awk指定字符分割字符串、指定分隔符输出字符串 遇到的问题 使用blasr软件将三代测序数据比对到参考序列 blasr longreads.fastq reference.fasta --nproc 16...如果利用这个ID再来提取比对上的reads时就得不到结果 可以利用awk命令把结尾的部分去掉 参考链接 https://blog.csdn.net/liangbilin/article/details/...108593296 cat blasr.out | awk '{print $1}' | awk -F '/' -v OFS="/" '{print $1,$2,$3}' > blasr.out1 -F 指定输入文件的的分隔符...-v OFS 指定输出文件的分隔符 bgzip遇到的报错及解决办法 这个服务器上没有bgzip这个命令，我使用conda进行安装 conda install tabix 这个安装的是 0.2.6版本...conda install tabix=0.2.5 再次解压遇到报错 Error: invalid block header 以上报错不知道什么原因，搜索一番后看到有人说安装好 htslib后就可以直接使用
因为按照默认的参数设置，函数会寻找逗号作为分隔列的标准，若找不到逗号，则只好将所有变量都放在一列中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...聪明的你很可能已经想到了如果使用这两个函数的默认设置来读取以逗号分隔的数据会发生什么。函数的默认参数会在原始数据中不断地寻找tab分隔符，找不到的话就会如同前文演示的那样，将所有变量都挤在一列里。...header：设置逻辑值来指定函数是否将数据文件的第一列作为列名。默认为假。 sep：不同变量之间的分隔符，特指分隔列数据的分隔符。默认值为空，可以是“,”、“\t”等。...通过指定一组向量来指定每列的变量数据类型，具体使用方式为：colClasses = c ("character","numeric",…)。...指定header参数为真，分隔符sep参数为“,”后，变量名称才得以读取成应有的样子（如表1-4所示）。
除了第一个字符外，其他位置可以使用 Unicode 字符。一般建议仅使用 ASCII 编码的字母，不建议使用双字节的字符。 不能与 JavaScript 关键字、保留字重名。...JavaScript 运行环境都会预定义一些全局变量和函数，上表列出的仅针对 Web 浏览器运行环境。...无论是在严格模式下还是在非严格模式下，都不要在定义变量名、函数名或者属性名时使用上面列举出的保留字，以免同学们入坑。...JavaScript空白符（分隔符） 分隔符（空白符）就是各种不可见字符的集合，如空格（\u0020）、水平制表符（\u0009）、垂直制表符（\u000B）、换页符（\u000C）、不中断空白（\u00A0...在 JavaScript 中，分隔符不被解析，主要用来分隔各种记号，如标识符、关键字、直接量等信息。 在 JavaScript 脚本中，常用分隔符来格式化代码，以方便阅读。
因为按照默认的参数设置，函数会寻找逗号作为分隔列的标准，若找不到逗号，则只好将所有变量都放在一列中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...聪明的你很可能已经想到了如果使用这两个函数的默认设置来读取以逗号分隔的数据会发生什么。函数的默认参数会在原始数据中不断地寻找tab分隔符，找不到的话就会如同前文演示的那样，将所有变量都挤在一列里。...默认为假 sep：不同变量之间的分隔符，特指分隔列数据的分隔符。默认值为空，可以是“,”、“\t”等 quote：单双引号规则的设置。...通过指定一组向量来指定每列的变量数据类型，具体使用方式为：colClasses = c ("character","numeric",…) fill：设置逻辑值来处理空白值部分，使用方法请参见代码演示部分...指定header参数为真，分隔符sep参数为“,”后，变量名称才得以读取成应有的样子（如表1-4所示）。
3.常用命令选项 -F fs,--field-separator fs：使用字符串fs作为域分隔符。可以同时指定多个域分隔符，此时需要使用一对中括号括起来。例如使用-和|可写作 -F '[-|]'。...如果用[]作为分隔符，可写作-F '[][]'。不指定分隔符，默认为空格和Tab。需要注意，awk命令使用-F' '显示指定空格时，tab也会被作为分隔符。...默认域分隔符是"空白键"或"[tab]键",所以n表示第n个域。默认域分隔符是"空白键"或"[tab]键",所以n表示第n个域。...默认域分隔符是"空白键" 或 "[tab]键",所以1表示登录用户，$3表示登录用户ip,以此类推。...-F指定域分隔符为’:’。
而每个记录由进一步地被分隔成多个字段(Field)，默认情况下字段的分隔符是空白符，例如空格、制表符等等，也可以通过-F ERE选项或者内置变量FS更改。...BEGIN是一个特殊的，它在awk处理输入之前就会执行，可以认为是一个初始化语句，与此对应的还有END。 好像还没介绍如何指定处理的文件，是不是最后的就是指定的文件？...Awk将一个文本文件视为一个文本数据库，因此它也有记录和字段的概念。默认情况下，记录的分隔符是回车，字段的分隔符是空白符，所以文本文件的每一行表示一个记录，而每一行中的内容被空白分隔成多个字段。...可以通过-F选项来修改默认的字段分隔符，例如/etc/passwd的每一行都是由冒号分隔成多个字段的，所以这里就需要将分隔符设置成冒号： 这里通过1引用第一人字段，类似地2表示第二个字段，3表示第三个字段... FS 字段分隔符，默认为空白 NF 每个记录中字段的个数 RS 记录的分隔符，默认为回车 OFS 输出时字段的分隔符，默认为空白 ORS 输出时记录的分隔符，默认为回车
而每个记录由进一步地被分隔成多个字段（Field），默认情况下字段的分隔符是空白符，例如空格、制表符等等，也可以通过-F ERE选项或者内置变量FS更改。...BEGIN是一个特殊的pattern，它在awk处理输入之前就会执行，可以认为是一个初始化语句，与此对应的还有END。 好像还没介绍如何指定处理的文件，是不是最后的argument就是指定的文件？...Awk将一个文本文件视为一个文本数据库，因此它也有记录和字段的概念。默认情况下，记录的分隔符是回车，字段的分隔符是空白符，所以文本文件的每一行表示一个记录，而每一行中的内容被空白分隔成多个字段。...可以通过-F选项来修改默认的字段分隔符，例如/etc/passwd的每一行都是由冒号分隔成多个字段的，所以这里就需要将分隔符设置成冒号： 这里通过$1引用第一人字段，类似地$2表示第二个字段，$3表示第三个字段...，默认为空白 NF 每个记录中字段的个数 RS 记录的分隔符，默认为回车 OFS 输出时字段的分隔符，默认为空白 ORS 输出时记录的分隔符，默认为回车 RLENGTH 被match函数匹配的子串长度
split 以指定字符串为分隔符切片，如果 maxsplit 有指定值，则仅分隔 maxsplit+1 个子字符串。返回的结果是一个列表。...mystr = '今天天气好晴朗，处处好风光呀好风光' result = mystr.split() # 没有指定分隔符，默认使用空格，换行等空白字符进行分隔 print(result) # ['今天天气好晴朗...1. ljust 返回指定长度的字符串，并在右侧使用空白字符补全(左对齐)。...str = 'hello' print(str.ljust(10)) # hello 在右边补了五个空格 2. rjust 返回指定长度的字符串，并在左侧使用空白字符补全(右对齐)。...最后的 q 保留，没有加 a print(mystr.join(['hi', 'hello', 'good'])) # hiahelloagood 作用：可以把列表或者元组快速地转变成为字符串，并且以指定的字符分隔
-k 字段：按指定的字段进行排序。该参数可指定多个字段，使用逗号分隔。默认字段分隔符为制表符或空格。 -t 分隔符：指定字段的分隔符。 -u：去除重复行，仅保留第一次出现的行。...-b：忽略行首的空白字符进行排序。 -c：检查文件是否已经排好序，如果未排序则输出第一个不符合排序顺序的行。 -f：忽略大小写进行排序。...例如，sort -f file.txt 将忽略行首字母的大小写进行排序。 -b：忽略行首的空白字符进行排序。 -c：检查文件是否已经排好序，如果未排序则输出第一个不符合排序顺序的行。...abb 数字排序：(-n参数) cat 1.txt 51 21 111 sort 1.txt (字符串升序排序) 111 21 51 sort -n 1.txt (数字排序) 21 51 111 指定字段排序...：(-k -t) cat 1.txt 11,zhangsan 1,lisi 5,wangwu sort -n -k 1 -t ',' 1.txt ( ','(t)分隔后的第1个字段(k)采用数字方式
属性，用它来指定check的level。...在一个较大的project可限制使用过多的第三方包，通过一个依照http://www.puppycrawl.com/dtds/import_control_1_0.dtd的xml文件来指定。...l NoWhitespaceAfter 检查分隔符后的空白。 l NoWhitespaceBefore 检查分隔符前的空白。...l WhitespaceAfter 检查分隔符是否在空白之后。 l WhitespaceAround 检查分隔符周围是否有空白。...l IllegalInstantiation 检查是否使用工厂方法实例化。 l IllegalToken 检查非法的分隔符。
-j: 通过bzip2的支持进行压缩和解压缩 -z: 通过gzip支持压缩和解压缩 -v: 将正在处理的文件名显示出来 -C: 在特定目录中解压缩 -p: 保留备份数据的原本权限和属性 -P: 保留绝对路径...cut cut -d '分隔符' -f fields #根据分隔符将每一行分割并取出下标为fields的值 cur -c 字符范围 #将每一行字符范围内的内容切割出来 export | cut -c...-n：使用纯数字来排序，默认为文字类型 -r：倒序 -u：相同数据中，只显示一行 -t：分隔符，默认为tab -k：第几段数据作为排序标准 wc 统计文件的行数和子树 wc [-lwm] filename...，都会询问用户 -n: 后面接次数，要使用几个参数的意思 文件格式化处理 awk 主要是处理每一行的字段内的数据，而默认的字段的分隔符为空格键或tab键 awk '条件类型{动作1}条件类型2{动作2}......' filename NF：$0每一行拥有的字段总数 NR：目前awk所处理的是第几行数据 FS: 目前的分隔符 last -n 5 | awk '{print $1 "\t" $3}' #打印一行的第一段文字和第三段文字
) 行分离器 在Go程序，行的分隔符关键是一个语句终止。也就是说，每一个单独语句不需要特殊的分隔线; 在C编译器转到内部的地方; 作为语句终止符，表示一个逻辑实体的结束。...下面的列表显示了Go的保留字。...这些保留的字可以不被用作常量或变量，或任何其他的标识符名称。 ? 在Go中空白格 仅包含空格，可能与注释行，被称为一个空行，Go编译器完全忽略它。...空白是在Go中用来描述空格，制表符，换行符和注释术语。空格分隔从另一个声明的一部分，使编译器能够找出在一份声明中的一个元素，如int，结束且下一个元素开始。...函数的类型指定的一组具有相同的参数和结果类型所有函数。我们将看到基本类型在下面的部分，而其他类型将包括在后面的章节。 整型 预定义架构无关的整数类型有： ?
那如何判断一个对象是不是字符串呢？应该使用isinstance(s,basestring),而不是isinstance(s,str)。...对于查找某个字符串中是否有子串，不推荐使用index族和find族方法，推荐使用in和not in操作 (c)分切与连接 partition(sep)：用来根据指定的分隔符将字符串进行分割,如果字符串包含指定的分隔符...，则返回一个3元的元组，第一个为分隔符左边的子串，第二个为分隔符本身，第三个为分隔符右边的子串。...，如果参数 keepends 为 False，不包含换行符，如果为 True，则保留换行符。...split(sep[,maxsplit]])：通过指定分隔符对字符串进行切片，如果参数maxsplit 有指定值，则仅分隔 maxsplit 个子字符串，返回分割后的字符串列表。
今日锦囊 特征锦囊：如何使用sklearn的多项式来衍生更多的变量？...关于这种衍生变量的方式，理论其实大家应该很早也都听说过了，但是如何在Python里实现，也就是今天在这里分享给大家，其实也很简单，就是调用sklearn的PolynomialFeatures方法，具体大家可以看看下面的...这里使用一个人体加速度数据集，也就是记录一个人在做不同动作时候，在不同方向上的加速度，分别有3个方向，命名为x、y、z。...那么我们可以直接调用刚刚说的办法，然后对于数值型变量多项式的变量扩展，代码如下: # 扩展数值特征 from sklearn.preprocessing import PolynomialFeatures...就这样子简单的去调用，就可以生成了很多的新变量了。大家有什么疑问吗？可以留言咨询哈~
(set) ，指定一个或一组文件，也可以一段文本内容。可以使用通配符。默认以空格，;三种符号分隔开。 command ， 指定对每个文件执行的命令。...command-parameters ，为特定命令指定参数或命令行开关。 在批处理程序中使用 for命令时，指定变量请使用 %%variable而不要用 %variable。...然后用已找到的符号字符串变量值调用 For 循环。 以默认方式，/F 通过每个文件的每一行中分开的第一个空白符号。跳过空白行。...如果符号字符串中的最后一个字符星号，那么额外的变量将在最后一个符号解析之后分配并接受行的保留文本。...@echo %i rem 跳过前5行 for /f "skip=5" %i in (a.bat) do @echo %i rem 集中的分隔符默认为空格和tab键 rem 通过delims=显式指定分隔符
SCAN()读入有字符与数字，用what=""来进行声明，则会把读入的数字隐式的都转变成字符； 2) sep：指定各个读入的数据之间的分隔符；默认情况下分隔符：空格、tab；如果不是其它分隔符，例如“...：/”通过SEP来指定； 3) 可以通过list指定读入变量的变量名，同时生成的对象为列表，则可以同时读入字符与数字； 4) skip 从第几行开始读入数据； 5) nlines 指定最大读入行数...： （1）file file是一个带分隔符的ASCII文本文件。...（2）header 一个表示文件是否在第一行包含了变量的逻辑型变量。 如果header设置为TRUE，则要求第一行要比数据列的数量少一列。 （3）sep 分开数据的分隔符。默认sep=""。...代表注释字符的开始字符。可以使用""关闭注释。 （19）allowEscapes 逻辑值。类似“\n”这种C风格的转义符。如果这种转义符并不是包含在字符串中，该函数可能解释为字段分隔符。
split 以指定字符串为分隔符切片，如果 maxsplit有指定值，则仅分隔 maxsplit+1 个子字符串 返回的结果是一个列表。...以指定字符分隔但是分隔后的内容不包含分隔字符本身 指定分隔字符及分隔的次数 mystr = '今天天气好晴朗，处处好风光呀好风光' result = mystr.split() # 没有指定分隔符，默认使用空格...1. ljust 左对齐 返回指定长度的字符串，并在右侧使用空白字符补全(左对齐)。...str = 'hello' print(str.ljust(10)) # hello 在右边补了五个空格 Copy 2. rjust 右对齐 返回指定长度的字符串，并在左侧使用空白字符补全(右对齐...str = 'hello' print(str.rjust(10)) # hello在左边补了五个空格 Copy 3. center 居中对齐 返回指定长度的字符串，并在两端使用空白字符补全
) 行分离器 在Go程序，行的分隔符关键是一个语句终止。也就是说，每一个单独语句不需要特殊的分隔线; 在C编译器转到内部的地方; 作为语句终止符，表示一个逻辑实体的结束。...他们开始使用字符/*和终止使用*/如下图所示： /* my first program in Go */ 不能在注释中的含有注释，并且它们不能在一个字符串或字符文字出现。...Go的保留字。...这些保留的字可以不被用作常量或变量，或任何其他的标识符名称。...空白是在Go中用来描述空格，制表符，换行符和注释术语。空格分隔从另一个声明的一部分，使编译器能够找出在一份声明中的一个元素，如int，结束且下一个元素开始。
awk 使用数据字段变量 awk 的主要特性之一是其处理文本文件中数据的能力，它会自动给一行中的每个数据元素分配一个变量。...前面说过，在 awk 中，默认的字段分隔符是任意的空白字符（例如空格或制表符）。 在文本行中，每个数据字段都是通过字段分隔符划分的。awk 在读取一行文本时，会用预定义的字段分隔符划分每个数据字段。...[root@localhost ~]# awk '{print $1}' data2.txt One Two Three 该程序用 $1 字段变量来表示“仅显示每行文本的第 1 个数据字段”。...当然，如果你要读取采用了其他字段分隔符的文件，可以用 -F 选项手动指定。 awk 脚本命令使用多个命令 awk 允许将多条命令组合成一个正常的程序。...，bash shell 会使用 > 来提示输入更多数据，我们可以每次在每行加一条命令，直到输入了结尾的单引号。
2:9 3:8 4:7 5:6 6:5 7:4 8:3 9:2 10:1 其主要选项为： -d # 指定文件合并的分隔符，默认为tab -s # 将文件合并后再转置 如果存在不对齐的情况，则paste...awk 默认的字段分隔符为任意空白字符（空格或制表符），可以用 -F 参数定义字段分隔符。字段变量对应关系如下： $0 代表整个文本行 $1 代表文本中第一个数据字段 ......$NF 代表文本行中的最后一个数据字段 此外，还有如下变量： FS # 输入字段分隔符，类似-F 参数设定分隔符； RS # 输入记录分隔符 OFS # 输出字段分隔符 ORS # 输出记录分隔符 NF...3.5-其他用法 -F 参数可以指定正则，设定多个分隔符，比如：[\t,] 4-tr 将字符进行替换压缩和删除。...':'作为分隔符 $ sudo join -t':' /etc/passwd /etc/shadow # 将/etc/passwd与/etc/group两个文件合并，指定以':'作为分隔符, 分别比对第
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