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在python中调用bsub函数时将参数传递给bash脚本

在Python中调用bsub函数时将参数传递给bash脚本,可以使用subprocess模块来实现。subprocess模块允许你在Python脚本中执行外部命令,并与其进行交互。

下面是一个示例代码,展示了如何在Python中调用bsub函数并传递参数给bash脚本:

代码语言:txt
复制
import subprocess

def call_bsub_script(script_path, args):
    # 构建命令行参数
    cmd = ['bsub', '-o', 'output.log', '-e', 'error.log', script_path] + args

    # 执行命令
    process = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
    stdout, stderr = process.communicate()

    # 检查执行结果
    if process.returncode == 0:
        print("bsub job submitted successfully.")
    else:
        print("Failed to submit bsub job. Error:", stderr.decode('utf-8'))

# 调用bsub函数并传递参数给bash脚本
script_path = 'your_bash_script.sh'
args = ['arg1', 'arg2', 'arg3']
call_bsub_script(script_path, args)

在上面的示例中,我们首先构建了一个命令行参数列表cmd,其中包括了bsub命令和相关参数。然后,使用subprocess.Popen函数执行该命令,并通过communicate方法获取执行结果。最后,根据返回码判断任务是否成功提交。

请注意,上述示例中的脚本路径和参数列表需要根据实际情况进行修改。另外,bsub命令和相关参数可能因不同的环境而有所不同,请根据实际情况进行调整。

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