关于Cox模型诊断和汇总在之前的推文中已经进行过详细的讲解：R语言生存分析：Cox回归
根据生存曲线的估计，可以推断出相比组之间存活时间的差异，因此生存曲线非常有用，几乎可以在每个生存分析中看到。
生存分析作为分析疾病/癌症预后的出镜频率超高的分析手段，而其结果展示的KM曲线也必须拥有姓名和颜值！
坐标轴范围，指定为包含 4 个、6 个或 8 个元素的向量。对于笛卡尔坐标区，以下列形式之一指定范围：
一般来说，我们做生存分析，会有（P<0.05）和（P>0.05）两种结果。KM plot在生物医学中很常见，主要用来做预后分析，比如可以根据表达量把病人分成两组，然后比较哪组病人预后好，进而可以得出基因表达量高低与病人预后好坏相关性的结论。 画KM plot时，有时候会比较纠结怎样对病人进行分组，如何来设置分组的cutoff。一般来说常见的几种设置cutoff值得思路如下： 1：大多数情况下，根据表达量从低到高对样本进行排序，取前50%为低表达，后50%为高表达，然后画KM plot。 2：还有一些文章也会将样本表达量均分为三组或者四组。 3：一些文章也会选一些其它的cutoff，比如前1/3和后2/3，前25%和后25%（中间50%的数据去掉）。
1. gset <- getGEO("GSE149507",destdir = ".",getGPL = T)→gset[["GSE149507_series_matrix.txt.gz"]]@featureData@data
为了检测肌成纤维细胞丰度作为LUAD患者分层预后生物标志物的可能性，使用TCGA-LUAD数据集测试
在数据帧上进行操作的plot()函数只是matplotlib中plt.plot()函数的一个简单包装 ，可以帮助你在绘图过程中省去那些长长的matplotlib代码。
数据可视化本来是一个非常复杂的过程，但随着Pandas数据帧plot()函数的出现，使得创建可视化图形变得很容易。
matplotlib是python最著名的绘图库，它提供了一整套和matlab相似的命令API，十分适合交互式地行制图。其中，matplotlib的pyplot模块一般是最常用的，可以方便用户快速绘制二维图表。可视化有助于更好地分析数据并增强用户的决策能力。在此matplotlib教程中，我们将绘制一些图形并更改一些属性，例如字体、标签、范围等。
像任何图形包一样，matplotlib 建立在变换框架之上，以便在坐标系，用户数据坐标系，轴域坐标系，图形坐标系和显示坐标系之间轻易变换。 在 95 ％的绘图中，你不需要考虑这一点，因为它发生在背后，但随着你接近自定义图形生成的极限，它有助于理解这些对象，以便可以重用 matplotlib 提供给你的现有变换，或者创建自己的变换（见matplotlib.transforms）。 下表总结了现有的坐标系，你应该在该坐标系中使用的变换对象，以及该系统的描述。 在『变换对象』一列中，ax是Axes实例，fig是一个图形实例。
就是一篇文章并没有使用TCGA数据库的指定癌症的生存信息去看自己感兴趣的基因的生存效应，反而舍近求远去下载BMC Cancer. 2011 文章数据，所以我怀疑TCGA应该是该基因在该癌症里面的生存效果不显著！
以 x 轴为日期时间值来创建线图。然后，更改刻度标签的格式以及 x 坐标轴范围。创建 t 作为日期序列，创建 y 作为随机数据。使用 plot 函数绘制向量图。
我们首先看看 Biphasic mesothelioma 内部的stage是否有生存意义 ，代码如下所示：
从“应对治疗”（完全缓解）到发生感兴趣事件的时间通常称为生存时间（或事件发生的时间）。
log.rank.weights 主要是选择P的计算方法。默认是1，指的Log-rank方法。其它还包括以下：
Matplotlib是最受欢迎的二维图形库，但有时让你的图变得像你想象中好并不容易。
自定义沿坐标轴的刻度值和标签有助于突出显示数据的特定方面。以下示例说明一些常见的自定义，例如修改刻度值的放置位置、更改刻度标签的文本和格式，以及旋转刻度标签。
如果想查看某些因素，如年龄，性别，分期，肿瘤数目，大小，实验室指标 或者 通过生信手（tao）段（lu）构建的模型和评分是否对预后有影响时候，经常会把连续变量变为分类变量，然后绘制KM曲线或者列线图等。
可以首先加上theme_tree2()函数显示出坐标轴范围，然后用xlim()函数更改坐标轴范围
生存分析是指将终点事件和出现此事件所经历的时间结合起来分析的一种统计方法，研究生存现象和现象的响应时间数据及其规律，在肿瘤等疾病研究中运用广泛。在R中进行生存分析常用的包有survival包以及survminer包。[A Robust 6-lncRNA Prognostic Signature for Predicting the Prognosis of Patients With Colorectal Cancer Metastasis]中R包survminer用于确定高风险和低风险人群的最佳截点。[Change in Neutrophil to Lymphocyte Ratio During Immunotherapy Treatment Is a Non-Linear Predictor of Patient Outcomes in Advanced Cancers]采用survminer包进行单因素和多因素分析。今天我们来介绍survminer包。
ggplot2可以用来创建优雅的图形，由于它的灵活，简洁和一致的接口，可以提供美丽、可直接用来发表的图形，吸引了许多用户，特别是科研领域的用户。ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数，并将其延伸为图形语法，即独立指定绘图组件，并将它们组合起来，以构建我们想要的任何图形显示。图形语法包含6个主要成分：data, transformations, element, scales, guide和 coordinate system。图层图形语法源于多层数据构建图形的想法。它定义了下表中的图形组分：data, aesthetic mappings, statistical transformations, geometric objects, position adjustment, scales, coordinate system 和 faceting（数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整、比例、坐标和面）。数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整形成一个图层，一个图可以有多个图层。
基本绘图和R本身一样古老，但对大多数用户来说，它仍然是神秘的。他们可能使用plot()，甚至知道其参数的完整列表，但大多数人从未完全理解它。本文试图通过为外行提供友好的介绍来揭开基础图形的神秘面纱。
在论文 Construction of a Competitive endogenous RNA network and identification of potential regulatory axis in gastric cancer 中 ，他在生存分析的方法部分写到 A “survminer” package in R software to determine the best cut-off of the expression value for survival analysis。
创建一个图窗和一套坐标区以显示徽标。然后，使用通过 membrane 命令得到的点创建徽标的曲面。关闭曲面中的线条。
生存分析是临床常用统计方法，一旦和时间扯上关系，分析就变得复杂多了，此时不再是单一的因变量，还需要考虑时间给因变量和自变量带来的各种影响。
机器学习构建预后模型的文章很多，且越来越卷，动不动就是10种模型的101种组合，这个系列会逐一的介绍这些常用于预后模型变量筛选和模型构建的机器学习方法。
最近浙江大学的学徒咨询了我TCGA数据里面的生存分析的不确定性问题，略微指引了一下他，就让他写了这个教程！
Matplotlib 是一个 Python 的 2D 绘图库，在导入 Matplotlib 库的时候，通常会设置一个别名 mpl。Pyplot 是 Matplotlib 的子库，提供了和 MATLAB 类似的绘图 API。使用 Pyplot 可以很方便的帮助我们绘制出 2D 图表，在使用 Pyplot 时候通常也会为 Pyplot 设置一个别名 plt。
参考链接：Python中 Matplotlib局部放大图的画法_wulishinian的博客-CSDN博客_python 局部放大
翻译｜丁雪 丁一 席雄芬 校对｜姚佳灵 我在本文中将介绍如何获取一个选手的投篮数据并通过matplotlib 和 seaborn制成图表。 In [1]: %matplotlib inline import requests importmatplotlib.pyplot as plt import pandas aspd import seabornas sns 获取数据 从stats.nba.com获取的数据是非常简单的。虽然NBA没有提供公共的API ，我们实际上可以通过requests 库
Matplotlib是Python中最常用的可视化工具之一,可以非常方便地创建海量类型的2D图表和一些基本的3D图表。本文主要推荐一个学习使用Matplotlib的步骤。
在 【MATLAB】基本绘图 ( 句柄值 | 对象句柄值获取 | 创建对象时获取句柄值 | 函数获取句柄值 | 获取 / 设置 对象属性 | 获取对象属性 )二、获取对象属性 2、获取 坐标轴 对象属性 博客章节 , 获取 gca 坐标轴对象属性时 , 有
漂亮的圆形图。我不确定对数据分析师本身是否有额外的好处，但如果能吸引决策者的注意，那对我来说就是额外的价值。
对于我这样一直喜欢苟着的良心玩家，在经历了无数次落地成河的惨痛经历后，我是坚决不会选择跳P城这样楼房密集的城市，穷归穷但保命要紧。所以我们决定统计一下到底哪些地方更容易落地成河？我们筛选出在前100秒死亡的玩家地点进行可视化分析。激情沙漠地图的电站、皮卡多、别墅区、依波城最为危险，火车站、火电厂相对安全。绝地海岛中P城、军事基地、学校、医院、核电站、防空洞都是绝对的危险地带。物质丰富的G港居然相对安全。
本文介绍生存分析，其实，在R中，生存分析很简单，大家在网上能找到无数的文章。利用survival包就可以。就是按照下列公式就可以完成简单的生存分析。
大吉大利，今晚吃鸡~ 今天跟朋友玩了几把吃鸡，经历了各种死法，还被嘲笑说论女生吃鸡的100种死法，比如被拳头抡死、跳伞落到房顶边缘摔死 、把吃鸡玩成飞车被车技秀死、被队友用燃烧瓶烧死的。这种游戏对我来说就是一个让我明白原来还有这种死法的游戏。但是玩归玩，还是得假装一下我沉迷学习，所以今天就用吃鸡比赛的真实数据来看看如何提高你吃鸡的概率。
都是依据肿瘤病人的转录组测序表达量矩阵进行的分析，也有几百篇类似的数据挖掘文章了，它们总是喜欢落脚到estimate或者CIBERSORT结果的预后意义。
说到绘图，那必须要有一个画板。Figure作为一个“老画板”，在matlab中经常能看到它的出没，在python中，它的具体语法是什么呢？让我们来看一下。
我这里选择最方便的 网页工具：https://xenabrowser.net/heatmap/ 选择合适的数据集及样本信息还有基因来演示一下，随便选择一个基因一个癌症吧，如下：
plt.xlim设置x坐标轴范围 plt.ylim设置y坐标轴范围 plt.xlabel设置x坐标轴名称 plt.ylabel设置y坐标轴名称 plt.xticks设置x轴刻度 plt.yticks设置y轴刻度
Matplotlib 是一个 Python 的 2D绘图库，它以各种硬拷贝格式和跨平台的交互式环境生成出版质量级别的图形
前面我的学徒的一个推文：不同数据来源的生存分析比较 , 代码细节和原理展现做的非常棒，但是因为学徒的TCGA数据库知识不熟悉，所以被捉到了一个bug，先更正一下：
本文用Python分析吃鸡比赛的真实数据，解答至关重要的9个问题，助你提高吃鸡概率。
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