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Python在生物信息学应用:字节串上执行文本操作

如何在字节串(Byte String)上执行常见文本操作(例如,拆分、搜索和替换)。 解决方案 字节串支持大多数和文本字符串一样内置操作。...>>> re.split(b'[:,]',data) # Notice: pattern as bytes [b'FOO', b'BAR', b'SPAM'] >>> 讨论 大多数情况下,几乎所有能在文本字符串上执行操作都可以字节串上进行...另外,字节串并没有提供一个美观字符串表示,因此打印结果并不美观,除非首先将其解码字符串。....' >>> print(s.decode('ascii')) Hello World >>> 最后总结一下,通常来说,如果要同文本打交道,程序中使用普通文本字符串就好,不要使用字节串。...参考 《Python Cookbook》第三版 http://python3-cookbook.readthedocs.org/zh_CN/latest/

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五分钟入门Python自然语言处理(一)

NLTK是Python自然语言处理工具包,NLP领域中,最常使用一个Python库。 什么是NLP? 简单来说,自然语言处理(NLP)就是开发能够理解人类语言应用程序或服务。...下一步,将文本转换为tokens,像这样: ? 统计词频 text已经处理完毕了,现在使用Python NLTK统计token频率分布。 可以通过调用NLTKFreqDist()方法实现: ?...处理停用词 NLTK自带了许多种语言停用词列表,如果你获取英文停用词: ? 现在,修改下代码,绘图之前清除一些无效token: ? 最终代码应该是这样: ?...文本没有Tokenize之前是无法处理,所以对文本进行Tokenize非常重要。token化过程意味着将大部件分割小部件。...这是你可能会想,这也太简单了,不需要使用NLTKtokenizer都可以,直接使用正则表达式来拆分句子就行,因为每个句子都有标点和空格。 那么再来看下面的文本: ?

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Python NLP 入门教程

本文简要介绍Python自然语言处理(NLP),使用PythonNLTK库。NLTK是Python自然语言处理工具包,NLP领域中,最常使用一个Python库。 什么是NLP?...处理停用词 NLTK自带了许多种语言停用词列表,如果你获取英文停用词: 现在,修改下代码,绘图之前清除一些无效token: 最终代码应该是这样: 现在再做一次词频统计图,效果会比之前好些,...文本没有Tokenize之前是无法处理,所以对文本进行Tokenize非常重要。token化过程意味着将大部件分割小部件。...因为每个句子都有标点和空格。...在此NLP教程讨论所有步骤都只是文本预处理。以后文章,将会使用Python NLTK来实现文本分析。 我已经尽量使文章通俗易懂。希望能对你有所帮助。

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精品教学案例 | 基于TextRank新闻摘要(Python实现)

M[i][j] 初始化为 1/所有网页数量 我们例子,矩阵 M 被初始化为: 最后,矩阵元素将会根据算法不断迭代得到更新,从而得到页面排序 2.2 TextRank算法 大致了解PageRank...我们感兴趣是文章文本内容。可以将一些文本打印出来,看看它们是怎样。 df['article_text'][0] 现在我们有两个选择:每篇文档单独创建一篇摘要,或者所有文章创建一篇摘要。...我们也可以用词袋模型或者TF-IDF方法来句子构建特征向量,但是这些方法忽略了句子单词顺序,而且这样特征向量通常维数过高。...nltk.download('stopwords') from nltk.corpus import stopwords stop_words = stopwords.words('english') 我们先定义一个清除句子停用词方法...4.7 句子向量表示 我们先取出句子单词对应词向量,每个词向量维度是100维,将它们相加再取平均,得到向量就用来表示这个句子

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python内存管理与垃圾回收

内存管理与垃圾回收 内存管理 python官方文档-内存管理 我们python还是需要尽量避免手动管理内存,应该交给python自动管理。...标记-清除 我们来举个例子说明标记-清除原理。对于数值,字符串是不存在循环引用。循环引用只会出现在容器对象。...关于标记-清除更多信息参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/51095294 分代回收 对标记清除链表进行优化,将那些可能存在引用对象拆分到3个链表,链表称为:0/1.../2三代,每代都可以存储对象和阈值,当达到阈值时,就会对相应链表每个对象做一次扫描,除循环引用各自减1并且销毁引用计数器0对象。...引用计数器0时,不会真正销毁对象,而是将他放到一个名为 free_list 链表,之后会再创建对象时不会在重新开辟内存,而是free_list中将之前对象来并重置内部值来使用。

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6个实例,8段代码,详解Pythonfor循环

你可以通过print语句后面添加逗号“,”将输出限制同一行显示(如果指定打印字符很多,则会“换行”),代码如下所示: 当你希望通过一行而不是多行显示文本内容时,可以使用上述形式代码。...它输出如下所示: 04 for循环中使用split()函数 Python 支持各种便捷字符串操作相关函数,包括split()函数和join()函数。...需要将一行文本分词化(即“分割”)单词,然后使用for循环遍历这些单词时,split()函数非常有用。 join()函数与split()函数相反,它将两个或多个单词“连接”一行。...通过使用split()函数,你可以轻松地删除句子多余空格,然后调用join()函数,使文本每个单词之间只有一个空格。 1....每个环中当wordCount是偶数时候就输出一次换行,这样每打印两个连续单词之后就换行。清单5 输出如下所示: 3.

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Python NLP入门教程

目录[-] 本文简要介绍Python自然语言处理(NLP),使用PythonNLTK库。NLTK是Python自然语言处理工具包,NLP领域中,最常使用一个Python库。...,修改下代码,绘图之前清除一些无效token: clean_tokens = list() sr = stopwords.words('english') for token in tokens:...文本没有Tokenize之前是无法处理,所以对文本进行Tokenize非常重要。token化过程意味着将大部件分割小部件。...这是你可能会想,这也太简单了,不需要使用NLTKtokenizer都可以,直接使用正则表达式来拆分句子就行,因为每个句子都有标点和空格。 那么再来看下面的文本: Hello Mr....在此NLP教程讨论所有步骤都只是文本预处理。以后文章,将会使用Python NLTK来实现文本分析。 我已经尽量使文章通俗易懂。希望能对你有所帮助。

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Python NLP入门教程

本文简要介绍Python自然语言处理(NLP),使用PythonNLTK库。NLTK是Python自然语言处理工具包,NLP领域中,最常使用一个Python库。 什么是NLP?...,修改下代码,绘图之前清除一些无效token: clean_tokens = list() sr = stopwords.words('english') for token in tokens:...文本没有Tokenize之前是无法处理,所以对文本进行Tokenize非常重要。token化过程意味着将大部件分割小部件。...这是你可能会想,这也太简单了,不需要使用NLTKtokenizer都可以,直接使用正则表达式来拆分句子就行,因为每个句子都有标点和空格。 那么再来看下面的文本: Hello Mr....在此NLP教程讨论所有步骤都只是文本预处理。以后文章,将会使用Python NLTK来实现文本分析。 我已经尽量使文章通俗易懂。希望能对你有所帮助。 END.

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GPT-2生成《神奇宝贝》动漫台词

爬虫位于crawler_bulbapedia.py文件上,运行时将创建一个名为data / pokeCorpusBulba文件夹,它将每个情节存储单独文本文件。 尚未准备好将数据提供给模型。...另一个名为prepare_corpus.py脚本将清除文本并将它们全部合并到一个名为train.txt文件,准备与GPT-2一起使用。...基本上,语言模型会尝试从句子预测下一个单词,可以继续从模型获取预测以生成新文本,将最后预测作为新输入来获取越来越多单词。...Internet上该模型提供推论并不是一件容易事,因为文本生成非常占用内存。 基本上,服务器结构会回答指向端口5000GET请求。...Gabriela Melo图表 WSGI协议目的是使用Python编写Web应用程序创建通用接口。

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关于“Python核心知识点整理大全6

例如,游戏中,可能需要 将每个界面元素平移相同距离;对于包含数字列表,可能需要对每个元素执行相同统计运 算;在网站,可能需要显示文章列表每个标题。...使用单数和复数式名称, 可帮助你判断代码段处理是单个列表元素还是整个列表。 4.1.2 for 循环中执行更多操作 for循环中,可对每个元素执行任何操作。...for循环中,想包含多少行代码都可以。代码行for magician in magicians后面,每个 缩进代码行都是循环一部分,且将针对列表每个值都执行一次。...for循环中,想包含多少行代码都可以。实际上,你会发现使用for循环对每个元素执行众 多不同操作很有用。 4.1.3 for 循环结束后执行一些操作 for循环结束后再怎么做呢?...例如,你可能使用for 环来初始化游戏——遍历角色列表,将每个角色都显示到屏幕上;再在循环后面添加一个不缩进 代码块,屏幕上绘制所有角色后显示一个Play Now按钮。

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异步,同步,阻塞,非阻塞程序实现

线程同步调用下,也能非阻塞(同步轮非阻塞函数状态),异步下,也能阻塞(调用一个阻塞函数,然后函数调用回调,虽然没有什么意义)。 下面,我会慢慢实现一个异步非阻塞sleep。...最后利用Python特性,将callback调用方式改为yield伪同步调用。...tasks.append([gen2,timer2]) while tasks: for task in tasks: try: next(task[1]) # 不断每个生成器关连...上面的代码一个while循环中timer状态。由于timer存在于wait。所以需要把timer“提取”出来。...由于my_sleep新线程执行,所以它不会阻塞住主线程。 my_sleep结束时,调用回调函数。使得任务继续进行。 也就是说,每个要处理阻塞地方,都人为把函数切成三个部分: 1.

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Transformer模型训练教程02

使用PythonNLTK或SpaCy等库,可以进行文本tokenize。然后过滤语料,移除过长和过短句子。随后构建词表,一般限制词表大小5万以内,对生僻词使用"UNK"表示。...将文本转化为词表索引序列,统一句子长度固定值,短句后补PAD,长句截断。为了训练,我们生成输入序列和目标序列,输入SHIFT右移一个位置。这样就得到了Transformer训练样本。...二、环境配置Transformer依赖较新深度学习框架,这里我们使用TensorFlow 2.x版本。可以GPU服务器或笔记本上安装,也可以使用云服务GPU资源。...前馈网络通常是两个Dense层堆叠。最后用Add和LayerNormalization连接起来。模型编译时,需要准备Mask遮蔽和位置编码层。还要定义自定义训练损失稀疏分类交叉熵。...训练循环中,从tf.data队列按批次读取数据,采用teacher forcing方式。将模型输出与目标计算交叉熵损失。

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Python NLP快速入门教程

NLTK是Python自然语言处理工具包,NLP领域中,最常使用一个Python库。 什么是NLP? 简单来说,自然语言处理(NLP)就是开发能够理解人类语言应用程序或服务。...,修改下代码,绘图之前清除一些无效token: 1clean_tokens = list() 2sr = stopwords.words('english') 3for token in tokens...文本没有Tokenize之前是无法处理,所以对文本进行Tokenize非常重要。token化过程意味着将大部件分割小部件。...这是你可能会想,这也太简单了,不需要使用NLTKtokenizer都可以,直接使用正则表达式来拆分句子就行,因为每个句子都有标点和空格。 那么再来看下面的文本: 1Hello Mr....在此NLP教程讨论所有步骤都只是文本预处理。以后文章,将会使用Python NLTK来实现文本分析。 完毕。 ----

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独家 | 基于TextRank算法文本摘要(附Python代码)

本文介绍TextRank算法及其多篇单领域文本数据抽取句子组成摘要应用。...本文介绍了抽取型文本摘要算法TextRank,并使用Python实现TextRank算法多篇单领域文本数据抽取句子组成摘要应用。...通过本文,我们将探索文本摘要领域,将了解TextRank算法原理,并将在Python实现该算法。上车,这将是一段有趣旅程!...如果一个页面是悬空页面,那么假设它链接到其他页面的概率等可能,因此M[i][j]初始化为1/页面总数 因此本例,矩阵M初始化后如下: 最后,这个矩阵值将以迭代方式更新,以获得网页排名...我们首先获取每个句子所有组成词向量(从GloVe词向量文件获取,每个向量大小100个元素),然后取这些向量平均值,得出这个句子合并向量这个句子特征向量。 8.

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基于 Python 自动文本提取:抽象法和生成法比较

TextRank工作原理如下: 预处理文本:删除停止词并补足剩余单词。 创建把句子作为顶点图。 通过边缘将每个句子连接到每个其他句子。边缘重量是两个句子相似程度。...PyTeaser PyTeaser是Scala项目TextTeaserPython实现,它是一种用于提取文本摘要启发式方法。 TextTeaser将分数与每个句子相关联。...除了文章摘要,PyTextRank还从文章中提取了有意义关键短语。PyTextRank分四个阶段工作,每个阶段将输出提供给下一个: 第一阶段,对文档每个句子执行词性标注和词形还原。...第二阶段,关键短语与其计数一起被提取,并被标准化。 通过近似句子和关键短语之间jaccard距离来计算每个句子分数。 根据最重要句子和关键短语总结文档。...然后,我们通过其最大引用计数剪切每个模型词/短语总计数,模型转换/摘要添加每个单词剪切计数,并将总和除以模型转换/摘要单词/短语总数。

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