在dplyr::anti_join()过程中，必须使用有效的下标向量对元素进行子集_gbm.step错误:错误:必须使用有效的下标向量对列进行子集_使用knnImpute时，preProcess()中的“错误:必须使用有效的下标向量对行进行子集” - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

(x) # 引号内的单个字母/数字/符号数量 length(x) #检测向量内的元素数 1.2 字符串拆分 str_split(x," ") #直接拆分后会变成list的子集 class(str_split...输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2中e结尾的字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换 x2 str_replace(x2,"o","A") #每个元素里面只替换第一次出现的目标字符...对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失图片图片 step2 把原来的行名转变为第一列图片 step3 宽变长：test、gene、count...ID的方法 ## (1)分步解法 a = colnames(y) b = x$file_name k = match(a,b);k # match(a,b)的意思是a里的每个元素在b的第几个位置上。...#是b的下标，可以给b取子集，也可以给与b对应的其他向量取子集。

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

，生成与向量元素相等的逻辑值向量，可以用来取子集 str_starts(x2,"T") ##检测是否以T开头 str_ends(x2,"e") ##检测是否以e结尾图片 5. str_replace...5,6,0,3) s=0 for (i in x){ s=s+i print(c(i,s)) } 图片 x <- c(5,6,0,3) s = 0 for (i in 1:length(x)){ ##i 的循环范围是向量元素的下标...list，使用下标循环，可以将每次循环的结果都保存到列表中 ## cbind 按列拼接 a = rnorm(10) b = 1:10 cbind(a,b) ##do.call() 函数是对列表 list...数据框的每一行求平均值 apply(test, 1, sum) ##对test数据框的每一行求和图片图片 ### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素（向量...full_join(test1,test2,by="name") ##取全集 semi_join(test1,test2,by="name") ##半连接，对左边表格取在右边表格住存在的子集 anti_join

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十二、R语言的综合应用

需要对列表取子集后，才能进行下一步计算，取子集代码是第二句，返回结果是向量，结果如下： [1] "The" "birch" "canoe" "slid" "on" "the...1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...# 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作 test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test #返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(...，取右边表中存在的子集 anti_join(test1,test2,by="name") ###反连接，左边表里在右边表里没有的会被留下来。...#是b的下标，可以给b取子集，也可以给与b对应的其他向量取子集。

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R语言基础提升与总结

test进行了一些操作，实际上的test还是只有5列！...==0) { print('0')} else if (i0,"+",ifelse(i<0,"-","0"))3.2 for循环语句3.2.1 对向量中的每一个元素进行循环对...x里的每一个元素i进行同一个操作for(i in x){ }x <- c(5,6,0,3)s=0for (i in x){ s=s+i print(c(i,s))}3.2.2 第二种循环方式：下标循环...——applyapply(X,MARGIN,FUN…)X：数据框/矩阵名称MARGIN：取值=1表示行；取值=2表示列FUN：具体函数对X的每一行/每一列进行FUN这个函数test<- iris[1:6,1...,test2,by="name")semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接，其实是对左边的数据框取子集7 一些顶呱呱的函数7.1 match()7.2 一些处理文件的函数dir

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

df1列名的向量取子集*输入df1$后按tab键可以输出待选的列名mean(df1$score) #对取出的向量可以进行运算坐标取子集df1[2,2] #取出(行数，列数)的单元格df1[2,] #取出第二行的所有内容...意义同向量列名或行名取子集df1[,"gene"] #取出列名为"gene"的单元格df1[,c('gene','change')] #取出列名为"gene"及"change"的单元格逻辑值取子集df1...，取出行为TRUE的且列数为1的df1$gene[df1$score > 0] #先取出列名为gene的向量，在给出一个一一对应的逻辑值向量数据框修改修改数据相当于定位取出数据后赋值，赋值需对应元素或向量...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...2倍的标准差，并写出用户使用该函数的代码。

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R语言函数

值，底数为2 exp(x)#计算向量x中每一个元素的指数 round(3.1415,digits=2)#保留2位小数，3.14 signif(3.1415,digits=2)#保留2位有效数字，3.1...%in% x %in% y #x的每个元素在y中存在吗 y %in% x #y的每个元素在x中存在吗 #取交集intersect会去重复，而%in%不会 6.向量筛选(取子集)——[] x <- 8:12...#x[x<-2]改为x[x< -2],注意区分赋值号和小于-2 ####修改向量中的某个/某些元素：取子集+赋值 x #改一个元素 x[4] <- 40#将x中的第4个值改为40 #改多个元素 x....lapply(list, FUN, …) —— 对列表/向量中的每个元素（向量）实施相同的操作 test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test#返回值是列表...=3)#在向量v第3个数值后面插入值4 v <- v[-c(1:3)]#删除前3个数 10.运算符号（向量元素个数不同时，循环补齐，长的向量元素个数必须是短的整数倍） x**y#幂运算 y%%x#求余

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

length()数的是向量里面有多少个元素； rm(list = ls()) if(!...相等的逻辑值向量； -（3）可以用来做“根据逻辑值提取x的子集”； str_detect(x2,"h") #判断x的每个字符串含不含有某个字母或者多个字母的组合； str_starts(x2,"T")...-（3）yes：逻辑值为TRUE时的返回值 -（4）no：逻辑值为FALSE时的返回值 -（5）支持单个的逻辑值，也支持多个逻辑值组成的向量 -（6）相当于对向量的每个元素逐个进行判断，然后对判断结果...如何挑出30个数里最大的五个 -（1）排序 -（2）取最后五个图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图...4. full_join 保留所有的，缺失的位置填充NA 5. semi_join 半连接，效果是取子集：以右边表格为参考对左边取子集 6. anti_join 保留左边表格在右边表格里没有的东西 test1

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生信学习-Day6-学习R包

") library(dplyr) 测试的数据框： test <- irisc(1:2,51:52,101:102), 在R语言中，这行代码是对数据集 iris 进行子集选择的操作。...在这个特定的例子中，向量 vars 包含了两个元素，它们都是字符串："Petal.Length" 和 "Petal.Width"。这两个字符串通常对应于数据框中的列名。...在dplyr包的filter()函数中使用时，它可以用于筛选数据框中匹配给定集合中任一值的行。这行代码的作用如下： filter(test, ...): 在test数据框中筛选行。...group_by(Species)：这一步将数据按照Species列的不同值进行分组，即将数据集分成多个子集，每个子集包含相同Species值的数据。...2.inner_join(test1, test2, by = "x")內连inner_join,取交集在R中，inner_join(test1, test2, by = "x") 是一个使用 dplyr

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DAY6-学习R包

") 加载 library和require 使用一个R包需先安装再加载 library(dplyr）dplyr五个基础函数mutate(),新增列——mutate(test, new = Sepal.Length...)选择字符向量中的列，select中不能直接使用字符向量筛选，需要使用one_of函数vars % —— 相当于将左边的作为右边函数的第一个参数，快捷键: ctrl+shift+M（不管用——改为Ctrl＋a） test %>% group_by(Species..., y = test2, by = 'x')反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join——anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')简单合并bind_rows

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R语言笔记-6

]] #该函数会形成一个列表 #str_split()可分割具有多个字符串的向量 strs = c("Joey doesn"t share foods !"...(str," ") 输出结果：图片数据框的处理-dplyr library(dplyr) head(iris,5) #将内部数据iris所有列按Sepal.Length列的数值从小到大排列 head...right_join(data1,data2,by="name") full_join(data1,data2,by="name") semi_join(data1,data2,by="name") anti_join...(data1,data2,by="name") 图片隐式循环 apply()函数：数据框、矩阵的隐式循环图片 MARGIN参数，1表示针对列，2表示针对行 FUN参数，可使用任何函数，包括自定义的函数...：列表的隐式循环图片 test = list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test #计算列表每一个元素的平均值 lapply(test,mean) #将上面结果通过矩阵的方式展示

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day6-白雪

#含有多个函数使用的代码以及方法R包的安装和加载镜像设置# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置> options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...，例如下次在进到rstudio的话，查看镜像，又不在了，怎么办呢说起来这个，就必须提到Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是.Renviron...，先读一下.Rprofile中的代码用file.edit('~/.Rprofile') #编辑.Rprofile之后在脚本编辑区输入设置镜像的代码保存，重启Rstudio即可安装（必须要联网）R包的安装命令...) #dplyr下载的是一个安装包，解压在输，要不报错示例数据直接使用内置数据集iris的简化版:test anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') #显示2表中x与1表不同的数据 x y1 a 12 c 33

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Day 6_学习R包- CG

CRAN:使用代码install.packages("包") 安装的包在bioconductor：使用代码BiocManager::install("包") 1.3 dplyr包安装和加载 install.packages...("dplyr")#镜像设置后使用代码 library(dplyr)#使用require()命令也可加载包 2. dplyr基础函数示例数据：内置数据iris简化版 test <- iris[c(1:...因此我想新增列只是一个操作，不会使变量test本身多一列，若想要对test数据框真实多一列，需重新对test进行赋值，具体如下： test <- mutate(test, new = Sepal.Length...virginica 20.79 #4 5.8 2.7 5.1 1.9 virginica 15.66 ##2.4 按某一列或某几列对整个表格进行排序...test1、test2中列名相同的列中相同的元素的行，合并到一个数据框（test1在左，test2在右）。

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R语言小专题

"-")}2)‼️重点函数：ifelse（）ifelse(x,yes,no)x:逻辑值或逻辑向量yes：逻辑值为true时的返回值no：逻辑值是false时的返回值 x = rnorm(3) x [1]...] 0 11[[4]][1] 3 14四、隐式循环1)apply(x,margin,function) 其中x代表数据框或矩阵，margin=1代表行；margin=2代表列；function表示对行或列采取的函数...4.9500000 3.3833333 1.4500000 0.2333333 2)对列表中的元素进行操作的 lapply（）test <- list(x = 36:33,y =...（由于lapply输出的格式也是列表不便于观看，因此可以使用sapply函数）sapply(test,mean) #输出形式是矩阵 x y z 34.5 33.5 28.5 五、数据框的链接...blood_type1 jimmy A2 nicker B3 Damon O6）anti_join( ) 反连接（输出前一个数据中除外共同列名的数据

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R语言︱数据集分组、筛选(plit – apply – combine模式、dplyr、data.table)

介绍一种按照日期范围——例如按照周、月、季度或者年——对其进行分组的超简便处理方式：R语言的cut()函数。...鉴于这个怪要求，先对CLIENT分组再对SELLERID分组就必须写成：orders[,c("SELLERID","CLIENT")]。如果按照正常的思维习惯写代码，结果将是错误的。...在base包里和split功能接近的函数有cut(对属性数据分划)，strsplit(对字符串分划)以及subset（对向量，矩阵或数据框按给定条件取子集）等。...")],function(x) sum(x)) 4、subset()函数利用subset()函数进行访问和选取数据框的数据更为灵活，subset函数将满足条件的向量、矩阵和数据框按子集的方式返回。...在使用data.table时候，需要预先布置一下环境： data<-data.table(data) 如果不布置环境，很多内容用不了。

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R语言第二章数据处理(9)数据合并

和dplyr包中的join函数进行数据框的合并，它们数据框合并的原理同样是数据框的合并原理是这样的：首先在A数据框某一指定列的每一行内容在B数据框表的指定列进逐行匹配，直到A中所有行匹配完为止。...包的join函数 dplyr包是plyr包的升级，join函数在dplyr包中是个系列函数。...join为系列函数，包括inner_join、left_join、semi_join和anti_join函数 dplyr包的join函数似乎没有plyr包的join函数的match参数，只能进行所谓的...结果, 行：显示x中所有能在y匹配到行,并对显示结果按匹配依据进行了排序; 列：显示x中的所有列。...,data2, c('city' = 'city')) anti_join函数结果, 行：显示x中所有未能在y中匹配到行, 并对显示结果按匹配依据进行了排序; 列：显示x中的所有列。

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R语言-专题

x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表，但是列表不能进行计算，对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split...identical(x1,x2) #判断两个变量是否一致1.下标循环的应用library(ggplot2)a = data.frame(a1 = rnorm(15), a2...10个数a= norm(100)tail(sort(a),10)2.列表的隐式循环—lapply输入数据是列表，输出数据也是列表### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素...（向量）实施相同的操作test <- list(x = 36:33,y = 32:35,z = 30:27);test#返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(试试方差var,分位数quantile...)lapply(test,mean)lapply(test,fivenum)3.列表的隐式循环—sapply返回值为矩阵或向量### 3.sapply 简化结果，返回矩阵或向量sapply(test,mean

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Day6 呦呦鹿鸣—学习R包

filter(test, Species == "setosa")starwars %>% filter(species == "Human")4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序...), sd(Sepal.Length))R中的管道操作符2：count统计某列的unique值count(test,Species)分类变量每个变量值的频数dplyr处理关系数据将2个表进行连接1.內连...inner_join,取交集inner_join(test1, test2, by = "x")满足两个条件：有相同变量名，相同变量名的列里有相同元素；2.左连left_join列表书写顺序决定了最终合成列表中列的顺序...,每列数值的类型必须相同；以"by"的列为标准，补齐列表，空值为"NA"4.半连接：返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join交集表中test1部分的列semi_join(x = test1,...y = test2, by = 'x')5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_jointest1中去除交叉部分的列表anti_join(x = test2, y = test1, by

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5R语言综合运用

length(x) 是 R 语言中的基本函数，用于计算一个对象（如向量、列表等）中元素的数量。...R语言中，select函数用于选择数据框中的列，可以使用列名或者向量来指定要选择的列。...，进行更加复杂的筛选操作。...### 2.lapply(list, FUN, …) # 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) ## [[1]] ## [1] -2.264267 ## ##...#是b的下标，可以给b取子集，也可以给与b对应的其他向量取子集。

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R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

数据选取与简单操作： which 返回一个向量中指定元素的索引 which.max 返回最大元素的索引 which.min 返回最小元素的索引 sample 随机在向量中抽取元素 subset 根据条件选取元素...rbind()按照横向的方向，或者说按行的方式将矩阵连接到一起 rbind/cbind对数据合并的要求比较严格：合并的变量名必须一致；数据等长；指标顺序必须一致。...相比来说，其他一些方法要好一些，有dplyr，sqldf中的union 5、sqldf包利用SQL语句来写，进行数据合并，适合数据库熟悉的人，可参考： R语言︱数据库SQL-R连接与SQL语句执行...rowSums函数对行求和，使用colSums函数对列求和。...函数（合并的数据，必须是data.frame），do.call可以用来批量执行。

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学习R包

="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") install.packages("dplyr")library(dplyr)dplyr五个基础函数1.mutate(),新增列...4.5 1.5## 101 6.0 2.5## 102 5.1 1.93.filter()筛选行==和%in%的区别给定两个向量...x和y，代码x == y将把x的第一个元素与y的第一个元素进行比较，然后将x的第二个元素与y的第二个元素进行比较在代码x％in％y中，将x的第一个元素与y中的所有元素进行比较，然后将x的第二个元素与y中的所有元素进行比较...1.4 versicolor## 4 6.4 3.2 4.5 1.5 versicolor4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序...z## 1 b A## 2 e B## 3 f C5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join根据x与y某个共同的交集，仅显示x中与y无交集的部分，不合并y项中除非交集外的其他部分anti_join

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