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Python在生物信息学中应用:字典中将键映射到多个值

我们想要一个能将键(key)映射到多个值字典(即所谓一键多值字典[multidict])。 解决方案 字典是一种关联容器,每个键都映射到一个单独。...如果想让键映射到多个值,需要将这多个值保存到另一个容器(列表、集合、字典等)中。..., defaultdict 会自动为将要访问键(即使目前字典中并不存在这样键)创建映射实体。...如果你并不需要这样特性,你可以一个普通字典使用 setdefault() 方法来代替。...因为每次调用都得创建一个新初始值实例(例子程序中空列表 [] )。 讨论 一般来说,构建一个多值映射字典是很容易。但是如果试着自己对第一个值做初始化操作,就会变得很杂乱。

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Hudi 基础知识详解

Hudi是一种针对分析型业务、扫描优化数据存储抽象,它能够使DFS数据集分钟级时延支持变更,也支持下游系统对这个数据集增量处理。...1.4 Hudi特性 Apache Hudi支持Hadoop兼容存储之上存储大量数据,不仅可以批处理,还可以在数据湖上进行处理。...Hudi采用多版本并发控制(MVCC),其中压缩操作合并日志和基本文件以生成新文件切片,而清理操作清除未使用/旧 文件切片以回收文件系统空间。...Hudi索引 Hudi 通过索引机制将给定 hoodie key(record key + 分区路径)映射到文件id,从而提供高效更新插入。...INMEMORY索引 Spark、Java程序、Flink内存中保存索引信息,Flink和Java默认使用当前索引 BUCKET索引 使用桶hash方式定位文件组,大数据量情况下效果较好。

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Hudi 基础知识详解

Hudi是一种针对分析型业务、扫描优化数据存储抽象,它能够使DFS数据集分钟级时延支持变更,也支持下游系统对这个数据集增量处理。...Hudi采用多版本并发控制(MVCC),其中压缩操作合并日志和基本文件以生成新文件切片,而清理操作清除未使用/旧文件切片以回收文件系统空间。...Hudi索引Hudi 通过索引机制将给定 hoodie key(record key + 分区路径)映射到文件id,从而提供高效更新插入。...GLOBAL_BLOOM索引与Boolm索引类似,但是作用范围是全局Simple索引针对从存储表中提取键对传入更新/删除记录执行精益联接。...INMEMORY索引Spark、Java程序、Flink内存中保存索引信息,Flink和Java默认使用当前索引BUCKET索引使用桶hash方式定位文件组,大数据量情况下效果较好。

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Flink 内部原理之编程模型

执行时,Flink程序被映射到由和转换算子组成流式数据(streaming dataflows)。每个数据从一个或多个source开始,并在一个或多个sink中结束。...并行数据Flink程序本质是分布式并发执行执行过程中,一个有一个或多个分区,每个算子有一个或多个算子子任务。...算子子任务之间相互独立,并且不同线程中执行,甚至有可能在不同机器或容器执行。 算子子任务数量是该特定算子并发数。并发数总是产生它算子并发数。...关于配置并发更多信息可以参阅并发执行文档。 4. 窗口 聚合事件(比如计数、求和)流上工作方式与批处理不同。比如,不可能对流中所有元素进行计数,因为通常是无限(无界)。...一个数据可以可以从一个检查点恢复出来,其中通过恢复算子状态并从检查点重放事件以保持一致性(一次处理语义) 检查点时间间隔是恢复时间(需要重放事件数量)消除执行过程中容错开销一种手段。

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2021年大数据Flink(九):Flink原理初探

、SubTask、Parallelism 1.Dataflow:Flink程序执行时候会被映射成一个数据模型 2.Operator:数据模型中每一个操作被称作Operator,Operator...注意: slot是静态概念,是指taskmanager具有的并发执行能力 parallelism是动态概念,是指程序运行时实际使用并发能力 Flink运行时组件 Flink运行时架构主要包括四个不同组件...JobManager 会把JobGraph转换成一个物理层面的数据图,这个图被叫做“执行图”(ExecutionGraph),包含了所有可以并发执行任务。...Flink执行图(ExecutionGraph) 由Flink程序直接映射数据图是StreamGraph,也被称为逻辑图,因为它们表示是计算逻辑高级视图。...--JobManager生成 物理执行图:将ExecutionGraph并行计划,落实到具体TaskManager,将具体SubTask落实到具体TaskSlot进行运行。

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Flink Table Store 典型应用场景

经测试,单机并发为 2,Checkpoint Interval 为 1min 配置下,46 min 写入 59.9 million 去哪量数据,平均写入性能为 1.3 million/min。...如果在生产环境下使用 20 个并发,可以一小时同步超过 6 亿条数据,非常可观。...Join 逻辑存在诸多问题,维表 Join 需要额外系统,但有时语义不满足,因为维表更新并不触发计算。而且维表 Join 具有一定随机性,会破坏完整 Changelog 定义。...以上能力将与 Flink 社区一起 1.17 版本中重点攻克。 第二,准确存储。存储本身能够产生完整 Changelog ,下游计算易用性才能真正得到提高。...Flink Table Store 本质Flink 时候,通过一定组织方式将数据通过文件方式放在 DFS ,类似于 RocksDB 分层分 level 文件组织方式。

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收藏|Flink比Spark好在哪?

使用bin/flink run命令发布任务时,本质是使用Flink自带调度,与普通Flink集群发布任务并没有不同。...当一个Flink程序被执行时候,它会被映射为Streaming Dataflow。...1.7 Flink目前存在一些问题 实时计算中有这么一个普遍逻辑:业务逻辑中以一个流式数据源与几个相关配置表进行join操作,而配置表并不是一成不变,会定期进行数据更新,可以看成一个缓慢变化...这种join环境存在以下几个尚未解决问题: 1.对元数据库读压力;如果分析程序有1000并发,是否需要读1000次; 2.读维表数据不能拖慢主数据throughput,每秒千万条数据量; 3.动态维表更新问题和一致性问题...对于2,并发上做local cache,只有第一次需要真正查询redis,后续定期异步更新就好,不会影响到主数据;对于5,因为现在不需要一下全量读取维表数据到内存,用到时候才去读,分摊了负载,也可以得到缓解

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计算 Oceanus】巧用 Flink 实现高性能 ClickHouse 实时数仓

Flink - 动态表映射模型(如下图,来自 Flink 官网文档),可以很好地应对频繁更新和删除等记录。...[Flink 映射] 由于开源版 Flink 应用开发、调优、监控、运维较为繁琐,腾讯云为了解决这些痛点,推出了 计算 Oceanus 产品。...为了支持频繁变更数据,可以将 Flink Retract Stream(回撤)、Upsert Stream(更新-插入流)等含有状态标记数据,写入到 ClickHouse CollapsingMergeTree...[Flink 回撤与 CollapsingMergeTree 映射] 考虑到 ClickHouse 擅长大批量写入特点,还需要对 Flink ClickHouse Sink 增加攒批写入支持,避免频繁写入造成性能下降问题...后来随着大家对实时性关注,离线数仓基础又演进出了 Lambda 实时数仓。为了解决 Lambda 数仓重复开发和运维繁杂等缺陷,Kappa 数仓也渐渐得到了采纳。

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pinterest使用 Apache Flink(近)实时地检测图像相似性

整个系统构建为 Apache Flink 工作高层次,一旦嵌入准备好,就会触发相似性计算。 Pinterest 媒体团队已通过 Kafka 提供通知。...通常嵌入几秒钟可用,并且管道使用-流连接来同步多个嵌入可用性。...考虑到问题规模(峰值时,每秒评估近 50 万个实例),模型服务使用较好优化,如 GPU 和微批处理以获得更好性能。 存储与服务 如果检测到重复图像,则需要更新底层存储以提供映射服务。...如上所述,我们存储中持久化了两种关系: 图像到簇头映射 簇头到簇成员列表 图像到簇头映射很简单,并且存储 RocksDB 本地变量中,它为我们提供了低延迟和线性可扩展性。...历史数据被转换为 Flink 工作流程可以理解模式,并保存在 AWS S3 目录中。 工作中添加了一个文件观察器操作符,以观察 S3 位置并将数据批量上传到存储系统中。

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State Processor API:如何读写和修改 Flink 应用程序状态

Flink 1.9 无论是在生产环境中运行 Apache Flink 还是调研 Apache Flink,总会遇到一个问题:如何读写以及更新 Flink Savepoint 中状态?...Flink 1.9 之前状态处理 几乎所有重要处理应用程序都是有状态,其中大多数都需要运行数月或者数年。...应用程序状态与数据集映射 State Processor API 可以将应用程序状态与一个或多个可以单独处理数据集进行映射。为了能够更好使用 API,你需要了解这个映射工作原理。...下图展示了 MyApp Savepoint 如何与数据库映射: 上图展示了 Src Operator State 值如何映射到一个具有一列五行,每一行代表 Src 所有并行任务中一个并行实例状态条目...算子 Proc Operator State os2 类似地也会映射到一个表

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计算Oceanus | 巧用Flink构建高性能ClickHouse实时数仓

Flink-动态表映射模型(如下图,来自Flink官网文档),可以很好地应对频繁更新和删除等记录。...Flink映射 由于开源版Flink应用开发、调优、监控、运维较为繁琐,腾讯云为了解决这些痛点,推出了计算Oceanus产品。...为了支持频繁变更数据,可以将FlinkRetract Stream(回撤)、Upsert Stream(更新-插入流)等含有状态标记数据,写入到ClickHouse CollapsingMergeTree...Flink回撤与CollapsingMergeTree映射 考虑到ClickHouse擅长大批量写入特点,还需要对Flink ClickHouse Sink增加攒批写入支持,避免频繁写入造成性能下降问题...后来随着大家对实时性关注,离线数仓基础又演进出了Lambda实时数仓。为了解决Lambda数仓重复开发和运维繁杂等缺陷,Kappa数仓也渐渐得到了采纳。

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Flink】【更新中】状态后端和checkpoint

状态管理 有状态计算是处理框架要实现重要功能,因为稍复杂处理场景都需要记录状态,然后新流入数据基础不断更新状态。...检查输入流是否符合某个特定模式,需要将之前流入元素以状态形式缓存下来。比如,判断一个温度传感器数据温度是否持续上升。...对一个时间窗口内数据进行聚合分析,分析一个小时某项指标的75分位或99分位数值。 双流Join场景。...Flink一个算子有多个子任务,每个子任务分布不同实例,我们可以把状态理解为某个算子子任务在其当前实例一个变量,变量记录了数据历史信息。当新数据流入时,我们可以结合历史信息来进行计算。...比如说,算子 A 并发读为 1,包含两个元素 element1 和 element2,当并发读增加为 2 时,element1 会被分到并发 0 ,element2 则会被分到并发 1

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State Processor API:如何读取,写入和修改 Flink 应用程序状态

过去无论是在生产中使用,还是调研 Apache Flink,总会遇到一个问题:如何访问和更新 Flink 保存点(savepoint)中保存 state?...Flink 1.9 之前状态处理现状 几乎所有复杂处理应用程序都是有状态,其中大多数都是设计为运行数月甚至数年。...每一个版本中,Flink 社区都添加了越来越多与状态相关特性,以提高检查点执行和恢复速度、改进应用程序维护和管理。 然而,Flink 用户经常会提出能够“从外部”访问应用程序状态需求。...将应用程序与数据集进行映射 状态处理器 API 将应用程序状态映射到一个或多个可以分别处理数据集。为了能够使用 API,您需要了解此映射工作方式。...总结 Flink 用户长时间以来都有从外部访问和修改应用程序状态需求,借助于状态处理器 API,Flink 为用户维护和管理应用程序打开了许多新可能性,包括应用程序任意演变以及应用程序状态导出和引导

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计算 Oceanus | 巧用 Flink 构建高性能 ClickHouse 实时数仓

Flink - 动态表映射模型(如下图,来自 Flink 官网文档),可以很好地应对频繁更新和删除等记录。...Flink 映射 由于开源版 Flink 应用开发、调优、监控、运维较为繁琐,腾讯云为了解决这些痛点,推出了 计算 Oceanus 产品。...为了支持频繁变更数据,可以将 Flink Retract Stream(回撤)、Upsert Stream(更新-插入流)等含有状态标记数据,写入到 ClickHouse CollapsingMergeTree...Flink 回撤与 CollapsingMergeTree 映射 考虑到 ClickHouse 擅长大批量写入特点,还需要对 Flink ClickHouse Sink 增加攒批写入支持,避免频繁写入造成性能下降问题...后来随着大家对实时性关注,离线数仓基础又演进出了 Lambda 实时数仓。为了解决 Lambda 数仓重复开发和运维繁杂等缺陷,Kappa 数仓也渐渐得到了采纳。

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实时数据系统设计:Kafka、Flink和Druid

首先,Flink处理规模化连续数据方面非常强大,具有统一批处理和处理引擎。...:00:00" } 如果需要将每个传感器ID与位置映射,并且温度需要以华氏度表示,Flink可以更新JSON结构为: {   "sensor_id": "SensorA",   "location": ...提供) 在这里,Flink一个优势是规模处理庞大Kafka — 达到每秒数百万事件 — 实时。...因此,需要通过连续数据监视和更新状态来识别偏差和异常复杂模式用例中,Flink可以监视和更新状态以识别偏差和异常。...例如,假设我们正在构建一个监视安全登录以寻找可疑行为应用程序。我们可能希望5分钟窗口内设置一个阈值:即更新并发出登录尝试状态。这对于Flink来说很容易。

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Flink新浪微博在线机器学习和实时数据分析

基于人们社交活动(例如,在世界范围消费,发布和共享新闻和更新),微博团队开发了一个社交网络,该社交网络可以将用户连接起来,并根据他们活动和兴趣将内容映射到人们。 ?...使用 Flink 独特抽象集及其统一 API,我们能够微博巩固我们机器学习管道。...我们通过使用 Apache Flink 计时器和状态来过滤,映射和执行多联接,从而将 Flink 用于管道示例生成服务。然后,我们将数据集合输入到样本池中,即样本元数据集合。...5 使用 Apache Flink 进行示例生成和多联接 如前所述,Apache Flink 微博机器学习平台样本生成和样本池服务中起着至关重要作用(如下图 7 所示)。...6 Flink 微博后续使用 如前几节所述,通过使用 Apache Flink,我们能够微博统一我们在线和离线机器学习管道。

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4个步骤让Flink应用程序达到生产状态

这篇文章阐述了 Flink 应用程序达到生产状态所必须配置步骤。以下部分中,我们概述了 Flink 作业达到生产状态之前技术领导、DevOps、工程师们需要仔细考虑重要配置参数。...明确定义 Flink 算子最大并发Flink KeyedState 是由 key group 进行组织,然后分发到 Flink 算子各个并发实例。...因为一旦设置了最大并发度,就无法以后更新。一个作业想要改变最大并发度,就只能从全新状态重新开始。目前还无法更改最大并发度后,从上一个成功检查点或保存点恢复。...算子 UUID 可以使 Flink 有效地将算子状态从保存点映射到恰当算子,这是保存点在 Flink 应用程序中正常工作一个基本要素。 3....上述4个步骤遵循社区设置最佳实践,允许 Flink 应用程序维护状态同时任意扩展,处理更大容量数据和状态大小,并增加可用性保证。

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Flink+Clickhouse广投集团实时数仓最佳实践

A要求快速响应时间,S需要满足高并发,T支持实时事务更新(传统数据库,一般交易场景对事务要求高)。...事实,Clickhouse亿数量级数据集基础聚合分析查询响应时间、吞吐和并发能力不亚于ES,并且随着数据量增大而扩大。...、事实数据更新、批量分析、实时响应、高并发查询为一体数据服务能力,解决了开篇问题4,这一点第三章已经详细论述; 4、采用“多join+实时维度读取”独创双保险模式,解决了多关联场景下数据项丢失和数据堵塞问题...分布式场景下,数据从kafka(多个partition分区)到Flink过程中,数据先后顺序会发生改变导致计算结果错误,解决数据乱序问题有两种方案:第一种是kafka设置单分区,第二种是Flink...事实与维度流进行左连接join时候,若维度中拿不到该维度数据则往hbase查询,即“多join+Hbase维度读取”双重保险方案。

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基于Apache Hudi CDC数据入湖

首先支持事务性写入,包括读写之间MVCC机制保证写不影响读,也可以控制事务及并发保证,对于并发写采用OCC乐观锁机制,对更新删除,内置一些索引及自定义保证更新、删除比较高效。...上游是入湖变化事件,对上可以支持各种各样数据引擎,比如presto、Spark以及云产品;另外可以利用Hudi增量拉取能力借助Spark、Hive、Flink构建派生表。...对于数据更新写入,尽量使用append,比如之前写了一个Log文件,更新时,会继续尝试往Log文件写入,对于HDFS这种支持append语义存储非常友好,而很多云对象存储不支持append语义,即数据写进去之后不可更改...表格式内容是文件Hudi是怎么存。首先定义了表根路径,然后写一些分区,和Hive文件分区组织是一样。...在有不同类型索引情况下可以以较低代价支持迟到更新、随机更新场景。 另外一个设计是并发控制。并发控制是0.8之后才引入

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