DataFrame DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构，它的各行表示一个实例，各列表示一个变量。 一. DataFrame数据流编程 二....(): 按列变量选择 filter(): 按行名称分片 slice(): 按行索引分片 mutate(): 在原数据集最后一列追加一些数据集 summarise(): 每组聚合为一个小数量的汇总统计，通常结合...DataFrame优化 1. data.table 众所周知，data.frame的几个缺点有： (1)大数据集打印缓慢 (2)内部搜索缓慢 (3)语法复杂 (4)缺乏内部的聚合操作 针对这几个问题，data.table...data.table还参考了NoSQL中流行的Key-Value形式，引入了setkey()函数,为数据框设置关键字索引。...DataFrame在R、Python和Spark三者中的联系 参考资料 1.Medium：6 Differences Between Pandas And Spark DataFrames 2.Quora
因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...by ]语法做 但是如果我要将上述DT中的v3作为一个影响因素，作为tag，先按v1、v2汇总，再将对应的v4值分为v3=1和v3=2两类，查看v1、v2取值相同v3不同对应v4的情况，这个时候用dcast...如果TRUE，在工作台产生交互信息，默认options(datatable.verbose=TRUE) 对于前面的DT，我现在将f和d开头的列名的列作为测量变量，如下 pattern函数下面会讲...="id"； between 是data.table i 语法的扩展功能，between等同于x >= lower 并且 x <= upper 当incbounds设置为TRUE的时候，...upper； incbounds 如果TRUE意味着包括边界，即= ，默认TRUE； 例如有基因组注释文件如下 我想取出在chr1上，start在16000到30000
R语言︱数据集分组 大型数据集通常是高度结构化的，结构使得我们可以按不同的方式分组，有时候我们需要关注单个组的数据片断，有时需要聚合不同组内的信息，并相互比较。...2、cut()函数 cut(x, n)：将连续型变量x分割为有着n个水平的因子 cut(x, breaks, labels = NULL, include.lowest = FALSE, right...[10,] 1 2 ##后续处理 ##计算组的长度和组内均值 > sapply(g,length) USA non-USA 48 45 > sapply(g,mean...#将返回1， 第一行第一列 a[row(a)==1&col(a)==2] #将返回6， 第一行第二列 2、一个网络例子： ?...data.table包的语法简洁，并且只需一行代码就可以完成很多事情。进一步地，data.table在某些情况下执行效率更高。
data.table包的语法简洁，并且只需一行代码就可以完成很多事情。进一步地，data.table在某些情况下执行效率更高。...data.table中，还有一个比较特立独行的函数： 使用:=引用来添加或更新一列（参考：R语言data.table速查手册） DT[, c("V1","V2") := list(round(exp(V1...="Hospice"] （3）还有一些复杂结构： dt[a=='B' & c2>3, b:=100] #其他结构 在dt数据集中，筛选a变量等于"B"，c2变量大于3，同时将添加b变量，数值等于...setkey(try,gender,buy_online) #设置key为两个变量，数据已经按照x值进行了重新排序 ans2 <- DT[list("M","Y")] #更为简洁，并且迅速...2、on=""方式 DT[X, on="x"] 这里的on指的是DT变量中的变量名称，X还是按照key，如果没设置就会默认第一行为key。
将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...DT的属性，setattr(x,name,value) x时data.table,list或者data.frame,而name时属性名，value时属性值，setnames(x,old,new)，设置x...机器可读这个区域任何行号，默认1L,如果这行是空，就读下一行; skip跳过读取的行数，为1则从第二行开始读，设置了这个选项，就会自动忽略autostart选项，也可以是一个字符,skip="string...比如此例取出DT 中 X 列为"a"的行，和"a"进行merge。on参数的第一列必须是DT的第一列 DT[....的链接符合表达式 DT[v>1, sum(y), by=v] #对v列进行分组后,取各组中v>1的行出来，各组分别对定义的行中的y求和 DT[, .N, by=x] #用by对DT 用x分组后，取每个分组的总行数
inplace参数设置为True以保存更改。我们删除了4列，因此列数从14减少到10。 2.读取时选择特定的列 我们只打算读取csv文件中的某些列。读取时，列列表将传递给usecols参数。...df.isna().sum().sum() --- 0 9.根据条件选择行 在某些情况下，我们需要适合某些条件的观察值（即行）。例如，下面的代码将选择居住在法国并且已经流失的客户。...如果我们将groupby函数的as_index参数设置为False，则组名将不会用作索引。 16.带删除的重置索引 在某些情况下，我们需要重置索引并同时删除原始索引。...17.设置特定的列作为索引 我们可以将DataFrame中的任何列设置为索引。 df_new.set_index('Geography') ?...考虑上一步（df_new）中的DataFrame。我们希望将小于6的客户的Balance设置为0。
Springer International Publishing, 2017.❞ 该数据有62个重组自交系（RIL），在4个地点进行试验，随机区组，每个地点2个重复，每个小区种植20株，随机选择5株的表型平均值作为观测值...使用lme4包进行blue值计算 这里，使用lme4包进行blue值计算，然后使用emmeans包进行预测均值（predict means）的计算，这样就可以将predict means作为表型值进行GWAS...(m1) re1 = emmeans(m1,"RIL") %>% as.data.frame() head(re1) 这里， RIL作为固定因子 地点和品种互作，作为随机因子 地点内区组，作为随机因子...95%的同学，在计算GWAS分析表型值计算时，都是用上面的模型计算出blue值，然后直接进行计算，其实还有更好的模型。...比如设置每个地点的残差异质，然后和残差同质的模型进行LRT检验，选择最优的模型。 比如设置每个地点与品种的互作的方差异质，比较方差同质的模型，选择最优的模型。 下节见。
Melt Melt用于将维数较大的 dataframe转换为维数较少的 dataframe。一些dataframe列中包含连续的度量或变量。在某些情况下，将这些列表示为行可能更适合我们的任务。...我们有三个不同的城市，在不同的日子进行测量。我们决定将这些日子表示为列中的行。还将有一列显示测量值。...如果axis参数设置为1，nunique将返回每行中唯一值的数目。 13. Lookup 'lookup'可以用于根据行、列的标签在dataframe中查找指定值。假设我们有以下数据： ?...Merge Merge()根据共同列中的值组合dataframe。考虑以下两个数据: ? 我们可以基于列中的共同值合并它们。设置合并条件的参数是“on”参数。 ?...Replace 顾名思义，它允许替换dataframe中的值。第一个参数是要替换的值，第二个参数是新值。 df.replace('A', 'A_1') ? 我们也可以在同一个字典中多次替换。
areaSource=&traceId=五、%in%1、%in%和==的区别：==是将X中的每个元素和y中的每个元素一对一比较，%in%是将x中的每一个元素分别和y中的所有元素全部比较> x=c(1,3,5,1...TRUE在某些只能用logical的情况下，如通过logical取子集时，善用!.../表示R.project的上一级菜单ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)row.names=1表示使用第一列为行名，需注意行名中不能出现重复...\t"表示以tab（制表符）为分隔符b=data.table::fread('soft.txt',data.table = F)fread函数是一种较为智能的读文件函数，可以在日后实践中多尝试。...忘记c就是忘记创建向量直接写了元素；忘记引号就是把要写的字符直接打成了变量，而变量本身不存在，所以经常会报错；忘记逗号主要是在数据框取某些行或列，只写了行或列的条件，没写逗号表示出行或列，另外就是在创建数据框的不同列时忘记用逗号分隔
问题的提出 在处理数据的时候，我们常常需要按照日期对数据进行分类汇总，例如每周、每月、每年汇总等。常见的做法是建立一个用于分类的变量，然后再按照这个变量进行汇总。...本期大猫将教大家使用 data.table包的 keyby语句完成上述任务。...使用 data.table的好处是： 不需要事先创建分类变量，啥时想分类了，直接分就可以（group on the fly） 速度特别、特别快！ 代码非常、非常简洁！（也就十几个字符！）...按照“是否为周三”进行分类 如果我们想把样本分成两组，一组是周三（True），一组是非周三（False），则只要使用 wday(date)==3来生成一列值为 True或者 False的向量就行。...按照“每个三天”分类 为了按照任意间隔进行分类，我们需要用到 data.table包中的 ceiling_date函数。
例如，使用setkey()将id设置为product_info中的一个键： setkey(product_info, id) 同样的，函数无任何返回，但我们已经为原始数据设置了键，而且原来的数据看起来也没变化...对数据进行分组汇总 by是data.table中另一个重要参数（即方括号内的第3个参数），它可以将数据按照by值进行分组，并对分组计算第2个参数。...data.table中，by所对应的组合中的值是唯一的，虽然实现了目标，但结果中没有设置键： key(type_class_test0) #> NULL 这种情况下，我们可以使用keyby来确保结果的data.table...自动将keyby对应的分组向量设置为键。..."data.frame" setDT()可以将任意的data.frame转换为data.table，并设置键。
rugplot 这是一个不太常用的图表类型，其绘图方式比较朴素：即原原本本的将变量出现的位置绘制在相应坐标轴上，同时忽略出现次数的影响。 ? 2....，后面的x、y和hue均为源于data中的某一列值 x，绘图的x轴变量 y，绘图的y轴变量 hue，区分维度，一般为分类型变量 同时，relplot可通过kind参数选择绘制图表是scatter还是line...这里以seaborn中的小费数据集进行绘制，得到如下回归图表： ? 5. 矩阵图 矩阵图主要用于表达一组数值型数据的大小关系，在探索数据相关性时也较为实用。...heatmap 原原本本的将一组数据以热力图矩阵的形式展现出来，同时可通过设置数值上下限和颜色板实现更为美观的效果。...data，pandas.dataframe对象，以上几个参数一般为data中的某一列 stripplot 常规的散点图接口，可通过jitter参数开启散点左右"抖动"效果（实际即为在水平方向上加了一个随机数控制
data.table 1、I/O性能： data.table的被推崇的重要原因就是他的IO吞吐性能在R语言诸多包中首屈一指，这里以一个1.6G多的2015年纽约自行车出行数据集为例来检验其性能到底如何，...可怜的机器呀，内存和磁盘要撑爆了~ 使用data.table内的I/O函数进行导入： rm(list=ls()) gc() library("data.table") system.time(...rm(list=ls()) gc() 2、索引切片聚合 data.table中提供了将行索引、列切片、分组功能于一体的数据处理模型。...注意以上新建列时，如果只有一列，列名比较自由，写成字符串或者变量都可以，但是新建多列，必须严格按照左侧列名为字符串向量，右侧为列表的模式，当然你也可以使用第二种写法。...当整列和聚合的单值同时输出时，可以支持自动补齐操作。 当聚合函数与data.table中的分组参数一起使用时，data.table的真正威力才逐渐显露。 mydata[,.
以mtcars这个R自带的数据集为例，我们知道mtcars[1]的运行结果，是选择这个数据集的第一行，结果如下： ? mtcars[1,1]的运行结果，是选择第一行第一列的元素，结果如下： ?...可见，在DT的i中输入一个数字和用一般的提取符号`[`只输入一个数字的结果完全一样，就是提取这个数据集中的某一行。...接下来，我们在by的位置加上一个1，代码如下： mtcars[1, .SD, 1] 再来看看运行结果： ? 这时多了一列变量，变量名缺失，且只有一行观测值为数字“1”。...最后，我们将j中的1添加进去，代码与结果如下： mtcars[1, 1, 1] ?...结 果分析 从这样一段拆解当中，我们大致就可以明白为什么会出现这样的结果了，整体的运行思路就是：首先选出了第一行，而后在by中以一个变量名默认为NA的变量为基准，最后在j中生成了一个默认变量名为V1的变量
Series对象的apply方法是指对其中的每个元素进行映射。 pd.Series方法将变量area_split_series的中list元素转为Series。...第1个参数的数据类型是函数对象，是将抽出的行或者列作为Series对象，可以利用Series对象的方法做聚合运算。 第2 个参数为关键字参数axis，数据类型为整型，默认为0。...当axis=0时，会将DataFrame中的每一列抽出来做聚合运算，当axis=1时，会将DataFrame中的每一行抽出来做聚合运算。...image.png 上图表示的意思是在第1列中250个值不为空，第2列中87个值不为空，第3列中22个值不为空，第4列中9个值不为空，第5列中2个值不为空。...统计计数.png 5.得出结果 对上一步的DataFrame对象的每一行做求和的聚合运算，就完成本文的最终目标：统计area字段中每个国家出现的次数。
data.table) melb <- fread("datasets/melb_data.csv") 示例1 第一个示例是关于基于数据集中的现有列创建新列。...另一方面，data.table仅使用列名就足够了。 示例3 在数据分析中使用的一个非常常见的函数是groupby函数。它允许基于一些数值度量比较分类变量中的不同值。...这两个库都允许在一个操作中应用多个聚合。我们还可以按升序或降序对结果进行排序。...data.table中使用减号获得降序结果。 示例5 在最后一个示例中，我们将看到如何更改列名。例如，我们可以更改类型和距离列的名称。...inplace参数用于将结果保存在原始数据帧中。 对于data.table，我们使用setnames函数。它使用三个参数，分别是表名，要更改的列名和新列名。
1. pd.iterrows()函数 iterrows() 是在DataFrame中的行进行迭代的一个生成器，它返回每行的索引及一个包含行本身的对象。...在应用中，我们可以执行以下操作： Aggregation ：计算一些摘要统计- Transformation ：执行一些特定组的操作- Filtration：根据某些条件下丢弃数据 下面我们一一来看一看...分分割方法有多种 obj.groupby(‘key’)- obj.groupby([‘key1’,‘key2’])- obj.groupby(key,axis=1) 现在让我们看看如何将分组对象应用于DataFrame...Royals 4 2014 701 2.3 Aggregations（聚合）这个很重要 聚合函数返回每个组的单个聚合值。...DataFrame的数据表，然而agg()则每次只传入一列,从列的角度进行输出。
你还可以检查每部电影的索引，或者"moives_1": ? 或者"moives_2": ? 需要注意的是，这个方法在索引值不唯一的情况下不起作用。...该Series的nlargest()函数能够轻松地计算出Series中前3个最大值： ? 事实上我们在该Series中需要的是索引： ?...如果你不是对所有列都感兴趣，你也可以传递列名的切片： ? MultiIndexed Series重塑 Titanic数据集的Survived列由1和0组成，因此你可以对这一列计算总的存活率： ?...注意到，该数据类型为类别变量，该类别变量自动排好序了（有序的类别变量）。 Style a DataFrame 上一个技巧在你想要修改整个jupyter notebook中的显示会很有用。...我们可以通过链式调用函数来应用更多的格式化： ? 我们现在隐藏了索引，将Close列中的最小值高亮成红色，将Close列中的最大值高亮成浅绿色。 这里有另一个DataFrame格式化的例子： ?
选择多列 df[['Column1', 'Column2']] 使用方式： 通过列名选择DataFrame中的一列。 示例： 选择“Name”和“Age”列。...在机器学习和深度学习中经常会使用独热编码来将离散变量转换为多维向量，以便于算法处理。...示例： 将“Status”列的值映射为1和0。 df['Status'] = df['Status'].map({'Active': 1, 'Inactive': 0}) 33....使用groupby和transform在组内进行操作，并将结果广播到原始DataFrame。...')) 使用方式： 在使用merge时，处理两个DataFrame中相同列名的情况。
，可以在R中查看 covariates_file_name = paste(base.dir, "/data/Covariates.txt", sep="") # 读取协变量文件 covariates_file...= data.table::fread(covariates_file_name, header=T) # 读取协变量文件，可在R中查看 output_file_name = tempfile() #...将输出文件设置为临时文件 pvOutputThreshold = 1e-2 # 定义gene-SNP associations的显著性P值 errorCovariance = numeric() #...# 指定SNP文件的分隔符 snps$fileOmitCharacters = "NA" # 定义缺失值 snps$fileSkipRows = 1 # 跳过第一行（适用于第一行是列名的情况...） snps$fileSkipColumns = 1 # 跳过第一列（适用于第一列是SNP ID的情况 snps$fileSliceSize = 2000 # 每次读取2000条数据
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