首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

把bam文件读入R,并且转为grange对象

假如你的Windows电脑有个bam文件,不想传输到linux服务器去使用samtools等命令行工具来探索它,就可以使用R语言!...有成熟的R包可以把bam文件读入R,比如Rsamtools,很简单的代码: library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...genbioconductor/html/Rsamtools.html bam <- scanBam(bamFile) bam 值得注意的是,这里我虽然不再演示了,但是作为初学者的你,应该是知道 但是把读入的数据变成...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了,R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的,有点类似于各式各样的生物信息学文件格式,是一个标准。...class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots strand(exon_txdb)返回外显子的正负链信息,要么正链要么负链 mcols(exon_txdb

2.4K20
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

PythonJson文件读入和写入以及simplejson

python中使用Json Import json .json文件读入 with open(filePath,'r')as f: data = json.load(f) data是字典类型...可以通过for k,v in data.items()来遍历字典 .json文件的写入 首先存放为.json类型的文件一般是k-v类型的,一般是先打包成字典写入 jsFile = json.dumps...函数1dumps(dict):将python字典json化,接收参数为字典类型 函数2sort_keys:设置是否排序字典 函数3dump():对文件对象的处理 函数4 loads(str)解析json...的字符串 函数5 load() from StringIO import StringIO io = StringIO() #创建文件对象 json.dump(['cynthia istesting...'], io) #把 json编码数据导向到此文件对象 io.getvalue() #取得文件对象的内容 from StringIO import StringIO io = StringIO(

2.6K40

ceph对象中提取RBD的指定文件

前言 之前有个想法,是不是有办法找到rbd文件对象的关系,想了很久但是一直觉得文件系统比较复杂,fs 层的东西对ceph来说是透明的,并且对象大小是4M,而文件很小,可能在fs层进行了合并,应该很难找到对应关系...,最近看到小胖有提出这个问题,那么就再次尝试了,现在就是把这个实现方法记录下来 这个提取的作用个人觉得最大的好处就是一个rbd设备,文件系统层被破坏以后,还能够rbd提取出文件,我们知道很多情况下设备的文件系统一旦破坏...,然后经过计算后,后台的对象文件读出 mount /dev/rbd0p1 /mnt1 mount /dev/rbd0p2 /mnt2 cp /etc/fstab /mnt1 cp /etc/hostname...,那么还是跟上面的提取方法一样,然后进行提取后的文件进行合并即可 总结 存储系统上面存储的文件必然会对应到底层磁盘的sector,而sector也是会一一对应到后台的对象的,这个本文当中得到了验证,...所以整个逻辑就是,文件系统层找到文件对应的sector位置,然后再在底层把sector和对象关系找好,就能从找到文件对象当中的具体的位置,也就能定位并且能提取了,本篇是基于xfs的,其他文件系统只要能定位文件

4.7K20

JavaScript 如何克隆对象

name="王大冶"; console.log (name,name2); // 王大冶 前端小智 引用值 但是,如果我们对引用类型的值进行相同的操作,则我们对一个变量所做的任何更改也将反映在另一个变量,...若要克隆对象,请使用 Object.assign() 方法,该方法会将一个或多个源对象的所有可枚举属性的值复制到目标对象,但是此方法仅对对象的一个浅拷贝。...此方法对简单对象有效,但如果对象属性是函数时无效。...我们创建了一个deepClone(object)函数,将想要克隆的对象作为参数传递给它。函数内部,将创建一个局部变量克隆,这是一个空对象,其中将从起始对象克隆的每个属性都将添加到该对象。...具体思路: 如果该属性不是对象,则将其简单地克隆并添加到新的克隆对象

4.6K20

shell程序里如何文件获取第n行

我一直使用 head -n | tail -1,它可以做到这一点,但我一直想知道是否有一个Bash工具,专门文件中提取一行(或一段行)。 所谓“规范”,我指的是一个主要功能就是这样做的程序。...答: 有一个可供测试的文件,内容如下: 使用 sed 命令,要打印第 20 行,可写为 sed -n '20'p file.txt sed -n '20p' file.txt 测试截图如下: 要打印第...8 到第 12 行,则可用命令 sed -n '8,12'p file.txt 如果要打印第8、9行和第12行,可用命令 sed -n '8p;9p;12p' file.txt 对于行数特大的文件...可采用类似如下命令 sed '5000000q;d' file.txt tail -n+5000000 file.txt | head -1 需要关注处理性能的伙伴可以在上述命令前加上 time 再对大文件进行测试对比

33220

解决Clion多个cpp文件运行时出现multiple definition of `main

最初使用Clion这款软件做C++开发时,有时会遇到同一个Project中有多个cpp文件,而每个cpp文件又都有main函数,因此运行时会出现multiple definition of `main...一,问题重现 ​ 二,解决问题 这是因为一个编译链接生成的EXE文件只能有一个main函数,为了能使多个带main函数的cpp文件能在同一project运行,我们需要在CMakeList.txt做一些修改...add_executable()cpp文件取一个别名,这个别名便会成为生成的EXE文件的名字。...先看一下未修改之前的: ​ 下面我们修改一下: ​ 然后运行一下: ​ 第二cpp文件的运行: ​ 没有报错都成功执行了。 接着看一下生成的EXE文件: ​ 至此问题就彻底解决了!

3.5K10

JAVA对象JVM内存分配

如果你还不了解JVM内存模型的建议您先看下JVM内存模型 以一下代码为例,来分析下,java的实例对象在内存的空间分配(JDK1.8)。...java对象在内存的关系 图画的稍微有点问题,不过能说明对象在内存的大致位置。 图中我们可以看出,普通的java实例对象内存分配,主要在这三个区域:虚拟机栈、堆、方法区。...内存区域来分析 虚拟机栈:只存放局部变量 堆:存储对象的实例 方法区:存放Class信息和常量信息。...变量的角度来分析 局部变量:存放在虚拟机栈(具体应为[栈->栈帧->局部变量表]) 基本类型的值直接存在栈。如age=10 如果是对象的实例,则只存储对象实例的引用。...如s=ref 实例变量:存放在堆对象实例。如Student的实例变量 name=ref 静态变量:存放在方法区的常量池中。如Student.class的birthday=ref。

1.8K120

Spring 如何 IoC 容器获取对象

IoC 容器已经建立,而且把我们定义的 bean 信息放入了容器,那么如何从容器获取对象呢? 本文继续分析。 配置及测试代码 为便于查看,这里再贴一下 bean 配置文件和测试代码。...new BeanCurrentlyInCreationException(beanName); } // bean 对象父容器,则从父容器获取...当从容器获取 bean 对象时,首先从缓存获取。如果缓存存在,处理 FactoryBean 的场景。...不在父容器,若 bean 对象依赖了其他对象,则先创建被依赖的 bean 对象,再根据 标签的 scope 属性去创建相应的 bean 对象。...本文先从整体上分析了如何 Spring IoC 容器获取 bean 对象,内容不多,后文再详细分解吧。

9.6K20

JVM之对象的流转

JVM之对象的流转 对象优先在 Eden 区分配:大多数情况下,对象新生代 Eden 区分配,当 Eden 区空间不够时,发起 Minor GC。...大对象直接进入老年代:大对象是指需要连续内存空间的对象,最典型的大对象是那种很长的字符串以及数组。经常出现大对象会提前触发垃圾收集以获取足够的连续空间分配给大对象。...-XX:PretenureSizeThreshold,大于此值的对象直接在老年代分配,避免 Eden 区和 Survivor 区之间的大量内存复制。...长期存活的对象终将进入老年代:为对象定义年龄计数器,对象 Eden 出生并经过 Minor GC 依然存活,将移动到 Survivor ,年龄就增加 1 岁,增加到一定年龄则移动到老年代。...空间分配担保 (1)发生 Minor GC 之前,虚拟机先检查老年代最大可用的连续空间是否大于新生代所有对象总空间,如果条件成立的话,那么 Minor GC 可以确认是安全的; (2)如果不成立的话,

6610

Objective-C浅谈面向对象

每种OOP的语言面向对象上或多或少都会有不同的地方,现在在学习OC的面向对象部分,又感觉到OC面向对象的特点。写篇博文总结一下OC的面向对象。...简单的说来,便利构造器是为了简化对象的初始化而生的,之前的博客也说了一嘴:编程是间接的过程,其实使用便利构造器就是间接的过程。程序处处都用到了间接。...每个对象都会两个角度进行描述,一个是特征,一个是行为能力             特征:可以是物体的组成部分,也可以是一些物理或逻辑上的属性,用来表现对象的形态,构成及状态。             ...OC类是通过两个单独的文件定义。接口定义在对应的头文件,该文件的作用是说明此类具有哪些属性和方法,但不去实现其行为。         1. ...,studentName); } @end      代码说明:                   1.实现文件首先导入对应的类的接口文件#import "Student.h",引入系统文件

1K60

VSQt自动生成moc_XXX.cpp文件的一些问题

moc 全称是 Meta-Object Compiler,也就是“元对象编译器”。Qt 程序交由标准编译器编译之前,先要使用 moc 分析 C++ 源文件。...如果它发现在一个头文件包含了宏 Q_OBJECT,则会生成另外一个 C++ 源文件。这个源文件包含了 Q_OBJECT 宏的实现代码。这个新的文件名字将会是原文件名前面加上 moc_ 构成。...全删除了(是VS的工程项目中删除的,文件删除了,无所谓,每次编译的时候,会自动moc,这个过程是你XXX.cpp文件的设置)。...那么我直接将删除的moc_bridge.cpp文件添加进Generated/Debug ,这样Debug模式下,程序就可以正常的编译运行了。 ? 3.警告LNK4042 以及解决 但是!...\Release\moc_bridge.cpp文件,也是设定了Debug|Win32和Debug|x64下,排除Build。

3.2K21
领券