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基于语言模型可控蛋白质设计

简读分享 | 蒋一 编辑 | 龙文韬 论文题目 Controllable protein design with language models 论文摘要 蛋白质序列在本质上类似于自然语言:氨基酸以多种组合方式排列...因此,在整个自然语言处理(NLP)历史中,它许多技术被应用于蛋白质研究问题。Transformer预训练模型实施使文本生成具有类似人类能力,包括具有特定属性文本,如风格或主题。...对蛋白质家族预训练模型进行微调,将使它们能够用新序列来扩展它们,这些序列可能是高度不同,但仍有潜在功能。控制标签结合方式,如细胞区系或功能,进一步使新型蛋白质功能可控设计成为可能。...此外,最近模型可解释性方法将使我们能够解决”black box“问题,增强我们对蛋白质folding原理理解。早期举措显示了生成性语言模型设计功能序列方面的巨大潜力。...作者认为,使用生成性文本模型来创造新蛋白质是一个很有前途、在很大程度上未被开发领域,并讨论了它对蛋白质设计可预见影响。

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基于语言模型拼写纠错

本文则针对中文拼写纠错进行一个简要概述,主要分享基于n-gram语言模型和困惑集来做中文拼写纠错方法。 一、中文拼写纠错 定义:给定一个自然语言句子,识别出其中出错汉字或词语,并对其进行纠正。...二、相关工作       我们做了一些相关工作调研,主要集中在基于语言模型拼写纠错。       论文[2]提出了一种具有较高准确率、较低召回率纠错方法。系统流程图如下: ?...论文[4]提出拼写纠错系统包含三个组件:(1)基于语言模型来生成校正候选句;(2)统计机器翻译模型提供校正候选句;(3)支持向量机(SVM)分类器,以重新排列前两个组件提供候选句,输出最可能纠正后句子...论文[5,6,7,8]也是基于语言模型纠错。...语言模型基于统计模型机器翻译,汉语自动分词和句法分析中有着广泛应用,目前采用主要是n元语法模型(n-gram language model)。

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基于递归网络语言模型

在使用像LSTM或GRU这样递归神经网络时,有许多设计决策要做。...在这种基于语言模型中,神经网络读取维基百科文章一部分,并预测文本下一个字节。 具体来说,我比较存储单元LSTM,GRU和MGU是否使用层归一化和三种初始化权重方法。...Text8任务性能是以每字符位数(BPC)来衡量,它描述除了我们模型重建文本之外,需要多少存储空间。每字符位数越少,说明我们模型学习文本结构就越好。...存储单元设计 普通递归神经网络在每个时间步都会计算一个全新隐状态。这使得他们难以在许多时间步中记住细节。最常见解决方案是LSTM细胞(LSTM cell),它使用随时间步保留本地环境值。...有趣是,GRU在这里表现优于LSTM,尽管它使用参数较少。通常,更多参数是压缩任务(如语言建模)一大优势。MGU使用最少参数,所以对这个任务表现最差。

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基于语言模型应用

在AI领域,大语言模型已成为备受瞩目的焦点,尤其在自然语言处理(NLP)领域,其应用愈发广泛。BLM作为一种多任务语言建模方法,旨在构建一个具备多功能强大模型。...问答系统在当前问答系统中,主要是基于神经网络模型来构建。对于 BLM而言,它能够以更高准确率、更好准确性、更高效率生成答案。为了达到这些目标,许多 NLP模型基于深度学习技术。...基于 BLM问答系统主要是基于模型对问题进行语义理解,然后返回答案。问题通常来自于搜索引擎、分类系统和事实数据库等网站。...悦数图数据库凭借其前沿图技术,为大语言模型注入了万亿级丰富上下文,显著提升了模型回答准确度,为企业级应用提供了强大支持。...未来,随着技术不断进步和应用深入拓展,悦数图数据库将继续为大语言模型领域注入新活力,推动企业级应用走向更加智能、有效新时代。

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数据库模型设计——主键设计

数据库设计时,主要就是对实体和关系设计,实体表现出来就是表,关系表现出来就是外键。而对于一个表,由两部分组成:主键和属性。主键简单定义就是表中为每一行数据唯一标识。...由于主键常常用于检索数据,也用于表之间关联,所以主键设计好坏将会严重影响数据操作性能。下面来介绍下主键设计几个考虑因素。...GUID类型:这个类型并不是所有数据库都有对应数据类型,SQL Server有uniqueidentifier,MySQL没有。...数据库主键与业务主键 前面说到一个表可能有很多个唯一标识候选键,那么这么多候选键中,哪个应该拿来做主键呢?...,但是由于我们大部分情况下都是使用主键检索数据,所以大部分数据库默认实现,在建立主键时会自动建立对应索引。

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基于独立 Laravel Eloquent 组件编写 ORM 模型

模型类负责与数据库进行交互,这里模型指的是数据表模型,一个模型类对应一张数据表,数据表字段会映射为模型属性,我们可以通过模型类提供方法实现对应数据表记录增删改查,这样一来,我们就将原来面向过程数据库操作转化为面向对象风格编程...)和数据持久层是完全分离模型类操作与数据表更新之间通过 EntityManager 来维护,上层操作模型类完全不需要和数据库有任何关联。...这里,我们选择使用更加简单 Active Record 模式来实现 ORM 模型类,并且为了简化流程,我们直接基于 Laravel 框架 Eloquent ORM 组件来编写,就不再重复造轮子了。...(为了编写 Eloquent 模型类,如果只是使用 Laravel 提供数据库查询构建器功能,则不需要这些操作)。...MVC 模式在博客应用中落地,下篇教程,我们将探索如何通过现代工程化方式管理前端资源和依赖,我们将引入 NPM、Webpack、Laravel Mix、jQuery 和 Bootstrap,并基于这些工具和框架替换博客应用主题

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laravel - 根据数据库逆向生成模型文件

写在最前 上一篇文件已经讲解了如何从数据库逆向生成迁移文件,那么对于懒癌晚期我是万万不够,所以说我又找到了一个可以逆向生成模型文件库,经过测试,自定义功能非常强大。...安装 安装过程稍微复杂一些,首先需要通过composer去安装库 composer require reliese/laravel --dev 然后使用artisan生成配置文件,在config/models.php...:clear 使用 完成上面的安装工作,就能以一个非常优美的姿势,生成模型文件了 php artisan code:models 同时还支持下面几种方式使用 # 为指定数据表生成模型 php artisan...code:models --table=users # 为指定连接生成模型 php artisan code:models --connection=mysql 如果还需要自定义更多内容,就需要去config.../models.php修改了 比如说,设置表前缀,大概在310行位置: /* |-----------------------------------------------------------

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基于扩散模型DNA序列设计

与此相反,扩散模型作为一种新兴生成模型类别,没有这些问题,并已在图像生成等领域达到最新水平。鉴于此,作者提出了一种新潜在扩散模型,DiscDiff,专门用于离散DNA序列生成。...通过使用自动编码器将离散DNA序列嵌入到连续潜在空间,模型能够利用连续扩散模型强大生成能力来生成离散数据。 合成DNA序列设计传统上是基于广泛实验室实验得出特定生物数据工作。...鉴于扩散模型在图像生成、蛋白质合成和电路设计方面的成功应用,将其应用于DNA序列生成可能会产生更高质量序列。在这“质量”指的是序列多样性以及捕捉基础分布/基序能力。...DiscDiff模型部分 图 1 图 2 作者介绍了一种名为DiscDiff灵活潜在扩散模型,专为离散数据生成而设计。该模型由两个主要组成部分构成:一个自编码器函数和一个去噪模型。...即使随着训练时间延长,转录起始位点(TSS)峰值建模得到改进,基于嵌入方法也倾向于优先考虑DNA序列整体表达,而不是具体细节。

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XLM,基于BERT语言模型

背景 XLM基于几个核心概念: Transformers, Google在2017年提出一种能够同时处理输入文本并且学到词语上下文联系注意力机制。...因为在注意力模块中所有词都是同时处理,所以模型还需要考虑额外位置信息。模型网络通过给每个token加一个基于位置固定值(例如正弦函数),可以成功学习到token间联系,这一步叫位置编码。...2018年Lample et al.提出了将Transformer 和基于短语统计机器翻译技术(PBSMT)相结合模型。后者给出了不同语言中短语概率表。...不同初始化方法翻译结果。CLM表示因果语言模型(Causal Language Modeling),不用掩码技术,每一个词是基于前序词来预测。...通过简单高效微调,BERT性能可以超过其他跨语言分类模型,并显著改善翻译模型。 有趣是,本文中使用翻译模型和用于初始化MLM模型基于Transformer。

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Survey | 基于生成模型分子设计

最后,作者总结了生成模型作为分子设计前沿工具前景和挑战。 1 背景 材料创新是许多技术进步关键驱动力。...近几年,基于数据驱动的人工智能方法,尤其是生成模型,逐渐被用于解决各个领域逆向设计,并在分子反向设计和药物发现中展现出了光明前景。 2 生成模型 简而言之,生成模型作用是捕获数据分布潜在规则。...由于SMILES依赖于基于序列表示,自然语言处理算法可以自然地被移植到分子生成领域。...RNN架构在分子设计最简单应用形式为利用分子数据库有效SMILES对RNN进行训练并生成大量有效分子,随后根据分子物理化学性质进行筛选。...图4 基于分子生成模型 (a)一种基于RNN分子图生成决策过程 (b)JT-VAE 在VAE领域,研究者已经提出了多种直接从隐变量生成分子图方法。

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数据库模型设计——关系实现

在实体关系模型中,我们知道有三种关系:一对一、一对多、多对多。...这只是概念上关系,但是在真实关系数据库中,我们只有外键,并没有这三种关系,那么我们就来说一说在关系数据库管理系统中,怎么实现这三种关系。 一对多 这里先讲解一对多,因为这个关系最简单。...比如前面说到班级学生关系。班级表不变,学生表增加班级Id作为外键。 多对多 多对多关系在数据库设计时比一对一要常见,所以这里先说说多对多。...一对一关系在数据库设计中,是使用最少关系,因为一般来说,如果两个实体是一对多关系,那么我们也可以把这两个实体合并成一个实体。但是在设计中,我们仍然会遇到两个完全不同实体,之间存在一对一关系。...一个教师可以当某个班班主任,也可以不当任和班班主任,同时也不可能在班级表班主任字段上出现两次,所以最多就当一个班班主任,所以该设计满足需求。

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基于RBAC权限模型理解与设计

RBAC权限模型 关于这个权限模型,网络上有很多文章,就不重复了。也在网上看了不少相关文章,根据跟我所想要还是有差距,或者说关注点可能有些不一样。(在手机码这篇文章时候,发现是自己理解有问题。...这篇文章记录了自己理解,也避免了开发走向错误方向,所以还是那个问题:一个问题在内部讨论时候存在争议时候,不要急着下结论,一个人坚持自己意见时候可能都是有某种合理性,只是可能可能各自合理性没有表达清楚或者本身没有梳理清楚...但是,在学校层面不止有校长,还有副校长等其他角色领导,在这个单线模型下,要让副校长等领导也能关联下面的班主任,这颗角色树就很难描述清楚,要描述清楚,就必须是一个多继承关系,也就是班主任这个角色上面除了校长...于是,大多数角色体系都会分离出部门和角色两类(没错,部门其实就是角色一种类型,或者叫用户组)。部门很明显,就是树形结构,很清晰单继承模型。...通常来说,表级太粗,而字段级又太细,实现很费事,不够实用,而行级正合适,关键是在关系数据库上很容易实现。 因此,数据权限就可以定义某用户对某条数据是否具有权限,有哪些权限等。

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从并发模型看 Go 语言设计

Go 语言并发设计就是基于 CSP 模型。 在最初 CSP 模型中,程序总由若干个可以相互通信进程构成,其中每一个进程内部是顺序执行(这也就是 CSP 名称含义)。...,但 Go 语言对 CSP 并发模型支持能让整个设计变得简单清晰(「并发」和「并行」区别可以参考这个视频)。...总结 Go 语言是一个原生支持并发语言,其并发模型基于 CSP 模型。通过使用 Go 语言并发能力,我们可以设计出非常直观易懂代码。...经过上面几个例子分析中我们可以看出,从并发模型和并发程序设计角度来看,Go 在语言设计优势在于: 拥有轻量应用层进程 goroutine,允许开发者基于大量 goroutine 来设计并发程序...,很好地契合了 goroutine + channel 并发模型 而 Go 在语言设计劣势在于: 泛型缺失导致许多程序设计变得脆弱,增加代码量且失去了安全性

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从并发模型看 Go 语言设计

Go 语言并发设计就是基于 CSP 模型。 在最初 CSP 模型中,程序总由若干个可以相互通信进程构成,其中每一个进程内部是顺序执行(这也就是 CSP 名称含义)。...下面,我们通过例子说明基于 CSP 模型是如何组织程序。...,但 Go 语言对 CSP 并发模型支持能让整个设计变得简单清晰(「并发」和「并行」区别可以参考这个视频)。...总结 Go 语言是一个原生支持并发语言,其并发模型基于 CSP 模型。通过使用 Go 语言并发能力,我们可以设计出非常直观易懂代码。...经过上面几个例子分析中我们可以看出,从并发模型和并发程序设计角度来看,Go 在语言设计优势在于: 拥有轻量应用层进程 goroutine,允许开发者基于大量 goroutine 来设计并发程序

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如何基于向量数据库+LLM(大语言模型)打造企业专属Chatbot?

流畅多轮对话、丰富通用知识问答,对于通用大语言模型在理解和响应人类指令方面表现突出,由于通用大模型知识来源于公共知识,缺少对垂直领域训练,因此使用LLM在垂直领域知识问答表现并不理想。...基于向量数据库+大模型智能知识问题可以打破传统搜索困境,实时、快速、准确提供知识答疑,信息获取更加轻松高效。向量数据库+LLM(大语言模型),打造更懂你企业专属Chatbot?...将企业知识库文档和实时信息通过向量特征提取然后存储到向量数据库,结合LLM大语言模型可以让Chatbot(聊天机器人)回答更具专业性和时效性,构建企业专属Chatbot。...,结合Top N检索结果,基于LLM问答模型返回检索推理问答结果。...,如果问题本身就是独立,则不需要这个部分; 步骤2:将向量形式用户query输入向量数据库进行检索; 步骤3:使用向量检索引擎得到业务数据中Top N搜索结果; 步骤4:LLM基于最相关知识(Top

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