在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...= 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的
因此就可以使用 R 对已下载数据做简单处理. R代码整理 配置工作环境 # !...main---- library(librarian) shelf(dplyr, stringr, quiet = TRUE) shelf_folder("data", root_dir) 此代码可以在脚本所在目录创建...将所有的TCGA下载文件及解压后的文件夹放入 data 中。...left_join函数组合到第一列上. matrix <- matrix_list[[1]] for (i in 2:length(matrix_list)) { matrix left_join...进行转换, 过程在原文非常清晰, 在此不在赘述.
df 中： df <- ncov$new() # 可以查看 df 所属的类 class(df) #> [1] "ncov" "R6" 可以看到 df 是一个 ncov 类，而这个类是基于 R6 类进行封装的...，下面再看下这个对象中存储的数据，首先是一些字符串： # 当前时间： df$times #> [1] "截至2月8日12时08分"# 确诊人数 df$confirm #> [1] "34598"# 疑似人数...我们来使用最新的数据计算 R0: library(deSolve) R0 <- function(days){ historylist <- suppressMessages( df$jsondata...下降的很快，而且很稳定，这是因为我使用的是增量数据（并没有固定窗口）。...freq = 1, silent = TRUE) # 使用 ETS (指数平滑模型) 模型： fit_ets R0TS %>% ets() # 预测未来 50 天的： fcast_ets
在进行R语言的可视化的时候，建议也是把该用的包都提前安装上，这样可以省去后面报错的心累。...[图片.png] 现在是对相关的数字结果进行图片整理，由于我是在服务器上调用的R，所以选用了ggplot2的包来保存pdf图片的结果，如果是在windows的R下面操作，可以直接看图片进行保存。...评估样本之间的重复性 在前面的linux分析中，对样本分成了500个bin来进行样本之间的相关性进行评估，主要是为了保证样本之间是可重复的，表明我们的数据是可以用的，我一般是按照大于0.7这个阈值，如果低于这个阈值...##如果是R后台运行，需要首行加入#!.../usr/bin/env Rscript nohup Rscript R.r &>R.out 2>&1 & 同时发现在读文件的时候，里面是循环套循环，有的时候几个样本没有相同的重复，就比较惨了，需要把rep
如果你对下面的教程比较迷茫，那么你可以先行学习Linux教程：十小时学会Linux生信Linux及服务器使用技巧可咨询客服微信[Biomamba_kefu]咨询有root权限的服务器02在VScode中使用...details/122304257安装完成并连接服务器之后，我们需要安装一些拓展程序：Chinese (Simplified),Python和Jupyter插件：VScode登录上服务器之后,我们可以在终端或者左侧目录中创建文件...接下来，我们还要配置一些设置，来更快捷的使用。拓展程序安装虽然目前我们能在Jupyterlab中使用R了，但是实际用的时候会发现代码补全和一些快捷键不方便，而Rstudio中各种辅助配置非常完善了。...这时候我们就需要VScode中的一些插件来方便我们写代码。我们直接在左侧的拓展中搜索R，然后安装即可。...在本文中，我们介绍了如何通过安装插件，在VS Code中远程连接服务器，并愉快地开始编写Python和R代码。
要想在jupyter notebook中运行R语言其实非常简单，按顺序安装下面扩展包即可： install.package('repr','IRdisplay','evaluate','crayon',...devtools','uuid','digest') library(devtools) install_github("IRkernel/IRkernel") IRkernel::installspec() 在R...中执行上述四行代码，重新打开你的jupyternotebook即可看到对于R的支持标志： ?
❝本节来介绍如何使用「ggplot2结合ggfx」来绘制发光点图，下面小编通过一个案例来进行展示，图形仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。...cities) %>% # 过滤出指定城市 mutate( city = factor(city, levels = rev(cities)), # 将城市转换为因子变量 lab = paste0...创建标签 offset = offset/3600, # 转换时区偏移量 offset_lab = ifelse(offset paste0...10), city = .x) }) %>% mutate(city = factor(city, levels = rev(cities))) %>% # 将城市转换为因子变量 left_join...= margin(b = 2, t = 5, r = 5, l = 5)) # 设置边距
无疑，这些将MXNet推向深度学习的热潮中，成为热捧的项目。当然，学习MXNet也是很有必要的。哈哈，加油深度学习。...目前支持以下的语言： python R C++ Julia Scala 这里介绍基于R语言的安装和基本使用： 安装 install.packages("drat", repos="https://cran.rstudio.com...addRepo("dmlc") install.packages("mxnet") 若是安装过程中有问题，可以去https://cran.rstudio.com下载drat的本地文件”drat.zip” 在...https://cran.r-project.org/web/packages/drat/下载。
简介 今天给大家介绍的内容是用 R 语言绘制包含十段线[1]的地图，并且可以根据数据实现对各省份的填色。 现在很多发表的文章中的地图图形都存在问题。很多都是不规范的，并没有包含十段线。...导入 R 包 加载所需 R 包： packages <- c("geojsonsf","sf","ggplot2","RColorBrewer") install.packages(packages)...全国和国境线的 json 数据，省份经纬度数据，以及本文源代码可以在公众号后台回复[中国地图绘制]，免费获得。...这里用到了dyplr包中left_join()函数: colour$QUHUADAIMA <- as.character(colour$QUHUADAIMA) CHINA left_join...(China,colour,by= "QUHUADAIMA") 在绘制全局地图的命令中添加scale_fill_manual()函数给地图填色，配色方案可以参考： fig1 <- ggplot()
简介 R文档沟通前两期内容： R沟通｜舍弃Latex，拥抱Rbeamer吧！ R沟通｜制作个性化ppt！...这期主要介绍下如何在Rstudio中运行和使用.tex文件，并给大家安利一个非常nice的模板和根据该模板制作的案例。...使用教程 在ElegantPaper[1]网站中下载整个仓库，可以直接下载到本地github或者下载压缩包。 ?...模板对应的paper 注意：我这里环境已经配置好了，使用Tinytex。...>> 当然该模板也有很多别人使用，制作后的文章和文件都在github中： Risk Awareness（风险意识）文档说明[3] Bank Custody （银行存管）说明[4
写在前面 有时候各位使用R的用户不知道会不会有这样的感觉，visual studio和Rstudio由于负载过重，在打开或者加载R script时会出现加载过慢的情况，但对于很多数据工作者来说，variable...并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...整体看起来效果还是非常不错的，开发者在整体上还是保留了Rstudio和visual studio中对于View()这个函数的配置，还在此基础上添加了search功能，此外对Rshiny可视化的支持也非常棒...▶ pip install radian 四 在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例
今天分享一个可以直接使用的中国地图，相较于其他R语言绘制的地图，有以下优点： 1、包含十段线 http://xzqh.mca.gov.cn/map 2、标注省份名称 缺点：南海岛礁未绘制小地图 重点说明...ggplot2) library(RColorBrewer) API_pre = "http://xzqh.mca.gov.cn/data/" ## 1.全国 China = st_read(dsn = paste0...stringsAsFactors=FALSE) st_crs(China) = 4326 # 2.国境线 China_line = st_read(dsn = paste0...data/slyangcn/your_data.csv") zhuose_data$QUHUADAIMA 中QUHUADAIMA...是chr类型 CHINA left_join(China,zhuose_data,by= "QUHUADAIMA") ###----全国地图完整（无右下角小地图）--------
在如何修改画图使用的字体[1]这篇文章中，我介绍了一种解决R图里字体的方案——extrafont包。今天意外看到另一个解决字体问题的包，再次推荐和介绍一番。...showtext帮助用户在图中更好地使用多种类型字体，包括TrueType、OpenType等。...该包主要尝试做以下两件事情： 让R知道这些字体 让这些字体绘制文本 该包的动力在于在R图中使用非标准字体不方便，比如中文字体。...image 在这个例子中我们首先导入了一些在线谷歌字体[2]，然后用showtext_auto()函数告诉R控制图的文本字体输出，接下来的所有部分就和平常我们画图一样。...image 更多例子和用法查看说明文档https://github.com/yixuan/showtext ---- 从使用上看，我更喜欢这个包~ 参考资料 [1]如何修改画图使用的字体: https
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...III","Stage IV"),labels = c("stage I/II","stage I/II","stage III/IV","stage III/IV")) stage 可以得到跟上面使用...*","stage III/IV",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到如下因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的A，...】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息
概率函数为f(k;r,p)=choose(k+r-1,r-1)*p^r*(1-p)^k, 当r=1时这个特例分布是几何分布 rnbinom(n,size,prob,mu) 其中n是需要产生的随机数个数，...size是概率函数中的r，即连续成功的次数，prob是单词成功的概率，mu未知.....mean+3sd)几乎是在肯定的。...我们听到的天气预告用语中就经常使用相对湿度这个名词。 相对湿度的值显然仅能出现于0到1之间（经常用百分比表示）。冬季塔里木盆地的日最大相对湿度和夏季日最小相对湿度。...因为不能以他本人的名义发表，所以论文使用了学生（Student）这一笔名。之后t 检验以及相关理论经由罗纳德·费雪的工作发扬光大，而正是他将此分布称为学生分布。
于是他开始在浏览器中输入“R语言下载”，结果不小心输入成了“R语言美餐”，网页上出现了各种美食图片，阿磊看得直流口水，完全忘记了下载R语言的事情。...过了一会儿，阿磊终于意识到自己走神了，他重新输入了正确的关键词，找到了R语言的官方网站，下载并安装了R语言。接下来，教程告诉他需要在VSCode中安装R扩展。...阿磊终于可以开始他的R语言学习之旅了，虽然过程中有一些小插曲，但他学到了一个宝贵的教训：在安装软件和扩展时，一定要仔细阅读说明，不要被名字所迷惑。...作为vscode的长期使用者，现在开始宇宙第一编辑器中配置R的环境 1.下载R 请点击这里跳转 https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 2.安装R 选择中文...设置中搜索 r.rterm.windows 填写radian的路径 设置里搜索 r.br， 选Radian为终端 在设置里搜索 httpgd 打勾 此外也可以用shell wind选取输出图像的终端样子
使用R中merge()函数合并数据 在R中可以使用merge()函数去合并数据框，其强大之处在于在两个不同的数据框中标识共同的列或行。...如何使用merge()获取数据集中交叉部分 merge()最简单的形式为获取两个不同数据框中交叉部分。举例，获取cold.states和large.states完全匹配的数据。...但他们都几中类型参数有关： x: 第一个数据框. y: 第二个数据框. by, by.x, by.y: 指定两个数据框中匹配列名称。缺省使用两个数据框中相同列名称。...NA 156361 .... 13 Texas NA 262134 14 Vermont 168 NA 15 Wyoming 173 NA 两个数据框有不同的名称，所以R基于两者...总结 本文详细介绍R中merge()函数参数及合并数据类型。利用sql的表连接概念进行类比，简单易懂。
作者：李誉辉，四川大学研究生，研究方向为：数据分析与可视化，机器学习，网络爬虫；擅长：R语言 1 简介 丁香园·丁香医生 数据介绍: 该数据是从丁香园·丁香医生通过爬虫获取的全国2019-ncov病毒的感染病例...因为很多市级地名存在变化， 而且爬取的比较乱，部分没有“市”这个字， 所以使用前2个汉字进行联结表。以地图数据集中的城市名为准。...~read_epidemic(.x))) %>% select(-myAPI) %>% unnest() 5.1 分箱 因为很多市级地名存在变化， 而且爬取的比较乱，部分没有“市”这个字， 所以使用前...epidemic_time % filter(time == mytime[i]) epidemic_city % left_join...ps：具体代码可见：https://github.com/Easy-Shu/EasyShu-WeChat 参考来源： Markdown 入门 & 使用 R + Markdown 发送邮件 [武汉肺炎疫情数据
前面一篇文章《使用 Cascadia Code 字体》介绍了如何在 RStudio 和 VS Code 中使用 Cascadia Code 字体，这里简单介绍如何为 RStudio Server 设置...因为对前端都不太懂，谷歌了相关的问题，记录下大致步骤： 安装字体，请看前一篇文章 给浏览器安装支持 Javascript 和 CSS 拓展的插件，如谷歌浏览器我使用的是 User JavaScript
简介 上篇文章我们讲到了怎么在Spring webFlux中使用r2dbc,今天我们看一下怎么使用spring-data-r2dbc这个Spring data对r2dbc的封装来进行r2dbc操作。...依赖关系 要使用Spring-datea-r2dbc需要配置下面的依赖关系： org.springframework.boot...使用的是R2dbcProperties来进行配置文件的读取： 简单看一下R2dbcProperties的定义： @ConfigurationProperties(prefix = "spring.r2dbc.../testdb spring.r2dbc.username=sa spring.r2dbc.password=password 这里，我们使用的是H2数据库。...数据库初始化 数据库初始化过程中，我们需要创建一个users表格，这里我们在一个initDatabase bean中实现： @Bean public ApplicationRunner
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