数据框的长宽格式的转换 基本包里的函数 reshape( ) 可以对数据进行长宽格式之间的转换。 下面以 datasets 包里的数据集 Indometh 为例进行说明。...v.names：这是一个字符串，表示要重塑的值变量的名称。在这种情况下，"conc"表示原始数据中的浓度变量。 idvar：这是一个字符串或向量，表示标识变量的名称或变量列表。...direction：这是一个字符串，表示重塑的方向。在这种情况下，"wide"表示要将数据从长格式重塑为宽格式。...我们还可以将宽格式数据 wide 重新转换为长格式： long <- reshape(wide, idvar = "Subject", varying = list(2:12), v.names...tidyr 包以一种比较简洁统一的格式实现数据长宽格式的转换，其中，函数 pivot_wider( ) 用于把长格式数据转换为宽格式，而函数 pivot_longer( ) 用于把宽格式数据转换为长格式
官网：https://www.tidyverse.org/ 一、tidyr 数据整理 tidyr 包用于将数据重新整合，替代之前的 reshape 和 reshape2 包，用于数据的重塑与聚合...总而言之，让数据变地更好用（符合下层函数参数的格式要求），方便用户查找和阅读。...数据的整理是一个从数据框的统计结构（变量与观察值）到形式结构（列与行）的映射。...tidyr 包主要就是用来将数据转换为“整洁数据”的包，主要功能为 1)缺失值的简单补齐 2)长形表变宽形表与宽形表变长形表； 1.2 长数据与宽数据 长数据 宽数据 1.3...这些概念非常形象地描述了数据转换的过程。melt 将数据转换为长数据，cast 重新调整变量。tidyr 数据转换也是类似的方法。
与时间序列教程中具有dt访问器的日期时间对象类似，在使用str访问器时可以使用许多专门的字符串方法。...这些方法通常与单个元素的内置字符串方法具有匹配的名称，但是在每个值的列上逐个应用（记得逐元素计算吗？）。 创建一个新列Surname，其中包含乘客的姓氏，通过提取逗号前的部分。...在“性别”列中，将“male”的值替换为“M”，将“female”的值替换为“F”。...在 R 中，您可能希望获取data.frame的行，其中一列的值小于另一列的值： df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm(10)) subset(df, a...with 在 R 中使用名为 df 的 data.frame，具有列 a 和 b，将使用 with 进行评估，如下所示： df <- data.frame(a=rnorm(10), b=rnorm
例如，使用setkey()将id设置为product_info中的一个键： setkey(product_info, id) 同样的，函数无任何返回，但我们已经为原始数据设置了键，而且原来的数据看起来也没变化...我们可以将多个[]按顺序连接起来，形成工作流（类似管道%>%）。...中，by所对应的组合中的值是唯一的，虽然实现了目标，但结果中没有设置键： key(type_class_test0) #> NULL 这种情况下，我们可以使用keyby来确保结果的data.table自动将...仍以product_stats为例，我们可以使用setDF()函数不要任何复制就可以将data.table变成data.frame。...，而是使用market_data[, (columns) := list(...)]来动态设定列，其中columns是一个包含列名的字符向量，list(...)是每个列对应的值： price_cols
2017年10月更新：增加了一个新的例子，展示了如何根据大众需求来训练多个优先的时间步。...下面的脚本加载原始数据集，并将日期 - 时间信息解析为Pandas DataFrame索引。“否”列被删除，然后为每列指定更清晰的名称。最后，将NA值替换为“0”值，并且将前24小时移除。...下面的例子将数据集分解为训练集和测试集，然后将训练集和测试集分解为输入和输出变量。最后，输入（X）重塑成LSTM预期的3D格式，即[样例，时间步，特征]。...输入形状将是带有8个特征的一个时间步。 我们将使用平均绝对误差（MAE）损失函数和随机梯度下降的高效Adam版本。 该模型将适用于批量大小为72的50个训练时期。...唯一的另一个小变化就是如何评估模型。具体而言，在我们如何重构具有8列的行适合于反转缩放操作以将y和y返回到原始尺度以便我们可以计算RMSE。
pico命令 pico是一个简单易用、以显示导向为主的文字编辑程序，具有pine电子邮件编写器的风格。在现代Linux系统上，nano即pico的GNU版本是默认安装的，在使用上和pico一模一样。...-N, --noconvert: 禁止从DOS/Mac格式自动转换文件。 -O, --morespace: 使用标题栏下方的空白行作为额外的编辑空间。...如果有扩展的正则表达式支持，则默认值为^([ \t]*[#:>\|}])+，否则为>。请注意\t代表Tab。...-T cols, --tabsize=cols: 将选项卡的大小(宽度)设置为列，cols的值必须大于0，默认值为8。...-r cols, --fill=cols: 在列cols处换行，如果此值等于或小于0，则将在屏幕的宽度减去cols列的宽度处进行换行，如果调整了屏幕大小，则换行点将随着屏幕的宽度而变化，默认值为-8。
11 55 指定大于边界的值将导致错误。...Rows: 3 Cols: 2 将一维数组重塑为二维数组 通常需要将一维数组重塑为具有一列和多个数组的二维数组。 NumPy在NumPy数组对象上提供reshape()函数，可用于重塑数据。...reshape()函数接受一个参数，该参数指定数组的新形状。将一维数组重塑为具有一列的二维数组，在这种情况下，该元组将作为第一维（data.shape[0]）中的数组形状和第二维的中1。...，将该数组重塑为具有5行1列的新形状，并输出。...(5,) (5, 1) 将二维数组重塑为三维数组 对于需要一个或多个时间步长和一个或多个特征的多个样本的算法，通常需要将每行代表一个序列的二维数据重塑为三维数组。
ggtree是一个功能强大的系统发育树可视化及注释R语言软件包，在Bioconductor中发布，是ggplot2的扩展包。ggtree可以读取多种数据格式的系统发育树，并对其进行注释分析。...基本树状图绘制 绘制SNP和特征的数据 对具有多个序列比对进行可视化 圆形树状图 多维数据的树状图可视化 03 ggtree绘图操作示例 系统发育树可视化物种丰富度分布 物种丰富度是连续的数值数据...facet_plot函数将序列距离表示为点图，然后在同一面板添加一个线图层。...但是它只能将与树相关的数据的数字值绘制为气泡，并且无法生成图例。Phylobase还不支持将关联数据改变例如颜色，大小和形状等特征。这些特征需要大家手动添加。...用多个gheatmap函数将多个关联的矩阵与树对齐，但是ggplot2不允许使用多个填充比例。
版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍在基因组数据分析中可能会用到的函数。...(datatable.verbose=TRUE) 对于前面的DT，我现在将f和d开头的列名的列作为测量变量，如下 pattern函数下面会讲，这里再讲一下的是melt和dcast的联合使用，先用melt...patterns patterns是melt函数内部使用的函数，匹配正则表达式。...正则表达式集； cols 要匹配的字符矢量； 例子在讲melt函数的时候已有 rbindlist 类似于data.frame的rbind，不过比rbind的速度更快，并且总是返回
0 前言 在数据分析过程中，不同的软件通常对数据格式有一定的要求，例如R语言中希望导入的数据最好是长格式数据而不是宽格式数据，而SPSS软件经常使用宽格式数据。...平时数据分析的时候，无法保证导入的数据一定是什么格式，因此需要了解长宽格式数据之间如何相互转换。 1 何为长宽格式数据 ?...长格式数据：每一行数据记录的是ID（Player）的一个属性，形式为key：value，例如上图左表中，第一行数据记录Player1选手的name信息，name为key，Sulie为value；...参数names_from对应长格式数据key键对应的列；values_from对应长格式数据value值对应的列。...中使用dfply库中函数，R中使用tidyr包中函数，因为key键和value值比较明确。
df_dropped_cols = df.dropna(axis=1) print(df_dropped_cols) # 使用常数填充缺失值 df_filled_constant = df.fillna...数据重塑（Data Reshaping）是指改变数据表的结构或格式，以便更好地进行数据分析和处理。...重塑数据通常包括将数据从宽格式转换为长格式，或从长格式转换为宽格式。...1. pivot 和 pivot_table pivot 方法用于将长格式数据转换为宽格式数据，类似于 Excel 中的数据透视表。...', aggfunc='mean') print(pivot_table_df) 2. melt melt 方法用于将宽格式数据转换为长格式数据。
image.png 今天试着重复的图片对应着的是论文附件中的Figure8b，很多个饼状图放到一起 ?...image.png 最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复地图的时候新遇到了一个包是 scattermore可以直接指定输入数据，然后一次性将所有饼状图画好，这样就省去了拼图的步骤...通过 help(package="scatterpie")函数查看帮助文档，得知需要准备的数据格式如下 ?...image.png 接下来是添加头部的图例和右侧的文字 首先是构造数据的代码 df1<-data.frame( x=seq(1.9,14,2), y=9.5, label=c("A","A"...暂时还不知道如何设置 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学
cols： 要转换为更长格式的列。...names_to：一个字符向量，指定要根据存储在 cols 指定的数据的列名中的信息创建一个或多个新列。如果长度为 0，或者如果提供了 NULL，则不会创建任何列。...如果长度为 1，将创建一个包含 cols 指定的列名的列。如果长度>1，将创建多个列。在这种情况下，必须提供 names_sep 或 names_pattern 之一来指定如何拆分列名。...names_prefix：用于从每个变量名称的开头删除匹配文本的正则表达式。names_sep, names_pattern：如果 names_to 包含多个值，则这些参数控制列名称的分解方式。...values_drop_na：如果为 TRUE，将删除 value_to 列中仅包含 NA 的行。这有效地将显式缺失值转换为隐式缺失值，并且通常仅应在数据中的缺失值由其结构创建时使用。
，是弱类型的，同时与data.frame有相同的语法，使用起来更方便。...，会自动添加列名 tibble，类型只能回收长度为1的输入 tibble，会懒加载参数，并按顺序运行 tibble，是tbl_df类型 tibble是data.frame的进化版，有如下优点：生成的数据框数据每列可以保持原来的数据格式...5.4 将一列分离为多列：separat #install.packages("tidyr") #安装tidyr包 library(tidyr) 5.1 宽数据转为长数据：gather() ?...#key：将原数据框中的所有列赋给一个新变量key #value：将原数据框中的所有值赋给一个新变量value #…：可以指定哪些列聚到同一列中 #na.rm：是否删除缺失值 widedata <-...#key：需要将变量值拓展为字段的变量 #value：需要分散的值 #fill：对于缺失值，可将fill的值赋值给被转型后的缺失值 stocks <- data.frame( time = as.Date
这里数据虽然已经没有了缺失值，但每一行数据的含义却发生了变化。原始数据中产品T01在20160303这天并没有测试，所以这一天的值应该被解释为在此之前的最后一次quality的测试值。...另一个问题是两种产品都是按月测试的，但重塑后的数据框没有以固定的频率对其date。 下面方法进问题进行修正。...ggplot2所喜爱的长格式数据，我们可以来画图： library(ggplot2) ggplot(toy_tests2, aes(x = ym, y = value)) + geom_point...我们得到了按照产品id和measure分组，以ym为x轴，以value为y轴的散点图，可以清晰对比分组后两种产品质量差异（以年月）。...通过sqldf包使用SQL查询数据框 有没有一种方法，能够直接使用SQL进行数据框查询，就像数据框是关系型数据库中的表一样呢？sqldf包给出肯定答案。
对于组学数据的分析和展示来说，maftools算是一个宝藏“R包”，可用于MAF格式的组学数据的汇总，分析和可视化展示。...maftools函数主要分为可视化和分析两个模块，其主要功能及简短的描述如下所示，使用时只需读取MAF文件然后将MAF对象传递给所需要的绘图或分析功能即可。...更改变异类型的颜色 #此处使用RColorBrewer的颜色，当然也可以使用任意颜色 vc_cols = RColorBrewer::brewer.pal(n = 8, name = 'Paired')...添加 significance values 输入data.frame格式的数据，包括gene and q值两列即可： #MutSig results laml.mutsig = system.file...以上就是如何使用R-maftools包完成瀑布图绘制的简单介绍，然后基本上也就完成了文献的Fig1 ?。
R包本文内容均来自花花老师生信星球学习小组R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。...Biocductor的limma包加载加载R包的两个函数library和require二者均可library(dplyr)安装加载三部曲R包使用流程：先安装后加载，然后才能使用包里的函数options(...值count(test,Species)dplyr处理关系数据将2个表进行连接test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'),...cbind()函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(...1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x = c(5,6), y = c(50,60))test2test3 <- data.frame
版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。...因此，在对大数据处理上，使用data.table无疑具有极高的效率。这里我们主要讲的是它对数据框结构的快捷处理。...默认将非数字转化为因子；而data.table 会将非数字转化为字符 data.table数据框也可使用dplyr包的管道，这里不作阐述。...)直接修改某个位置的值，rownum行号，colnum，列号，行号列号推荐使用整型，保证最快速度，方法是在数字后面加L，比如1L，value是需要赋予的值。...with 默认是TRUE，列名能够当作变量使用，即x相当于DT$"x",当是FALSE时，列名仅仅作为字符串，可以用传统data.frame方法并且返回data.table，x[, cols, with
2、当文件没有标题行时 可以让pandas为其自动分配默认的列名。 也可以自己定义列名。 3、将某一列作为索引，比如使用message列做索引。通过index_col参数指定’message’。...7、对于不是使用固定分隔符分割的表格，可以使用正则表达式来作为read_table的分隔符。 （’\s+’是正则表达式中的字符）。...（import json） 对应的json.dumps则将Python对象转换成JSON格式。 导入EXCEL数据 直接使用read_excel（文件名路径）进行获取，与读取CSV格式的文件类似。...重塑数据集 1、旋转数据 （1）重塑索引、分为stack（将数据的列旋转为行）和unstack（将数据的行旋转为列）。...（2）将‘长格式’旋转为‘宽格式’ 2、转换数据 （1）数据替换，将某一值或多个值用新的值进行代替。（比较常用的是缺失值或异常值处理，缺失值一般都用NULL、NAN标记，可以用新的值代替缺失标记值）。
引言 之前介绍过 如何使用TCGAbiolinks下载TCGA数据并整理 , 那么如果手动整理又该如何呢? 下面以 miRNA 数据整理为例示范....将所有的TCGA下载文件及解压后的文件夹放入 data 中。..., 因此更换思路为按行名分组求和后合并矩阵, 缺失值以 Na 填充....这里的值是对所有成熟体miRNA求和的结果。...如 TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2) | 夜风博客 文中所说, miRNA的前体可能对应多个成熟的miRNA, 因此还需要使用miRBaseVersions.db包对miRNA_region
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