基于R的filled.contour热图的自定义色标 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R语言ggplot2画热图的时候在色块上添加文本

今天的推文没有详细介绍代码，代码的介绍会以视频形式放到B站，欢迎大家关注我的B站小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式...画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007.csv") head(dfa) pivot_longer(dfa, !...小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...今天推文的示例数据和代码可以在后台留言20211007获取

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R语言复杂热图的绘制

大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...首先我们看下安装和载入，其安装通过bioconductor安装： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ComplexHeatmap...matrix(rnorm(40, -2), 4,10)) rownames(mat) = paste0("R", 1:12) colnames(mat) = paste0("C", 1:10) Heatmap...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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R中优雅的可视化WGCNA模块热图

欢迎关注R语言数据分析指南加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg 的缺失数据比例阈值...datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20)...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"

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超详细的R语言热图绘制之complexheatmap：01

ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。 1.1 设计理念一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。...class: 创建用户自定义的注释 ComplexHeatmap是基于grid的，充分利用此包需要用户了解grid绘图系统的知识。...单个热图介绍单个热图的组成 3. 热图注释热图注释概念，如何绘制简单注释和复杂注释，简单注释和复杂注释的不同 4. 热图列表如何绘制多个热图和注释，它们的位置排布是怎样安排的 5....图例如何绘制热图主体和注释条的图例，如何自定义图例 6. 热图装饰如何添加用户自定义图形 7-12章暂时还未翻译 7. 瀑布图 8. UpSet plot 9. 其他高阶图形 10....和其他R包交互 11. 交互式热图 12.

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【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享）

如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...热图的本质是表现数值矩阵，色板中的每个方格都是一个数值，按照色彩变化尺的要求，根据数值大小显示出不同颜色。...本次教程介绍pheatmap这个R包，此包功能强大，制作热图方便给力。 1. pheatmap包安装及加载我们先在R上安装pheatmap这个包，首先打开Rstudio。 ? 2....color.key是我们构建的颜色变化尺，以后只需要修改color.key的内容，就可以轻松搞定各种色图颜色了。 ?

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R优雅的自定义绘制代谢通路图

❝最近看到一个非常好的案例来分享一下，使用igraph，ggraph等R包来自定义绘制代谢通路pathway，原文文档链接见下方，数据可自行去官网下载。...这需要各位观众老爷细细品味 ❞ 原文文档 ❝https://github.com/cxli233/ggpathway❞ 加载R包 library(tidyverse) library(igraph) library...graph_from_data_frame( d = example1_edge_table, vertices = example1_nodes_table, directed = T ) 绘制基础通路图...graph_from_data_frame( d = example2_edges, vertices = example2_nodes, directed = T) 绘制PPP代谢途径图...- graph_from_data_frame( d = example3_edges, vertices = example3_nodes, directed = T) 绘制TCA途径图

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R优雅的给环状热图添加显著性标记

欢迎关注R语言数据分析指南官方文档 ❝https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtreeExtra/inst/doc/ggtreeExtra.html...❞ 关注下方公众号下回更新不迷路加载R包 library(ggtreeExtra) library(ggtree) library(treeio) library(tidyverse) library...[3-6-]+"))) 可视化距离矩阵 p % ggtree(layout="fan", open.angle=10) 绘制环状热图 p + new_scale_fill

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基于Spark的大数据热图可视化方法

,可以解决大数据计算中的批处理、交互查询及流式计算等核心问题.Zeppelin可以作为Spark的解释器,进一步提供基于 Web 页面的数据分析和可视化协作可以输出表格、柱状图、折线图、饼状图、点图等...并行计算大数据热图经纬度换算并行计算在 Spark 平台上实现热图的绘制,首先将经纬度坐标转换为对应不同瓦片上的像素坐标.每个基站的辐射范围可近似认为相同, 即每个基站（收集数据的基站坐标）的初始影响力近似相同...图 2b 是一个透明的PNG 格式图片, 调色板如图 2c 所示. 本文中出现的热图均采用图 2c 调色板. ?...将计算出的热图结果存储在HDFS上,并与经纬度以及层级建立索引关系方便以后读取,拼接后的热图绘制效果如图 3 所示. ? 瓦片边缘问题 ?...总结本文提出的大数据热图可视化方法能够有效地解决前端绘制计算量大的问题,通过在Spark平台上以瓦片为单位分层次并行计算热图, 将生成的热图存储在HDFS上,然后通过web服务器提供浏览器交互服务,

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与数据挖掘有关或有帮助的R包和函数的集合

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...1、聚类常用的包：fpc，cluster，pvclust，mclust 基于划分的方法:kmeans,pam,pamk,clara 基于层次的方法:hclust,pvclust,agnes,diana...基于模型的方法:mclust 基于密度的方法:dbscan 基于画图的方法:plotcluster,plot.hclust 基于验证的方法:cluster.stats 2、分类常用的包： rpart...,paracoor,parcoord 热图,contour:contour,filled.contour 其他图:stripplot,sunflowerplot,interaction.plot,matplot...scale 变量转置：t 抽样：sample 堆栈：stack,unstack 其他：aggregate,merge,reshape 9、与数据挖掘软件Weka做接口 RWeka:通过这个接口，可以在R中使用

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R语言ggplot2漂亮的热图和配色简单小例子

，今天重复这个热图这个图具体的数据是什么意思暂时还没太看明白，最终用于作图的数据格式如下 image.png 前半部分准备数据的代码这里就不介绍了 image.png 准备数据的过程可能稍微有点枯燥，...大家感兴趣的话可以自己研究研究我们直接运行画图代码加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...)) + geom_tile() image.png 调整热图方块的一些内容 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour...="white", #linewidth=2, width=.9, height=.9) image.png 这里原来热图对应的小单元格高和宽是都可以调整的...调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth

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基于HTML5实现的Heatmap热图3D应用

Heatmap热图通过众多数据点信息，汇聚成直观可视化颜色效果，热图已广泛被应用于气象预报、医疗成像、机房温度监控等行业，甚至应用于竞技体育领域的数据分析。...已有众多文章分享了生成Heatmap热图原理，可参考《How to make heat maps》和《How to make heat maps in Flex》，本文将介绍基于HTML5技术的实现方式...回到我们要实现的例子，我将采用heatmapjs在内存中实时运算出热图，结合hightopo的HT for Web的3D引擎，以一堆节点连线关系的3D的网络拓扑图，其中节点代表热源，其越接近地面则地面温度越高...，最后启动HT for Web的三维拓扑自动布局弹力算法，这样可直观的观察图元节点在不同的空间位置动态变化时地板的温度热图变化效果。..._renderer.canvas);将热图的canvas注册成HT的图片，而floor的地板图元绑定了注册的’hm-bottom’图片，这样就实现了内存绘制canvas，然后通过HT for Web的3D

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基于HTML5实现的Heatmap热图3D应用

Heatmap热图通过众多数据点信息，汇聚成直观可视化颜色效果，热图已广泛被应用于气象预报、医疗成像、机房温度监控等行业，甚至应用于竞技体育领域的数据分析。...已有众多文章分享了生成Heatmap热图原理，可参考《How to make heat maps》和《How to make heat maps in Flex》，本文将介绍基于HTML5技术的实现方式...回到我们要实现的例子，我将采用heatmapjs在内存中实时运算出热图，结合hightopo的HT for Web的3D引擎，以一堆节点连线关系的3D的网络拓扑图，其中节点代表热源，其越接近地面则地面温度越高...，最后启动HT for Web的三维拓扑自动布局弹力算法，这样可直观的观察图元节点在不同的空间位置动态变化时地板的温度热图变化效果。..._renderer.canvas);将热图的canvas注册成HT的图片，而floor的地板图元绑定了注册的’hm-bottom’图片，这样就实现了内存绘制canvas，然后通过HT for Web的3D

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R语言ggplot2画热图添加分组信息的颜色条

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线非常感谢下面这位的留言文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...首先是准备热图的数据如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子接下来是准备分组颜色条的数据下面是画这个颜色条...接下来是模仿文章开头，拼接三个热图 p3<-p1+ theme(axis.text.y = element_blank()) pdf(file = "123.pdf",width = 12) p1%

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R语言ggplot2绘制半圆形热图的简单小例子

常见的热图看腻了，这节来介绍如何通过ggplot2绘制圆形热图，为了方便各位观众老爷观看，我制作了一个交互式文档，后台回复关键词2021-4-14获取本文代码及文档（这个是我转载的推文，如果需要这个代码和数据...，需要到原公众号去留言）加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(cowplot) 读入数据 accidents <- read.csv("...7 2007 170 7 8 2007 143 8 9 2007 146 9 10 2007 145 10 数据可视化先画一张常见的热图

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【学习】干货：与数据挖掘有关或有帮助的R包和函数的集合

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...1、聚类常用的包： fpc，cluster，pvclust，mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes..., diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan 基于画图的方法: plotcluster, plot.hclust 基于验证的方法: cluster.stats 2、分类...: decomp, decompose, stl, tsr 6、统计常用的包： Base R, nlme 方差分析: aov, anova 密度分析: density 假设检验: t.test, prop.test...coordinates: parallel, paracoor, parcoord 热图, contour: contour, filled.contour 其他图: stripplot, sunflowerplot

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跟着Nature Microbiology学作图：R语言ggplot2做黑白格的热图

pdf 论文 Protective role of the Arabidopsis leaf microbiota against a bacterial pathogen image.png 今天的推文来重复一下论文中的...figure6a image.png 今天的推文先画黑白格的热图，关于添加线段注释和左侧的绿色热图放到下期推文介绍首先是示例数据集 image.png 读取数据 library(readxl)...df<-read_excel("41564_2021_997_MOESM14_ESM.xlsx", n_max = 40) 这里用到了n_max参数，是因为数据文件的结尾还有一行数据...，这里我不想读入，最方便的办法是直接手动删掉，不想删就指定读取的行数宽格式数据转换为长格式 df %>% select(-Func_name) %>% pivot_longer(!

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R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...(values = c("white","red","red2","red4"))+ theme(panel.background = element_blank()) 这样是不是和文章开头提到的图有点像了...，下一期推文介绍利用堆积柱形图给热图添加分组信息。

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R语言数据挖掘相关包总结-转帖

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...1、聚类常用的包： fpc，cluster，pvclust，mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust,...agnes, diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan 基于画图的方法: plotcluster, plot.hclust 基于验证的方法: cluster.stats...ts 成分分解: decomp, decompose, stl, tsr 6、统计常用的包： Base R, nlme 方差分析: aov, anova 密度分析: density 假设检验...plot: coplot 树: rpart Parallel coordinates: parallel, paracoor, parcoord 热图, contour: contour, filled.contour

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R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置

今天公众号后台有人留言作图，示例图如下 ?...image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是如何将图例远离主图并且给放到右上角去首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 拉大图例与主图的距离使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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