igraph 包在图与网络分析中的应用 igraph 包是一个非常强大的包，它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向图及有向图(图的顶点和边允许百万以上），并解决了经典图论问题，如最小生成树、最大网络流量、...,"in"),weights=NULL) 其中，graph、weight 意义同上，v为该图的顶点(V(graph) 即为求图的顶点)，mode 为字符变量，当其为"all" 时，忽略图形边的方向，即将图作为无向图...(默认) 来计算最短路程；当其为"out" 时，考虑各个边的方向；当其为"in" 时，考虑各个边的方向，但此时将各边的方向倒置。...因此，mode 取"all" 时，所得的最短路矩阵为对称的，取"out" 和"in" 时，所得的两个矩阵互为转置矩阵。...该图中任意两顶点之间的最短路程(考虑方向)。 ? 解：这三个问题是图论中的典型问题。首先，应该在R中构造该图，然后分别调用相关命令即可。
其中，aes() 用于将数据中的变量映射为对象的视觉属性； 可选的元素，如标尺、标题、标签、图例和主题等。 我们可以使用 geom_sf() 函数和一个简单特征对象（ sf 类）来创建地图。...更多设置 在 ggplot() 中，离散变量的默认色标是 scale_*_hue() ，这里 * 表示颜色（为点和线等特征着色）或填充（为多边形或柱状图着色）； scale_*_grey() 用来改变灰色颜色的默认比例...如果你是可视化的 R 小白，推荐你看一下庄小编的 ggplot 可视化教程，课件如下：R分享｜自制112页可视化课件。在公众号回复：可视化文稿 即可免费获得，对应的视频教程见b站。...它通过 HTML widgets 框架完全在本地上运行，把结果上传到 plotly 账户，可以查看交互图及相应的数据，并进行修改。...R可视乎｜棒棒糖图 R可视乎｜合并多幅图形 R可视乎|等高线图 R可视乎|气泡图
而sf对象将这种控件数据格式件进行了更加整齐的布局，使用st_read（）导入的空间数据对象完全是一个整齐的数据框，拥有整齐的行列，这些行列中包含着数据描述和几何多边形的边界点信息。...然后如果是第一种sp格式的话，在制作ggplot2地图过程中，我们需要分离描述层和几何映射层，并为两者指定连接的id（主键）,如果算上你要将自己的业务数据和描述层数据合并这一动作的话，那么总共我们需要合并两次数据...("CHN_adm1.shp") Warning message: use rgdal::readOGR or sf::st_read 当我使用sp包导入shp数据集时，R提示以上warning，也就意味着这种传统的方式在不久的将来就会被遗弃...关于json素材的导入，我在之前讲leaflet数据地图素材时已经讲过这几种情况，这里不再赘述。...R语言中可以制作数据地图的包有很多（我长用到的）： #需要自己准备数据地图素材： map() ggplot(china_map1)+geom_line() #只能做轮廓图 ggplot(china_map1
本文主要描述此包的基本功能，其在R语言诸多扩展生态系统中的地位，以及在连接R语言与其他空间计算系统中的潜在价值。 "Simple features" 究竟是什么？...在使用ggplot2绘图时，先利用fortify函数将sp对象转化成数据框（该数据框里存放着每一个多边形构成点的信息），以此来尝试“简化”多边形对象，这样既不优雅，也不高效。...图1: 左图:带有两个属性的sf对象的默认图;右图:带有颜色键、坐标轴和经纬度的单个属性的绘图。 图2: 使用ggplot2::geom_sf生成的图，现在弯曲的经纬网遵循固定比例的的经纬度线。...(data = nc2, aes(fill = SID)) + facet_wrap( ~ VAR, ncol = 1) 图3：sf依赖的其他R语言工具包及外部扩展系统 ?...在撰写本文时，我们只能说，这是一个高度活跃、探索和发展中的领域，我们很乐意向感兴趣的读者指出，这一讨论的中大家关注的主流趋势在向何处发展。
之前在学习ggplot2中的geom_polygon()图层制作地图图形时，从来没有苦恼过投影的问题，因为coord_map()中直接给出投影转换的参数，如果要制作基于国家的地图，直接赋值为polyconic...需要花大把的时间导入这些数据模型，并从模型中抽取出geom_polygon所支持的点、线、多边形数据，才能按照ggplot2所规范的可视化语法进行制图。...R语言中支持GIS数据模型的包一共有两个：sp包和sf包，在旧版的ggplot2中，geom_polygon高度依赖从sp导入的数据对象（虽然也可以从sf中获取）。...它的最大优势是我们直接导入的数据模型不需要做清洗转换了（因为geom_sf函数可以自动识别），不需要声明经纬度和group了，仅需指定我们想要自定义美学映射即可，其他的都交给geom_sf处理吧。...由于投影后的投影坐标系已经被投影算法转换，所以在使用geom_text等图层函数时，务必要使用与几何对象投影一致的经纬度点，这里使用sf中的点中心计算函数最为快捷。
之前的ggplot2入门实践篇已经更新告一段落，也已经做了归总分类分享给大家。 最近翻看突然发现少了一个知识点，就是分面中没有讲填充多边形分面的应用，虽然其理念跟其他的常用图表类型一致。...数据地图多图层对象的颜色标度重叠问题解决方案 ggplot2中如何自定义数据地图版面范围~ 关于数据地图的几个遗留问题解决方案 R语言数据地图——美国地图 R语言数据地图——全球填色地图...——地图填充与散点图图层叠加 R语言可视化——多图层叠加（离散颜色填充与气泡图综合运用） R语言可视化——地图与气泡图结合应用 用R语言复盘美国总统大选结果~ R语言可视化——ggplot...绘制中心密度辐射图 R语言可视化——中心放射状路径图 你绝对想不到，数据地图还能这么玩~ 玩转数据地图系列之——地图上的迷你条形图 一个小案例，教你如何从数据抓取、数据清洗到数据可视化...考虑到如果使用传统的数据源格式（geom_polygeon制作填充图要求将指标数据与地理分界点数据合并，因为地理分界点数据有9万个，12个年份数据表宽转长之后会暴增到120万+，肯定会拖慢内存，所以今天使用
一个震撼的交互型3D可视化R包 - rayshader 作者：张虎 协和 编辑：陈同 生信宝典 ? 虽然3D的plot见得比较多了，但是看见这样的R包，我的心还是砰了一下，这个简直不能再好看了！...敲黑板，这个R包超简单！！！对于刚学习R语言的同学们来说，会被圈粉哒！ 该包的主要功能就是将ggplot2画出来的2D图像变为3D图像，不说废话，直接上代码。...gg_nc = ggplot(nc) + # 加载North Carolina地图 geom_sf(aes(fill = AREA)) + # 绘制地理数据模型，sf对象，全称Simple feature...#该数据是我们常见的R中的模拟数据 head(mtcars) mtcars_gg = ggplot(mtcars) + geom_point(aes(x=mpg,color=cyl,y=disp)...该网站包含所有`rayhader`功能的文档和示例，可以在`Github`页面上找到实际的存储库。就让你静静的看我有多美！ ? ? 想把其它图也用3D展示，可以拿下面的ggplot2系列绘图做例子。
其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观，逐渐成为R中数据可视化的主流选择。...；第二种是应用一个坐标变换。...(drv ~ cyl) # 同时根据drv纵向、cyl横向分面 5.1.2 使用facet_wrap()分面 使用facet_wrap()时，各子图将像纸上的文字一样被依次横向排布并换行。...facet_wrap( ~ class) # class为变量 facet_wrap()默认使用相等数量的行和列，比如说分面为4时，行与列为2x2；分面为5时，为3x3。...，而fill参数控制的是多边形的填充色。
❝本节来详细介绍如何使用R语言来构建地理投影系统绘制世界地图，细节挺多的小编做了详细的注释；结果仅供参考❞ 加载R包 library(tidyverse) library(sf) library(camcorder...（即前面定义的 crs_wintri）中。...该函数接受两个参数：tomato_world：这是一个地理空间数据框架，包含了某些地理空间数据（例如地图上的点、线或多边形）。 crs参数，用来指定目标投影系统。...在这里，我们将 tomato_world 中的数据转换到了 crs_wintri 指定的投影系统中。...由于每一组经度值都有 181 个，因此实际上会在经度为 180、-180 和 180 的位置绘制经纬线。通过这些纬度和经度值，可以在地图上绘制经纬线。
继上次使用tmap包制作含有指北针(compass)和比例尺(scale bar)以及南海小地图的添加，详细内容分别见如下两篇文章：R-tmap 绘制带指北针和比例尺的空间地图和 R-tmap+grid...，操作也十分方便，顺便提一下，现在大部分用于可视化空间数据的R包都是支持sf文件格式的哦。...可视化展示 如果只是出图，那代码就非常简便： china_province <- ggplot() + geom_sf(data = china_pro) + geom_sf...由于其投影精度高，变形小，而且计算简便（各投影带坐标一致，只要算出一个带的数据，其他各带都能应用），因此在大比例尺地形图中应用，可以满足军事上各种需要，并能在图上进行精确的量测计算(来源于百度)。...这里注意下图中指北针的方向(图中圆圈标出)，这是因为我们在添加指北针的语句：annotation_north_arrow() 设置了which_north = "true" ，如果不设置，就会和第一幅图一样
近年来已经广泛应用于空间流行病学领域。 由于笔者水平有限，关于理论部分，可前往link，针对数学公式及理论部分，这里不赘述，简化数学公式，强调如何应用，及在R语言里面如何实现。...可以利用变异函数（variogram ）图来评估残差中的空间（或时间）是否相互性。判断空间独立性有一下两点。 1.对于随机数据，几乎没有自动相关性，因此distance非常小，我们可以快速到达顶端。...为什么要产生Mesh格点，NLA在计算上很有效，因为它使用SPDE（随机偏微分方程）来估计数据的空间自相关。...cutoff 点之间允许的最小距离。 这允许将非常靠近的点放置在同一三角形中。 特别需要注意的是，我们不希望三角形的角度非常锐化，因为三角形在投影时效果会较差。...2.4 Stack data 在2.1中，我们告知R-INLA我们在网格的哪些顶点具有采样位置，这给了我们投影仪矩阵A.test。 在第2.2节中，我们定义了SPDE模型。
ggplot2在画图时就是采用了类似photoshop的图层设计方式，允许用户一步步构建图形，并且便于图层的修改。...p中 (2)几何对象 基本图层确定了数据源和映射后，通过加号(+)就可以不断地添加新图层.第二图层添加几何对象类的函数，在图中绘制图形元素其他类型的图形，如直方图、箱线图等。...如点、线、多边形等，还可以用来绘制. ? 上面函数内部的基本参数都是一样的。...:position用于这一层图形的位置调整，常用于条形图(bar)和直方图，取值为“identity”时表示直接显示，" dodge”为按分类变量并列放置，" stack”为堆叠放置，"fill”显示相对比例...R绘制好的图可以保存成多种格式，对应的生成函数名即它的扩展名。
[toc] 在R中根据shapefile进行点的抠取 当我们有一个图层文件时候，然后再放些采样点在该图层上，发现，某些采样点落在地图的外面，如下图所示。...如果用Arcgis操作，很容易把外围的点抹去，保留图层内的点，那么如果在R里面，实现该操作呢。 image.png 本篇文章，主要介绍在R中实现根据shp文件进行地图点的抠取。...数据准备 首先我们利用广西，云南为案例，随机生成一些散在的点。...#### 根据shp文件进行抠图 library(rgdal) spg = df_point # 1)point change to SpatialPixelsDataFrame coordinates...= raster(shape, res=0.05) shape_r = rasterize(shape, r, "val") plot(shape_r) plot(shape,add=T) 参考
这是一篇关于关于空间地理信息数据可视化与simple feature 模型应用的笔记小结。...之前关于simple feature地理信息数据模型的分享已经有两篇了，这里会继续分享simple feature模型在构建 Point/MutiPoint、LineString/MutiString、...Polygon/MutiPolygons的应用其实就是数据地图模型的新拓展，在R语言的ggplot2中使用geom_polygon图层函数制作数据地图，需要使用基于sp包的 SpatialPolygonsDataFrame...系列12——空间数据可视化与数据地图 基于R语言sf包simple feature案例应用： devtools::install_github("tidyverse/ggplot2") #如果提示无geom_sf...点图(point)： province_city <- data.table::fread("D:/R/rstudy/Province/chinaprovincecity.csv") cities
简介 今天给大家介绍的内容是用 R 语言绘制包含十段线[1]的地图，并且可以根据数据实现对各省份的填色。 现在很多发表的文章中的地图图形都存在问题。很多都是不规范的，并没有包含十段线。...本文将利用 R 语言对标准的中国地图进行绘制。 本文参考了两篇推文：1[2]、2[3]，并对它们进行了归总，提供了更简洁的可执行代码。...本文的所有代码以及数据可以在公众号后台回复 [中国地图绘制] 免费获得。如果需要往期部分推文代码，可去小编的 Github 获得（文末直达）。...(data = CHINA,fill='NA', size=0.5) + geom_sf(data = nine_lines,color='black',size=0.5)+ ##去掉主图的部分区域...(China,colour,by= "QUHUADAIMA") 在绘制全局地图的命令中添加scale_fill_manual()函数给地图填色，配色方案可以参考： fig1 <- ggplot()
由于基础图表绘制系列推文还在加紧准备中，所以这期推文还是对一些感兴趣的图表进行绘制，这期涉及空间图表绘制，主要涉及知识点如下： ggplot2 + sf 中国标准地图绘制 cowplot 包实现地图子图插入...ggplot2 + sf 中国标准地图绘制 本期的绘图我们是按照如下图表进行绘制的(该图来自朋友公号)： 其实我很早就想试着用R进行此类图表的绘制了，但由于强大的Arcgis和绘图进度等原因，导致迟迟没有进行...(scatter_df,coords = c("lon", "lat"),crs = 4326) 结果如下： 注意红色框中的内容 接下来将数据在地图中显示，具体代码如下： ggplot() +...(虽然这样也可以) (2) 图例只是默认的，没有进行定制化操作，影响美观 cowplot包子图添加 cowplot包可是实现对绘图结果的任意组合，很适合绘制地图子图的绘制，这里直接给出绘图代码，如下：...xlim和ylim的设置，具体值都是在 +proj=laea +lat_0=40 +lon_0=104 投影坐标系下的值，而常规坐标转不同坐标下的操作也很简单，可使用st_transform进行操作。
当我们看到很多优美的绘图时，你是否会有据为己有的冲动？我反正是有的。那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。...） geom_polygon 多边形 geom_quantile 一组分位数线（来自分位数回归） geom_rect 二维的长方形 geom_ribbon 彩虹图（在连续的x值上表示y的范围，例如Tufte...著名的拿破仑远征图） geom_rug 触须 geom_segment 线段 geom_smooth 平滑的条件均值 geom_step 阶梯图 geom_text 文本 geom_tile 瓦片（即一个个的小长方形或多边形...coord_map 地图投影 coord_polar 极坐标投影 coord_trans 变换笛卡儿坐标 分面函数 描述 facet_grid 将分面放置在二维网格中 facet_wrap 将一维的分面按二维排列...，因为它负责图形渲染的类型。
由于基础图表绘制系列推文还在加紧准备中，所以这期推文还是对一些感兴趣的图表进行绘制，这期涉及空间图表绘制，主要涉及知识点如下： ggplot2 + sf 中国标准地图绘制 cowplot 包实现地图子图插入...ggplot2 + sf 中国标准地图绘制 本期的绘图我们是按照如下图表进行绘制的(该图来自朋友公号)： ?...其实我很早就想试着用R进行此类图表的绘制了，但由于强大的Arcgis和绘图进度等原因，导致迟迟没有进行，这期就进行此类图表的绘制。注：图中散点的经纬度信息已从朋友那获知，但涉及具体数据则是虚构的。...注意红色框中的内容 接下来将数据在地图中显示，具体代码如下： ggplot() + geom_sf(data = china,fill="NA",size=.5,color="black") +...这里还存在如下问题： (1) 尽量将南海部分放置在右下角(虽然这样也可以) (2) 图例只是默认的，没有进行定制化操作，影响美观 cowplot包子图添加 cowplot包可是实现对绘图结果的任意组合，
以前我一直觉得Python的绘图工具与R语言ggplot2比起来，不够优雅，这也是我一直坚定的选择使用R+ggplot2深入的学习数据可视化的原因，ggplot2在坐标系的整合与兼容性和扩展性上确实技高一筹...今天要讲解的主角是R语言中的sf包和Python中的geopandas库。...---- 为什么今天把geopandas和R语言空间数据可视化写在一起，因为他们很巧合的用到了相同的地理信息处理技术，无论是数据源的支持上、还是空间数据的结构存储还是投影设置上都是如此。...巧合的是，python中的geopandas用了同样的 技术来简化空间数据可视化的复杂度，其核心理念也是通过压缩单个地理多边形为一个Simple Features，使得所有的地理多边形与其属性信息严格对齐...最后让我们再次看一下R语言中的sf数据对象和Pyhton中的geodatafame对象的对比。 ?
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