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2022-TCGA数据库重大更新3代码提取simple nucleotide variation数据

最近,TCGA数据库发生重大更新,前面我介绍了RNAseq处理【2022-TCGA数据库重大更新RNASeqSTAR-Counts数据下载与整理】,有粉丝后台留言说介绍一下simple nucleotide...variation数据处理。...其实,这个数据和之前差不多,只是之前数据所有样本都在一个maf文件中,更新数据是一个样本一个文件。读入融合就可以了。...只需要3代码就可以搞定,下载数据解压到了DLBC_SNV文件夹中。...TCGA数据库:SNP数据下载整理及其可视化 也可以计算TMB和MATH 肿瘤突变负荷(TMB)与等位基因突变肿瘤异质性(MATH)分数计算 如果你有老版本数据也是可以用,不一定要更新。

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DFS深度优先算法 —— AcWing 842. 排列数字AcWing 843. n-皇后问题

对于第 r 第 i 个位置,判断每个点是否可以放皇后,如果可以,则放皇后,然后处理 r + 1 。 直到 r = n,程序指完毕。 函数名:void dfs(int r): 深度优先遍历函数。...第r,第i列能不能放棋子:用数组dg udg cor 分别表示:点对应两个斜线以及列上是否有皇后。...dg[i + r] 表示 ri列,所在对角线上有没有棋子,udg[n - i + r]表示 ri列,所在反对角线上有没有棋子,cor[i]表示第i列上有没有棋子。...如果 ri列对角线,反对角线上都没有棋子,即!cor[i] && !dg[i + r] && !udg[n - i + r]为真,则代表 ri列可以放棋子。...} } dfs(0); } private static void dfs(int r) { if(r==n){ //代表棋盘处理完

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【SQL进阶】03.执行计划之旅1 - 初探

非聚集索引具有独立于数据结构。 非聚集索引包含非聚集索引键值,并且每个键值项都有指向包含该键值数据指针。 从非聚集索引中索引指向数据指针称为定位器。...聚集索引扫描和表扫描性能没多大差异; 3.聚集索引根据数据键值在表或视图中排序和存储这些数据。 4.索引定义中包含聚集索引列。...--所以还是需要进行表扫描来找到符合条件,然后获取该行customer列值。 --这里有个疑问:为什么找到索引分支,不能继续找到对应,然后拿到这行customer列??...--当过滤条件中有一个可以根据聚集索引来查找时,先用聚集索引来找到匹配([id] = 2),然后再在过滤出来中筛选符合[customer] ='ddd'。 --所以是聚集索引查找。...这个地方我想到是拿到id=2匹配,直接舍弃掉不符合条件[customer] ='ddd',这个舍弃动作就没有直接体现出来。 SELECT [id] FROM [Test].

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【SQL进阶】03.执行计划之旅1 - 初探

非聚集索引具有独立于数据结构。 非聚集索引包含非聚集索引键值,并且每个键值项都有指向包含该键值数据指针。 从非聚集索引中索引指向数据指针称为定位器。...聚集索引扫描和表扫描性能没多大差异; 3.聚集索引根据数据键值在表或视图中排序和存储这些数据。 4.索引定义中包含聚集索引列。...--所以还是需要进行表扫描来找到符合条件,然后获取该行customer列值。 --这里有个疑问:为什么找到索引分支,不能继续找到对应,然后拿到这行customer列??...--当过滤条件中有一个可以根据聚集索引来查找时,先用聚集索引来找到匹配([id] = 2),然后再在过滤出来中筛选符合[customer] ='ddd'。 --所以是聚集索引查找。...这个地方我想到是拿到id=2匹配,直接舍弃掉不符合条件[customer] ='ddd',这个舍弃动作就没有直接体现出来。 SELECT [id] FROM [Test].

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SQLServer性能调优-分组聚合

流聚合是非阻塞性,具有流特性,流聚合操作符;边处理数据,边输出聚合结果。而哈希聚合是阻塞性,只要处理完所有的数据,才会输出聚合结果。...一,流聚合 流聚合要求输入数据集在group by 即分组列上是有序,也就是说,流聚合需要排序。分组列位置和顺序不会影响聚合结果,因此分组列排序是任意。...流聚合算法是:第一个被读取数据会创建第一个分组,后续读入数据都会先和当前分组匹配,如果匹配,把该行放入到当前分组中;如果不匹配,创建新分组,直到所有数据行都处理完成为止,最终对各个分组计算聚合值...由于数据是无序,任何数据行都有可能属于任意一个分组,因此,哈希聚合直到处理完所有的数据才会输出结果。...列存储索引主要在下面三个特性上提升查询性能: 存储使用逐行处理模式,每次只处理一数据;而列存储索引使用批处理模式,每次处理一批数据

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Excel揭秘26:解开“属性采用图表数据点”功用(2)

在第三个图表中,我更改了图表数据区域,将值和类别向下移动了一(注意工作表中突出显示)。...图12 选中“属性采用图表数据点”设置 (True),自定义格式(条形填充颜色和标签)随着数据区域范围变化跟随点变化。...在第三个图表中,我更改了图表数据区域,将值和类别向下移动了一(注意工作表中突出显示)。由于属性采用图表数据点设置为假,绿色和金色条和标签在图表中没有移动,而是保留在第二个和第四个条中。 ?...我还在工作表中突出显示了图表数据区域范围。 在第三个图表中,我更改了图表数据区域范围,将值和类别向下移动了一(注意工作表中突出显示)。...在第三个图表中,我更改了图表数据区域范围,将值和类别向下移动了一(注意工作表中突出显示)。

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SQL优化二(SQL性能调优)

连接到oracle实例有三种途径:  1、如果用户登陆到运行oracle实例操作系统上,则通过进程间通信进行访问  2、C/S结构访问  3、三层结构 oracle数据库是一个被统一数据集合,...dbwr进程,它可以提升频繁更改数据库系统性能。...因为分离了更改数据库buffer任务:dbwn散列写buffer到disk中,执行快速顺序写到redo,所以数据库提升了性能。 1.用户提交了一个事务。...,查询中,由上一操作返回符合条件集合,即可以是表全部行数据集合,也可以是表部分行数据集合,或者说集合筛选集合都成为row source。...select /*+USE_NL(emp,dept)*/ * from emp,dept where emp.deptno=dept.deptno; 嵌套循环返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完才返回数据

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ActiveMQ从入门到精通(二)消息顺序消费JMS Selectors消息同步 AND 异步 接受MessageP2P or PubSub持久化订阅持久化消息到MySQL与Spring整合J

将交给订单业务系统,处理完,msg2交给支付系统,处理完,msg3交给发货系统。...虽然这个处理过程是同步(一条消息处理完,在接着处理),但是它并发性,系统处理能力并没有下降!为什么这么说呢?...假设,msg1/msg2/msg3理各需要0.1S,如果订单业务系统、支付系统、发货系统并没有分开,而是一个“大系统”,那么显然订单业务在0.1S完成,需要等待后面的支付、发货逻辑处理完才能继续工作...那么有没有一种比较优雅方式,比如我们设置一个类似消息监听机制,一旦队列上有消息了,那么回调我们message handler进行处理呢? ?...其实,SpringTest + Junit4还提供了很多功能强大地方,比如可以设置数据库事务。如果我们在测试过程结束,希望回滚数据库的话,很简单,只需要在相应方法上打上注解即可。

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Java并发机制底层实现原理--Java并发编程艺术

(缓存指定是如下图中L1,L2,L3) (2)这个同步内存操作,会让其他cpu缓存该共享数据数据失效。...书中解释: 为了提高处理速度,处理器不直接和内存进行通信,而是先将系统内存数据读到内部 缓存(L1,L2或其他)再进行操作,但操作完不知道何时会写到内存。...如果对声明了volatile 变量进行写操作,JVM就会向处理器发送一条Lock前缀指令,将这个变量所在缓存数据 写回到系统内存。...所以,在多处理器下,为了保证各个处理器缓存是一致,就会实现缓存一 致性协议,每个处理器通过嗅探在总线上传播数据来检查自己缓存值是不是过期了,当 处理器发现自己缓存对应内存地址被修改,就会将当前处理器缓存设置成无效状...monitorenter指令是在编译插入到同步代码块开始位置,而monitorexit是插入到方法结 束和异常,JVM要保证每个monitorenter必须有对应monitorexit与之配对

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一个案例入门tableau——NBA球队数据可视化实战解析

因此我们根据数据范围将横纵坐标范围稍作更改,从而使各散点差异更明显。横纵坐标的范围我都设置为了102到122。...如果不更改,则会保持默认效果,最后点击确定。横纵坐标轴设置方式相同。 ? 这里需要注意一下,设置格式最下面有一“为突出显示或选定数据点显示重新计算线”,默认是勾选。...计算字段创建和参数一样,也是点击度量旁边三角或者空白。...可以理解,这个计算字段结果是一个布尔值,它取值为真或假。点击确定,“胜率筛选”这个计算字段就创建好了,且默认归到了维度区域。这样,我们就可以使用它进行胜率筛选了。...实现效果就是,点击象限图中任何一个球队图表,下面的两个工作表就会只显示这个被选中球队数据,标题也会发生变化。用鼠标框选两个球队,就会显示两个球队数据。如下图所示。再点击空白,就可以还原。

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读懂蛋白质PDB文件

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 对于从事生物行业朋友们来说,PDB文件和蛋白质结构是很多人绕不过去问题。然而对于天天跑电泳过柱子生物狗来说,PDB文件打开与天书无异。...10 REVDAT(修订日期及相关内容) 11 SPRSDE(已撤销或更改相关记录) 12 JRNL(发表坐标集文献) 13 REMARK REMARK 1(有关文献) REMARK 2...在每个聚合链末端都必须有TER记录,但是由于无序序列而造成中断不需要该记录。 MODEL 当一个PDB文件中包含多个结构时(例:NMR结构解析),该记录出现在各个模型第一。...MODEL记录第11-14列上记入模型序号。序号从1开始顺序记入,在11-14列中从右起写。...比如说有30个模型,则第1至9号模型,该行7-13列空白,在14列上记入1-9数字;第10-30号模型,该行7-12列空白,13-14列上记入 10-30数字。

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RabbitMQ知多少

当消费端接收消息并且处理完,会发送一个ack(消息确认)信号到RabbitMQ,RabbitMQ接收到这个信号,就可以删除掉这条已经处理消息任务。...启动消费者 //autoAck:true;自动进行消息确认,当消费端接收到消息,就自动发送ack信号,不管消息是否正确处理完毕 //autoAck:false;关闭自动消息确认,通过调用BasicAck...在消费端2未处理完第一条消息之前,手动中断(ctrl+c)。我们可以发现RabbitMQ在下一次分发时,会优先将被中断消息分发给消费端1理。 3.4....,将消息分发到exchange上绑定所有队列上) 下面我们就来一一这介绍它们用法。...4.1 fanout 本着先易思想,我们先来了解下fanout广播路由机制。

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Oracle执行计划详解

在我们从驱动表中得到具体一数据,在该表中寻找符合连接条件。所以该表应当为大表(实际上应该为返回较大row source表)且相应列上应该有索引。...NESTED LOOPS有其它连接方法没有的一个优点是:可以先返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完才返回数据,这可以实现快速响应时间。   ...b) NESTED LOOPS有其它连接方法没有的一个优点是:可以先返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完才返回数据,这可以实现快速响应时间。...Probed table(被探查表):连接内层表,在我们从driving table得到具体数据,在probed table中寻找符合条件,所以该表应该为较大row source,并且对应连接条件列上应该有索引...Nested loops可以先返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完成才返回数据,这可以实现快速响应时间。

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Oracle执行计划详解

在我们从驱动表中得到具体一数据,在该表中寻找符合连接条件。所以该表应当为大表(实际上应该为返回较大row source表)且相应列上应该有索引。...NESTED LOOPS有其它连接方法没有的一个优点是:可以先返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完才返回数据,这可以实现快速响应时间。   ...b) NESTED LOOPS有其它连接方法没有的一个优点是:可以先返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完才返回数据,这可以实现快速响应时间。...Probed table(被探查表):连接内层表,在我们从driving table得到具体数据,在probed table中寻找符合条件,所以该表应该为较大row source,并且对应连接条件列上应该有索引...Nested loops可以先返回已经连接,而不必等待所有的连接操作处理完成才返回数据,这可以实现快速响应时间。

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如何保持Oracle数据库SQL性能稳定性

在SQL引用对象(表、视图等)上执行了DDL操作,甚至是结构发生了变化,比如建了一个索引。 对SQL引用对象进行了权限更改。...SQL重新解析,跟以前相比,性能突然变差,通常是下列原因: 1. 表和索引优化统计信息被删除,或者重新收集统计信息不准确。重新收集统计信息通常是由于收集策略(方法)不正确引起。...SQL绑定变量窥探(bind peeking),同时绑定变量对应列上有直方图;或者绑定变量值变化范围过大、分区数据分布极不均匀: 1) 绑定变量列上有直方图: 假如表orders存储所有的订单,state...State列上有一个索引,表中绝大部分数据state列为1,0和2占少数。...3) 分区数据量不均匀: 对于范围和列表分区,可能存在各个分区之间数据量极不均匀情况下。比如分区表orders按地区area进行了分区,P1分区只有几千,而P2分区有200万数据

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InnoDB数据锁–第5部分“并发队列”

这个想法似乎相对容易解释,让在不同资源锁队列上运行线程并行运行,而不是闩锁整个锁系统。例如,如果一个事务需要在一个表中排队等待一个锁,该操作可以与另一个事务并行释放另一个资源上锁来完成。...请注意,这是高频“锁”低级更改,而不是高频长期“锁” –我们在这里关心是队列本身数据完整性,以及如何协调对队列对象操作,例如如“入队”,“出队”和“迭代” 。...现在,必须格外小心,以确保每当您在给定(资源)和列(事务)交集“修改”某物时,您都会获得两个锁存器:用于分片和用于事务。...处理完,我们释放分片闩锁,然后移至事务列表上下一个锁。...因此,这项工作最重要基准之一是提高数据sysbench OLTP-RW工作负载性能,该数据库有8个表,每个表有10M记录,查询会影响通过Pareto分布(左列)或统一(右列)随机选择),来自大型

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SQL Server 2012学习笔记 (五) ------ SQL Server 索引

如果没有索引,必须遍历整个表,直到num等于10000这一被找到为止;如果在num列上创建索引,SQL Server不需要任何扫描,直接在索引里面找10000,就可以得知这一位置,所以索引建立可以加快数据查询速度...2.非聚集索引: 具有独立于数据结构。非聚集索引包含非聚集索引键值,并且每个键值项都有指向包含该键值数据指针。   ...因为当表中数据更改同时,索引也会进行调整和更新。   (2)避免对经常更新表进行过多索引,并且索引中列尽可能少。而对经常用于查询字段应该创建索引,但要避免添加不必要字段。   ...(6)在频繁进行排序或分组(即进行GROUP BY或ORDER BY操作)列上建立索引,如果待排序列有多个,可以在这些列上建立组合索引。...当对表进行大量修改或添加数据,应该执行此语句来查看有无碎片。   2.使用DBCC DBREINDEX语句对指定数据库中表重新生成一个或多个索引。

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一文带你熟悉MySQL索引

全表扫描需要逐行读取整个表数据,对于大型表来说非常耗时。有了索引,数据库可以快速定位到相关数据,大大减少了需要读取数据量。...例如,如果你有一个包含数百万行订单表,并且根据订单日期进行查询,那么在订单日期列上创建索引将大大减少查询时间,因为数据库可以直接跳到相关日期数据,而不是扫描所有。3....较小索引文件也更容易被缓存到内存中,从而减少对磁盘访问次数。例如,当查询一个特定ID用户信息时,如果ID列上有索引,数据库可以快速读取索引并找到用户信息位置,而不需要从表开始逐行读取。...例如,如果你经常查询按照销售额降序排列前十个销售代表,那么在销售额列上创建索引可以让数据库快速返回排序结果,而不需要对所有结果进行额外排序处理。三、索引为什么使用B+树?...这些索引独立于数据物理存储,它们叶子节点包含索引键值和指向数据指针(通常是主键值),用于快速定位到数据

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mysql触发器作用及语法 转

比如,在auths表author_code列上删除触发器可导致对应删除在其他表中与之匹配。   # 在改动或删除时级联改动或删除其他表中与之匹配。   ...比如,可以在books.author_code 列上生成一个插入触发器,假设新值与auths.author_code列中某值不匹配时,插入被回退。 5.同步实时地复制表中数据。...比如,能够在从表中删除每一之前,或在更新了 每一激活触发程序。...在UPDATE触发程序中,能够使用OLD.col_name来引用更新前某一 列,也能使用NEW.col_name来引用更新列。 用OLD命名列是仅仅读。...col_name = value”更改值。这意味着,你能够使用触发程序来更改将要插入到新值, 或用于更新值。

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