`.Renviron`[2] - 其中包含要在R会话中设置的环境变量。 `.Rprofile`[3] - 其中包含在每个会话中运行的R代码。....Renviron .Renviron 文件用于定义敏感信息，如 API 密钥（如 GitHub 或 twitter），以及R特定的环境变量，如历史大小(R_HISTSIZE=100000)和默认库路径...如果它出现在R脚本或 R Markdown 文件中，它不应该出现在你的 .Rprofile 文件中。...在RStudio中，你可以通过检查项目选项->在会话启动/恢复时禁用 .Rprofile 执行，从而在没有任何启动文件的情况下运行 R。....Renviron 和 .Rprofile 都必须以换行符结束。如果没有，则忽略最后一行，不发出警告或错误。
一、 R启动文件 每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件，前者主要是环境变量，程序位置和API密钥等；后者是启动进需要运行的几行R代码。...启动时先找.Renviron，然后是.Rprofile，它们出现在3个目录中，安装目录（R_HOME，R.home())，家目录（HOME, Sys.getenv("HOME"))和当前工作目录（getwd...可以使用这个命令编辑这个文件，file.edit("./.Rprofile")这里是编辑本项目的。...pathological包里的os_path()函数可以查找.Rprofile和.Renviron文件file.exits()检查文件是否存在。...2、 .Renviron R_LIBS是这个文件的典型应用，Sys.getenv("R_LIBS") 二、 Rstudio Rstudio我们都很熟悉了，看下有什么更值得学习和记录的东西，杰出的调试支持
安装与加载R包镜像设置目的：加快加载速度方法：应用R的配置文件：Rprofile说起来这个，就必须提到Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是....Renviron，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的） -----...-微信公众号：生信星球首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件；然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置...文件=》重启Rstudio，这时你再运行一下options()$repos #查看CRAN包的镜像和options()$BioC_mirror #查看Bioconductor包的镜像 就发现已经镜像已经配置好了...”)：安装Biocductor的包加载R包library(包)或者require(包)Rstudio中包只需要安装一次，但每次启动都需要重新加载R包dplyr包的五个基础函数以R自带的iris数据框为例
4.1.2 RStudio版本 2021.09.2+382 报错原因 个人猜测 在我当前Windows中，R语言的Home目录默认设置为C:/User/(Username)/Documents R语言的安装目录要求较为苛刻...Tools，在默认的General的Basic里面点击Defalut working directory 点击Browse 更改默认的工作目录 依然无效，因为这个是工作目录 不是报错显示的目录 作为R语言初学者我不知道如何形容报错的这个目录...（该设定特指Rstudio） 但是依然无效 最终解决方法 找到R语言安装目录，进入library->base->R，使用记事本打开Rprofile，在其中加入以下语句 Sys.setenv(R_USER...参考资料 Customizing your package-library location Managing R with .Rprofile, .Renviron, Rprofile.site,...Renviron.site, rsession.conf, and repos.conf setting the home directory in windows R [duplicate] 如果成功的解决了您的问题记得告诉我喔
正好最近我在做单细胞的项目，其中在加载Seurat 对象时发生了报错： Error in `[[<-`(`*tmp*`, "orig.ident", value = idents) : [[<- defined...第一个方法是直接在Rprofile 中贴一下你的代码： # file.edit(~/.Rprofile) .libPaths() myPaths <- .libPaths() new <- c('/...比如区分R4.1_seurat3 和R4.1_seurat4，可以参见：[[112-R工具指南21-使用conda帮你在服务器上装R包]] 我们既可以通过conda 解决复杂包服务器安装所需的环境，也可以利用其特性天然地隔离不同项目版本所需的包...相关的R 包，通常我是一个不更新派，所以一般就是3.1,3.6,4.0 这样的大更新我会更新，一直安装对应的R包； 版本差异大的R 包文件，比如seurat4，专门创建一个文件夹存放它。...关于如何一劳永逸设置，参考上面好了，就不赘述了。
今日学习内容：如何安装R包？...认识dplyr，函数、功能等---安装和加载R包镜像设置方法一：手动设置，Tools→Packages→Primary CRAN repository方法二：自动运行教程来自：https://www.jianshu.com.../p/861224f4251aoptions() 设置R运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror...查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件: 一是.Renviron，能够设置R的环境变量； 二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动...Rstudio时完成的）首先，编辑文件file.edit('~/.Rprofile')options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
编辑文件 我们可以通过编辑.Rprofile 文件进行配置。类似linux 中的配置文件，R的配置文件编辑后，也会在启动R 时生效。...这里我们修改家目录下的.Rprofile 文件： file.edit(file.path("~", ".Rprofile")) 如果之前没有配置过，会创建一个新的文件。...} # finish with goodbye .Last <- function(){ cat("\n Goodbye,", date(), "\n") } 两个函数的效果为，会在进入和退出...R 环境时分别执行： 进入R image.png 退出R image.png 除此之外，你还可以将常用的几个R 包配置在启动文件中，这样可以减少每次脚本中的重复调用。...dir.exists(.TMP)) dir.create(.TMP) cat(paste0("TMPDIR = ", .TMP), file="~/.Renviron", sep = "\n") }
Type 'q()' to quit R. 下面是启动SparkR那些，包括加载SparkR的库，自动生成 Sparkcontext和sqlContext。...lib/SparkR /home/enn_james/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.2 (2)在R的环境设置文件（.Rprofile）中增加一行 Sys.setenv...(SPARK_HOME=”/usr/local/spark-1.4.0”) 两个配置文件，.Renviron和.Rprofile。...其中.Renviron文件用来设置一些R要用的环境变量，而.Rprofile文件则是一个R代码文件，在R启动时，如果这个文件存在，它会被首先执行。...我可以使用一个spark_connect（）命令轻松启动本地Spark集群，并使用单个spark_read_csv（）命令很快将整个CSV加载到集群中。
引用于微信公众号生信星球须知R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。...#含有多个函数使用的代码以及方法R包的安装和加载镜像设置# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置> options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...，例如下次在进到rstudio的话，查看镜像，又不在了，怎么办呢说起来这个，就必须提到Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是.Renviron...，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的）就是在运行Rstudio的时候...，先读一下.Rprofile中的代码用file.edit('~/.Rprofile') #编辑.Rprofile之后在脚本编辑区输入设置镜像的代码保存，重启Rstudio即可安装 （必须要联网）R包的安装命令
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献. 用'contributors()'来看合作者的详细情况 用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。...用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或 用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。 用'q()'退出R....是大版本更新，我发现在更新包的过程中有不少提示要重装一下包，所以最好还是删除之前所有的包进行重装 ┭┮﹏┭┮。...---- 最后附上 ~/.Rprofile 配置文件内容： #-------------------------------------------- # Set custom library and...dir.exists(.TMP)) dir.create(.TMP) # cat(paste0("TMPDIR = ", .TMP), file="~/.Renviron", sep = "\n")
存储在 ~/.Rprofile 中的内容是一个 R 脚本，它会在 R 启动时自动运行，所以可以作为全局的配置使用。...根据我的 R 使用经验，结合 Y 叔和 Yihui 提供的一些便利函数，我构建了一个比较合适的 R 配置。推荐大家结合自己需求使用和自定义。 目前设定涉及的功能： 设置 UTF-8 编码。...设置 R 提示用英文显示，方便查看和搜索 R 代码错误信息。 设置 CRAN 下载源为同济大学；Bioconductor 下载源为清华大学。...设定自定义 R 包存储路径，这个非常有用，便于以后 R 版本涉及不影响 R 包。 设置 R 临时文件目录，这个在一些场景下也有用（比如快速查看临时文件）。 设置载入 pacman 用来管理 R 包。.../home/cn/post/2020-08-13-set-your-rprofile
，但是由于我开发的这个Shiny app本来就打开比较慢，加上很多时候服务器负荷运行，导致Shiny app打开速度就更慢了，有的时候甚至加载时间过长直接打不开。...具体就是这个包我是从CRAN安装的，但是利用rsconnect检测的时候显示genetics的来源是BioConductor，这就很尴尬了，Google发现很多用户都遇到个类似的问题，有的解决办法是从GitHub...shiny用户登录好之后，我先进行了一下设置，主要是R语言以及shiny-server设置： # vi .Rprofile Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8") options=...R_LIBS=/home/shiny/R_Library 然后shiny-server配置文件如下： # Instruct Shiny Server to run applications as the...所有准备环境准备好了之后，就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面，可能需要修改目录所属权限： sudo chown -R shiny:shiny shiny-server
resolve host: raw.githubusercontent.com 然后chatGPT给我了两个解决方案，通过BioinfoArk提供的中国区chatGPT查询： 两个解决方案 第一个方案要在R中设置代理...请注意，这些设置是临时的，只在当前R会话中有效。如果你希望在每次启动R时都自动应用代理设置，可以将上述代码添加到你的R配置文件中。...R配置文件的位置取决于你的操作系统和R版本，通常是 .Rprofile 或 .Renviron 文件。另外，如果你的代理服务器需要身份验证，你可能需要提供用户名和密码。...你可以使用以下代码设置代理服务器的用户名和密码： Sys.setenv(http_proxy_user = "your_username") Sys.setenv(http_proxy_password...方案2：下载后读取文件 在代码里面可以看到他们的github链接，然后下载两个txt文件即可： library(MCPcounter) probesets = read.table( 'MCPcounter-Signatures-probesets.txt
所以我们可以知道这个报错的原因是dbplyr作为一个被依赖包，却滞后于依赖包的顺序被加载，因此这个错误很好修复，保证优先加载dbpyr： 在Rprofile.site文件中加入library(dbplyr...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...(dbplyr)) Rprofile.site文件是R初始化的时候会执行的代码，它的高优先级保证了我们打开R进行数据分析前（此时R已经加载完毕，包括Rprofile.site里面的代码已经执行），已经把...调整R包的依赖项优先级和R包的DESCRIPTION文件有关系： R包结构 R包源码一般是一个压缩包的形式，后缀名tar.gz。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。
/biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...这个文件可以保存在任意目录下，文件中就一句话，内容如下 R_MAX_NUM_DLLS=500 500表示允许的最多的dll文件数目，设置好之后，重新启动R, 然后输入如下命令 normalizePath...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version
为此，您需要在R中安装和加载网状软件包。...您可以执行以下五项操作，以使您在同一项目中获得两种语言的无缝编码体验： 在项目启动时定义Python环境 为避免与使用错误的Python解释器相关问题，首先需要在项目启动时通过创建.Rprofile文件并将其保存在项目目录中来定义...您的.Rprofile包含将在您的项目启动时执行的代码。...第一个命令将其设置为您的python可执行文件。第二个命令将打印此确认，该确认将在您每次启动项目时显示在您的终端中。这是我启动一个项目时终端的外观： ?...使用repl_python()在Python中实时编码 在项目中如果需要测试Python和R可以使用 Reticulate软件包中的repl_python（）函数将R终端切换到Python终端，以便您可以在
目前已经给大多数共享服务器的公共R包库中的seurat4升级到了seurat5。...而且我们也写了一些seurat5相关的使用教程，见： 初试Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目...但是有用户反馈说已有的流程是seurat4的，还是想用seurat4。那么如何解决呢？...#如果没有就touch一个 touch .Rprofile #然后创建我们家目录下安装自己R包的文件夹 #回到家目录 cd #在家目录下创建R_library文件夹 mkdir ..../R_library #列出家目录下所有文件 ls #自己的家目录的绝对路径 pwd #我的是/home/data/t230459 然后用vim编辑器编辑.Rprofile 文件至如下： vim .Rprofile
打开和研究文件是笨拙的，因为需要先加载文件，然后选择适当的方式以编程方式显示它。这比在IDE中双击一个jpg文件需要更多的努力。 测试和模块化处理很难。...在下面的动画中，您将看到如何在JupyterLab中连接多个Python文件和笔记本。 ? 在JupyterLab中创建两个Python文件和一个Jupyter笔记本。...查看csv文件并将其加载到内核中的dataframe中，该内核在打开的文件之间共享。dataframe在变量检查器中是可见的。首先，给定的x和y向量用蓝色表示。...这种方法有效地解耦了提取、建模和可视化，而不必读写共享数据帧的文件。这为您的日常工作节省了大量的时间，因为它减少了文件加载中的错误风险，而且在项目的早期阶段安装您的EDA和测试要快得多。...在接下来的动画中，你可以看到Jupyterlab是如何在最后一块使用过的面板中呈现哈勃望远镜的图像的: ? 此外，您可以使用如下所示的JupyterLab的Git扩展来导航和使用Git: ?
using 加载R包 using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...using的功能是一次加载多个包，并且使用了suppressPackageStartupMessages函数，因此不会显示加载包过程中的信息。...$HOME/.Rprofile文件 Sys.setenv(LANGUAGE = "en") options( bitmapType = "cairo", warnPartialMatchArgs...使用pak管理R包，可以从Bioconductor、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...build 安装一个文件夹中的依赖s local_install_deps("CytoTRACE") # Installs development and optional dependencies
我们自然而然想到：如果每次进入R都要重新配置源，不免麻烦。 这篇文章，我们将讨论如何一劳永逸。...预计阅读时间：3 分钟 No.1 以linux系统为例 首先，在$HOME目录下，新建一个文件.Rprofile，并进入vi编辑器： vi ~/.Rprofile 按下键盘Insert键进入vi的编辑模式...编辑完成之后，按下键盘ESC键退出到命令模式，再输入命令 :wq 保存退出，下次再进入R就生效了。 No.2 多镜像配置 如果担心R包和bioconductor一个镜像不够，可以配备多个网址。...，系统会自动按照从左往右（地址1→地址2→地址3）的优先级从镜像中搜索R包，直到寻着合适的R包或者所有皆未找到报错退出为止。...第①步： 打开记事本或者其他文本编辑软件； 第②步： 输入默认设置（内容同上述linux案例）； 第③步： 保存文件到 “此电脑>文档” /.Rprofile （文件没有后缀名哦~）； 第④步： 重新进入
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