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详解 Python 批量下载基因序列

对于分析比对多个基因序列文件时的工作量说多了都是泪。比如，老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。...我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静，那么，接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。自动获取基因序列数据 0....pip install biopython 如果还不熟悉Python环境的小伙伴，参考之前发的文章：搭建 Python 高效开发环境：Pycharm + Anaconda 1....利用 Nucleotide 数据库来查询所有 oct4 基因的序列数据，为了展示基础的流程，这里采用逐条下载的方式 from Bio import Entrez,SeqIO # 参数设置 Entrez.email...= "your_email@163.com" Entrez.tool = "getGeneSeqScript" # 查询 oct4 基因的在 Nucleotide 中的总数 hd_egquery

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TBtools | 获取基因代表序列、基因序列模式定位

本次介绍的是TBtools序列工具中的获取Fasta文件中的基因代表序列以及基因序列模式定位。...首先是Fasta Get Representative，该功能可以帮助我们在一个有多条序列的Fasta文件中提取出最长的代表性序列，用于下游分析。...输出结果： >CP60818.2 ACTAGCACGTGTGTGTGCATGCA >CP60819.1 ACGATCGACTAGCATGCATCGAT 重要提示：在这里最重要的一步是使用正确的正则表达式进行序列...http://tool.chinaz.com/regex 接下来介绍的是Sequence Pattern Locate，该功能可以在一个基因组文件中找到你需要的一段序列并定位其位置。...ID、起始坐标、终止坐标、匹配到的序列。

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Ensembl快速下载基因的同源基因序列

直系同源因物种形成（speciation）而被区分开（separated）：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的；旁系同源的序列因基因复制（gene duplication...）而被区分开（separated）：若生物体中的某个基因被复制了，那么两个副本序列就是旁系同源的。...由图可知，ensembl总共支持11中格式的序列下载，分别是CLUSTALW、FASTA、Mega、MSF、Nexus、OrthoXML、Pfam、Phylip、PhyloXML、PSI、Stockholm...可以适用于不同的软件，我们选择最常规的FASTA格式进行下载，然后在FASTA格式里选择 Unaligned sequences – proteins 这一项，之后点击红框中的 Download 按钮对MYH9基因的同源基因的蛋白序列进行下载...可能有人会问只有序列怎么通过ensembl寻找同源基因，这个可以通过Ensembl的BLAST/BLAT功能来寻找序列对应的基因，BLAST/BLAT功能的位置在下图的红框中进行标出： ?

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Fimo扫描基因组序列

在做motif分析时，经常用Fimo扫描基因组序列得到motif对应的序列位置，进而进行下一步的分析。说明文档可参考：http://meme-suite.org/doc/fimo.html ?...motif file sequence file是序列文件，用全基因组还是提出来的基因组片段都可以。其他参数还有： ?

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生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列

一、序列数据的下载在开始了解序列的处理流程时，我们先要知道序列下载网址。...1、通过如下的网站进入 NCBI ，可以看到它包含许多的子库，其中 Gene 就是我们一般下载基因序列的库，接下来，在后面的输入框输入 oct4 并点击 Search。...2、可以看到该基因在不同物种和实验中所测得的相同基因序列，我们选择其中智人的POU5F1基因。值得注意的是 POU5F1 是 Oct4 基因的别名，本质上指的一个基因 ?...4、在这个页面就可以看到通过测序技术所得到的DNA序列。 ? 5、通过如下步骤我们可以得到该基因序列的 fasta 格式文件 ?...6、你也可以按照上述步骤尝试获取[ Mus musculus ] 的 fasta 序列，我们后面的分析需要用到二、 DNA序列基本处理 Python版本：Python 3.6 IDE：Pycharm

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基因序列变异信息VCF (Variant Call Format)

VCF是Variant Call Format的简称，是一种定义的专门用于存储基因序列突变信息的文本格式。在生物信息分析中会大量用到VCF格式。...VCF文件包括了两部分第一部分是#开头的注释行称为header包括版本信息，物种，生成这个文件所使用的命令，参考基因组信息等。...的第一个碱基位置；第3列：ID dentifier；突变的名称，比如dbSNP的名字第4列：REFreference base(s)；参考染色体的碱基第5列：ALTalternate base(s；与参考序列比较...，用:分割，当有多个值时用,分割举个例子CHROM=chr1：一号染色体POS=13649：13649处REF=G：参考基因组上13649处的碱基为GALT=C：所有样本中基因组上13649处可能发生的突变为...位点的reads数为16=12+4GQ=64：GT=0/1（即基因型为G/C）时的质量值为64PL=64,0,281：最有可能的GT是0/1（即基因型为G/C），对应PL值为0，概率为1#CHROM

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基因组CRISPR序列及Cas酶预测

在CRISPR特征序列附近还有一些CRISPR-associated基因，编码一系列Cas蛋白，合称CRISPR/Cas系统。...这样一来，一段新的间隔序列就被添加到了基因组的CRISPR序列之中，形成了对病毒DNA的免疫“记忆”。...这三类系统又可以根据其编码Cas蛋白的基因不同而分为更多的亚类。不同类型CRISPR/Cas系统完成干扰的步骤也有所不同。...02 CRISPR预测原核生物基因组中可能多处存在CRISPR序列，其预测注释可以使用CRISPRfinder（http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr/Server/）在线分析...与重复序列长度比的最大值，默认为2.5 -s：spacer之间相似度的最大值，默认为60 -cpuP：程序运行使用的CPU数目，默认为1 -meta：分析宏基因组序列 -gcode：密码子表，默认为大多数细菌所使用的密码子表

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Python序列

> a = 'I love you' >>> b = list(a) >>> b ['I', ' ', 'l', 'o', 'v', 'e', ' ', 'y', 'o', 'u'] max() 返回序列或者参数集合中的最大值...min() 返回序列或者参数集合中的最小值 >>> max(1,5,4,8,3,11,13) 13 >>> number = ['a','v','r','e','x','o','k'] >>> max...(number) 'x' sum(iterable[. start=0]) 返回序列iterable和可选参数start的总和 >>> tuple1 = (1,3,1,4.5,9.1) >>> sum(

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RepeatMasker:查找基因组上的重复序列

RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列，默认情况下，会将重复序列原有的碱基用N代替，从而达到标记重复序列的目的。...除此之外，也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式，来标记重复序列。该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对，从而识别输入序列中的重复序列。...在Sequence中输入或者上传FASTA格式的DNA序列；Search Engine选择比对软件，Speed/Sensitivity选择运行模式，不同模式的主要区别在于运行速度与敏感度的差异，DNA...软件基本用法如下 RepeatMasker -pa 5 -small -species human chrM.fa -pa指定线程数，只有输入文件大于50Kb时才发挥作用；-small表示将重复序列转换为小写...运行完成后，会生成多个文件，后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件，后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。

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宏基因组reads筛选：去除宿主序列

基于环境的复杂性与研究对象的不同，宏基因组数据在组装之前常需要过滤掉一些序列以防干扰研究。例如要研究动植物组织或肠道的微生物组，往往需要去除宿主的DNA序列。...假如研究的是人类肠道微生物的宏基因组，需要去除属于人基因组的序列。具体方法为将质控后的序列和人类基因组序列进行比对，将比对上的序列去除。...宏基因组reads筛选：去除宿主序列测序数据的组装：常用软件工具更新中…… 短序列有参比对常用的软件有BWA、Bowtie、BBMap等。下面以Bowtie 2为例。...首先需要下载参考基因组，这里以人类为例，可以去NCBI下载最新版本的人类基因组序列（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/index.shtml...，根据序列信息，将原始数据中包含有宿主基因组的序列去除：其中第一列为参考基因组染色体或scaffold名称，第二列与第三列为read在该染色体或scafflold比对的起始与终止位置，第四列为比对上的

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叶绿体基因组重复序列分析工具~REPuter

叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。...id=reputer_manual_manual 使用方法也很简单，直接上传fasta格式的序列，然后会有4个输入框需要填。分别是重复片段的最大最小长度。然后还有两个距离。...这两个距离是什么意思，现在我也不太清楚，可能是度量重复序列之间相似度的指标吧。我看到有论文里写会设置海明距离的。然而自己在使用的时候一直会遇到报错， ?...不知道是什么原因，自己猜测是因为序列太长，在线版运行运算能力不够，所以尝试下载单机版REPuter，但是一直没有找到下载方法，无意间发现了vmatch程序，其中有一个perl脚本repfind.pl可以做...-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp 之前将以上的内容分享到了简书，今天有人留言说使用REPuter 做重复序列分析的时候

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查询基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸序列

查询基因的核苷酸序列（1）在pubmed gene数据库选择输入想要查询的基因，点击search即可。 ? （2）选择人类 ? （3）选择人FASTA ? （4）得到核苷酸序列 ?...查询基因的核苷酸序列（1）首先得到基因的UNIprotKB identifier ? （2）在UniProtKB 数据库基于identifier搜索蛋白相关信息 ?...（4）得到氨基酸序列 ?

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用 AI 识别基因，从向量化 DNA 序列开始

向量之间的距离反映了序列之间的相似度，从而实现基因序列的分类和种类之间的相似度比较。...基因序列分类输入未知类别的 DNA 序列，在 Milvus 数据库中搜索与其相似的序列便可以对搜索对象进行基因分类，以此了解其可能的功能。...示例中的模型对未插入集合的人类基因序列进行搜索，成功根据搜索结果返回了正确的基因类别，证明了 Milvus 的向量相似性搜索能够分类基因序列。...物种相似程度通过比较不同物种之间基因序列的平均相似度，也可以看出哪些物种之间基因更为相似。...疾病诊断：临床上一般是对比检查对象与健康人的基因序列，找出可引起疾病的变异基因。[9] 在疾病对应的基因位置得到序列，根据健康与否、严重程度或疾病类型将大量的样本数据分类。

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一文搞定参考基因组序列下载

生物信息学的分析很大一部分都是围绕序列展开，可以说序列分析催生了生物信息学。比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。...今天给大家介绍如何下载某一个物种的参考基因组序列，分为浏览器版与命令行版2种方式。浏览器版通过NCBI的genome数据库下载。...比如我要下载人类参考基因组序列，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome ,在搜索框中输入human, 会出现很多关键词提示，我们选择第一个（这是human的双名法名字...）如下图点击搜索，返回的结果页面包括人基因组的各种基本信息，比如每一条染色体的大小、GC含量、基因数目、假基因数目、编码的蛋白质数目。...当然我们的目的是下载参考基因组序列，其他信息先不管，结果页面最上面的部分显示了参考基因组的DNA，转录本，蛋白质三种类型的FASTA序列下载地址，如下所示点击genome就可以下载了。

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R语言实现基因序列的匹配和比对

2. complement() 获取互补的序列 ? 3. reverseComplement() 获取反向互补的序列 ?...6. letterFrequencyInSlidingView() 函数主要是获取在指定长度序列中各字符的频率，并且将此指定长度作为窗口进行下移一个碱基，直至计算整个序列。...单模式匹配主要包含以下函数： matchPattern()：1个查询模式1条序列 countPattern()：1个查询模式1条序列，仅计数 vmatchPattern()：1个查询模式n条序列 vcountPattern...()：1个查询模式n条序列，仅计数 ?...多模式的匹配函数如下： matchPDict()：n个查询模式1条序列 countPDict()：n个查询模式1条序列，仅计数 vmatchPDict()：n个查询模式n条序列 vcountPDict(

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查找一个基因的启动子序列

启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence

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Python 序列类型

本文内容：Python 序列类型更多内容请见 Python 入门基础专栏 Python 字符串 Python 常用字符串方法 ---- Python 序列类型 1.什么是序列类型 2.通用序列类型操作...Python 中的序列类型就能很好地解决这些问题。序列类型是组合数据类型的一类，能够将多个同类型或不同类型的数据组织起来，通过单一的表示使数据操作更有序更容易。...Python中的主要序列类型：字符串（str）：由按照一定顺序组合在一起的字符来构成的，如： 'Python' 列表（list）：包含0个或多个不同类型元素的可变序列类型，用方括号将元素包含在一起...，如： ['Python', 1, 3.14, [2, 2.71], '555'] 元组（tuple）：包含0个或多个不同类型元素的不可变序列类型，用圆括号将元素包含在一起，如： ('Python'...Python', 1, 3.14, [2, 2.71], '555'] print(l[2]) 除了可以从左往右地从0开始索引，也可以从右往左由-1开始索引，也可以混合使用： l = ['Python

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python序列切片

Python中的序列包括字符串、列表、元组，下面以字符串为例进行演示，列表和元组效果同字符串 >>> a='0123456789' >>> a[0:2] '01' >>> a[3:5] '34' >>>

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Python序列方法

最近在学习python，总结了一下关于序列的的用法，希望帮到初学者 #主要序列类型 str list tuple #列表 list ls=[1,2,3,4] #末尾追加 ls.append(...,其实和remove一样 ls.pop(5) #统计个数 lss=ls*4 #重复4数 lsscount=lss.count(6) # 查看元素的索引值 index x=list('hello python...tp2=4, # 统计个数 tp1.count(1) #查看索引值 tp1.index(3) # 列表的可变 ls[2] = 'abc' ls[-1] = 'xxx' tp3 = 1,2,'python...',[4,5,6] # 字符串的方法 # 不可变对象 ss1 = 'hello python' #判断是否以某个元素结束，是则返回true，否则返回false ss1.endswith...将字符串中的小写字母转为大写字母ss1.upper() ss1 = ss1.upper() #将字符串中的大写字母转为小写字母 ss1 = ss1.lower() ss1.replace(ss1 = ss1 +'python

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Python惰性序列

Python的iterator就是一个惰性序列，要说明什么是惰性序列，首先我们得知道什么是惰性计算。事实上，很多如Java在内的高级语言都支持惰性序列。...Python惰性序列 Python的惰性序列多数指iterator，其特点正如同上文所述，具有惰性计算特点的序列称为惰性序列。...博主的解读：Python的iterator是一个惰性序列，意思是表达式和变量绑定(比如：调用iter()得到了一个iterator并赋值给一个变量)后不会立即进行求值，而是当你用到其中某些元素的时候才去求某元素对的值...一是这样我们就可以实现的无限序列的表示，比如全部的自然数(无穷尽)，而不需要真的在内存中计算出所有的自然数(那根本不可能，因为内存也不是无限的)，而是需要哪个数，计算到哪个数，或者需要哪些数，计算到那些数...而惰性序列就可以解决这个问题，它把计算的步骤延迟到了要实际使用该数据的时候。惰性序列可以看作是一个”流”，需要的时候从其中取一滴水。

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