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比较微生物差异分析方法

微生物研究我们常常需要根据某些感兴趣表型来找到与其相关特征(比如菌群、OTU、基因家族等等)。...虽然这并不完美,但至少会证明一些结果鲁棒性,增加我们对结果信心。 下面我将基于一个用 MetaPhlAn2 注释公共宏基因数据,使用五种不同算法进行差异分析。...选择这些方法标准如下: •一项或多项模拟研究中表现较好;•可以校正协变量,和多重假设检验;•包含多种标准化和建模方法;•应用相对广泛;•封装成 R 包。...[6] 包(关于这个包教程可以参见我之前笔记)提供公共数据[7] 来识别从印度南部与印度中北部人群收集粪便样本差异菌群。...比如,图中我们可以看到有 11 个菌被除 DESeq2 外其余四种方法证实,这些菌或许就是下一步需要探究方向。

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【DB笔试面试697】Oracle,V$SESSION视图中有哪些比较实用

题目部分 Oracle,V$SESSION视图中有哪些比较实用? 答案部分 讲到Oracle会话,就必须首先对V$SESSION这个视图中每个都非常熟悉。...该视图Oracle 11gR2下包含97Oracle 12cR2下增加了6,共包含103。下面作者以表格形式对这个视图中重要做详细说明。...COMMAND NUMBER 正在执行SQL语句类型(分析最后一个语句)。关于该含义,请参阅V$SQLCOMMAND.COMMAND。...如果该值为0,那么表示并没有V$SESSION视图里记录。 OWNERID NUMBER 如果值为2147483644,那么此列内容无效,否则此列包含拥有可移植会话用户标符。...;•SNIPED:会话不活动,客户机上等待,该状态不再被允许变为ACTIVE。

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JavaScript竟然可以这样比较两个日期

本期中,我们将借助示例学习如何在JavaScript中比较两个日期。...第一种方法 JavaScript,我们有一个 new Date()构造函数,该构造函数返回包含不同类型方法date对象。...例如: getDate():根据指定本地时间返回一个月某天 getMonth():返回月份 getFullYear():返回年份 通过使用以上三种方法,我们可以比较JavaScript两个日期。...然后我们将第一个日期与第二个日期进行比较,如果两个日期相等,则返回true,否则返回false。...第二种方法:使用toDateString() 同样,我们也可以使用toDateString()方法比较两个日期,该方法以英语格式“ Mon Dec 16 2019”返回日期。

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文献阅读|Nomograms线图肿瘤应用

线图,也叫诺莫图,肿瘤研究文章随处可见,只要是涉及预后建模文章,展示模型效果除了ROC曲线,也就是线图了。...线图定义 线图是肿瘤预后评估常用工具,医学和肿瘤相关期刊杂志上随处可见。典型做法是首先筛选患者生物学特征和临床指标构建一个预后模型,然后用线图对该模型进行可视化。...所以线图是预后模型可视化形式,是回归公式可视化,一个典型线图如下所示 线图中,对于模型每一个自变量,不论是离散型还是连续型变量,都会给出一个表征该变量取值范围坐标轴,最上方有一个用于表征变量作用大小轴...2)Calibration 校准度,描述一个模型预测个体发生临床结局概率准确性。实际应用,通常用校准曲线来表征。...通过校正曲线,可以比较不同模型预测概率之间准确性差别,比如20%比80%准确。需要注意是,校准曲线是特定队列数据上得到,是一个模型一个具体队列上体现,因此是队列特异性

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空间信息空间转录运用

桑基图单细胞数据探索应用 热图单细胞数据分析应用 定量免疫浸润单细胞研究应用 Network单细胞转录数据分析应用 你到底想要什么样umap/tsne图?...), 即空间隔离造成了地物之间差异,即异质性,可分为空间局域异质性和空间分层异质性 地理第三定律:两个点(区域)地理 配置 (环境) 越相似,目标变量在这两个点(区域)值(过程)越相似 这三条地理学定理对任何一张切片上...如 两个基因在空间不同位置(邻近,重叠,分离)表达意味着什么 一个基因集(通常意味着某个pathway或调控关系)空间表达模式与表型相应 A区域与B区域差别与连通对应基因表达模式 空间中基因表达模式格局与过程分析...最简单是按照细胞之间距离传统模型中加入一个距离权重,把空间信息加入到推断过程。...这些都是比较有意思问题,感兴趣可以把这些英语关键字放到浏览器里面,其实已经有大牛尝试着解决他们了。随着思考深入愈发感觉需要数学(模型)知识才能驾驭得了这万水千山。

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Mysql类型

Mysql类型: 数字类型 字符串类型 布尔型 日期时间类型 数字类型: 1个字节=8比特,但数字里有一个比特用于符号占位 TINYINT 占用1个字节,表示范围:-128~127 SMALLINT...支持范围是1000-01-01 ~ 9999-12-31 TIME 支持范围是00:00:00 ~ 23:59:59 DATETIME 支持范围是1000-01-01 00:00:00 ~ 9999...电话、手机号码:有格式要求 用户名:必须唯一 登录密码:密码不能为空字符串且长度不能少于N位 员工所在部门:可取值必须在部门表存在过 主键约束: 列名 类型 PRIMARY KEY 声明为“...表中所有的记录行会自动按照主键列上值进行排序。 一个表至多只能有一个主键。 唯一约束: 列名 类型 UNIQUE 声明为“唯一”列上不能出现重复值,但可以出现多个NULL值。...非空约束: 列名 类型 NOT NULL 声明为“非空”约束列上不能出现NULL,但可以重复 检查约束对于Mysql不支持 默认值约束 列名 类型 Default 值 声明为“默认值”约束列上没有值将会默认采用默认设置

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R」ggplot2R包开发使用

尤其是R编程改变了从ggplot2引用函数方式,以及aes()和vars()中使用ggplot2非标准求值方式。...将ggplot2入Depends会让你包在被加载/测试同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你函数而无需加载它。...而这两个函数都使用了非标准计算,如果你包中直接使用它,后面再CMD check使用会引入一个note。 所有的Error, warning和note都需要解决才能上传到CRAN。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2通常用于可视化对象(例如,一个plot()-风格函数)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R需要类都有plot()方法,但想要依赖一个单一plot()为你每个用户都提供他们所需要可视化需求是不现实

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Pandas更改数据类型【方法总结】

例如,上面的例子,如何将2和3转为浮点数?有没有办法将数据转换为DataFrame格式时指定类型?或者是创建DataFrame,然后通过某种方法更改每类型?...理想情况下,希望以动态方式做到这一点,因为可以有数百个,明确指定哪些是哪种类型太麻烦。可以假定每都包含相同类型值。...DataFrame 如果想要将这个操作应用到多个,依次处理每一是非常繁琐,所以可以使用DataFrame.apply处理每一。...)将被单独保留。...软转换——类型自动推断 版本0.21.0引入了infer_objects()方法,用于将具有对象数据类型DataFrame转换为更具体类型。

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R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据为例。...关于这套临床数据下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper...stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成三个,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾A,B或者C等字母,例如Stage IIIA,Stage IIIB stage=...参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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问与答112:如何查找一内容是否另一并将找到字符添加颜色?

引言:本文整理自vbaexpress.com论坛,有兴趣朋友可以研阅。...Q:我D单元格存放着一些数据,每个单元格多个数据使用换行分开,E是对D数据相应描述,我需要在E单元格查找是否存在D数据,并将找到数据标上颜色,如下图1所示。 ?...A:实现上图1所示效果VBA代码如下: Sub ColorText() Dim ws As Worksheet Dim rDiseases As Range Dim rCell...End If Loop Next iDisease Next rCell End Sub 代码中使用Split函数以回车符来拆分单元格数据并存放到数组...,然后遍历该数组,E对应单元格中使用InStr函数来查找是否出现了该数组值,如果出现则对该值添加颜色。

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