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广义估计方程和混合线性模型在R和python中的实现

广义估计方程和混合线性模型在R和python中的实现欢迎大家关注全网生信学习者系列:WX公zhong号:生信学习者Xiao hong书:生信学习者知hu:生信学习者CDSN:生信学习者2介绍针对某个科学问题...(变数、变量、变项)协变量(covariate):在实验的设计中,协变量是一个独立变量(解释变量),不为实验者所操纵,但仍影响响应。...比值几率表示单位预测变量变化时响应变量的几率的乘性变化。在本例中,不适合。...比值几率表示单位预测变量变化时响应变量的几率的乘性变化。在本例中,不适合。...Python、SPSS实现)混合线性模型介绍--Wiki广义估计方程中工作相关矩阵的选择及R语言代码在Rstudio 中使用pythonAn Introduction to Linear Mixed Effects

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    有限元法在非线性偏微分方程中的应用

    在此,我们将着重介绍 FEM 在最新版本12中对非线性偏微分方程的求解,并通过实例介绍在实际问题中的应用流程。...首先,如果我们删除与公式(1) 的时间导数相关的部分,则有 若将, 则变为以下简单形式: 尽管将非线性 PDE 进行线性化,与求 1 个变量的非线性方程组的数值解相同,将任意函数 u0 作为种子,由此渐进逼近使...当它们在 u0 处求值时,等式(9) 成为每个离散点(节点)上 u 的联立线性方程。在这里,通过同时联立的初始条件和边界条件,从而形成一个封闭的联立方程并且得出 r。...以下以此为模型计算非线性联立 PDE(Gray-Scott 模型)的示例。从外部将作为原料的化学物质 U 连续地引入填充有另一种物质 V 的反应容器中,并进行自催化反应。...由于 Wolfram 语言在符号计算方面的优势,无论 PDE 形式如何,都可以在保证求解的高效性和统一性的同时,保证其高度通用性。有关 FEM 的内部处理的详细信息已经发布。

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    【活性污泥法】反应动力学

    基本原理 活性污泥中栖息着微生物群体,在微生物群体新陈代谢功能的作用下,具有将污水中有机污染物转化为稳定的无机物质的活性,故称之为“活性污泥”。...从活性污泥法基本流程中可以看出,活性污泥法浄化污水的效果是由两个构筑物完成的:一是污水首先在曝气反应池中由活性污泥微生物氧化分解有机物,使污水中的有机物得以从污水中去除;二是曝气反应池中的混合液经二次沉淀池...1项为去除含碳污染物的需氧量,第2项为剩余污泥氧当量,第3项为氧化氨氮需氧量,第4项为反硝化脱氮回收的氧量; 上述公式中,若仅考虑碳氧化需氧量,则只用考虑第一项和第二项; 去除含碳污染物时,去除每公斤五日生化需氧量可采用...反应动力学 米-门公式 从理论上推导出了有机物(底物)在准稳态酶促反应条件下,有机物的反应(降解)速率方程,即米-门公式,提据生物化学反应动力学进行严格推导得出的,因此它是理论公式。...莫诺特方程 用纯种微生物在单一有机物(底物)培养基中进行微生物增殖速率与有机物浓度之间关系的试验,是微生物在消耗有机物时的增殖速率方程。该方程是实验式,这种描述方法比较符合微生物增殖速率的实际规律。

    1.7K10

    最小二乘法公式

    (xm , ym);将这些数据描绘在x -y中(如图1), 若发现这些点在一条直线附近,可以令这条直线方程如(式1-1)。...在回归过程中,回归的关联式是不可能全部通过每个回归数据点(x1, y1、 x2, y2...xm,ym),为了判断关联式的好坏,可借助相关系数“R”,“F”,剩余“S”进行判断;“R”越趋近于 1 越好...应用课题一 最小二乘法 从前面的学习中, 我们知道最小二乘法可以用来处理一组数据, 可以从一组测定的数据中寻求变量之间的依赖关系, 这种函数关系称为本课题将介绍最小二乘法的精确定义及如何寻求 与 之间近似成时的经验公式...因偏差的平方和最小可以保证每个偏差都不会很大. 于是问题归结为确定 中的常数 和 , 使 为最小. 用这种方法确定, 的方法称为最小二乘法....由极值原理得 , 即 解此联立方程得 (*) 问题 I 为研究某一化学反应过程中, 温度 ℃对产品得率 (%)的影响, 测得数据如下: 温度( ℃) 100 110 120 130 140 150 160

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    Wolfram|Alpha 化学分步解答方案:化学反应

    在接下来的几周中,我们将探索中学生、高中生和大学生在化学课程和期末考试中遇到的一些热门主题:化学反应、结构和键合、化学溶液,最后是量子化学。阅读例如化学反应中的问题及其分步解决方案!...质量 在平衡了相关的化学方程式之后,计划实验室实验的下一步是计算必须量出每种反应物的量。为此,需要每种反应物的摩尔质量。除摩尔质量外,分步解决方案还可用于分子质量和相对分子质量。...在所有情况下,都可以通过“计划”步骤提供解决这些类型问题的通用框架。提供了使用哪个公式以及如何收集必要信息的详细信息。 示例问题: 计算硫酸银Ag2SO4的摩尔质量。...提供了有关方程的详细信息,以及如何计算必要的中间值。还可以通过“显示中间步骤”按钮来使用在计算过程中检查工作的方式。...示例问题: 使1.274克硫酸铜与过量的锌金属反应后,根据以下方程式获得0.392克铜金属:CuSO 4(aq)+ Zn(s)= Cu(s)+ ZnSO 4(aq)。百分率是多少?

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    生化小课 | Keq 和 ΔG° 是反应自发进行趋势的量度

    对于a摩尔的A与b摩尔的B反应,得到c摩尔的C和d摩尔的D的反应, 平衡常数Keq,由以下公式给出 其中 [A]eq 是A的浓度,[B]eq 是B的浓度,以此类推,当系统达到平衡时。...Gibbs证明任何化学反应的ΔG(实际自由能变化)是标准自由能变化的函数,ΔG°-是每个特定反应的特征常数,是表示反应物和产物初始浓度的一个术语: 式中[A]i为A的初始浓度,依此类推; R是气体常数...对于这种特殊情况,[A]i=[A]eq,以此类推,对于所有反应物和产物,以及 在方程 1-1 中用 0 代替 ΔG,用 Keq 代替 [C]ci [D]di /[A]ai [B]bi,我们得到关系式...第二种是所有细胞都能发生的高放能反应: Reaction 2 这两个化学反应共用一个中间体Pi,该中间体在反应1中被消耗,在反应2中产生。...细胞中ATP的分解是放能的,因为所有活细胞都维持着远高于其平衡浓度的ATP浓度。 正是这种不平衡状态使ATP成为所有细胞中化学能的主要载体。

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    Hexo 中 MathJax 的静态显示(svg)

    本文尝试利用 gulp 和 gulp-mathjax-page 将公式直接渲染为 SVG 并嵌入 HTML,以实现静态化,支持任何 Hexo 主题。同时,支持化学方程式?。...效果: $$ \ce{SO4^2- + Ba^2+ -> BaSO4 v} $$ 当然,这个插件的应用不止化学方程,还可以写物理中的核反应,比如原子弹?...: $$ n + \ce{ ^{235}_{92} U -> ^{144}_{56} Ba + ^{89}_{36} Kr } + 3n + 200\;Mev $$ 太阳中氢转换成氦的三个反应: $$...,反应概率很低的一个过程,这就是现在太阳不会爆炸而是缓慢「燃烧」的原因。...微观粒子的研究成果(弱相互作用)竟然能用在巨大的天体物理中,反映出研究粒子物理或高能物理的重要性,这也是目前物理学的前沿。

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    QR分解_矩阵谱分解例题

    因此,在参与测量活动中,自然会遇到认识活动中的三种情况:a.很容易就发现了不同之处而将甲乙两事物区分开来;b.很容易就发现了相同之处而将甲乙两事物归于一类;c.难于将甲乙两事物区分开来,从而造成认识上的混淆...这个系统用数学语言表示出来,反应为矩阵。 但是,有时候在现实中的作业条件不允许我们有足够多的观察点供选择,使我们处于不利的位置,或者只能从很短的基线来观测很远的目标。...QR分解 矩阵分解是指将一个矩阵表示为结构简单或具有特殊性质的若干矩阵之积或之和,大体可以分为满秩分解、QR分解和奇异值分解。矩阵分解在矩阵分析中占有很重要的地位,常用来解决各种复杂的问题。...QR分解定理:任意一个满秩矩阵A,都可以唯一的分解为A=QR,其中Q为正交矩阵,R为正对角元上的三角矩阵。...标准正交向量 A垂直于B证明: 此处的||A||表示向量的模 A=QR,R是上三角阵,Q是单位正交阵 已知 由上述可知 ,所以 ,即左下角元素为零 最小二乘法的正规方程由QR分解的结果来重新生成参数计算公式

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    BP神经网络基础算法

    以输出层的第r个神经元为对象,由给定的输出目标值tr(p)作为等式的多项式值建立方程,用线性方程组表示为: a0(1)v1r+a1(1)v2r+…+am(1)vmr=tr(1)a0(2)v1r+a1(2...)v2r+…+am(2)vmr=tr(2) ……a0(p)v1r+a1(p)v2r+…+am(p)vmr=tr(p) 简写为: Av=T 为了使该方程组有唯一解,方程矩阵A为非奇异矩阵,其秩等于其增广矩阵的秩...,即:r(A)=r(A┊B),且方程的个数等于未知数的个数,故取m=p,此时方程组的唯一解为: Vr=v0r,v2r,…vmr (4)重复第三步就可以求出输出层m个神经元的权值,以求的输出层的权矩阵加上随机固定的隐层与输入层的权值就等于神经网络最后训练的权矩阵...输出层(Output layer),这一区域表示神经元经过多层次相互传递后,对外界的反应。...–以上作用可分别以数据公式表达出来: 这里写图片描述 –式中x1,x2,…,xq为输入信号,wj1,wj2,…,wji,…,wjn为神经元k之权值,uk为线性组合结果,θk为阈值,

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    BP神经网络基础算法

    以输出层的第r个神经元为对象,由给定的输出目标值tr(p)作为等式的多项式值建立方程,用线性方程组表示为: a0(1)v1r+a1(1)v2r+…+am(1)vmr=tr(1)a0(2)v1r+a1(2...)v2r+…+am(2)vmr=tr(2) ……a0(p)v1r+a1(p)v2r+…+am(p)vmr=tr(p) 简写为: Av=T 为了使该方程组有唯一解,方程矩阵A为非奇异矩阵,其秩等于其增广矩阵的秩...,即:r(A)=r(A┊B),且方程的个数等于未知数的个数,故取m=p,此时方程组的唯一解为: Vr=v0r,v2r,…vmr (4)重复第三步就可以求出输出层m个神经元的权值,以求的输出层的权矩阵加上随机固定的隐层与输入层的权值就等于神经网络最后训练的权矩阵...输出层(Output layer),这一区域表示神经元经过多层次相互传递后,对外界的反应。 ?...–以上作用可分别以数据公式表达出来: ?

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    BP神经网络基础算法

    以输出层的第r个神经元为对象,由给定的输出目标值tr(p)作为等式的多项式值建立方程,用线性方程组表示为: a0(1)v1r+a1(1)v2r+…+am(1)vmr=tr(1)a0(2)v1r+a1(2...)v2r+…+am(2)vmr=tr(2) ……a0(p)v1r+a1(p)v2r+…+am(p)vmr=tr(p) 简写为: Av=T 为了使该方程组有唯一解,方程矩阵A为非奇异矩阵,其秩等于其增广矩阵的秩...,即:r(A)=r(A┊B),且方程的个数等于未知数的个数,故取m=p,此时方程组的唯一解为: Vr=v0r,v2r,…vmr (4)重复第三步就可以求出输出层m个神经元的权值,以求的输出层的权矩阵加上随机固定的隐层与输入层的权值就等于神经网络最后训练的权矩阵...输出层(Output layer),这一区域表示神经元经过多层次相互传递后,对外界的反应。 ?...–以上作用可分别以数据公式表达出来: ?

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    一元二次方程极简新解法!CMU华裔奥数总教头提出,网友质疑:这不就是韦达定理吗?

    新方法首先将二次方程进行因式分解,得到以下形式: 很容易可以看出,当x=R或S时,原方程等于0,即方程的解为x=R或S。...论文链接: https://arxiv.org/pdf/1910.06709.pdf 尽管新方法得出的公式看上去依旧很复杂,甚至与原公式不分上下,但事实上在求解过程中罗教授的方法更简单、更直观,他弱化了对公式的记忆...以求解方程x²-2x+4=0为例,传统的解题思路是找出式中对应于a,b,c的系数,将各数代入那个复杂的公式中。但是罗教授的方法则是先令方程的两根x=-B/2±z,在该方程中即得x=1±z。...这种方法也强化了二次方程都具有两个根的概念,可以简化推导过程,加深对韦达定理的理解。他认为,学习数学并不是记忆公式而是在于运用。他的方法使学生只需记住一些关于根的简单归纳,即可最终找到方程的解。...而且罗教授认为,对于那些在公校中学习领先的孩子,上数学课不再是学习新的内容,而是要看老师如何教授“旧”的知识,以进一步培养自己的逻辑思考能力。

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    从强化学习Reinforcement Learning到DQN(Deep Q-learning Network)学习笔记

    强化学习基础 强化学习中两大最基本的要素:Agent(智能体)与Environment(环境)。 在每个时间 t 内: Agent需要 1.做出行动 A_t 2....感知Agent做出的行动 A_t 2. 做出环境反应 O_{t+1} 3....这个世界的时间是可以分割成一个一个时间片的,并且有完全的先后顺序,也就是上面提到的一系列时间序列状态: \{s_1,a_1,r_1,s_2,a_2,r_2...\} 其中一个重要的假设是在...Bellman方程基本形式: v(s) = \mathbb E[R_{t+1} + \lambda v(S_{t+1})|S_t = s] Bellman方程说明了当前状态的值函数与下个状态的值函数的关系...从公式上看,当前状态的价值和下一步的价值以及当前的反馈Reward有关。它表明Value Function是可以通过迭代来进行计算的。虽然看似简单,确是强化学习的基础。

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    逻辑回归or线性回归,傻傻分不清楚

    那么为何其名称中又包含了回归这个单词呢,是因为其核心思想和回归分析是一样的,通过构建回归方程来解决问题。以最基本的一个自变量,二分类因变量为例,其数据分布如下 ?...为了更好的理解逻辑回归和线性回归之间的关系,我们来看下对应的回归方程,图示如下 ? 上图中逻辑回归公式对应的形式就是sigmod函数,其中的e为自然常数,进一步转换如下 ? ?...逻辑回归的方程通过最大似然法进行求解,coefficients就是对应的回归参数,AIC值是一个衡量拟合效果的统计量,计算公式如下 ?...’s Pseudo-R2 为例,公式如下 ?...Y为因变量,X为对应的二分类自变量,beta代表回归方程中x的回归系数,Z代表其他变量, 将上述公式进行log转换,可以看出x对应的log odd ratio值其实就是其回归系数。

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    困扰数学界200年的「吃草山羊」问题,小学生只能看懂第一步

    整个正方形的面积是16,所以我们要做的就是把条件 A = 8代入方程,求解 r 即可。 只是还有一个小问题,方程中的r是不可能解出来的。...也就是说,在这个方程中,我们无法精确解出 r,只能近似 r 的值来使这个方程成立(r ≈2.331) 。方程式中,三角函数和多项式函数的混合成为了无法绕过的障碍。...我们可以尝试从反余弦函数里面,得到 r,但是要做到这一点,我们必须把另一个 r放在余弦函数里面。 无论哪种方式,我们都是在处理一个包含超越函数的方程,比如指数或三角函数。...超越函数不能简单地用加法、乘法等一般的代数运算来表示,因此在一般的超越方程中不能精确地求解。 这个问题是19世纪著名的放牧山羊问题的核心,当时山羊被放置在一个圆形的谷仓里。...我们可以用高中的几何学,用绳子长度 r 来求这个透镜的面积,但是这个公式比平方要复杂得多。 当你把它设置为圆形谷仓面积的一半时,你会遇到和我们在正方形里遇到的一样的问题: 你不能把 r 分离出来。

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    传统相机标定方法解析

    我刚开始理解时,看着那一堆的公式十分的头晕,我相信很多初学者和我一样,但仔细想想,只不过是,我们假设了一些参数,使四个坐标系之间的坐标联系起来,这样我们就可以从拍摄的图片上一个点坐标一路反推出世界中的那个点的坐标...公式4 解释:1、在这个公式中,R为3*3矩阵,T为3*1,0为(0,0,0),简化用Lw表示后为4*4矩阵。...在一般的标定工作中,靶标上有数十个已知特征点,使方程的个数大大超过未知数的个数,从而用最小二乘法求解以降低误差造成的影响。...这个公式大家可以写出来,这样就比较好看了,列出来以后可以看出P34对其他值是没有影响的,因此令P34=1。 上面说了,在2N个点时,我们可以通过最小二乘法使结果更加精确,其结果为: ?...14、U0,V0的标定 直接光学方法 变焦距法 径向排列约束法 直接光学法 用一束激光照射像机镜头 在光路上放一张有孔的纸 使激光的入射光线与反射光线重合 用像机摄取包含激光光斑的图象

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    交通灯控制逻辑电路设计实验报告_交通灯控制电路的设计报告

    1.2.2、 在完成上述任务后,可以对电路进行电路改进或扩展。(选作:通行时间和黄灯闪亮时间可以在0-99秒内任意设定)。...H Z f=\frac{1.43}{(R_1+2*R_2)C} =\frac{1.43*10^6}{(1000+2*1000)*470)} =1.014HZ f=(R1​+2∗R2​)C1.43​=(...,其方法是:将Q1n+1、Q0n+1为1的项所对应的输人和状态转换条件变量相与,其中”1″用原变量表示,”0″用反变量表示,然后将各与项相或,即可得到下面的方程:   根据以上方程,选用数据选择器...四、扩展功能 要求:通行时间和黄灯闪亮时间可以在0-99秒内任意设定; 4.1红灯亮的时间设计   通行时间即绿灯时间和黄灯闪亮时间可以调节,说明红灯的时间可以调节,可以利用已知的绿灯以及黄灯的时间推出红灯亮的时间...;红灯亮的时间等于绿灯亮的时间加上黄灯闪亮的时间;在计数器的置数端用开关控制输入,即可对红灯亮的时间长短进行调节,如果红灯亮的时间为60秒,则从左到右开关的状态应为关、开、开、关,关、关、关、关。

    2.2K10

    电路模型和电路定律(Ⅱ)

    对于纯电阻线路,电导与电阻的关系方程为G=1/R,由此可以得到欧姆电导定律的关系方程:G=I/U。...---- 【2.2】功率和能量 功率介绍:功率是指物体在单位时间内所做的功的多少,即功率是描述做功快慢的物理量。功的数量一定,时间越短,功率值就越大。求功率的公式为功率=功/时间。...功率的计算公式:P = UI = U的2次方/R = I的2次方R 电流的方向和电压方向一致叫做:关联方向。公式:P = UI  也就是:正极是流入的,负极是流出的。...如果把电阻的支路换成导线称之为:短路。 我们在电阻两边链接导线,此时这个电路就称之为时短路。 短路的特征: 整个电路中没有用电器,因此,一旦接通,电路中电流极其大。...---- 物理定义(能量) 能量是物质运动转换的量度,世界万物是不断运动的,在的一切物质属性中,运动是最基本的属性,其他属性都是运动的具体表现。能量是表征物理系统做功的本领的量度。

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    60年前不被看好的理论再次被证,这次是原子层面的

    △反应扩散方程的一般形式 后来人们发现,这组方程式适用于不少自然界的图案,包括斑马、贝壳、鱼类、豹的条纹等。...艾伦·图灵(Alan Mathison Turing)在利用计算机进行大量数学运算后,给出了一个叫做“反应扩散方程”(reaction–diffusion)的公式,即开头的方程组。...直到数十年后,生物学家们才发现,图灵的反应扩散方程“意外地好用”。 虽说从生物学原理来看,图灵的反应扩散方程理论只能解释极少数图灵斑图;但从数学角度来看,它确实能对不少复杂的图案纹路进行描述和预测。...此前对于图灵斑图的研究,大多集中于宏观层面,从微观尺度应用反应扩散方程的研究少之又少。 然而,科学家们前段时间发现,在微观层面的晶体生长中,也会出现图灵斑图现象。...然而,当他们试着用反应扩散方程模拟铋晶体生长图案时,却发现预测结果与生长纹路高度相似: △左边为铋原子的实际生长情况 研究人员们又回过头去分析铋原子在二硒化铌表面的生长情况,发现如果将反应扩散方程理论中对两类事物限定的

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