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Brief. Bioinform. | 使用图协同过滤和多视角对比学习预测miRNA药物敏感性

今天为大家介绍的是来自Xiaojun Yao团队的一篇预测miRNA和药物关系的论文。研究表明许多药物的作用机制与miRNA有关。对miRNA与药物之间关系的深入研究可以为药物靶标发现、药物再定位和生物标志物研究等领域提供理论基础和实际方法。传统的用于测试miRNA药物敏感性的生物实验成本高且耗时。因此,在这一领域,基于序列或拓扑的深度学习方法以其高效和准确性而受到认可。然而,这些方法在处理稀疏拓扑和miRNA(药物)特征的高阶信息方面存在局限性。作者提出了一种基于图协同过滤的多视角对比学习模型GCFMCL,这是第一个将对比学习策略引入图协同过滤框架以预测miRNA与药物之间的敏感性关系的尝试。作者所提出的多视角对比学习有效地减轻了图协同过滤中异质节点噪声和图数据稀疏性的影响,显著提升了模型的性能。

03

基于神经网络的迁移学习用于单细胞RNA-seq分析中的聚类和细胞类型分类

今天给大家介绍由美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院生物统计学,流行病学和信息学系Jian Hu等人在《Nature Machine Intelligence》上发表了一篇名为“Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis”的文章。文中提出了一种迁移学习算法ItClust,这是一种监督的机器学习方法,该方法借鉴了现有的受监督细胞类型分类算法的思想,利用了从源数据中学到的特定细胞类型的基因表达信息,来帮助对新生成的目标数据进行聚类和细胞类型分类。通过使用不同的scRNA-seq数据进行全面的评估,发现ItClust能够显著的提高聚类和细胞类型分类的准确性。随着scRNA-seq在生物医学研究中的日益普及,未来希望ItClust将更好地利用大量现有的经过良好注释的scRNA-seq数据集,并使研究人员能够准确地对研究中的细胞进行聚类和注释。

06

《机器学习》笔记-半监督学习(13)

如今机器学习和深度学习如此火热,相信很多像我一样的普通程序猿或者还在大学校园中的同学,一定也想参与其中。不管是出于好奇,还是自身充电,跟上潮流,我觉得都值得试一试。对于自己,经历了一段时间的系统学习,现在计划重新阅读《机器学习》[周志华]和《深度学习》[Goodfellow et al]这两本书,并在阅读的过程中进行记录和总结。这两本是机器学习和深度学习的入门经典。笔记中除了会对书中核心及重点内容进行记录,同时,也会增加自己的理解,包括过程中的疑问,并尽量的和实际的工程应用和现实场景进行结合,使得知识不只是停留在理论层面,而是能够更好的指导实践。记录笔记,一方面,是对自己先前学习过程的总结和补充。 另一方面,相信这个系列学习过程的记录,也能为像我一样入门机器学习和深度学习同学作为学习参考。

02

学界 | FAIR提出用聚类方法结合卷积网络,实现无监督端到端图像分类

预训练的卷积神经网络,或称卷积网络,已经成为大多数计算机视觉应用的基础构建模块 [1,2,3,4]。它们能提取极好的通用特征,用来提高在有限数据上学习的模型的泛化能力 [5]。大型全监督数据集 ImageNet[6] 的建立促进了卷积网络的预训练的进展。然而,Stock 和 Cisse [7] 最近提出的经验证据表明,在 ImageNet 上表现最优的分类器的性能在很大程度上被低估了,而且几乎没有遗留错误问题。这在一定程度上解释了为什么尽管近年来出现了大量新架构,但性能仍然饱和 [2,8,9]。事实上,按照今天的标准,ImageNet 是相对较小的;它「仅仅」包含了一百万张涵盖各个领域的分类图片。所以建立一个更大更多样化,甚至包含数十亿图片的数据集是顺理成章的。而这也将需要大量的手工标注,尽管社区多年来积累了丰富的众包专家知识 [10],但通过原始的元数据代替标签会导致视觉表征的偏差,从而产生无法预测的后果 [11]。这就需要在无监督的情况下对互联网级别的数据集进行训练的方法。

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