首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

在ggplot geom_boxplot中如何基于人工阈值去除孤立点

在ggplot的geom_boxplot中,可以通过设置人工阈值来去除孤立点。具体步骤如下:

  1. 首先,确保已经安装了ggplot2包,并加载该包:library(ggplot2)
  2. 创建一个数据集,包含需要绘制箱线图的变量。
  3. 使用ggplot函数创建一个基础图层,并指定数据集和x轴变量。
  4. 添加geom_boxplot图层,用于绘制箱线图。
  5. 使用scale_y_continuous函数设置y轴的范围,以便更好地观察箱线图。
  6. 使用geom_point函数添加一个新的图层,用于绘制孤立点。
  7. 使用filter函数根据人工阈值筛选出孤立点,并将其从图中移除。

下面是一个示例代码:

代码语言:txt
复制
library(ggplot2)

# 创建数据集
data <- data.frame(group = rep(c("A", "B", "C"), each = 20),
                   value = c(rnorm(20), rnorm(20, mean = 2), rnorm(20, mean = 4)))

# 创建基础图层
p <- ggplot(data, aes(x = group, y = value))

# 添加geom_boxplot图层
p <- p + geom_boxplot()

# 设置y轴范围
p <- p + scale_y_continuous(limits = c(-5, 10))

# 添加孤立点图层
p <- p + geom_point()

# 根据人工阈值筛选孤立点并移除
threshold <- 8
p <- p + geom_point(data = filter(data, value > threshold), color = "red", size = 3)

# 显示图形
print(p)

在上述代码中,我们首先创建了一个包含分组变量和值变量的数据集。然后,使用ggplot函数创建了一个基础图层,并指定了数据集和x轴变量。接下来,添加了geom_boxplot图层来绘制箱线图。使用scale_y_continuous函数设置了y轴的范围,以便更好地观察箱线图。然后,使用geom_point函数添加了一个新的图层,用于绘制孤立点。最后,使用filter函数根据人工阈值筛选出孤立点,并将其以红色标记在图中。

请注意,这只是一个示例代码,实际应用中,人工阈值的选择应根据具体情况进行调整。另外,腾讯云相关产品和产品介绍链接地址可以根据实际需求进行选择和提供。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R tips:ggtext的geom_richtext图层的格式调整和使用

geom_text风格需要调整三个地方:label边框去除、label底色去除、文本颜色调整。 这三个参数分别由label.colour、 fill、color控制。...fill、color还可以映射变量,和普通的ggplot2的geom_label类似,如果需要可以aes函数定义它。但是如果是映射的常量,则需要在aes函数外定义。...至于上面的例子特地提到换行和空格,是因为他们配合R的无穷量Inf,可以实现一个相对优雅的固定排版布局。...比如我们想实现一个label右上角的布局,那么就可以设置x和y均是Inf,则label会出现在x和y的最大值处,图中也就是右上角的位置,再通过hjust和vjust控制此label的中心,即可实现注释文本永远在右上角对齐的效果...iris %>% ggplot(aes(x = Species, y = Sepal.Width, color = Species)) + geom_boxplot() ?

1.3K50
  • 十一、画图(ggplot2、ggpubr)及图片保存

    dat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T) ###a/b/c/d/e,5个字母随机重复选取150个值,进行作图 ggplot(data...统计变换使用场景 场景1: 使用表数据直接做图,而不统计。...fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_point() ###出现的都集中中间,需要换函数 ggplot(data = iris...### 去除图片的背景颜色,不去格子 theme_minimal() ### 去除图片背景颜色和一圈的格子 theme(legend.position = "bottom") ### 可以把图注的位置改到下边...##3个函数,谁在前面,谁先出现,最底层,就是说,先出现小提琴图,再出现箱线图,最后点图 ##这里设置的坐标如果和图片中的横纵坐标一样后边就不用翻转,coord_flip() ggplot(data

    2.1K50

    R数据科学|5.5.1 习题解答

    () + geom_boxplot(mapping = aes(y = sched_dep_time, x = cancelled)) 问题二 钻石数据集中,哪个变量对于预测钻石的价格最重要?...然而,由于数据中有大量的,我将绘制对carat进行分区的箱线图,需要注意的是,装箱宽度的选择很重要,如果宽度太大,就会模糊任何关系;如果宽度太小,箱的值可能变化太大,无法揭示潜在的趋势: ggplot...ggplot(diamonds, aes(x = cut, y = carat)) + geom_boxplot() ? 每种切割类别,克拉大小的分布有很大的变化。...安装lvplot包,并尝试使用geom_lv()函数来显示价格基于切割质量的分布。你能发现什么问题?如何解释这种图形? 解答 像箱形图一样,字母值图的箱形图对应于分位数。...有几种不同的方法可以精确地确定点的随机位置是如何生成的。 geom_beeswarm()生成一个类似于小提琴绘图的绘图,但是通过抵消这些

    3K41

    ggplot_Violin Plot & dot plot

    它是箱式图和密度图的组合,密度图通过旋转放置箱式图侧边,以显示数据的分布形状。小提琴图比箱形图显示更多的信息。...(width = 0.2) + scale_fill_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07")) + # 去除图例 theme(legend.position...# 多组图 # 分组信息展示为添加颜色 p6 <- p + geom_boxplot(width = 0.5) + geom_dotplot(aes(fill = supp), binaxis...结束语 小提琴图不是很常用,也一些杂志见到过,但是不是很多见,了解一下就可,毕竟数据分布,还要涉及到后续分析的内容,和自己后续的分析方案是否配套。...慎用吧 关于ggplot添加图层真是个好东西,这样的和箱式图的组合,以前都是用prisma做。 love&peace

    1.5K10

    去除箱线图中的outliers

    异常值outlier:指样本的个别值,其数值明显偏离它(或他们)所属样本的其余观测值,也称异常数据,离群值。当遇到一组数据中有少量outliers,一般是需要剔除,避免对正确的结果造成干扰。...我们可以通过箱线图来检测并去除outliers. 箱线图可以通过5个数来概括:最小值,最大值,下四分位(Q1,25%位置),上四分位(Q3,75%位置),中位值(50%位置)。...查看是否有离群值 ggplot(df, aes(x=element, y=value,color=element)) + geom_boxplot(outlier.colour="red", outlier.shape...因此,存在离群值(红色的方),下面去除离群值。 首先定义一个函数,将outliers替换成NA。...ggplot(df2, aes(x=element, y=value,color=element)) + geom_boxplot(outlier.colour="red", outlier.shape

    4.1K20

    Jelys Note之生信入门class6

    手动设置属性-颜色、大小、透明度、的形状、线型颜色:手动设置【与数据本身无关、人工】--需要写有意义的值Color:字符串如“blue”、“red”大小:单位如mm形状:数字编号表示【有25个数字对应的形状...图上叠加!用加号叠加函数!...()相同的部分可以放在全局的ggplot函数,不相同的部分可以放在各自局部的函数没有不一致的地方,可空着【局部与全局的区别,局部设置只对当前图层有效;全局设置,对所有图层有效】9. .波浪号连接!...,                           fill = Species)) + geom_boxplot()+  geom_jitter()---抖动的的函数,带有随机性,相当于geom_ponit2...()+geom_boxplot()+geom_point()图片geom_violin()+geom_boxplot()+geom_jitter()图片ggplot( iris,aes(Sepal.Width

    67200

    三种转录组差异分析方法及区别你会了吗?

    接着,我看了关于DEseq2与edgeR区别的描述,发现「edgeR与Deseq2都是基于负二项分布模型做的,两者处理同一组数据时,相同阈值处理大部分基因是一样的,但是也会有一部分基因会因为离散度不同导致差异不同...) check_edgeR=ggplot(data=test,aes(x=group,y=value,fill=group)) + geom_boxplot() 4.2利用DEseq2进行差异分析 #...0.16262614 -47.91903 0 0 ## CD99L2 7041.834 -1.545442 0.03461663 -44.64450 0 0 # 去除差异分析结果包含...genenames <- rownames(DEG_DESeq2) DEG_DESeq2 <- select(DEG_DESeq2,genenames,everything()) ## 取一个显著上调基因,看看其标准化的数据是否上调...「总结:」从韦恩图中可见,三种差异分析的差异基因大部分一样,但是因为判定的标准不同,有些差异基因在某些方法是差异基因,某些方法不是差异基因。

    5.1K30

    数据分析-cuttag分析流程分享2-R代码可视化流程处理

    进行R语言的可视化的时候,建议也是把该用的包都提前安装上,这样可以省去后面报错的心累。...// ###分析之前建议用biocmanager装包 省时省力 library(dplyr) library(stringr) library(ggplot2) library(viridis) library...R,所以选用了ggplot2的包来保存pdf图片的结果,如果是windows的R下面操作,可以直接看图片进行保存。...fig3A = alignResult %>% ggplot(aes(x = Histone, y = SequencingDepth/1000000, fill = Histone)) + geom_boxplot...评估样本之间的重复性 在前面的linux分析,对样本分成了500个bin来进行样本之间的相关性进行评估,主要是为了保证样本之间是可重复的,表明我们的数据是可以用的,我一般是按照大于0.7这个阈值,如果低于这个阈值

    2.5K41

    ggplot2|从0开始绘制箱线图

    箱线图能够显示出离群(outlier),通过箱线图能够很容易识别出数据的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制各式各样的箱线图。...2)修改异常的属性 设置outlier的 color, shape and size ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(...此外, outlier.fill:离群的填充色;outlier.alpha:离群的透明度 3)选择变量,设定顺序 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +...1)分组更改箱线的颜色 p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len, color=dose)) + geom_boxplot() p ?...三 图例,标题设置 1)设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述,默认的位置是画布的右侧中间位置,可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position

    2.1K20

    ggplot的aes和aes_string的差异

    他的老师希望能把一个基因集里所有的基因(一个通路里面的,或者上下调最显著的基因列表)都做箱线图,表现在两个组的表达情况。...ggplot呢 如果你要从ggplot2开始一步步调制成为它这样的美图,需要下很深的功夫,一张统计图就是从数据到几何对象(、线、条形等)的图形属性(颜色、形状、大小等)的一个映射。...✦ 数据(Data),最基础的是可视化的数据和一系列图形映射(aesthetic mappings),该映射描述了数据的变量如何映射到可见的图形属性。...✦ 几何对象(Geometric objects, geoms)代表图中实际看到的、线、多边形等。...知识参考卡片(速记表,小抄) 链接:https://ggplot2.tidyverse.org/reference/ sthda网站的ggplot核心图表示例 链接:http://www.sthda.com

    1.8K20

    过滤不合格细胞和基因(数据质控很重要)

    现在一起看看拿到表达矩阵后有一个很重要的质控过程,就是根据一些阈值来过滤不合格细胞和基因。...所以在你设置阈值来过滤不合格细胞的时候,一定要先理解好你的单细胞转录组数据,给全部的细胞检测到的基因数量绘制一个boxplot,看看哪些细胞所检测到的基因数量偏多或者偏少,一般来说,这样的的离群细胞就是你需要去除的...,i,drop=F] dat$sample=rownames(dat) ## 画boxplot ggplot(dat, aes('all cells', get(i))) +...geom_boxplot() + xlab(NULL)+ylab(i) }) plot_grid(plotlist=box, ncol=5 ) 这样的话细胞的上游指标可以批量检验...实际上,大量的基因在你所有的细胞里面都是不表达的,这就是表达量全部为0的,肯定是需要去除啦。

    2.4K31
    领券