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使用弱监督深度学习进行准确的体细胞变异检测

论文题目 Accurate somatic variant detection using weakly supervised deep learning 论文摘要 肿瘤样本中体细胞突变的鉴定通常基于结合启发式过滤器的统计方法...在这里,作者开发了 VarNet,这是一种端到端的深度学习方法,用于从对齐的肿瘤和匹配的正常 DNA 读数中识别体细胞变异。...VarNet 使用在 356 个肿瘤全基因组中注释的 460 万个高置信度体细胞变异的图像表示进行训练。...作者在一系列公开可用的数据集上对 VarNet 进行了基准测试,展示了通常超过当前最先进方法的性能。...总体而言,作者的结果展示了可扩展的深度学习方法如何在体细胞变异调用中增强并可能取代人类工程特征和启发式过滤器。

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基于拥挤距离与变异支配的多目标PSO算法

这一篇是Xue Bing在一区cybernetics发的论文,里面提出了两个多目标PSO特征选择算法,一个是NSPSO另一个是CMDPSO。其中NSPSO是参考了NSGA2的框架和思想。...NSPSO算法概述与实现 基于非支配排序的多目标PSO算法 基于非支配排序的多目标PSO算法MATLAB实现 PSO算法 MATLAB粒子群优化算法实现(PSO) 个体拥挤距离 在同一层Fk中需要进行选择性排序...archive中存的是每一代的精英粒子集合 具体流程 ①划分数据集 ②初始化精英集合和存档Archive ③计算拥挤距离 ④二进制锦标赛选择一个一个精英个体来作为gbest指导更新 ⑤更新粒子 ⑥使用变异算子...⑦粒子真实评价 ⑧将LeaderSet加入存档 ⑨迭代完成后计算存档中的两个目标值

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用gnomDB数据库对个人vcf变异文件进行过滤

首先,来一个最简单的,过滤掉人群突变位点,做这个分析是基于一个显而易见的假设,如果人群中有不少人都是在某个位点跟参考基因组不一样,那么这个位点,至少不是致命的,一般来说也不会是有害的。...gnomAD数据库查询情况,比如:http://gnomad.broadinstitute.org/variant/12-121437382-A-G 相信正常人都可以看出这样的url是有规律的,自己感兴趣的变异位点...根据人群频率来进行过滤 /public/biosoft/ANNOVAR/annovar/convert2annovar.pl -format vcf4old snp.vcf >snp_input/public...-out indel_filter indel_input \/public/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/ -score_threshold 0.05 这种需要进行格式转换的软件我其实不太喜欢用...但是,430304个变异位点还是有点多啊!!!!

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基于接口数据变异的App健壮性测试实践

在自动化测试执行过程中,我们基于App可测性改造提供的能力,对测试场景进行了控制,同时基于布局视图的解析SDK、App异常上报SDK提供的能力,完成了对App异常的通用检测。...在对业务接口返回数据的数据结构进行分析后,我们发现在层级越深的场景下,距离根节点越近的两个节点,业务逻辑耦合和结构相似程度越低,它可以进行合并构造,相互逻辑之间不会产生影响,比如有两个键值对,每个键值对的...基于这个思路,我们在实践中引入了编辑距离和并查集算法,以节点路径为参照,对树的每一层的每两个节点计算编辑距离,生成一个n*n矩阵;同时以树的高度减去节点位于的层数作为权重,修正编辑距离。...基于以上两个策略进行精简后生成的变异数据量较精简前降低了40%,同时代码覆盖率没有明显变化,并且保持不变的健壮性问题发现能力。...A:目前我们在实现的方案里,没有区分参数是必填参数还是非必填参数,所以对于整个数据接口返回里的所有结果都会进行构造,产生的问题是对于非必返回的参数可能产生的问题,到底是否是需要解决的问题,这部分目前通过运营手段做确认

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使用TensorBoard进行参数优化

要做到这一点,可以使用为模型提供最佳准度和精度的值来设计神经网络参数。 那么,这些被称为超参数参数是什么呢? 用于训练神经网络模型的不同参数称为超参数。...手动搜索 网格搜索:对指定超参数的所有可能组合进行穷举搜索,从而得到笛卡尔积。 随机搜索:超参数是随机选择的,不是每一个超参数的组合都被尝试。...为了在TensorBoard中可视化模型的超参数进行调优,我们将使用网格搜索技术,其中我们将使用一些超参数,如不同的节点数量,不同的优化器,或学习率等看看模型的准确性和损失。...为什么使用TensorBoard进行参数优化? 一幅图片胜过千言万语,这也适用于复杂的深度学习模型。深度学习模型被认为是一个黑盒子,你发送一些输入数据,模型做一些复杂的计算,输出结果。...Data\\dogs-vs-cats\\validation_data\\'batch_size = 32 epochs = 5 IMG_HEIGHT = 150 IMG_WIDTH = 150 对训练图像进行缩放和不同的增强

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psudohash:一款基于变异机制的密码列表生成工具

关于psudohash psudohash是一款功能强大的密码列表生成工具,该工具基于关键词变异技术实现其功能,并且能够根据常用密码创建模式来生成字典文件。...值得一提的是,该工具允许广大研究人员根据自己的需要来对工具进行高度自定义扩展和开发。 工具下载&安装 该工具基于纯Python开发,因此我们首先需要在本地设备上安装并配置好Python环境。...使用提醒 1、该工具基于变异模式实现其功能,因此组合--years、--append-numbering和--numbering-limit选项一起使用的话,输入的任何年份最后两位都很可能产生重复的单词...; 2、如果在源代码中添加自定义填充值和/或修改预定义的通用填充值,并结合多个可选参数,则出现重复单词的可能性很小; 3、psudohash提供了单词过滤控件,但考虑程序运行速度,并没有实现太多的控件

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使用Python进行参数优化

该学习速率是最著名的超参数之一,C在SVM也是超参数,决策树的最大深度是一个超参数等,这些可以手动由工程师进行设置。但是如果要运行多个测试,可能会很麻烦。那就是使用超参数优化的地方。...对于这项技术,提供了所有超参数值的列表,并且该算法为每种可能的组合建立了一个模型,对其进行评估,然后选择能够提供最佳结果的值。这是一种通用技术,可以应用于任何模型。 在示例中,使用SVM算法进行分类。...意思是,由于每个实验都是独立进行的,因此无法在当前实验中使用过去实验的信息。整个领域都致力于解决序列优化问题-基于序列模型的优化(SMBO)。在该领域中探索的算法使用先前的实验和对损失函数的观察。...基于它们,尝试确定下一个最佳点。贝叶斯优化是这种算法之一。 就像来自SMBO组的其他算法一样,使用先前评估的点(在这种情况下,它们是超参数值,但我们可以概括)来计算损失函数的后验期望。...其中之一是超参数值的基于梯度的优化。该技术计算有关超参数的梯度,然后使用梯度下降算法对其进行优化。这种方法的问题在于,要使梯度下降正常工作,需要凸且平滑的函数,而在谈论超参数时通常并非如此。

1.8K11

使用Optuna进行参数优化

Grid Search Grid Search是一种简单的暴力方法,它对输入到搜索空间的每个超参数进行组合。为每个组合创建一个模型并进行比较。虽然听着没有任何问题,但有几个关键方面需要注意。...Optuna Optuna是一个超参数的优化工具,对基于树的超参数搜索进行了优化,它使用被称为TPESampler“Tree-structured Parzen Estimator”的方法,这种方法依靠贝叶斯概率来确定哪些超参数选择是最有希望的并迭代调整搜索...这个模型拥有数量惊人的超参数。虽然这篇文章只展示了其中的一部分,但是Optuna的许多特性,比如条件超参数都会被展示出来。 Catboost Catboost 是一种基于树的集成方法。...接下来,n_trials 控制将执行多少个超参数空间的样本。结合timeout,这两个因素会影响最终的运行时间。如果发现训练的时间紧张,则需要设置这两个参数。...像 Optuna 这样的工具可以帮助我们将超参数过程变得简单而有效。 Optuna 提供了一种基于贝叶斯的方法来进行参数优化和有效的搜索结构化,为模型的实际超参数调整提供了理想的解决方案。

2.3K21

python进行参数传递的方法

在分析python的参数传递是如何进行的之前,我们需要先来了解一下,python变量和赋值的基本原理,这样有助于我们更好的理解参数传递。...,或者你也可以把它们想象成同一个对象的两个名字。...同时,指向同一个对象,也并不意味着两个变量就被绑定到了一起。如果你给其中一个变量重新赋值,并不会影响其他变量的值。...但是通过某些操作(+= 等等)更新不可变对象的值时,会返回一个新的对象 变量可以被删除,但是对象无法被删除 python函数是如何进行参数传递的 python的参数传递是赋值传递或者说是引用传递,python...以上就是python进行参数传递的方法的详细内容,更多关于python如何进行参数传递的的资料请关注ZaLou.Cn其它相关文章!

1.3K10

Spring MVC各种参数进行封装

​一、简单数据类型 在Servlet中我们通过 request.getParameter(name) 获取请求参数。该方式存在两个问题: 请求参数较多时会出现代码冗余。...与容器紧耦合 而SpringMVC支持参数注入的方式用于获取请求数据,即将请求参数直接封装到方法的参数当中。...访问该方法时,请求参数名和方法参数名相同,即可完成自动封装。并在控制台打印出来。执行路径为:http://localhost:8080/c1/param1?...id=1&name=LYL&sex=man 2.1.2 测试结果 OK,确实是在控制台打印出来了,说明我们对对象类型进行封装的时候,只需要将他们的属性放在访问路径的参数里面即可 2.2...如下: 3.1 简单数据类型集合3.1.1 控制方法// 绑定简单数据类型List参数参数前必须添加@RequestParam注解 @RequestMapping("/c/param4")

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【Python量化投资】基于网格优化、遗传算法对CTA策略进行参数优化

投资策略 基于指数移动平均线的交易系统 多头开仓条件:短期均线上穿长期均线同时长期均线大于更长期均线的值 空头开仓条件:短期均线下穿长期均线同时长期均线小于更长期均线的值 为了达到分散风险的目的,选取价格走势相关性较小的品种...标的之间的相关系数矩阵 参数优化 网格优化 那么参数设为多少合适?指数移动平均线交易系统涉及到三个参数,短周期,长周期,更长的周期。...下面我们设置为更长的周期为25,来对短周期和长周期进行网格化的遍历,设定短周期范围为5至10,长周期范围为15-25。 遗传算法 通过机器学习的方法来进行参数优化求解。...遗传算法 那么有没有不遍历的方法进行参数优化?本文以机器学习的遗传算法为例,旨在提供一个思路,具体效果可能并没有那么理想,而且容易陷入局部最优解,后续还将多加调整。...几点说明 编码方式:我们考虑两个参数,短周期与长周期。短周期的范围为[5,10],长周期范围为[15,25]。采用普通的二进制编码,码长为6位。

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