入 gene id pvalue qvalue 然后分别把 BP CC MF 以表格输出， 汇总结果下载...（压缩文件） go富集结果的dotplot 代码 代码中 cc和mf结果表格输出的逻辑没有写，和bp是完全一样的 library(shiny) ui<-navbarPage("Pomegranate",...dot_plot_go')) ))))) server<-function(input,output){ observeEvent...enrichGO_res) print(p1) }) incProgress(4/7,detail = "OK") go_plot_downloadreactive
是基于http协议，和WebSocket的全双工通道（web端和服务端相互通信）相比，SSE只是单通道（服务端主动推送数据到web端），但正是由于此特性，在不需要客户端频繁发送消息给服务端，客户端却需要实时或频繁显示服务端数据的业务场景中可以使用...在SSE中，浏览器发送一个请求给服务端，通过响应头中的Content-Type：text/event-stream;等 向客户端证明这是一个长连接，发送的是流数据，这时客户端不会关闭连接，一直等待服务端发送数据...中SSE的包flask_sse的使用 坑点：刚开始根据 ?...在官方给出的flask_sse 文档中,使用 gunicorn（wsgi协议的一个容器，和uWSGI一样的功能） + gevent 作为异步功能的服务器。...https://github.com/Rgcsh/sse_chait 坑点： 1.uWSGI配置时，在sse_chait.ini配置文件中，socket参数是给在搭建nginx+uWSGI服务时用的，http
在很多大学或者机构中普遍作为一种标准来书写专业的科学文献、毕业论文或其他类似的文档。在这篇文章中，我们会看到如何在Ubuntu 14.04中使用LaTeX。...Texmaker 来使用LaTeX Texmaker是一款免费开源的LaTeX编辑器，它支持一些主流的桌面操作系统，比如Window，Linux和OS X。...TeX4ht导出到html和odt文件 支持正则表达式 在Ubuntu 14.04下，你可以通过下面的链接下载Texmaker的二进制包 下载Texmaker编辑器...你通过上述链接下载到的是一个.deb包，因此你在一些像Linux Mint，Elementary OS，Pinguy OS等等类Debain的发行版中可以使用相同的安装方式。...如果你想使用像Github式的markdown编辑器，你可以试试Remarkable编辑器。 希望Texmaker能够在Ubuntu和Linux Mint中帮到你。
}) } shinyApp(ui, server) 通过下面的截图我们观察向该应用输入时产生的变化。 ? ? ? ? 我们可以看到，让我们在更新键入时，结果也实时地进行了更新。...这是我们在 Shiny 中使用的编程方式。 惰性 Shiny 中声明式编程的一个优点是它允许应用非常的懒惰。Shiny 应用会尽量做最小的工作以完成对结果控件所需的更新。然而惰性也带来了重要的问题。...在大多数 R 代码中，你可以通过从头到尾阅读代码搞懂程序执行的顺序。然而这在 Shiny 中是没有用的，因为 Shiny 按需运行。...我们可以使用 reactlog 包绘制响应图。 ?...在简单的 Shiny 应用中我们很少会用到响应表达式，这里展示一个简单的示例以帮助读者理解它是如何影响响应图的。
前面几篇文章我们构建了一个简易的 Shiny 应用，如果我们仔细观察过没有几行的实现代码就知道 Shiny 将前端（实现用户界面）和后端（服务逻辑）进行了分离，这让我们可以比较独立地来看待它们。...接下来的几篇文章会关注前端，探索 Shiny 提供的 HTML 输出、输出和页面布局功能。 首先依旧载入 Shiny。...根据上面的介绍，我们一般在实际使用时会忽略第一个和第二个参数名，如： sliderInput("min", "Limit (minimum)", value = 50, min = 0, max = 100...默认的日期格式、语言等使用的是美国标准，它们可以通过参数 format、language和 weekstart 等进行修改。...动作按钮 该特性使用 actionButton() 或 actionLink() 实现，它一般配对后端的 observeEvent() 或 eventReactive() 使用，后续介绍。
Web Service 这个概念比较成功了， 在SOAP服务之后， Restful服务的普及， 使得数据库的CRUD操作通过网络无限延伸。...（远程） 2） 只要安装一次， 可以多人使用， 可以让别人试用。（多用户） 3） 不用担心软件或者代码泄密， 可以控制用户使用时间和权限。...基于这种考虑， 我们使用reactive关键词重写了数据读取模块。...reactive像一个带cache的模块， 并且当reactive检查到数据输入没有任何变化， 那么输出也不会有变化的时候， reactive就会使用缓存的数据，避免了重复运算， 加速了反应。...在注册完成后， 你只要遵照详细的链接， 授权， 和部署的步骤，就可以把本地Shiny App上传部署。
R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章，shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R：https://shiny.rstudio.com...这个stockvis展示的内容 选择一只股票 选择日期展示 选择是否将x轴log转换 是否通过通货膨胀对股票价格进行调整 默认情况下，stockVis会显示SPY代码(整个标普500的指数)。...依赖quantmod包中的两个功能: getSymbols: 直接从雅虎财经和圣路易斯联邦储备银行等网站下载金融数据。...chartSeries 图表中显示价格 同时需要使用helps.r脚本，脚本包含一个根据通货膨胀调整股票价格的函数。...第一次运行反应表达式时，该表达式将其结果保存在计算机的内存中。
shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示， Shiny 中内置了一些例子，我们可以通过运行 runExample() 来探索...image-20201103184214756 Shiny App的结构 Shiny apps是被包含在名为app.R的脚本中，如果这个脚本在一个目录下(比如newdir/)，那么可以通过runApp(...，单位都是像素 另外一个需要注意的就是图片的路径必须是在app.R相同的路径下，并且放到www的文件夹中(其实和app.R放到一个文件夹就行) 还有一些其他的tag可以看1和2 Add control...的用法和render*是类似的，将函数放到reactive({})里面就行了 reactive第一次运行就会保存运行的结果，在第二次运行reactive的时候会检查这个结果所依赖的部件值是否改变(这里是...runUrl( "")来进行运行 runGitHub 可以在github上建一个仓库存放我们的shiny app文件(app.R和其他的附属文件) 通过运行runGitHub(
，使用 dateRangeInput 创建 一对选择框，使用 checkboxInput 创建，选择框小工具很简单，被勾上会返回TRUE，反之FALSE 在ui对象中，选择框的name参数是log和adjust...，意味着在server函数中你可以使用input 和 adjust找到他们。...在renderPlot中调用dataInput()你能用表达式获取价格数据。...shiny会重建对象，一旦： 对象的render*函数中，input值改变了 对象的render*函数中，反应表达式过期了 将反应表达式作为一条链中的连接，把input值和output对象连了起来。...回顾 你能加快你的app，使用反应表达式模块化代码 一个反应表达式从input取值或者来自其他反应表达式，并返回新的值 反应表达式会保存他们的结果，只有在输入改变时重新运算 构建反应表达式使用reactive
在前面的文章中，我们介绍了如何创建用户界面。现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端的讨论，它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩如生。 在 Shiny 中，我们使用响应式编程表达服务逻辑。...这使得编写 Shiny 应用的流程变得相当简单，但是要花一些时间才能了解它们如何组合在一起。 这部分内容将对响应式编程进行简要介绍，指导读者在 Shiny 应用中使用最基本的响应式编程。...这保证了每个线程都有一个唯一的状态，同时隔离了在函数内部创建的变量。这也正是我们为什么基本上只在 Shiny 的 server 函数内使用响应式编程的原因。...我们必须通过像 renderText() 或 reactive() 这样的函数创建的响应式语境中才能从一个输入控件中读入数据。...} 在 UI 中，ID 是有双引号的，而后端中没有。
但是，要想首次使用代码就可以可靠地解决复杂的问题，就需要使用多种语言的多年经验。这意味着你需要构建一个强大的工作流来识别和修复错误。 我们将在下面讨论三种主要问题： 你收到意外错误。...在下一部分中，我们将介绍另一种重要的技术，以最小的可重现性为例。如果你陷入困境并需要别人的帮助，创建一个最小的示例至关重要。但是，在调试自己的代码时，创建最少的示例也是一项极为重要的技能。...如果我们可以通过删除有效的代码来缩小问题代码的范围，则可以更快地迭代解决方案。这是我一直使用的技术。 阅读错误追踪 每个错误都伴有一个追溯或调用堆栈，它实际上是追溯导致该错误的调用堆栈。...此功能可以在发生错误之后以交互方式运行以查看导致错误的调用顺序。我们无法在 Shiny 中使用此功能，因为我们无法在应用运行时以交互方式运行代码，而是 Shiny 会自动为我们打印调用堆栈。...1: source Shiny 将一些其他调用添加到调用堆栈中。
在这里，和国际同行一起学习单细胞数据分析。 数据可视化是数据分析中关键的一步，相比于静态绘图，交互（界面）图可以给我们更多的调节空间。...在Seurat V4 版本中，也官方地提出了其交互平台（Shiny app）：azimuth 并且内置了PBMC的参考数据集，可以在线分析和注释。...在Seurat中交互的参数一般是interactive，我们需要找到哪些函数有这个参数。思考：如何查一个R包中哪些函数有某一参数？ 先载入R包和数据，并执行简单的降维。...除了直接在线分析也可以在自己的R中安装azimuth 包，以方便本地使用。 if (!...界面版和命令行版针对的是不同条件的选择，看自己的实验室的编程条件和人员背景来选择。但是做单细胞数据分析迟早都要会R语言。
Shiny用户界面可以用纯R语言构建，如果想更灵活，可以直接用HTML、CSS和JavaScript来写。...采用websockets包，做到浏览器和R之间快速双向通信。 采用反应式（reactive）编程模型，摒弃了繁杂的 事件处理代码，这样你可以集中精力于真正关心的代码上。...开发和发布你自己的Shiny小工具，其他开发者也可以非常容易地将它加到自己的应用中 安装 Shiny可以从CRAN获取， 所以你可以用通常的方式来安装，在R的命令行里输入： install.packages...现在，就尝试运行一下例子程序，浏览一下源代码，可以获得对shiny的初始印象。也可以通过认真阅读注释来进一步了解。...用户界面是在源文件ui.R中定义的： ui.R library(shiny) # Define UI for app that draws a histogram ---- ui <- fluidPage
增加维护和调试成本 在传统 R 编程中，我们使用两个技术处理重复代码： 使用变量保存值 使用函数保存计算 但是它们都无法处理此处的代码重复问题，我们需要引入新的技术：响应式编程。...响应式编程是以 reactive({...}) 包裹的代码块，可以将结果赋值给一个变量，然后我们可以像使用函数一样 使用这个变量。...我们会在以后更加详细地介绍它，现在而言，我们已经构建了一个不错的简单 Shiny 应用。 下面代码的运行结果与之前的文章类似，但更有效率。...library(shiny) ui = fluidPage( selectInput("dataset", label = "Dataset", choices = ls...is a new approach # variable or function cannot work here dataset reactive({ get(input$dataset
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