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R语言基础提升与总结

,按拼接成为一个矩阵 do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵概念基因表达数据通常使用表达矩阵表示其中矩阵代表某个基因在不同样本(不同处理,或时间点等)表达水平列表示某个样本各个基因表达水平...4.2 如何把基因和count变为数据框列名?...() %>% #名变为第一 mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) #数据框新增一#变形函数 完成宽数据变长数据操作pdat =...MARGIN,FUN…)X:数据框/矩阵名称MARGIN:取值=1表示;取值=2表示FUN:具体函数对X每一/每一进行FUN这个函数test<- iris[1:6,1:4]apply(test...,1:100,".txt")file.create(f)file.remove(f)8 思考题:如何挑选出一个表达矩阵里方差最大基因?

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使用 Python 按和按矩阵进行排序

在本文中,我们将学习一个 python 程序和按矩阵进行排序。 假设我们采用了一个输入 MxM 矩阵。我们现在将使用嵌套 for 循环对给定输入矩阵进行逐行和按排序。...在函数内部,使用 for 循环遍历矩阵使用另一个嵌套 for 循环遍历当前行所有使用 if 条件语句检查当前元素是否大于下一个元素。 如果条件为 true,则使用临时变量交换元素。...创建另一个函数 transposeMatrix() 通过接受输入矩阵 m(行数)作为参数来获取矩阵转置。 使用 for 循环遍历矩阵。...使用另一个嵌套 for 循环遍历窗体( +1)列到末尾。 将当前行、元素与元素交换。...创建一个函数 printingMatrix() 通过使用嵌套 for 循环遍历矩阵打印矩阵。 创建一个变量存储输入矩阵

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

本节课程大纲 六个专题—— 1.玩转字符串★★★ 2.玩转数据框★★★ 3.条件和循环★★★★★ 4.表达矩阵画箱线图★★★★ 5.隐式循环★★★ 6.两个数据框连接★★ 课前提示: 六个专题互不干扰互相独立...-(2)列表使用不方便——simplify = T简化结果,简化成矩阵 -(3)注意:之前提到过,矩阵某一不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换数据类型;或者把这单独提取出来再转换其数据类型...(stringr) a = read.csv("group.csv") g = str_split(a$title," ",simplify = T) g[,4] # 2.如何把上一题结果Control...转换数据:把表格转换成两数据 -(1) 第一步:转置 -(2) 第二步:把作为添加到数据(因为ggplot2容易把名丢掉,所以倾向于把作为) -(3) 第三步:新增一“group...如何挑出30个数里最大五个 -(1)排序 -(2)取最后五个 图片 3.向量/列表隐式循环-lapply() 对列表/向量每个元素实施相同操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图

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R3数据结构和文件读取

up 3#筛选score >0基因,>0元素筛选出来,一维df1[df1$score > 0,1]## [1] "gene1" "gene2"df1$gene[df1$score...左连接可以使用merge(x, y, by="common_column", all.x = TRUE)实现,其中x和y是要连接两个数据集,by指定用于连接列名,all.x设置为TRUE表示保留左侧数据集所有...#注释3如何按照数据框某一,给整个数据框排序order,使用order()函数按照数据框某一对整个数据框进行排序。...#注释4如何按照数据框某一,给整个数据框去重复,可以使用unique()函数按照数据框某一对整个数据框进行去重操作。...当sep = "\t"时,read.table将使用制表符作为分隔符读取文本文件数据。#4.soft 行数列数是多少?

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Jelys Note之生信入门class3

df1数据,c(1,3)是取第一和第三数据,逗号表示维度分割,1:2是取第一与第二数据 eg....取出来是符合条件子集】 筛选score > 0基因 > df1[df1$score > 0,]内容写在逗号前取子集是按取子集 取df1数据框score那一大于0df1值如第一、第二...只修改某一名:colnames(变量)[第几列]=修改值“” > colnames(df1)[2] <- "CHANGE" (5)两个数据框连接【智能连接】 【使用:差异分析结果,分析基因结果,...as()——转变 【可自行搜索-左连接、右连接、取合集】【如何按照数据框某一给整个数据框排序/去重复】 【内置数据有数据框,但不是所有都是数据框】 -------------------------...(test[,1]) 10.筛选test,Species值为a或c 反选和列出所有条件 test[test$Species!

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做完这套面试题,你才敢说懂Excel

条件格式除了可以对重复项进行格式设置,还可以对大于范围、小于范围、介于范围等等单元格进行设置,甚至还可以自定义条件规则。 条件格式拓展学习:如何使复杂数据一目了然?...就是根据match函数结果进行“扫描”。如本案例,在前边步骤已经用match函数定位到“高小明”位于第4,所以,最终引用返回是“小组”第4值,也就是“战无不胜组”。...如下: 但是,如果要连接比较多文本,用文本连接连,虽然简单,但容易出错,特别是中间还要连接分隔符。...条件格式除了可以对重复项进行格式设置,还可以对大于范围、小于范围、介于范围等等单元格进行设置,甚至还可以自定义条件规则。 条件格式拓展学习:如何使复杂数据一目了然?...就是根据match函数结果进行“扫描”。如本案例,在前边步骤已经用match函数定位到“高小明”位于第4,所以,最终引用返回是“小组”第4值,也就是“战无不胜组”。

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【MySQL】表增删查改(进阶)

数据库约束 约束类型 NOT NULL 指示不能存储NULL值. UNIQUE 保证每行必须有唯一值。 数据库如何判定,当前这一条记录是重复?先查找,再插入。...,插入到另一个表。...进行聚合,需要搭配聚合函数(SQL内置一组函数) 聚合函数 常见聚合函数有: 这些操作都是针对某个所有进行运算。...使用join完成 或者写作: 任务2:查询所有同学总成绩,以及同学个人信息 分析:要列出每个同学姓名(student表)和总分(分数表),由于此处是按照维度进行组织,就需要使用聚合查询完成...同理,右表连接,会把右表结果尽量列出来,哪怕左表没有对应李璐,就使用NULL填充。 自连接连接就是自己和自己进行笛卡尔积。 子查询 子查询本质上就是套娃。

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以蛇形模式打印矩阵Python程序

使用方法 以下是用于完成此任务各种方法 - 使用嵌套 for 循环 使用切片反转交替 直觉 我们将遍历矩阵所有。对于每一,我们现在将检查它是偶数还是奇数。...如果是偶数,那么将从左到右打印矩阵,否则我们将从右到左打印矩阵。 方法 1: 使用嵌套 for 循环 算法(步骤) 以下是执行所需任务要遵循算法/步骤。− 创建一个变量存储矩阵行数。...创建另一个变量存储矩阵数。 创建一个函数 printSnakePattern(),用于通过接受输入矩阵作为参数来打印蛇模式矩阵使用 global 关键字使变量成为全局变量。...使用 for 循环遍历矩阵使用 if 条件语句检查当前行号是否为偶数。 如果条件为 true,则使用另一个嵌套 for 循环遍历当前行所有。 如果当前行为偶数,则从左到右打印矩阵。...否则,如果当前行为奇数,则从右到左打印矩阵。 创建一个变量存储输入矩阵并打印给定矩阵。 通过将输入矩阵作为参数传递调用上面定义 printSnakePattern() 函数。

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Pandas常用命令汇总,建议收藏!

,我们可以使用多种方法查看和检查对象,例如 DataFrame和Series。...] # 根据条件选择数据框 df.loc[df['column_name'] > 5, ['column_name1', 'column_name2']] / 04 / 数据清洗 数据清洗是数据预处理阶段重要步骤...')['other_column'].sum().reset_index() / 06 / 加入/合并 在pandas,你可以使用各种函数基于公共或索引来连接或组合多个DataFrame。...# 将df添加到df2末尾 df.append(df2) # 将df添加到df2末尾 pd.concat([df, df2]) # 对A执行外连接 outer_join = pd.merge...# 计算最大值 df['column_name'].max() # 计算中非空值数量 df['column_name'].count() # 计算某个值出现次数 df['column_name

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筛选功能(Pandas读书笔记9)

分享筛选功能之前,我们先分享如何提取某一,某一 一、提取DataFrame数据某一 1、显示前N 使用head函数 ? 2、显示后N ? 3、显示任意某一 ?...四、单条件筛选 筛选其实就是将符合特殊条件筛选出来,那我们先设立一个小目标!将涨跌额为正数筛选出来! 如何判断?无外乎为大于小于等于判断咯! ?...] 简化就是 变量括号内接一个条件 那多条件如何表达呢?...变量[(条件1)&(条件2)&(条件N)] 多条件且关系筛选其实就是将不同条件用括号括起来后使用&字符连接~ 2、或关系筛选 前面有了且关系铺垫,或关系其实就是把&变更为 | 即可!...七、模糊筛选 模糊筛选想当年也浪费了我不少时间,我以为pandas会自带一个函数来,结果是使用字符串形式实现~ 提问:我们将名称那一含有“金”字提取出来~ Excel实现这个功能很简单

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python数据分析——数据选择和运算

例如,使用.loc和.iloc可以根据标签和行号选取数据,而.query方法则允许我们根据条件表达式筛选数据。 在数据选择基础上,数据运算则是进一步挖掘数据内在规律重要手段。...而在选择时候可以传入列表,或者使用冒号进行切片索引。...关键技术:多维数组选择,使用[ ]运算符只对行号选择即可,具体程序代码如下所示: 花式索引与布尔值索引 ①布尔索引 我们可以通过一个布尔数组索引目标数组,以此找出与布尔数组中值为True...关键技术:注意这里使用是一个括号,这里2代表步长: [“张” : “段” :2] =[下界:上界:步长]。...= False ) join()方法参数详解 参数 描述 Self 表示是join必须发生在同一数据帧上 Other 提到需要连接另一个数据帧 On 指定必须在其上进行连接

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MySQL数据库、数据表基本操作及查询数据

使用 LIMIT限制查询结果数量 LIMIT [位置偏移量,] 行数 使用集合函数查询 函数 作用 AVG() 返回平均值 COUNT() 返回行数 MAX() 返回最大值 MIN(...) 返回最小值 SUM() 返回连接查询 内连接查询 在内连接查询,只有满足条件记录才能出现在结果关系。...外连接查询 LEFT JOIN左连接 返回包括左表所有记录和右表连接字段相等记录。 RIGHT JOIN右连接 返回包括右表所有记录和左表连接字段相等记录。...复合条件连接查询 复合条件连接查询是在连接查询过程,通过添加过滤条件,限制查询结果,使查询结果更加准确。 子查询 子查询指一个查询语句嵌套在另一个查询语句内部查询。...带 ANY、SOME关键字子查询 ANY和 SOME关键字是同义词,表示满足其中任一条件,它们允许创建一个表达式对子查询返回值列表进行比较,只要满足内层子查询任何一个比较条件,就返回一个结果作为外层查询条件

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生信技能树- R语言-day7

else2, ifelse(,,ifelse)在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两值,按照以下条件生成向量x:load("deg.Rdata...30个数里最大5个head 取头几个tail 取尾巴几个还没做思考题:如何跳出一个表达矩阵里方差最大1000个基因思考题:取出大于1所有行向量/列表隐式循环-lapplylapply(list..."name")right_join:右连接,以右边为准right_join(test1,test2,by="name")表达矩阵画箱线图当x和y没有名字可以简写表达清楚时候,不是ggplot2可以接受类型...这是一个矩阵2. 先转置3. 把名变成一4. “宽”变成“长”把格式变成类似于 ggplot2形式,一作为x,一作为y5....rownames_to_column() %>% #把名变成一mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) #新增一group宽变长方法:

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做完这套面试题,你才敢说懂Excel

条件格式除了可以对重复项进行格式设置,还可以对大于范围、小于范围、介于范围等等单元格进行设置,甚至还可以自定义条件规则。 条件格式拓展学习:如何使复杂数据一目了然?...vlookup函数在查找匹配上,的确是一个利器,但vlookup函数在查询时候只能从左往右查询,且查询对象所在,必须要在查询区域第一,也就是说,只能通过A查询B或其它,而不能通过B逆查询...即高小明在成员,是第4个。 用match匹配出位置信息后,我们再嵌套index引用函数,将match匹配出来位置信息作为index第二个参数传回给index。...就是根据match函数结果进行“扫描”。如本案例,在前边步骤已经用match函数定位到“高小明”位于第4,所以,最终引用返回是“小组”第4值,也就是“战无不胜组”。...如下: 但是,如果要连接比较多文本,用文本连接连,虽然简单,但容易出错,特别是中间还要连接分隔符。

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【呕心总结】python如何与mysql实现交互及常用sql语句

这篇笔记,我将整理近一个月实战中最常用到 mysql 语句,同时也将涉及到如何在python3与 mysql 实现数据交换。...三、sql语句:修改表属性 横向一整条数据,叫做;竖向一整条数据,叫作名字,叫做 column,这是通用知识点。 这段时间实战,我完全没有用到修改表名称、重设index等知识点。...最常用,就是对进行操作。每个具备:名称、属性、数值。 名称,需要留心不使用保留词。...做这项操作前,必须确认清楚自己意图,毕竟一旦发生,无可挽回。 如果条件留空,将保留表结构,而删除所有数据。...想要删除整张表格,什么都不留下,则执行: DELETE TABLE table_name; 俗称“删库”就是删掉整个数据库,虽然实战几乎不会用到,但作为新手经常手误,在练习阶段安全起见,最好还是专门创建一个

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Python操作MySQL

关于之前有人提到Python如何操控MySQL,其实很简单,以pymysql库为例。...连接到MySQL,然后执行SQL命令即可,因此在完成对MySQL操作之前必须熟悉SQL语言,从而完成对数据库一系列操作。 MySQL一些基础知识 数据库: 数据库是一些关联表集合。...数据表: 表是数据矩阵。在一个数据库表看起来像一个简单电子表格。 : 一(数据元素) 包含了相同数据, 例如邮政编码数据。...:一(=元组,或记录)是一组相关数据,例如一条用户订阅数据。 冗余:存储两倍数据,冗余降低了性能,但提高了数据安全性。 主键:主键是唯一。一个数据表只能包含一个主键。...你可以使用主键查询数据。 外键:外键用于关联两个表。 复合键:复合键(组合键)将多个列作为一个索引键,一般用于复合索引。 索引:使用索引可快速访问数据库表特定信息。

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