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(数据科学学习手札37)ggplot2基本绘图语法介绍

刚开始上手的时候可能稍有难度(而且官网的帮助内容比较不友好),而本文也是我日常使用和与别人交流摸索和总结出来的,将对ggplot2的绘图语法和绘图部件进行介绍,并附以常用的一些图形示例;   下面我们就来探索...,当传入x为类别型变量,y为数值型变量时,通过传入geom='boxplot',可以绘制出分组箱线图,例如下面绘制钻石颜色color与每颗钻石每克拉价格price/carat的分组箱线图: qplot...有一个特性,当传入的属性值非正常输入时,譬如colour输入的是data某列类别型变量时,整个绘图过程不会有异常,因为ggplot2内部非常“宽容”地对类别型变量进行了标度转换,如下例: qplot...'darkblue')) p 由此你可以看出,aes的参数都是会依据变量类型进行标度转换的;   2、每次新图层的数据都是ggplot()默认值的修改   ggplot()已经设置过aes...,并多次使用过,它控制生成的图像类型; 3.2.5 位置调整   位置调整指的是对该层的元素位置进行微调,ggplot2所有可用的位置调整参数如下: 名称 描述 dodge 禁止重叠,并排放置 fill

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一篇小短文助你打开数据可视化的任督二脉!

本文主要讨论ggplot2是如何通过颜色信号来对多边形进行填充的底层理念,这也是想要进阶R语言数据可视化过程必须搞明白的关键环节。...ggplot2所有图层对象,geom_ploygon()几何图层对象最为复杂,也最为特殊: 复杂在哪儿呢?...那么问题来了,为啥之前所说的order没有geom_polygon()参数中进行显式声明呢? 边界点声明顺序,软件如何知道该按照什么样的顺序来进行打印呢?...这个问题是个好问题,一语的,确实,order变量十分重要,但是通常获取的地理信息文件,order变量是已经按照group分组变量排序过的,即通常所用到的地理信息数据框,所有的边界点经纬度信息,是先按...ggplot(data=world_map)+ geom_polygon(aes(x=long,y=lat,group=group),colour="white") 指定分组之后,勾勒出了地理信息轮廓

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R语言可视化——ggplot图表系统的形状

今天跟大家分享ggplot图表系统形状。 ggplot函数系统,形状是一类重要的映射属性,如同颜色一样,它可以被赋予给变量,当然也可以直接指定实际的形状类别。...ggplot函数的图层理念,修改局部图层的元素,需要在局部图层内进行设定,这里需要在geom_point()函数内部进行形状设定。 R绘图系统存储着的形状符号多达25种: ?...当将形状大小(size)指定给离散变量时,虽然可以出来图表,但是软件提示建议将形状大小映射给离散变量。...当要将属性映射指定给具体的属性类别时(比如具体的颜色名称、色值以及形状大小、代号和类别),那么要将其放在对应图层(geom_xxx())内,美学属性【aes()】系统外。...(比如本例同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等) 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得,希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程少走一些弯路,限于个人能力和水平

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终于等到你——ggplot2树状图

2017年8月份的R语言更新包,默默地加入了支持ggplot2树状图的新几何对象,从此R语言中制作树状图,不用再求助于第三方包的辅助了。...实际上我曾经分享过一个树状图案例,但是是使用第三方辅助包制作,一直ggplot2出树状图图层。...,比如我们观察国家指标大小的同时,还想获取国家所属大区的总体指标,通过加入次级分组,我们可以获取两个维度信息。...通过美学映射中设置subgroup参数(一个类别型变量),函数内部可以自动完成亚群的变量聚合计算,并在图形成用框线显示出次级类别大小的规模。...分面系统: 当你觉得使用次级分组不能获得一个很好地视觉呈现效果,geom_treemap还支持ggplot函数的fact_grid分面参数,这就是所有ggplot2扩展函数的好处,可以继承源自于ggplot2

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Python数据分析实战(2)使用Pandas进行数据分析

一般jupyter的一个cell只默认输出最后一行的变量,要想前面行的数据,需要调用print()方法; 其中,.iloc只按整数位置进行选择,其工作方式与Python列表类似,.loc只通过索引标签进行选择...其中,set_index()方法如果设置drop参数,将Name设为索引后,就将该列移除了,不能再重复执行这一行代码,否则会报错,设置drop参数为False后,设置Name为索引后也不会移除该列。...(3)基本赋值 可以通过多种方式赋值,如下: DataFrame = iris_data[:5].copy() # 建立数据副本,以便多次修改 DataFrame.loc[1, "类别"] = "新类别名...可以看到,相当于是进行了两次分组,先对电影名进行分组电影名相同的情况下再对姓名进行分组,并计算出相应的平均评分。...由上处数据处理和分析的过程可以看到,在数据处理过程,合并、透视、分组、排序这四大类操作是最经常用的,需要熟练掌握。

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数据挖掘知识脉络与资源整理(九)–柱形图

柱形图 简介 英文:histogram或者column diagram 排列工作表的列或行的数据可以绘制到柱形图中。柱形图中,通常沿水平轴组织类别,而沿垂直轴组织数值。...当要对均匀分布类别和各系列的数据进行比较时,可以使用三维柱形图。...(x = Time, y = demand)) + geom_bar(stat = "identity") 看看有什么区别,第二个图形,数据time没有6这个值,但是图形X轴还是画出来了,这就是对于分类变量和连续变量的不同...,那么我们画条形图时,一般采用频数型,这时用水平出现的频数当做bar的高度.stat="bin"当然也可以写,因为geom_bar默认是bin ggplot(diamonds, aes(x = carat...我们日常生活,红色一般象征正,暖色调嘛,蓝色一般表示负,冷色调呀,有没有?你家电线红色是不是火线,红色是不是正极,虽然上图没有错,但是我们想换一下,正的为红色,负的为蓝色咋办?

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从箱线图到统计指标表

最近有粉丝 提问到如何从表达量差异分析后的某个基因或者蛋白质或者其它元素两个分组的差异情况的箱线图到其相关的一系列统计指标表,出处是2023年4月的一个文章:《Saliva biopsy: Detecting...基因表达分析,箱线图可以用来显示不同组(例如,疾病组和对照组)基因的表达水平。箱线图的位线表示基因在每个组位表达水平,箱子的上下边界表示上四分位数和下四分位数,即表达水平的分布范围。...然而,需要注意的是,这些统计测试假设数据是独立的,且t检验的情况下,还假设数据是正态分布的。实际应用,这些假设可能不成立,因此解释结果时需要谨慎。...ROC曲线,横轴表示假阳性率(False Positive Rate,FPR),纵轴表示真阳性率(True Positive Rate,TPR,也就是敏感性)。...需要注意的是,虽然AUC是一个有用的性能指标,但它并不能完全反映出模型的性能,特别是类别不平衡的情况下。

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R语言可视化——ggplot图表的线条

今天跟大家分享的是ggplot图表的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统涉及到线条的地方有很多,最常见的场景就是我们做geom_line()(折线图)、geom_path()(路径图),以及图表的绘图区(panel)、图表区、网格系统(grid...今天以一个折线图为例,简要说明ggplot函数关于线条的主要参数及其效果。...通过指定group即告知软件将变量按照年份变量分组,否则单个不重复记录都会被当做一个单独分组。...除了折线图(以及路径图,等图层的线条之外),theme系统存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统),均可以参照以上参数进行设置。

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scRNA分析|自定义你的箱线图-统计检验,添加p值,分组比较p值

在前面scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分,可视化,基因集评分使用小提琴图或者箱线图进行展示,那如何进行统计检验以及添加P值呢?...可以手动输入,但是当类别特别多的情况下耗时且易错。可以先通过combn函数生成两两之间的list ,然后套用stat_compare_means 函数即可。...4,多组之间比较 多组的话method使用anova p1 +stat_compare_means(method = "anova") 5,按照group分组然后比较 按照group进行分组,比较原发和转移组之间不同细胞类型之间是否有差异...有需要的可以看一下ggplot2的基础知识。...ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2 | 关于标题,坐标轴和图例的细节修改,你可能想了解 ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

然而,图形语法的翻译ggplot2没有对应关系(它的作用是由内置的R功能发挥的)。...ggplot2,层负责创建我们绘图上感知到的对象。层由四个部分组成:数据和几何映射、统计变换(STAT)、几何对象(GEOM)和位置调整(Wickham 2010)。一个图可能有多个图层。...更改颜色的另一个重要应用是将不同颜色映射到源数据集中的类别变量的不同级别。例如,微生物群落研究,我们经常使用不同的颜色来呈现不同的实验组或条件。...实际上,ggplot2,除了颜色之外,我们还可以使用大小、形状、笔划(边界的厚度)和填充(填充颜色)来区分适当绘图中的分组。...4.3.3.3 使用坐标系统来调节和限制X轴和Y轴 坐标系的用途是计算机屏幕上调整从坐标到二维平面的映射。ggplot2可用的不同坐标系,笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。

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天天Get 新技能!!

一个公式为y ~ A,这将为类别型变量A的每个值并列地生成数值型变量y的箱线图。...可以使用vioplot 的vioplot()函数绘制它。 第一次使用之前需要安装vioplot(),vioplot()的使用格式: Vioplot(x1,x2,......ggplot绘制箱线图和小提琴图 简单箱线图 >install.packages("ggplot") >library(ggplot2) > p <- ggplot(mpg, aes(class,hwy...通常来说,点图经过排序并分组变量被不同的符号和颜色区分开的时候最有用,分组,排序,着色后的点图,代码如下: > x <- mtcars[order(mtcars$mpg),] > x > x > x...一个字符型向量(color)被添加到到了数据框 x,根据cyl的值,它所含的值为"red"、"blue"或"darkgreen“,此外,各数据点的标签取自数据框的行名(车辆型号),数据点根据气缸数量进行分组

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绘图-完美简单的分组边界你应该学这个!

ggforce设计的目的是为ggplot2图形进行补充,更好的反映数据的分布情况。本文中,主要介绍了ggforce对散点图添加分组边界和一些附加的可视化功能。..."nycflights13") library(tidyverse) library(ggforce) library(nycflights13) 可视化介绍 本示例将使用nycflights13包的数据...##放大左下角粉色部分(通过xlim,ylim设置坐标) p + facet_zoom(xlim = c(-155, -160.5), ylim = c(19, 22.3)) ##也可以通过选择类别的名称对特定的类别...的一个很棒的补充包,可以很清晰地反映数据的分布趋势和特征,除了本文提到的内容以外,ggforce还有很多有趣的功能,比如ggforce包geom_sina参数可以整合小提琴图和箱型图去对数据进行可视化...希望大家可以绘图的时候应用到ggforce去让你的图片更加美观!

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爬虫大佬,把他总结的正则表达式使用给我了!

正则也是一种非常有意思的技术,但往往不知道这些符号的编程实际使用该如何使用,因此总结了本篇文章,方便所有小伙伴可以当成一个工具文章使用,方便处理一些需要使用正则的技术内容。 二、规则 1....Unicode 块和类别的类 \p{InGreek} Greek 块(简单块)的字符 \p{Lu} 大写字母(简单类别) \p{Sc} 货币符号 \P{InGreek} 所有字符,Greek 块的除外...X,一次或一次也没有 X* X,零次或多次 X+ X,一次或多次 X{n} X,恰好 n 次 X{n,} X,至少 n 次 X{n,m} X,至少 n 次,但是超过 m 次 9....X,零次或多次 X+? X,一次或多次 X{n}? X,恰好 n 次 X{n,}? X,至少 n 次 X{n,m}? X,至少 n 次,但是超过 m 次 10. Possessive 数量词 X?...+ X,一次或一次也没有 X*+ X,零次或多次 X++ X,一次或多次 X{n}+ X,恰好 n 次 X{n,}+ X,至少 n 次 X{n,m}+ X,至少 n 次,但是超过 m 次 11.

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R可视乎|马赛克图

可以通过这两个变量来检测类别与其子类别之间的关系。 主要优点 马赛克图能按行或按列展示多个类别的比较关系。 主要缺点 难以阅读,特别是当含有大量分段的时候。...对于非均匀的马赛克图,关注的数据维度非常多,一般的用户很难直观理解,多数情况下可以被拆解成多个不同的图表,以下我们会对其进行绘制。...ddply()对data.frame分组计算,并利用join()函数进行两个表格连接。...xmax"),value.name="percentage") colnames(dfm)[ncol(dfm)]<-"percentage" #ddply()函数使用自定义统计函数,对data.frame分组计算...2.1 ggplot2包的geom_rect()函数 这个方法比较复杂,图层一层一层叠加得到的,不过灵活性比较强,可根据自己喜好进行修改。

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月更单细胞图表复现-文献1-第四和五集

第五集:细胞比例 1.背景 细胞分群命名完成之后,我们可以比较不同样本和分组之间细胞比例的差异。细胞发生癌变、肿瘤细胞转移、药物治疗等刺激因素,都会导致肿瘤微环境细胞类型发生改变。...group:指定分组变量。 facet:面板分组,允许一个图中绘制多个小图(facet_wrap() 或 facet_grid())。 theme:用于设置图形的主题样式。...,其中包含打印矩阵的第一个(x)边距的分组变量。...y : 矢量或矢量列表,用于对绘制矩阵的第二(y)维变量进行分组。z : 打印矩阵中点大小的值向量。 xlab : x维度的文本标签。这将显示X轴和绘图标题中。 ylab : y标注的文本标签。...这将显示坐标轴和绘图标题中。 zlab : 点大小的文本标签。这将包含在地块标题中。 dotsize : 最大点大小。可能需要为不同的打印设备和布局调整此值。

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