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R语言ggplot2作图配色相关R包备选

R语言ggplot2作图的时候配色如果不知道如何选择,可以参考如下链接https://r-charts.com/color-palettes/ image.png image.png image.png...这里分别提供了连续型数据和离散型数据的配色,应该能够满足我们日常的科研作图需求了。...colorBlindness,提供了一些色盲患者也能够分辨的安全配色 通过函数help(package="colorBlindness")查看帮助文档,发现还有好多提供色盲患者也能识别的配色R包 image.png...推文开头提到的链接的颜色如果在ggplot2作图的时候想要使用的话需要安装R包paletteer,需要用到的函数是scale_color_paletteer_d()或者scale_fill_paletteer_c...Heatmap ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + geom_tile() image.png 这里用到的fill填充颜色,连续型数值映射颜色,所以自定义的配色是用函数

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R语言可视化——ggplot图表配色技巧

今天跟大家分享ggplot图表的配色原理与基本技巧。 图表配色是一个很深奥的话题,多亏了R语言平台的众多开发者贡献的配色包,让图表的配色不再深不可测。...对于以上两种类型颜色使用场景,如果是要自行修改,则需要自行定义颜色标度: 离散颜色标度: scale_colour_XXX: 这里最经常适用的三种情况 第一种情况,使用ggthemes包的颜色主题...第二种情况,可以使用RColorBrewer包配色卡,以下是该包scale_colour_brewer()函数所允许使用的所有离散颜色色卡。...(网站可能被屏蔽,如无法打开需要使用V**) http://colorbrewer2.org/# 当然第三种就是自己DIY了,R支持直接调用可识别的颜色名称以及颜色代码(16进制代码)。...() ###使用RColorBrewer包配色卡 ggplot(diamonds,aes(carat,price,colour=cut))+geom_point()+scale_colour_brewer

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R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案

前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图...,这次我们使用gplots这个R包里面的配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 首先我们还是先读取需要的数据,这里用到的数据跟【R语言】热图绘制-heatmap函数用到的数据是一样的 #读取所有...,因为需要用到里面的配色方案 #如果没有安装gplots这个包,需要先去掉下一行的#,再运行进行安装 #install.packages("gplots") #加载gplots包 library(...gplots) 最后我们就可以来利用heatmap和gplots里面的配色方案来绘制火山图了 1.采用gplots包的redblue配色方案,蓝色高表达,红色低表达 heatmap(data, cexCol...】热图绘制-heatmap函数 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 ☞ 超详细的热图绘制教程(5000余字),真正的保姆级教程 ☞ R语言绘制基因表达热图(简易版

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R语言】热图绘制-heatmap+RColorBrewer配色方案

前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 也给大家介绍了如何使用R自带的...heatmap函数+gplots的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数...+grDevice的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案 ☞R语言中的颜色(三)-grDevice包 今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图,这次我们使用...) #加载RColorBrewer这个R包 library(RColorBrewer) #展示PiYG配色方案的11种颜色 display.brewer.pal(11,"PiYG") 接下来我们看看如何使用...】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板

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R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案

前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap...函数+gplots的配色方案来绘制热图 ☞R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图,这次我们使用grDevice...这个R包里面的配色方案 R语言中的颜色(三)-grDevice包 首先我们还是先读取需要的数据,这里用到的数据跟【R语言】热图绘制-heatmap函数用到的数据是一样的 #读取所有miRNA的表达矩阵...利用colorRampPalette生成颜色函数b2p1,由绿色到黄色再到红色的渐变 b2p1 <- colorRampPalette(c("green","yellow", "red")) #生成25颜色...】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 ☞R语言中的颜色

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R语言】因子临床分组的应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言R的因子(factor) 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子临床分组的应用。 我们还是以TCGA数据的CHOL(胆管癌)这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper...III","Stage IV"),labels = c("stage I/II","stage I/II","stage III/IV","stage III/IV")) stage 可以得到跟上面使用..."),labels = c("stage I","stage II","stage III/IV","stage III/IV")) stage 可以得到跟gsub一样的结果 参考资料: ☞【R语言...】R的因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息

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R」ggplot2R包开发使用

撰写本文时,ggplot2涉及CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包!包中使用ggplot2编程增加了几个约束,特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是R编程改变了从ggplot2引用函数的方式,以及aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候开发R包时为了保证正常运行,不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2通常用于可视化对象(例如,一个plot()-风格的函数)。...= 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R需要的类都有plot()方法,但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的

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R语言使用技巧

一、修改默认提示语言 R 默认提示的语言有的人是英文,有的人是中文,这是因为每个人系统默认语言不同,可以通过下面方式进行修改 Sys.getlocale() #显示系统语言 Sys.setenv...(LANG="en") # 更换默认语言为英文 二、查看 R 所消耗内存大小 可以使用 memory.size() #获取内存大小,不过该函数值只是和 windows 系统。..., Rstudio 中有自动补齐,比如定义一个函数,直接自动补齐了{},回车就运行了,可以使用 shift+enter #换行 五、释放内存 R 有一套自己的内存回收机制,因此,即使删除了变量...memory.size() rm(list=ls()) gc() memory.size() 六、利用函数修改镜像 如果不设置 R 镜像,每次安装 R 包时都会弹出选择框,可以安装之前通过函数进行设置...chooseCRANmirror(ind = 18) 七、为 R 添加额外扩展包加载路径 默认 R 包的加载目录在.libPaths()目录,当然可以为其添加更多的路径。

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Origin2018安装与使用(整理

文章目录 1. origin下载安装 2. 绘图前的一些必要设置 3. 保持图形尺寸 ,将Origin图形复制到word 4....折线图 4.1 数据显示 4.2 legend添加线条标注 4.3 调节柱状图条形宽度 4.4 去除线条锯齿 5. 柱状图 5.1 绘制不均匀的柱状图 6....保持图形尺寸 ,将Origin图形复制到word 写论文时,一般对图片尺寸和字号都有明确要求,有时候为了保证图片的尺寸,需要调整图片大小,导致文字字号也随之变动,这显然不符合要求,那么我们怎么做才能在保证图片尺寸的同时...导出 参考网址:如何使用Origin绘制折线图-百度经验 接下来,介绍一下绘图过程中常见的一些问题。...绘制双Y轴图 这里介绍一下绘制双Y轴图的两种方法: 6.1 绘制双Y轴图 Origin:如何使用Origin画双Y轴图 6.2 现有图层上添加新图层 右击空白处,新图层->右-Y轴(关联x轴的刻度和尺寸

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