引言 高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。...常见的下载方法有^5^： aspera 工具下载 wget, curl命令直接下载 NCBI官方的 SRA Toolkit 进行下载 aspera 工具配置麻烦, 直接下载容易出错, 所以使用SRA-Toolkit...过程 使用 SRA-Toolkit 工具进行下载 下载 SRA-Toolkit 工具并安装 主要流程来源于官方教程及网络^1-2^. 官方教程链接: 02....SRA数据转化为fastq文件 使用SRA-Toolkit中的fastq-dump工具将SRA数据转化为fastq文件。 转换之前需要知道我们拿到的数据是单端还是双端数据^3^。...fastq-dump -X 1 --split-spot -Z SRR5489805.sra | wc -l #SE数据 fastq-dump SRR15671203 -O ./ #PE数据 fastq-dump
导语 GUIDE ╲ 背景介绍 假设我们现在有一个样本号“IRIS_313-11156”，想下载该样本的所有SRA数据(注意：一个样本的SRA数据可能分不同次run上机)。...目前，在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式： 利用Aspera工具下载。 利用SRA Toolkit下载。 利用wget命令直接下载。...小编的个人经验：第一种Aspera工具在批量下载时偶尔会出错。第二种SRA Toolkit的prefetch命令下载，只能将数据下载到home目录下。...wget命令 接下来呢，用wget命令下载SRA数据，有两种方式： 下载单次run的sra数据，可以直接用命令,默认下载到当前目录下。...利用wget函数，-i 参数给出文件的名字 wget -c 50 -i list.txt 小编总结 如何获取SRA的ftp地址，以及如何批量下载SRA数据你学会了吗？
1.sra toolkit 的安装 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz...PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc 2.查看prefetch是否成功安装 prefetch -h 3.数据下载...#单个数据 prefetch SRR000001 #多个数据：Run in the list of Runs: prefetch --option-file SraAccList.txt SraAccList.txt...fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra fasterq-dump --split-files SRR11180057 #直接下载原始的fastq prefetch...--type fastq SRR11180057 参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit...方法1 NCBI告知的方法（中断不能继续下载） 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?...view=software；点击software，选择需要的sra toolkit版本进行下载 ?...这里显示的是该project下的所有数据，点击一个，进入sra数据界面 ? 这里点击1GB(数据大小)的链接，进入下载界面 ?.../sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt sra数据会下载到家目录下的ncbi/
高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。当我们需要用到这些数据的时候，就需要合适的方法来下载。...即2019开始，SRA数据库的数据存储方式做出了改变，使用ascp来下载数据可能会带来其他的一些问题。 wget 等命令也是非常方便的下载工具。...用它们来下载小数据是十分合适的，但是对于动辄以GB 甚至TB来计数的高通量数据，wget的优势就并不明显了。如果程序中断，或者网络原因下载中断，你又得重新下载。...同样，NCBI也指出了wget可能存在不能完整下载全部数据的问题。...下载安装SRA Toolkit： https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software ?
依据大家上传数据的习惯，绝大多数生物信息学数据都是可以从NCBI上下载到，当然也可以通过DDBJ,EBI去下载。另外，部分科研人员也将数据传到github等其他平台。...除原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 SRA Toolkit[1]可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。...为了能够正常访问NCBI服务器和下载数据，SRA Toolkit必须进行适当的配置。其最新版本的默认配置，适用于大多数用户。.../${id}_2.fastq";done > sra2fq.sh nohup bash sra2fq.sh & wget 我们以示例文章中的一个数据为例（SRR15927225），首先需要找到该数据的下载链接...在NCBI的SRA数据库搜索SRR15927225。 最后直接使用wget命令下载即可。
Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh.../SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera批量下载SRA文件 很多时候需要同时下载多个SRA文件，ascp命令提供参数--file-list，用于批量下载SRA文件。...Step 1：建立SRA文件路径列表文件sra_list.txt nano ~/Seqs/sra_list.txt 输入以下两行文本： /sra/sra-instant/reads/ByRun....sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect
为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容 下载sra toolkit加环境变量 下载EDirect 用yeast的几个数据说明 1....写入文件下载 echo SRR1553608 > sra.ids echo SRR1553605 >> sra.ids prefetch --option-file sra.ids 3 利用sed和bash...所以需要提取,分隔的第一列，并且grepSRR开头的数据 cat runinfo.txt | cut -f 1 -d ","|grep SRR > sra.ids 然后下载即可,注意不要下载，这只是示例...，因为里面包含大量数据，如果想下载看下空间du -hs ~/ncbi prefetch --option-file sra.ids 5 继续bash cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump...--split-files SRR/' |bash 这样就得到了PRJNA25719的所有测序数据
除了利用ascp命令从NCBI下载SRA文件外，SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下载SRA文件。...List the content of a kart file prefetch命令下载一个SRA文件： prefetch SRR6232298 结果如下： ?...而SRA文件会默认下载在~/ncbi/public/sra 目录下 prefetch命令下载多个SRA文件： 1....acc=DRP002849 在页面下面列出了所有相关SRA文件信息 ? 点accession list，将下载得到的文本文件上传到服务器/home/Seqs目录 2....从NCBI网站下载SRA accession no.的列表文件 运行命令: prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt SRR_lists.txt就是刚刚从网站下载的
1 导读 在GEO下载测序数据，首先要找到GSE号，然后找到SRR号，最后prefetch就0K了！...肯定得搜索呀 经过搜索我就知道了，嘿嘿，原来我们用prefech下载的数据都在https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun.../sra/可以找到，但是我发现这里面的数据是没有我要下载的SRR，此时想起了，jimmy老师说的“敲命令不是随便乱敲的，它存在我们才写”，其实下载数据同样如此，你下载的数据的地方要有你的数据你才可以下载...5 继续探索 然后我也搜索了一下，这两个应该也是存放数据的地方类似于SRA， 找到地址了，接下来肯定是下载起来啦（大神一句话，菜鸟跑半年，这句话还是有道理的） 有链接地址，还想啥，wget啊，但是看到下面的网速可能你会崩溃...prefetch好像又不行，只剩下ascp啦，接下来就行自己上网搜索ascp如何实现ERA快速下载 一看网速还行，但是我不可能一个一个下吧，四十多个我得做四十多遍，四百多个我不就炸了 ?
这个工具包包含了一系列命令行工具，用于检索、转换、处理和分析来自 SRA 的数据。...其具有以下特性： 数据下载与转换：允许用户从 SRA 中下载数据并转换成标准的 FASTQ 格式，以便在常用的分析软件中进行进一步处理（常用功能） 数据查询与检索：可以通过访问号、关键词、实验名称等方式在...SRA 中检索数据，提供强大的查询和过滤功能 数据处理与压缩：支持对 SRA 数据进行基本的处理、压缩和格式转换，以满足用户需求 质量控制与分析：提供了一些工具和选项，用于质量控制、测序数据的初步分析和统计...其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。...Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump 从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具，比 fastq-dump 速度更快 如何安装 一般我们推荐是从
用于实战的数据集来自下面这篇于2017年发表在The Plant Journal的文章《Different mutational function of low- and high-linear energy...whole-genome resequencing of Arabidopsis mutants》 分析用到的软件 sratoolkits fastp samtools bwa GATK、picard （1）原始测序数据...& 参考基因组下载 & 索引构建 首先根据文章的Bioproject编号（PRJDB5412），找到SRA Experiments这一栏 文章中用于分析的样本有16个，下载对应样本的SRA编号即可：...数据格式转换 # 工作目录：00.raw_data # 存放到一个文件夹下 mkdir sra_file for id in `ls -d D*`;do mv ${id}/${id}.sra sra_file...;done # 格式转换 ls sra_file/* > sra_id.txt for id in `cat sra_id.txt`;do echo "fastq-dump --split-3 --gzip
但是研究者把数据上传到了GSA (Genome Sequence Archive)，如下： ?...关于GSA 大家可以理解为NCBI的SRA数据库，通常我们看组学文章，都是找到其SRA的ID号，然后去NCBI的SRA下载的。...GSA (Genome Sequence Archive)是2015年底，中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库。...数据模型和数据格式遵照INSDC标准，在功能上等同于NCBI的SRA，EBI的ENA和DDBJ的DRA。...批量下载ftp数据 上面的链接要批量下载，可以参考我四年前在生信菜鸟团的教程：用wget批量下载需要认证的网页或者ftp站点里面的pdf文档 wget -c -r -np -k -L -p ftp:/
前面我们大量NGS相关教程视频免费发布在B站，都是使用NCBI的SRA数据库下载sra文件后转为fastq进行NGS分析流程，其实是因为我本人一直不在中国大陆，所以没有网络问题。...但是学生们不一样，同样的命令他们prefetch的下载比蜗牛还慢，即使加上aspera后也会面临sra文件转为fastq的限速。...所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...ENA - PRJNA275632 这里可以看到整个数据集所有样本的fastq下载地址，随便挑几个，观察一下： ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR180/009...参考1：使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据 参考2：Ubuntu下Aspera connect的安装与使用 Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。
下载 官网下载：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?...使用 3.1 下载地址 NCBI的FTP下载链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625.../SRR5077625.sra EBI的aspera下载链接era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06....sff NCBI的aspera下载链接：anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507.../SRR5077625.sra 下载路径 .
生信技能树已经很贴心地把sra格式数据全部下载。共5.3个T。...查看共多少样本 (base) pc@pc-System-Product-Name:/data/fudan_TNBC$ ls -l |grep "^-"|wc -l 727 把/data/fudan_TNBC/下的sra...for id in `seq 8223 8454`; do nohup sudo fastq-dump --gzip --split-3 /data/fudan_TNBC/SRR851${id}.sra...done nohup for id in `seq 854 999`; do sudo fastq-dump --gzip --split-3 /data/fudan_TNBC/SRR8517{id}.sra...-O .; done & for ((i=854;i<=999;i++));do sudo fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR35899$i.sra -O .
新起点 国自然终于都交完了~开始更新生信干货教程~~~ 在这之前先看下面的教程 总结 从零到壹：10元转录组分析小结~干货~ 然后，重点看批量处理数据的技巧~从零到壹：10元转录组分析 从零到壹：10...元转录组分析~硬盘不够用咋办 从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用 从零到壹:从SRA下载到分析~纯干货 10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干 得到ReadsPerGene...数据后 得到每个基因的Counts数之后，你需要将这些不同文件中的提取出来，以制备DEseq2所需要的原始文件，组数少的情况下很好吧，看好第几列、第几行，用R语言按照下面的命令就可以x<-Counts[
工欲善其事必先利其器 1ASCP ascp（Aspera Command Line Transfer）是一种用于高速数据传输的命令行工具，由 Aspera 开发，用于在网络上传输大型数据集和文件。...大容量文件传输：适用于传输大型数据集、高分辨率图像、基因组测序数据等大容量文件，具有优秀的性能和稳定性。...安全性：ascp 支持加密传输，通过安全的加密通道（SSH）确保数据传输过程中的安全性和隐私保护，防止数据泄露和篡改。...list 2安装Aspera 一般推荐使用Conda安装管理软件 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查ascp是否下载成功 ascp -h 3实例演示 从NCBI-SRA...下载accession list，把SRA编号，通过vim写到SRA.list里 使用ascp下载需要密匙asperaweb_id_dsa.openssh，位置在: #我的环境名称是chip，文件路径需要自行探索
最近下载一个文章的数据，发现3个数据，就有3种结果： $cat logs/down.log.4 $cat need.sra.list |while read id;do ( ~/biosoft/sratoolkit.../traces/sra51/SRR/005770/SRR5908780 2019-10-03T02:32:55 prefetch.2.9.2: 1) failed to download SRR5908780...但实际上，我把这个网址输入到浏览器，是可以下载的： https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra51/SRR/005770/SRR5908780...不能理解为什么使用命令行就下载失败！...3.7G Oct 3 10:51 SRR5908829.sra 3.5G Oct 3 11:14 SRR5908833.sra 如果想系统学习生信,下面的课程你可能会需要！
SRA文件的解压主要是用sratools中的fastq，但是这个软件不能多线程运行，随着测序数据越来越大，fastq的解压速度可能成为整个流程的瓶颈（其实并不会：P，不过没有多线程就是不爽）。...多线程解压SRA文件 这个软件用起来跟fastq区别不大,主要区别在于 -e 这个指令，可以指定线程数。 这里使用 -e 16指定16线程运行。.../wiki/HowTo:-fasterq-dump https://www.biostars.org/p/176809/ https://vip.biotrainee.com/d/215-如何使用fastq-dump...转换sra格式 https://www.biostars.org/p/251020/#251029 https://github.com/ncbi/sra-tools https://github.com.../ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads https://www.biostars.org
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