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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) #正常运行结果 [1] "Figure_1A.R

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批量运行多个R脚本

里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...bug,就会报错退出循环,假如总共是50个R代码文件但是第2个就报错,就会出现。...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...需要基本生信背景知识 当然需要读者具备计算机基础知识,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理: 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门

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    批量运行多个R脚本并打印运行状态

    曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...打开以后可以发现这里有19个R脚本,如果把这些R代码文件一个个打开再运行,无疑增加了很多工作量。.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个代码有一个小问题,即有一些脚本可能由于缺包或者里面有小...实测在我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本的运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程中的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题

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    【Unity3D】Unity 脚本 ① ( 创建 C# 脚本 | Visual Studio 2019 中打开 C# 脚本 | 编译 C# 脚本 | 挂载 C# 脚本到游戏物体 | 运行脚本 )

    双击该 C# 脚本 , 会弹出如下对话框 , 让你选择如何打开该文件 , 选择 Microsoft Visual Studio 2019 开发环境 , 即可在 Visual Studio 2019 中打开该脚本...否则无法在 VS 中运行 Unity 的 C# 脚本 , 或者没有代码提示 ; 进入 Visual Studio 2019 后 , 编辑 Start 方法中的代码 : 完整代码如下 : using...脚本 ---- 保存代码后 , 回到 Unity 编辑器窗口 , Unity 会自动编译 C# 脚本 ; 四、挂载 C# 脚本到游戏物体 GameObject ---- 脚本必须挂载到 游戏物体 GameObject...即可添加成功 ; 在 Scripts 分组下 , 有刚才创建的 C# 脚本 BehaviourScript.cs ; 2、直接拖动方式 选中物体 , 从 Project 窗口中 直接拖动脚本...中的组件也会自动运行 , 那么我们为 立方体 添加的 C# 脚本 组件也会运行 , 在 Console 控制台中输出 Unity 脚本入口 , 启动加载时调用 内容 ;

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    如何使代码运行更快?

    要让代码运行得更快,可以从多个方面进行优化,包括算法、数据结构、并行化、I/O 操作等。...以下是优化代码运行速度的主要方法:1、问题背景 下列为原始代码,使用 Python 从一个包含 6 列(0-5)的输入文件中读取数据,并进行一系列处理和计算,包括:def check(inputfile...): f = open(inputfile,'r') #reads the inputfile lines = f.readlines() for line in lines: job...del targetjobs[0:len(targetjobs)] del historyjobs[0:len(historyjobs)] else: break通过以上优化,代码的运行速度可以得到显著提升...总结优化代码运行速度的首要任务是找到瓶颈,通过分析工具(如 cProfile)定位性能热点。优先从算法和数据结构优化入手,其次是并行化、I/O 和硬件加速。

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    SoC如何开机自动运行脚本程序?

    1、通过启动加载程序执行脚本 大多数SoC使用的启动加载程序如U-Boot或Das U-Boot支持在启动过程中执行脚本。...你可以通过在启动加载程序中指定一个脚本来实现在启动时执行特定操作,这种方法应用开发工程师使用较少。 例如,在U-Boot中,你可以通过设置bootcmd变量来执行脚本。...在U-Boot的环境变量中设置bootcmd为一个脚本的路径,U-Boot在启动时会自动执行这个脚本。...在大多数Linux系统中,可以通过编辑/etc/init.d目录中的脚本或在/etc/rc.local文件中添加自定义脚本来实现这一点。...sudo nano /etc/init.d/my_custom_script.sh 在新创建的脚本文件中编写你想要执行的操作。确保在脚本的顶部添加必要的注释,包括脚本的名称、描述和执行级别。 #!

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    如何从模块内部运行 Pytest

    通常我们会在命令行中运行 pytest,但是有时你可能希望从模块或脚本的内部运行 pytest,比如为了自动化测试或集成到某个工作流程中。...因此,如果运行以下代码:import pytest...while True: import my_nifty_app my_nifty_app.be_nifty() pytest.main...如果没有安装,可以通过以下命令安装:pip install pytest从模块内部调用 pytest.main():通过调用 pytest.main(),你可以从 Python 脚本中运行测试。...print(f"Tests failed with code {result}") if __name__ == "__main__": run_tests()完整示例以下是一个完整的示例,展示了如何从模块内部运行...虚拟环境和依赖管理:确保在正确的虚拟环境中运行 pytest,以避免依赖冲突。通过这些步骤,你可以在 Python 脚本中方便地调用和控制 pytest,从而实现自动化测试或集成测试的需求。

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    封装Python代码:如何在未安装Python的情况下运行Python脚本

    你可以封装你的python代码,并提供给其他人去运行,即便他们没有安装python。...可以像计算机(Windows、Mac或Linux)上的任何程序/应用程序一样运行脚本,无需Python,无需安装库。 在某些时候,可能希望将你的Python脚本提供给其他人在他们的机器上运行。...封装是指通过将Python解释器、代码及其所有依赖项捆绑在一起来创建单个可执行文件的过程。最终的结果是,其他人可以在不安装Python解释器或任何模块的情况下运行该文件。...使用Pyinstaller封装Python代码 Pyinstaller是一个Python库,可以为你封装Python脚本,并且非常易于使用。...根据官方描述: PyInstaller读取你编写的Python脚本,分析你的代码,以发现脚本执行所需的所有其他模块和库。

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    php代码执行函数_php代码如何运行

    ** php代码执行函数解析 ** ​一、代码执行漏洞原理: 用户输入的数据被当做后端代码进行执行 //其实一句话木马的本质就是一个代码执行漏洞。用户输入的数据被当做代码进行执行。 这里提一下RCE(remote command/code execute)远程命令或者代码执行。...现在只要渗透的最终情况可以实现执行命令或者是代码都属于RCE,例如代码执行、文件包含、反序列化、命令执行,甚至是写文件Getshell都可以属于RCE 在PHP存在诸多函数可以做到代码执行。...为了方便把要执行的代码写为$a 1.eval($a); //eval是代码执行用的最多的,他可以多行执行 eval(\$_REQUEST['a']); 2.assert(a); //只能单行执行 assert...(\_REQEUST['a'])//如何多行执行呢 写文件然后执行,例如: file_put_contents('1.php','<?

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    如何用iPad运行Python代码?

    因为只挑浏览器,不挑操作系统,所以别说你用Windows 10,你就是用iPad,都能运行代码。 尝试 请你打开浏览器,输入这个链接(http://t.cn/R35fElv)。 看看会发生什么?...我为你提供的样例在这里(http://t.cn/R35MEqk): ? 顺便说一句,这个样例来自于我的数据科学系列教程之《如何用Python处理自然语言?...environment.yml文件非常重要,它来告诉 mybinder ,需要如何为你的代码运行准备环境。...另外,如果你以为 mybinder 只能让你在浏览器上跑 Python 代码,那就太小瞧它了。 学过 R 的同学,请点击这个链接(http://t.cn/R3JLY2S),看看有什么惊喜。...小结 总结一下,本文为你讲述了以下内容: 如何利用 mybinder ,把一个 github repo 一键转换成 Jupyter Lab 运行环境; 如何在各种不同操作系统的浏览器上,运行该环境,编写

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