在if条件%in%运算期间加速R的grep

在R语言中，if条件%in%运算符用于检查一个元素是否存在于一个向量或列表中。在进行这个运算期间加速R的grep，可以使用以下方法：

使用向量化操作：在R中，向量化操作是一种高效的处理方式，可以显著提高代码的执行速度。在if条件%in%运算中，可以将待检查的元素和目标向量一起传递给grep函数，利用向量化操作进行快速匹配。例如：

if (any(grep(pattern, target_vector))) {
  # 匹配成功的处理逻辑
} else {
  # 匹配失败的处理逻辑
}

在上述代码中，grep函数将返回一个逻辑向量，表示目标向量中是否存在与pattern匹配的元素。any函数用于判断逻辑向量中是否存在任何为TRUE的值，从而确定是否有匹配成功的元素。

使用忽略大小写选项：在进行字符串匹配时，有时候需要忽略大小写。可以在grep函数中使用ignore.case参数来实现。例如：

if (any(grep(pattern, target_vector, ignore.case = TRUE))) {
  # 匹配成功的处理逻辑
} else {
  # 匹配失败的处理逻辑
}

在上述代码中，ignore.case参数设置为TRUE，表示在匹配时忽略大小写。

使用固定匹配选项：如果待匹配的pattern是一个固定的字符串，而不是正则表达式，可以使用fixed参数来提高匹配速度。例如：

if (any(grep(pattern, target_vector, fixed = TRUE))) {
  # 匹配成功的处理逻辑
} else {
  # 匹配失败的处理逻辑
}

在上述代码中，fixed参数设置为TRUE，表示将pattern作为固定字符串进行匹配，而不是作为正则表达式。

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Grafana Loki 组件介绍

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基于牛顿求根法，新算法实现并行训练和评估RNN，带来超10倍增速

DEER 框架令我们感兴趣的输出信号为 y (r)，其由 n 个在 d 维空间的信号构成，其坐标表示为 r。...现在，在左侧和右侧添加一项，其中 Gp (r) 是一个依赖于位置 r 的 n×n 矩阵。G_p 的值会在后面决定。...在 3 式中，研究者引入了一个新符号，用以表示在给定边界条件下求解 2 式左侧的线性算子的线性算子。 3 式可被看作是一个定点迭代问题，即给定一个初始猜测，可以迭代地计算等式右侧，直到其收敛。...3 式中的迭代过程涉及到评估函数 f、其雅可比矩阵和矩阵乘法，这些运算可以使用现代加速器（如 GPU 和 TPU）来并行化处理。如果能以并行方式求解线性方程，那么整个迭代过程都可利用并行计算。...给出了使用 DEER 方法和 RK45 方法时训练期间的损失变化情况。

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Shell 编程(八)：学习总结

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shell脚本编写手册(2021重编)

|word2|word3" file # 任意条件匹配 grep word1 file | grep word2 |grep word3 # 同时匹配三个...tr -d '\t' # tr在vi内使用，在tr前加处理行范围和感叹号('$'表示最后一行) tr "\r" "\n"<macfile...s) # 在整个$0中用s替代r 相当于 sed 's///g' gsub(r,s,t) # 在整个t中用s替代r index...测试s是否包含匹配r的字符串 split(s,a,fs) # 在fs上将s分成序列a sprint(fmt,exp) # 返回经fmt格式化后的...t labe # 判断分支，从最后一行开始，条件一旦满足或者T,t命令，将导致分支到带有标号的命令出，或者到脚本末尾。

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视频 | 学习Linux进行GTF解析

按文件内容查找 grep 1.7 一句话加速grep近30倍 1.7.1 获取单基因表达量 1.7.2 那如果获取多个基因怎么操作呢？...R和R包的安装 2.3.7 Perl包的安装 2.4 Conda安装配置生物信息软件 2.4.1 Conda安装和配置 2.4.2 Conda基本使用 2.4.3 Conda的channel 2.4.4...4 Bash 字符串处理 4.1 Bash特殊字符 4.2 Bash变量 4.3 Bash操作符 4.4 Shell中条件和test命令 4.5 Shell流控制 4.6 Shell函数 4.7 输入输出...6.4 计算GTF文件中基因所拥有的平均转录本数目 6.5 生成一个多行Fasta测试序列供后续运算 (也可使用我们前面提供的脚本生成) 6.6 test.fa中的序列全转成大写 6.7 计算多行FASTA...文件test.fa中每条序列长度 6.8 多行FASTA转单行FASTA序列 6.9 取出单行FASTA文件中序列长度大于40的序列的名字 6.10 分别用awk和grep从test.fa中提取给定ID

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shell 编程记录

则为真 [ -L /usr/bin/grep ] -r filename 如果 filename可读，则为真 [ -r /var/log/syslog ] -w filename 如果 filename...在函数内部定义的变量，如果没有加local，也是全局变量 6 shell函数定义，前面可以加function也可以不加。...-v ^$|wc -l 13 =赋值号前后不能有空格 14 变量命名不能使用系统命令 15 if语句基本用法 if [ command ];then 符合该条件执行的语句 elif [ command...];then 符合该条件执行的语句 else 符合该条件执行的语句 fi then 与 if写在同一行时，要用; 隔开。...test [] [[]]区别 []和test 两者是一样的，在命令行里test expr和[ expr ]的效果相同。 test的三个基本作用是判断文件、判断字符串、判断整数。

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跟萌老师学Linux的第三天

-n：显示匹配成功的行所在的行号 -r：从目录中查找pattern -e：指定多个匹配模式 -f：从指定文件中读取要匹配的 pattern -i：忽略大小写正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式，...sed 的动作编辑，接要执行的一个或者多个命令 -f ：执行含有 sed 动作的文件 -r ：sed 的动作支持的扩展正则(默认基础正则) -i ：直接修改读取的文件内容，不输出。...表示除了第二行常见 'script' command ：增删改查 a∶append，在指定行的后增加一行，内容为 a 的后面接的字串 i∶insert，在指定行的前增加一行，内容为 i 的后面接的字串...，可以简单理解为列数 NR ：已处理的输入记录数，可以简单理解为行数 awk 条件和循环语句： if：条件判断 awk ' { if (判断条件) {yes} else {no} } ' for：循环语句...awk ' { for (循环条件) {循环语句} } ' awk 数学运算： + （加），- （减）， * （乘），^ （幂） / （除），** （平方）， % （取余） int(x) x的整数部分

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Linux Shell 基本语法

语法：ps [选项] 1.9. kill命令删除执行中的程序语法：kill [选项] PID 1.10. grep命令搜寻输出的特定文字语法：grep 字符串...例： ps aux | grep matlab kill PID 1.11. echo命令 echo命令的功能是在显示器上显示一段文字，一般起到一个提示的作用。...] 　　-L filename 如果 filename 为符号链接，则为真 [ -L /usr/bin/grep ] 　　-r filename 如果 ...在使用if、while时，在注意变量与符号之间的分割例如：if [ `expr $a % 3` -ne 0 ],while [ "$var" !...大多数情况下，可以使用测试命令来对条件进行测试，比如可以比较字符串、判断文件是否存在及是否可读等等……通常用" [ ] "来表示条件测试，注意这里的空格很重要，要确保方括号前后的空格。

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shell运算详解

，在shell中(( ))也可以用来做数学运算 [root@zutuanxue ~]# echo $(( 100+3)) 103 [root@zutuanxue ~]# echo $(( 100-3))...-i "mem"|tr -s " "|cut -d " " -f2` #2、获得内存使用的量 memory_use=`free -m|grep -i "mem"|tr -s " "|cut -d "...默认情况下shell是不能判断浮点的，那么在linux中又避免不了需要进行浮点运算，那怎么解决解决思路如下： 1）两个数据同时放大到整数倍 2）处理掉小数点位，保留整数位 3）进行整形判断实现代码...这样是不是就满足了逻辑与运算了，同时思考逻辑与运算的短路运算，逻辑与条件中的判断顺序是从前往后，前边一个条件为假的时候，后边的条件就不用判断了，那么就减少了判断的次数，加快了运算速度。你品！你细品！！...房子需要两套及以上、存款100W及以上、车子1辆以上，条件满足其中一个即可姑娘40岁应征男士条件：是男的都可以报名注意：应征者必须全是男性案例思考因为是多条件判断，复合逻辑运算的条件，重点在不同年龄段的逻辑判断方式

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,当再次读取时,不用读取硬盘而直接从内存当中读取,加速了数据的读取过程....:隐藏输入的数据,适用于机密信息的输入 5.bash的运算符 1).数值运算与运算符 ①.declare [+/-] [选项] 变量名【declare声明变量类型】 -:给变量设定类型属性 +...dd=$(expr $aa+$bb)【expr或let数值运算工具】 ff=$(($aa+$bb))【”$((运算式))”或”$[运算式]”】 ③.运算符优先级| 运算符 |说明 —————...,还是远程登录,都可以显示此欢迎信息 ---- 十.讲shell编程 1.基础正则表达式 1).正则表达式与通配符 >正则表达式用来在文件中匹配符合条件的字符串,正则是包含匹配.grep,awk,sed...>STAT:进程状态.常见的状态有,R:运行,S:睡眠,T:停止状态,s:包含子进程,+:位于后台 >START:该进程的启动时间 >TIME:该进程占用CPU的运算时间,注意不是系统时间 >COMMAND

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大数据学习之_02_Shell学习

（3）在bash中，变量默认类型都是字符串类型，无法直接进行数值运算。（4）变量的值如果有空格，需要使用双引号或单引号括起来。...3、案例实操（1）定义变量A （2）给变量A重新赋值（3）撤销变量A （4）声明静态的变量C=4，不能unset （5）在bash中，变量默认类型都是字符串类型，无法直接进行数值运算...“剪”，具体的说就是在文件中负责剪切数据用的。...[jack@hadoop datas]$ grep -r "shen" /home/ /home/jack/datas/sed.txt:dong shen /home/jack/datas/cut.txt.../jack/datas/cut.txt 注意： grep -R/-r /home/ 以递归方式读取/home/目录下的所有文件 11.5 数据库备份shell脚本的编写示例 ?

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