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J. Med. Chem. | RELATION: 一种基于靶标结构的深度学习全新药物设计模型

本文介绍一篇来自浙江大学侯廷军教授课题组、中南大学曹东升教授课题组、华东理工大学李洪林教授课题组联合发表的论文。该论文提出了一种能够在分子生成过程中考虑到蛋白-配体相互作用的深度学习生成模型RELATION,该模型适用于基于靶标结构的全新药物设计。RELATION模型同时使用百万量级的分子库以及蛋白-配体集合数据对变分自编码器进行训练,在引入双向迁移学习后,隐藏层的采样能够同时兼顾生成分子的骨架片段的新颖性以及对靶标蛋白的亲和性。RELATION模型还提供了药效团约束生成以及贝叶斯优化(BO)采样等模块,可供用户定制化生成药效团匹配度更高以及对靶标的对接打分表现更好的分子。

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Nat. Commun. | 从单细胞转录组数据中学习可解释的细胞和基因签名嵌入

本文介绍由加拿大麦吉尔大学与蒙特利尔高等商学院、北京大学、复旦大学的研究人员联合发表在Nature Communications的研究成果:本文作者提出了单细胞嵌入式主题模型scETM(single-cell Embedded Topic Model)用于解决大规模scRNA-seq数据集的整合分析。scETM利用可迁移的基于神经网络的编码器,和一个通过矩阵三角分解而具有可解释的线性解码器。scETM同时学习一个编码器网络从而推测细胞类型混合物和一组高度可解释的基因embeddings,主题embeddings和来自多个scRNA-seq数据的批次效应线性截距(linear intercepts)。scETM可扩展到超过106个细胞,并且在跨组织和跨物种零次迁移学习上有着卓越的表现。通过基因集富集分析,作者发现scETM学习的主题富集到具有生物学意义且疾病相关的通路。scETM能将已知基因结合到基因embeddings中,从而通过主题embeddings学习通路和主题的相关性。

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论文Express | 把你的口哨变成莫扎特风,Facebook发布通用音乐迁移网络

大数据文摘作品 编译:蒋宝尚、小鱼 音乐Geek们昨天可能没能睡个安稳觉,最能体现他们创造力的一项能力——编曲技能正在被AI获取。 玩儿音乐的人都知道,编曲这项工作被公认为最能够体现艺术家创造力的一项能力。而就在昨天,Facebook AI研究院的发布的最新论文《一种通用的音乐迁移网络》称,他们已经可以通过迁移网络,实现音色和曲风的自动转化。 这是什么概念呢?简而言之就是,你随便吹出的一段口哨,已经可以在很短的时间内,被AI转换成为莫扎特风格的钢琴曲,又或者贝多芬风格的交响乐。 让我们先来听听下面这段音频,

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