在Snakemake中可以有“可选的”通配符或文件名的一部分吗？

在Snakemake中，通配符（wildcards）用于表示可以在规则中匹配多个文件的模式。然而，Snakemake本身并不直接支持“可选的”通配符，即一个通配符是否出现不是必须的。但是，可以通过一些技巧来实现类似的效果。

基础概念

通配符（Wildcards）：在Snakemake中用于匹配一组文件的模式。
可选性：指的是某个通配符在某些情况下可以出现，在其他情况下可以不出现。

实现方法

可以通过定义多个规则来处理不同的情况，或者使用条件表达式来实现可选通配符的效果。

方法一：使用多个规则

定义两个规则，一个处理带有通配符的情况，另一个处理没有通配符的情况。

rule process_with_wildcard:
    input:
        "data/{sample}.txt"
    output:
        "results/{sample}_processed.txt"
    shell:
        "process_data.sh {input} {output}"

rule process_without_wildcard:
    input:
        "data/default.txt"
    output:
        "results/default_processed.txt"
    shell:
        "process_data.sh {input} {output}"

方法二：使用条件表达式

在输入或输出中使用条件表达式来决定是否包含通配符。

wildcard = "sample" if config["use_wildcard"] else None

rule process_data:
    input:
        "data/{wildcard}.txt" if wildcard else "data/default.txt"
    output:
        "results/{wildcard}_processed.txt" if wildcard else "results/default_processed.txt"
    shell:
        "process_data.sh {input} {output}"