在ggplot2中使用check_overlap=T后，某些标签值将消失 - 腾讯云开发者社区

abline()、hline()与vline() 　　在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()：　　...我们主要使用两个参数控制线条的位置，slope控制斜率，intercept控制截距，下面是一个简单的例子，我们在散点图层上叠加截距为20，斜率为2的直线： library(ggplot2) p <-...) #将原数据转置以处理成行对应一个年份的形式 data <- data.frame(t(USPersonalExpenditure)) #添加年份变量 data$year <- as.numeric...= rownames(mtcars))) p + geom_text() 对出现标签遮挡的情况进行抹除（不建议使用）： p + geom_text(check_overlap = TRUE)...使用别致的标签： p + geom_label() 改变文本标签的大小： p + geom_text(size = 10) 调整文字标签位置： p + geom_point() + geom_text

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R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（）

Geom_text（）将文本直接添加到绘图中。 geom_label（）在文本后面绘制一个矩形，使其更易于阅读。...image 避免字体重叠 p + geom_text(check_overlap = TRUE) ? image 给label加上背景 p + geom_label() ?...themama中描述了显示的详细信息，但请注意geom_text使用字符串，而不是表达式。...image 对齐标签和条形 df <- data.frame( x = factor(c(1, 1, 2, 2)), y = c(1, 3, 2, 1), grp = c("a", "b", "a...", "b") ) ggplot2不知道你想给标签赋予相同的虚拟宽度 ggplot(data = df, aes(x, y, group = grp)) + geom_col(aes(fill =

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R语言学习 - 散点图绘制

log2FoldChange: 差异倍数的对数，一般的差异分析输出结果中也会给出对数处理的值, 因此程序没有提供这一步的计算操作。...# check_overlap检查名字在图上是否重叠 p <- p + geom_text(aes(label=ID), position=position_quasirandom(),hjust=0,...check_overlap=T) p ?...geom_text_repel添加点的标记，及其智能，不会出现标签过多覆盖的情况 # 但对jitterplot，会有些冲突，所以在`-J TRUE`且出来的图中点的标签不符合预期时，设定 # 次参数为FALSE...，使用geom_text标记点。

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迄今为止最强大的upset plot R包，没有之一！

# conda install -c conda-forge r-complexupset 数据集使用的还是来自IMDB中的电影数据。..."Animation" "Comedy" "Drama" "Documentary" ## [6] "Romance" "Short" 把mpaa这一列中的空值变成...NA，然后为了方便演示去掉缺失值： movies[movies$mpaa == "", "mpaa"] <- NA movies <- na.omit(movies) 基础使用最少需要提供2个参数，...可以挑选交集中的元素个数大于/小于某个值的集合展示，默认不包含没被用到的集合，可以使用keep_empty_group = T包括进来。神奇的来了，支持拼图！...geom=geom_boxplot(na.rm = T) ), # 方法2：使用ggplot2，这里我们使用 rating 这一列数据

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一小时掌握R语言数据可视化

，那么首先我们得有一张画布（如果没有安装R语言和ggplot2请见《十八-R语言特征工程实战》） [root@centos $] R> library(ggplot2) > ggplot() 使用geom_abline...> ggplot(data, aes(x)) + geom_bar(aes(fill=factor(y)), position="fill") 利用geom_density画概率密度曲线概率密度就是某些值出现的频次多少的一个曲线...，并且用不同颜色来表示不同的y值，那么我们可以用描边的方式(左)，也可以用填充的方式(中)，当然也可以两者结合 > ggplot(data, aes(x, colour = factor(y))) +...(y))) + geom_density(adjust = 1/5, position='stack') 用geom_text和geom_label写标注文本为了让图像更清晰，我们需要把关键数据打上标签展示出来...=rownames(data))) + geom_point(aes(colour = y)) + geom_abline(slope = 1, intercept = 1) + geom_text(check_overlap

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R 语言绘制十段线地图，给特定省份填色

现在很多发表的文章中的地图图形都存在问题。很多都是不规范的，并没有包含十段线。本文将利用 R 语言对标准的中国地图进行绘制。...全国和国境线的 json 数据，省份经纬度数据，以及本文源代码可以在公众号后台回复[中国地图绘制]，免费获得。...1000 630000 4 甘肃 0~200 620000 5 宁夏 200~400 640000 6 内蒙古 400~600 150000 将颜色数据按照省份名称对应添加到全国数据中...(China,colour,by= "QUHUADAIMA") 在绘制全局地图的命令中添加scale_fill_manual()函数给地图填色，配色方案可以参考： fig1 <- ggplot()...= 0.13, height = 0.39) fig 给特定省份填色给大家一种最简单的方法，直接修改数据，目标省份赋予特定数据，不需要填色的省份 colour 值都标为 0，后续将这个颜色变量转为因子型

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如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。例如： ? 加载所有所需的R语言包通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...bbc_style()没有参数，并且在创建绘图后将其添加到ggplot“链”中。...但请注意，要使其正常工作，必须是在bbc_style（）后，否则bbc_style（）将覆盖它。...使用\ n在标签中的必要位置添加换行，并使用lineheight设置行高。...将左对齐标签添加到条形图如果您想为条形图添加左对齐标签，只需根据数据设置x参数，而是直接使用数字值指定y参数。y的确切值将取决于数据范围。

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（数据科学学习手札57）用ggplotly()美化ggplot2图像

R包中有着函数ggplotly()，可以将ggplot2生成的图像转换为交互式的plotly图像，且还可以添加上ggplot2原生图像中无法实现的交互标签，最重要的是其使用方法非常傻瓜式，本文就将结合几个小例子来介绍...可以观察到，经过ggplotly()处理后的ggplot2图像通过R-studio中的viewer窗口打开，即当前的图像是网页文件，而随着我们鼠标的放置，可以在保留原有ggplot2外观的情况下，进行plotly...式的交互操作，注意上图中我们鼠标放置点位对应显示的悬浮标签，其中的内容是默认的格式，即在这张ggplot2图像中所涉及到的所有信息，在上图中即为横纵轴对应的数据，以及在定义形状和颜色时使用到的分类属性信息...，接着利用plotly_build()函数（换成ggplotly()效果相同）来将原生的ggplot2图像转化为交互图像，再利用style()来调整交互图像上的悬浮标签信息，效果如下图所示： ? 　　...可以看到悬浮标签内的信息如我们所愿，但ggplot2中的某些部件在plotly中是相冲突的，例如图例： p_changed <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width

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R语言之可视化（25）绘制相关图（ggcorr包）

在相关矩阵中需要考虑的第一个设置是选择要使用的观测值。...注意：尝试在颜色标度上使用ColorBrewer调色板时，调色板中的颜色比调色板中的颜色多，将向用户返回警告（实际上是两个相同的警告）。...控制变量标签在上面的几个例子中，变量标签的渲染（在相关矩阵的对角线上示出）不一定是最佳的。要修改这些标签的方面，用户所要做的就是将geom_text支持的任何参数直接传递给ggcorr。...相关矩阵中的变量标签可能出现的一个问题是它们太长而无法在图的左下方完整显示。...其他参数颜色范围，在某些情况下，修改相关系数的显示（-1，+ 1）范围可能是有用的。

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跟着小鱼头学单细胞测序-单细胞注释实践指南

背景介绍单细胞转录组学可以在一次实验中分析数千个细胞，并在各种组织和生物体中识别新的细胞类型、状态和动态，从而创建多细胞系统中细胞异质性的全面图谱。...使用工具有 scmap和 SingleR。并进一步探索如何使用 Harmony 将合并数据集作为一种注释形式。...在基于参考数据集进行注释之后，对于出现的冲突标签情况，采取“大多数”原则构建一致的集群注释集。基于特征基因的自动注释：导入与特定细胞类型相关的标记基因列表。使用工具有SCINA。...其他参考数据集可以在 GEO 或文献中查找。...这些基因通常具有高表达值和低dropout rate。

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scRNA分析|自定义你的箱线图-统计检验，添加p值，分组比较p值

在前面scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化中，基因集评分使用小提琴图或者箱线图进行展示，那如何进行统计检验以及添加P值呢？...本文主要解决以下几个问题（1）指定统计检验方式（2）指定比较组并添加P值（3）任意比较（4）分组比较（5）使用星号代替P值等一载入R包数据使用本文开始的基因集评分的结果和 ggpubr...4，多组之间比较多组的话method使用anova p1 +stat_compare_means(method = "anova") 5，按照group分组然后比较按照group进行分组，比较原发和转移组之间在不同细胞类型之间是否有差异...，将P值改为星号，调整坐标轴和标签等等。...() #更改主题这里就可以使用一些ggplot2的参数进行自定义优化了。

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终于等到你——ggplot2树状图

2017年8月份的R语言更新包中，默默地加入了支持ggplot2树状图的新几何对象，从此在R语言中制作树状图，不用再求助于第三方包的辅助了。...实际上我曾经分享过一个树状图案例，但是是使用第三方辅助包制作，一直在等ggplot2出树状图图层。...数值型（整数） hdi 数值型（浮点） econ_classification 因子型树状图是没有显式坐标系统的一类特殊图形，依靠正方化算法，将样本总体正方形按照实际观测值占总体比例分割成单个矩形方块...添加标签：包作者针对ggplot树状图写了优化好的文本标签函数geom_treemap_text(刚开始就说过树状图超越了传统三大坐标系的范畴，没有显式声明的坐标系统，算法比较特殊因而无法使用常规的...分面系统：当你觉得使用次级分组不能获得一个很好地视觉呈现效果，geom_treemap还支持ggplot函数中的fact_grid分面参数，这就是所有ggplot2扩展函数的好处，可以继承源自于ggplot2

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Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

例如，用这些函数对向量中的每个元素或数据框中的每列或列表的每个组件执行某些任务/函数，依此类推。 map() 创建一个列表。 map_lgl() 创建一个逻辑向量。...在本课中主要学习ggplot2绘图。基础包绘图应用越来越少，因为ggplot2与基本R绘图函数相比功能更强大。ggplot2语法需要一些时间来适应，但一旦学会，会发现它非常强大、灵活。...由于我们将此图层添加到最上层（即代码的最后），因此更改的任何细节都会覆盖在theme_bw()中的设置的。在这里，将轴标签和轴刻度标签的大小增加到默认大小的1.5倍。修改文本大小使用rel()函数。...在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。图的直线达到的点是除异常值外的最小值和最大值。使用四分位值（IQR）确定异常值，IQR定义为：Q3-Q1。...将轴标签的大小更改为默认值的1.5倍。将轴文本的大小（刻度线上的标签）更改为比默认值大1.25倍。以与更改轴文本大小相同的方式更改绘图标题的大小，使用plot.title。

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ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解

在使用ggplot2初步绘制（ggplot2|详解八大基本绘图要素）出需要展示的图形后，还需要对标题，坐标轴（ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”）和legend（ggplot2...一载入R包数据为方便展示，使用ggplot2内置的iris数据集 library(ggplot2) p <- ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...注意theme中对应的更改plot.title ，plot.caption 和 plot.subtitle p1 <- p + labs(title="学习<em>ggplot2</em>可视化",...4.3.1 使用scale 函数对标签名称进行更改 p5 <- p2 + scale_color_discrete(name="scale change \n Legend",...:线型, 实线虚线点线 shape ,size ,alpha : 分别为形状, 大小和透明度（某些场景有妙用）其中第三部分的 yyy 可选为： manual: 手动设置 discrete:

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gganimate动画GIF | 让你的图形跳动起来！！！

R语言绘制数据动图随着互联网+和大数据科技的发展，VFX可视化和数据可视化越来越受到人们的喜爱，在R语言中，绘制GIF动图主要是在gganimate包中运行，制作视频主要是在av包,gganimate...是图形语法的扩展，由ggplot2包实现，它增加了对使用ggplot2用户熟悉的API声明动画的支持 01 加载包 library(av) library(ggplot2) library(gganimate...transition_states()专门根据数据中的一个变量(比如物种)将数据分割成子集，并计算中间数据状态，以确保状态之间的平稳过渡(称为渐变)。...gganimate通过为每个帧提供一组变量来解决这个问题，这些变量可以使用glue语法插入到plot标签中。 Enter and Exit：输入Enter和exit函数。...这些函数负责修改出现(进入)和消失(退出)数据的状态，以便动画可以在新状态和新状态之间进行转换。

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R基础知识及快速检阅你的数据

中Expt等于1的部分过滤出来后总结统计结果 #如果不使用管道则会变成： summary(filter(morley,Expt==1)) #这样可读性就很低了 #tidyverse中的很多函数都可以随意的调用以及拼接...第二章：快速浏览数据简单的函数我们经常使用R基础包中的绘图函数，但是如果图形更复杂，ggplot2就会成为更好的选择。...第二个设置每一个条形对应的标签，若向量中的元素已被命名则自动使用元素的名字作为条形标签 head(BOD)#BOD数据记载了BOD与时间的关系 Time demand 1 1 8.3 2...) 2.使用ggplot2绘制条形图 #变量值的频数表，使用BOD数据，时间为x值，demand为y值，使用geom_col()函数 ggplot(BOD,aes(x=BOD$Time,Y=BOD$demand...plot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len) 当两个参数向量在同一个数据框中时，使用boxplot(),其允许我们在x轴上使用变量组合 #公式语法 boxplot(len

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「R」cowplot（一）介绍

cowplot是ggplot2包的一个简单插件（或称拓展包），它的目的是为ggplot2提供一个出版级别的主题，使用少量代码即可实现主题统一的修改，如轴标签大小、画图背景。...它主要的作用是可以给研究生和博士后更加容易的画图。除了提供一个修改版本的主题，该包也提供了一些自定义ggplot2图形注释的功能。...为了用一种通用的方式解决这个问题，cowplot在ggplot2的顶部施行了一个通用的绘图图层。在这个图层中，你可以添加在一个图形顶部添加任意的图形元素。现在让我们看它如何让我们画出漂亮地组合图形。...draw_plot()函数也可以让我们将图形以任意的大小放在画板的任意位置。这在组合子图是是非常有用的，比如将一个小图插入大的图形中。...我们还可以使用draw_image()将图形和图片整合起来。这个函数需要安装 magick包，该包可以将不同格式的图形与ggplot2整合。

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R语言入门系列之二

：缺失值是无法进行比较运算的，很多函数都有参数na.rm选项来移除缺失值，如下所示：可以使用函数na.omit()来移除变量中缺失值或矩阵、数据框含有缺失值的行，如下所示： ②日期值在R中，...常见的数据转换有以下几种：对数转换：将数据（样本观察值）取自然对数（或者其他数为底的对数），可以使用log()函数来实现（log1p()可以将数据加1后取自然对数）。...某些函数(如lines、pie)可以接受一个含有颜色值的向量，并自动循环使用。...，则直接使用at的值 col：线条和刻度的颜色 lty：线条类型 las：因子坐标轴的标签的字体平行(=0)或者垂直(=2)坐标轴 tck：刻度线的长度(默认值-0.01，负值表示刻度在图形外，正值表示刻度在图形内侧...⑵直方图在ggplot2中，geom_histogram()可以在图层上添加直方图，stat_density()可以在图层上添加密度曲线，我们使用ggplot内置的示例数据mpg做直方图，如下所示：

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网络可视化R包-geomnet

geomnet是一个基于ggplot2可视化图形和网络的R包，它使用sna包计算网络布局，并且包含了使用ggplot2绘制圆的geom_circle函数。...mutate(degree = sqrt(10 * n() + 1)) #%>%是dplyr包中的管道函数,把左件的值发送给右件,并作为右件表达式函数的第一个参数 #mutate函数是添加新的列，将新增变量放在数据集的最后面...ggrepel包geoms而不是ggplot2 geoms绘制节点标签。...例一绘制后，将鼠标放置在图中的节点或者边上，会提示节点/边的详细信息 library(geomnet) library(plotly) data(blood) #blood是geomnet自带数据...例二绘制后，将鼠标放置在图中的节点或者边上，会提示节点/边的详细信息。右上方是工具栏。

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ggtextcircle绘制环状文本

2.计算 x 和 y 坐标：使用极坐标公式将角度转换为笛卡尔坐标： • x = x0 + r * cos(theta)：根据角度和半径计算每个标签的 x 坐标。...• y = y0 + r * sin(theta)：根据角度和半径计算每个标签的 y 坐标。 3.计算角度 (angle)：将角度转换为度数，并调整为适合文本标签的角度。...这个对象继承自 ggplot2 的 Stat 类，并定义了一些自定义的行为和属性，用于在 ggplot2 中实现圆形文本布局。...它使用一个自定义的统计对象 (StatTextcircle) 来创建一个新的 ggplot2 图层，这个对象计算文本标签的位置和角度，使它们形成一个圆形。...6.hjust：文本水平对齐方式，默认值为 1。 7.show.legend：逻辑值，是否在图例中显示这个图层，默认值为 NA。

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（数据科学学习手札38）ggplot2基本图形简述

R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（）

R语言学习 - 散点图绘制

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