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多个性状的BLUP计算综合育种

最近有老师问如何计算多个育种的综合育种,因为选择育种时,需要考虑多个性状,而这些性状单位不一样,怎么合并计算?...这里面其实就是包括两部分内容: 1,多个性状的育种进行标准化 2,多个性状的育种赋予权重 为何要进行标准化? 所谓标准化,就是将数据变为平均数为0,方差为1的数据集。...然后可以对不同的性质设置不同的权重,才可以进行综合育种计算。 标准化就是将育种减去平均育种,然后除以标准差。公式如下: 为何要对不同性状赋予权重?...下面我们用一组数据来介绍一下计算方法,首先模拟一个数据,包括ID,y1,y2,y3三个性状。...最后将权重对应的性状相乘,相加变为综合育种

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​cytoscape的十大插件之五--Centiscape(计算多个中心

下面是cytoscape讲师的笔记 一、初识 据文献介绍,Centiscape是目前唯一能同时计算多个中心的Cytoscape插件。...在Centiscape上,通过计算出中心或者用从实验中得到的生物参数排序,能够从网络上得到关键节点。 二、名词解释 先了解一些拓扑网络参数,之后会用到插件中 0....Betweenness (Cspb(v),中间度) 定义: 代表节点中心的指标,与 Stress相似,但含有更多的意义 首先计算网络中任意两点的最短路径数目总和,然后计算其中经过v点的最短路径的数量与总和的比...,因此是个权重的结果 高质心的节点,意味着它有很多个邻近点(不单指第一邻近点) 意义: 相对于平均值,高质心的点更有可能参与协调其他高度连接蛋白的活性,共同致力于某一特定细胞活性的调控(如细胞黏附,...建议与与能够计算出蛋白质网络调控关键模块的算法进行比较,如MCODE等 9. Eccentricity (Cecc(v),离心率) 定义: 代表节点中心的指标。

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numpy和pandas库实战——批量得到文件夹下多个CSV文件中的第一列数据并求其最

/前言/ 前几天群里有个小伙伴问了一个问题,关于Python读取文件夹下多个CSV文件中的第一列数据并求其最大和最小,大家讨论的甚为激烈,在此总结了两个方法,希望后面有遇到该问题的小伙伴可以少走弯路...不过白慌,针对下图中的多个CSV文件,我们可以利用Python来一次性遍历读取多个文件,然后分别对文件进行处理,事半功倍。 ?...3、其中使用pandas库来实现读取文件夹下多个CSV文件中的第一列数据并求其最大和最小的代码如下图所示。 ? 4、通过pandas库求取的结果如下图所示。 ?...通过该方法,便可以快速的取到文件夹下所有文件的第一列的最大和最小。 5、下面使用numpy库来实现读取文件夹下多个CSV文件中的第一列数据并求其最大和最小的代码如下图所示。 ?.../小结/ 本文基于Python,使用numpy库和pandas库实现了读取文件夹下多个CSV文件,并求取文件中第一列数据的最大和最小,当然除了这两种方法之外,肯定还有其他的方法也可以做得到的,欢迎大家积极探讨

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基于Python读取多个Excel文件并跨越不同文件计算均值

又到了一年一度的算综测时间,其中一大难点就是计算全班同学相互打分的平均值;而若借助Python,这一问题便迎刃而解。   ...其中,每一个格子都代表了这位同学、这一项打分项目在经过班级除其之外的每一位同学打分后计算出的平均值。 ?   可以看到,一个人就需要算11次平均,更何况一个班会有数十位同学。...如果单独用Excel计算,是非常麻烦的。   而借助Python,就会简单很多。具体代码如下。...这里是最终结果存放路径,请不要和上述路径一致 first_row=5 #第一个分数所在的行数 first_column=3 #第一个分数所在的列数 all_row=32 #班级同学总数 all_column=11 #需要计算的分数项目个数...all_score.append(single_score) all_mean_score[now_row-1,now_column-1]=np.mean(all_score) #计算全部同学为这一位同学

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python 平均值MAXMIN 计算从入门到精通「建议收藏」

入门级计算 1、算数平均值 #样本: S = [s1, s2, s3, …, sn] #算术平均值: m = (s1 + s2 + s3 + … + sn)/n Numpy中的写法 m = numpy.mean...(样本数组) 2、加权平均值 #样本: S = [s1, s2, s3, …, sn] #权重: W = [w1, w2, w3, …, wn] #加权平均值: a = (s1w1 + s2w2 +...s3w3 + … + snwn)/(w1 + w2 + w3 + … + wn) 3、Numpy中的格式 首先是数据源:需要求加权平均值的数据列表和对应的列表 elements = [] weights...weights), 1) # 不使用numpy写法2 round(sum([j[0]*j[1] for j in zip(elements, weights)])/sum(weights), 1) 定义函数计算一个序列的平均值的方法...pandas 数据聚合与分组运算 获得Pandas中几列的加权平均值和标准差 https://xbuba.com/questions/48307663 Pandas里面的加权平均,我猜你不会用!

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使用最短路径算法推荐春运回家路线

将数据整理成统一格式,并去除缺失和异常值。 存入stations.csv表格进行统计 以出发点为起点,对不同的站点进行客运量、时间、票价、距离加权平均,得到一个均值。...分析方法 使用 Python 的 Pandas 库进行数据分析。 计算每个站点的客运量,并根据票价、距离进行加权计算 绘制加权站点分布图,并使用最短路径算法进行计算统计。...示例代码 import pandas as pd # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv("stations.csv") # 计算每个站点的客运量、票价、距离 data["passenger_traffic...seat_count"] * data["occupancy_rate"] data["distance"] = data["longitude"] ** 2 + data["latitude"] ** 2 # 计算每个站点的加权平均值...values[0] end_value = data[data["station_name"] == end_station]["weighted_average"].values[0] # 计算所有路线的加权平均值

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用9行python代码演示推荐系统里的协同过滤算法

大多数协同过滤系统应用所谓的基于相似性索引的技术。在基于邻域的方法中,根据用户与活动用户的相似性来选择多个用户。通过计算所选用户评分的加权平均值来推断活跃用户。 协同过滤系统关注用户和项目之间的关系。...协同过滤有两类:  基于用户,衡量目标用户与其他用户的相似度。 基于项目,衡量目标用户评分或交互的项目与其他项目之间的相似度。...库,读取了csv数据,然后提取了我们用户作为列,电影为行,然后交叉是用户打出的电影评分。...在没有打分的交叉里填充了NaN。...第4行里在用户里计算出相似度,以Toby 为例,Pandas使用corrwith() 计算出相似度。分数越接近 1 表明用户口味越相似。

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详解用Python进行时间序列预测的7种方法

很明显这里的逻辑是只有最近的最要紧。这种用某些窗口期计算平均值的预测方法就叫移动平均法。 计算移动平均值涉及到一个有时被称为“滑动窗口”的大小p。...例如,如果我们选择[0.40, 0.25, 0.20, 0.15]作为,我们会为最近的4个时间点分别赋给40%,25%,20%和15%的权重。...它通过加权平均值计算出预测,其中权重随着观测从早期到晚期的变化呈指数级下降,最小的权重和最早的观测相关: ? 其中0≤α≤1是平滑参数。...正如简单指数平滑一样,这里的水平方程显示它是观测和样本内单步预测的加权平均数,趋势方程显示它是根据 ℓ(t)−ℓ(t−1) 和之前的预测趋势 b(t−1) 在时间t处的预测趋势的加权平均值。...水平函数为季节性调整的观测和时间点t处非季节预测之间的加权平均值。趋势函数和霍尔特线性方法中的含义相同。季节函数为当前季节指数和去年同一季节的季节性指数之间的加权平均值

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机器学习模型的特性

2 基于线性回归的方法 基本的假设是,输出变量(数字)可以表示为一系列输入变量(也是数字)的线性组合(加权和)。...典型的学习技术是“反向错误传播”,错误从输出层被反向传播到输入层来调整相应。 需要注意的是,神经网络只接受二元输入。这意味着我们需要将类别型输入转换成多个二元变量。...该方法的学习过程是要对每个节点找出其所有进入边的联合概率分布,这可以通过计算A、B和C点的观察获得,然后就可以更新节点C上的联合概率分布表。...其主要思想是要从训练集中找出K个近似的数据点,并且用它们来对输出进行插运算——对于类别型和数值型的输出来说分别是占大多数的类别和数值平均值(或者是加权平均值)。...此外,不同因子的调优(通过对不同组合的交叉比对)是一项沉闷乏味的工作。

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在python 深度学习Keras中计算神经网络集成模型

解决此问题的一种方法是使用在训练运行结束时多个模型的权重平均值。 平均模型权重 学习深度神经网络模型的权重需要解决高维非凸优化问题。...在每个训练时期的训练和测试数据集上模型精度的学习曲线 将多个模型保存到文件 模型权重集成的一种方法是在内存中保持模型权重的运行平均值。...将这些元素捆绑在一起,我们可以加载10个模型并计算平均加权平均值(算术平均值)。 首先运行示例将从文件中加载10个模型。...params: 0 _________________________________________________________________ 使用平均模型权重集合进行预测 既然我们知道如何计算模型权重的加权平均值...权重可以计算如下: # 准备一个线性递减的数组 weights = [i/n_members for i in range(n_members, 0, -1)] 运行示例将再次报告每个模型的性能

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数据的描述性统计与python实现

参考链接: Python中的统计函数 1(中位数和平均值的度量) 数据的描述性统计与python实现  使用pandas导入数据  导入需要的包  import pandas as pd import...188 最小: 150 盒须图:   sns.boxplot( y = 'height', data = snd) 算数平均数:即均值 加权平均数:加权平均值即将各数值乘以相应的权数,然后加总求和得到总体...加权平均值的大小不仅取决于总体中各单位的数值(变量值)的大小,而且取决于各数值出现的次数(频数),由于各数值出现的次数对其在平均数中的影响起着权衡轻重的作用,因此叫做权数 几何平均数:几何平均数是对各变量值的连乘积开项数次方根...  数据的离中趋势  方差:样本方差的定义  标准差:样本方差的算术平方根,定义:  极差:最大-最小 平均差:各个变量值同平均数的离差绝对的算术平均数。...当进行两个或多个资料离散程度的比较时,如果度量单位与平均数相同,可以直接利用标准差来比较。

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数据导入与预处理-拓展-pandas时间数据处理03

方法7——自回归移动平均模型 Pandas时序数据系列博客 数据导入与预处理-拓展-pandas时间数据处理01 数据导入与预处理-拓展-pandas时间数据处理02 数据导入与预处理-拓展-pandas...方法3——移动平均法 之前的简单平均法,使用所有先前数据的平均值,这有些不合理,如果基于某窗口期的平均值预测下一段的,这就是移动平均法。...现在计算均方根误差值,检查模型的准确度。...对时间点T+1的单步预测是时序 y_{1},...y_{T} 所有观察加权平均值。...水平函数为季节性调整的观测和时间点t处非季节预测之间的加权平均值。趋势函数和霍尔特线性方法中的含义相同。季节函数为当前季节指数和去年同一季节的季节性指数之间的加权平均值

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这是一篇关于Attention的综述

是编码器的所有隐藏状态及其相应的注意的加权和,通过这个附加的上下文向量是解码器可以访问整个输入序列并关注输入序列中相对关系。...基于抽象层分类:     在最一般的情况下,注意力权重只针对原始输入序列计算。这种类型的注意可以称为单水平。另一方面,注意力可以按顺序应用于输入序列的多个抽象层次。...此外,基于是自上而下学习还是自下而上学习的,可以对使用多层次注意的模型做进一步的分类。...In AAAI, 2018 基于计算位置分类 在第三类中,差异来自于输入序列计算注意力的位置。Bahdanau等人引入的注意,也被称为软关注。...顾名思义,它使用输入序列所有隐藏状态的加权平均值来构建上下文向量。软方法的使用使得神经网络能够通过反向传播进行有效的学习,但也会导致二次计算代价。

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iOS 网速检测方案

背景 为了基于网络状况做更细致的业务策略,需要一套网速检测方案,尽量低成本的评估当前网络状况,所以我们希望检测数据来自于过往的网络请求,而不是专门耗费资源去网络请求来准确评估。...指标计算 一般 RTT 作为网速的主要评估指标,拿到批量的历史请求 RTT 后,要如何去计算得到较为准确的目标 RTT 呢?...加权算法设计 拿到后如何计算呢,我们最容易想到的是加权平均值算法,但它同样会受长尾数据的影响。...比如当某个 RTT 比正常值大几十倍且权重稍高时,加权平均值也会很大,更优的做法是获取加权中值,这也是 nqe 的做法,伪代码为: //按 RTT 从小到大排序 samples.sort() //目标权重是总权重的一半...网络状况快速劣化场景 若在某一个时刻网络突然变得很差,大量请求堆积在队列中,由于我们 RTT 依赖于网络请求落地,这时计算的目标 RTT 具有滞后性。

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AI - 集成学习

分类任务采用简单投票法:即每个基学习器一票 回归问题使用简单平均法:即每个基学习器的预测取平均值 随机森林 随机森林是基于 Bagging 思想实现的一种集成学习算法,它采用决策树模型作为每一个基学习器...Bagging 和 Boosting 样本选择:Bagging 使用均匀取样,每个样本的权重相等,而 Boosting 根据错误率不断调整样本的,错误率越大的样本权重越大。...然后基于调整后的样本分布来训练下一个基学习器; 如此重复进行,直至基学习器数目达到实现指定的T为止。 再将这T个基学习器进行加权结合得到集成学习器。...对于每一轮训练,如果某个样本被正确分类,则它的会降低;反之,如果被错误分类,则会增加。这样做的目的是让后续的弱分类器更加关注那些难以正确分类的样本。...在每一轮迭代中,根据上一轮的分类结果调整样本,并基于新的分布训练下一个弱分类器。 最终,所有的弱分类器会被组合起来形成一个强分类器。

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Python小案例(六)通过墒计算指标权重

Python小案例(六)通过熵计算指标权重 在日常业务中,产品运营需要综合多个指标进行判断,如果没有目标变量进行监督训练的话,很难人为地判断哪个指标更好,综合起来哪个类别更优秀。...这里介绍一种基于法的指标权重计算,熵法是一种依据各指标值所包含的信息量的多少确定指标权重的客观赋法,某个指标的熵越小,说明该指标值的变异程度越大,提供的信息量也就越多,在综合评价中起的作用越大,...本文参考自熵法原理及应用[1]。...案例背景:通过几个业务指标评价小初高的表现 import numpy as np import pandas as pd # 构造数据 cars={ '小学':[3000,2.8,68,0.02,25...0.943311 高中 0.76 0.26 1.01 0.01 0.010000 0.366824 初中 0.01 0.01 0.01 0.26 1.010000 0.244185 共勉~ 参考资料 [1] 熵法原理及应用

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Transformers 4.37 中文文档(六十)

基于字节级字节对编码(BPE)。 此分词器可用于展平一个或多个表格,并将它们与一个或多个相关句子连接起来,以供 TAPEX 模型使用。...在注意力 softmax 之后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。 用于模型输出的基类,可能还包含过去的键/(用于加速顺序解码)。...在注意力 softmax 之后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。 模型输出的基类,可能还包含过去的键/(以加速顺序解码)。...在注意力 softmax 之后的注意力权重,用于计算自注意力头中的加权平均值。 模型输出的基类,可能还包含过去的键/(以加速顺序解码)。...注意力权重在注意力 softmax 之后,用于计算自注意力头中的加权平均值

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