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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点

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    通过Aggregated boosted tree（ABT）评估解释变量的重要性

    周末抽空了解了一下，顺便进行了简单的整理在这里作个分享。 先来看一下文献中通常使用ABT回答哪些问题。...（2）随机森林在过程中独立生成大量的决策树，并在结束阶段，基于平均或者多数原则实现树的合并获得最终模型。...考虑到大多数文献中使用ABT的重点都是解释变量的效应，很少用作预测模型来使用，因此下文只展示如何通过ABT评估变量的重要性。 ABT中，响应变量可以是连续变量，也可以为类别变量。...* 关于变量重要性的柱形图的美化 如果觉得默认出图不好看，不妨通过ggplot2重新绘制，这里以上文中软珊瑚属丰富度的结果为例展示一个简单的作图例子。...为了能正常运行gbmplus包，上文使用了一个早期版本的R（v2.7），然而若在2.7版本的R中安装新包（如ggplot2）就特别难受……例如，白鱼同学选择将上述结果导出，然后打开平时最常使用的3.6版本的

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    ggplot2作图共享图例方法一：ggpubr包的ggarrange()函数以及调整图例的布局

    当使用ggplot2作图的时候如果多个图拼接到一起，图例互相之间有一样的时候，比如如下的情况（我们用R语言内置的鸢尾花的数据集做三个散点图） ?...image.png 还有一种情况是分组过多如何调整图例的布局，比如 代码 df$V6<-sample(LETTERS[1:6],150,replace = T) p4<-ggplot(df,aes(x=...image.png 图例放到顶部，默认的布局是3行3列，如果要改成1行6列呢？ggplot2里应该有对应的参数可以修改吧？...但是目前还不知道如何使用ggplot2自带的函数来操作，查资料的时候发现了一个R包lemon里有一个reposition_legend()函数 参考资料的链接是 https://cran.r-project.org...如果将ggplot2的图例设置为顶部，默认结果如下 p4<-ggplot(df,aes(x=V1,y=V2))+ geom_point(aes(color=V6))+ theme_bw()+

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    可能会用到的30个R语言包~第四期

    的图，坐标轴好多可选 4 r3dmol 在 YuLabSMU 公众号看到的推文 在R中对分子结构进行3D可视化 5 epiR 该包集合了流行病学中诸多描述性分析的函数。...image.png 20 lemon 可以很方便的操作ggplot2的图例和坐标轴 参考 https://cran.r-project.org/web/packages/lemon/vignettes/...的速度 22 ezcox 公众号 优雅R 看到的推文 还在手动绘制生存分析森林图？...不妨试试ezcox 很方便的做Cox回归分析模型和森林图 23 ggstream 公众号 DataCharm 看到的推文 河流图绘制技巧分享 之前有人在公众号留言问过鱼型图，但是自己也不知道，不过好像就是这个...，这个时候可以用这个包中的函数 如下代码 library(ggnewscale) library(ggplot2) df1<-data.frame(A=1:4, B=LETTERS

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    R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

    与基础图形不同的是，要调用ggplot2函数需要下载并安装该包 > install.packages("ggplot2") 第一次使用前还要进行加载 > library(ggplot2) 本次教程中，将用三个数据集解释...ggplot2包的使用。...最后，将研究如何调整ggplot2图形的外观，包括修改坐标轴和图例、改变配色方案以及添加注释。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...在基础图形中可以实现的图形“组合”在ggplot2中自然也不是难事，可以使用函数facet_wrap()和函数facet_grid()创建。

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    ggplot2学习笔记——图例系统及其调整函数

    这样只能打60份，因为图表质量不够，这样使用ggplot2并无法发挥其百分百的功力。...，以上这些系统的所有内置参数全部罗列出来，没上千也有好几百了，所以学好ggplot2真的任重而道远呀哈哈 本篇只分享图例系统： guides() ggplot2的图例系统函数比较分散，在所有标度调整函数...所以我喜欢写在单独调整图例的函数guides函数中，它在语法层次上是与scale_xxx类的标度调整函数平行的。...那么对应的图例调整函数就是： guide_colorbar() guide_legend() 所以写在guides中的格式应该是这样的： guides( colour/fill = guide_colorbar...以上函数中，着重说一下order参数，order参数用于表明图例在图表上显示的顺序（因为在图表中如果有多个美学映射，那么会形成多个图例【如果这些美学映射不是映射在同一个变量上的话】，如果不对图例显示顺序加以限制

    2.5K130

    R语言ggplot2：单元格为方块的热图简单小例子-2

    昨天公众号后台有人留言作图，示例图如下 image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色...继续昨天推文的内容 R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置（点击蓝色字体直达昨天的推文） 今天的推文记录一下如何实现这个热图 首先构造一份数据集 set.seed("20200407...scale_size_continuous(range = c(2,10))+ scale_y_discrete(position = "right")+ labs(x=NULL,y=NULL) image.png 这里遇到的问题是如何让图例想推文开头的图片一样...：一个图例就能够既反映大小又有颜色呢？...而且图例的排布是从打到小然后又从小到大。这个如何用代码实现呢？

    3.2K20

    R语言ggplot2绘图单元格为方块的热图—1—调整图例的位置

    image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...基本的思路有了。今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主图并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=

    3.7K20

    NASA数据集——加拿大西北地区（NWT）2014 年被野火烧毁的北方森林的实地数据

    在 2015 年的实地考察中，共建立了 211 个烧毁地块。从这些地块中选出了 32 块以黑云杉为主的森林地块，这些地块代表了整个地貌的全部湿度梯度，从干旱到次干旱不等。地块观测包括坡度、坡向和湿度。...得出火灾前地下和地上碳库的估计值。估算了西北地区野火烧毁的总面积中 "年轻 "林分（火灾时树龄小于 60 年）所占的百分比。...根据西北部北方森林 70-130 年的历史火灾重现间隔，将地块分为年轻烧毁地块（火灾发生时林龄小于 60 年，平均值=45 年）和老龄烧毁地块（火灾发生时林龄大于 70 年，平均值=128 年）。...在每个剖面中，使用多个相邻土壤深度增量的 Δ14C 值将其归入大气弹峰的正确一侧，并与林分建立当年的大气 Δ14CO2 值进行比较。土壤和林分 Δ14C 之间的关系用于评估遗留碳的存在和燃烧情况。...在这两个生态区中，黑云杉林主要分布在质地细腻的冰川-岩溶土壤中，而松柏则主要分布在质地粗糙的冲积土和冰川-流积土中。在泰加地盾特有的裸露基岩上，密度较低的黑云杉和白皮松通常占主导地位。 代码 !

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    ggplot2自定义离散型热图图例

    本节来介绍ggplot2绘制中图例设置方面的问题，通过一个热图的案例进行阐述。整个过程仅参考，希望对各位观众老爷能有所帮助。...ggplot2中的图例体系 ❝在ggplot2中针对图例的自定义设置可通过guide与guides函数来完成，二者虽只有一字之差具体参数上也基本一致，但是使用时却也有些许不同。...❞ guide函数作为scale_类函数中的一个内函数，通常配合比例尺函数一起使用，但是由于取其内含有众多的参数，因此在比例尺中使用则会显得代码比较臃肿，因此小编比较推荐单独使用guides函数来进行图例自定义...❝因此在使用前需针对图例所对应的几何对象来选择正确的函数，同时在实际绘图过程中图例绘制还存在一种情况，即数据为连续型但是在绘制图例将其定义为离散型。...针对这种情况上方所列的两个函数就无法实现。这时就可使用「guide_colorsteps」函数来实现，该函数可将区域显示为单一恒定颜色，而不是从颜色条对应项中已知的渐变。

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    开发 | 强化学习怎样在探索和利用之间找到平衡？OpenAI 推出了大型多智能体游戏环境 Neural MMO

    一些诸如上面放有食物的森林地块和草地地块是可以穿越的；其他的诸如水、实心岩石的地块则无法穿越。 智能体在沿着环境边缘随机分布的位置诞生。...为了维持生存的状态，他们需要获取食物和水，同时还要避免与其他智能体进行战斗受到的伤害。通过踩在森林地块上或站在水地块的旁边，智能体可以分别给自己补充一部分食物和水供应。...然而，森林地块中的食物供应有限，食物会随着时间的推移缓慢地再生。这意味着智能体必须为争夺食品块而战，并同时定期从无限的水形地块中补充水源。...玩家可以使用三种战斗风格进行战斗，分别为近战、远程攻击及法术攻击。 输入：智能体观察以其当前位置为中心的方形农作物地块。输入包括地块的地形类型和当前智能体选中的属性（生命值、食物、水和位置）。...模型 OpenAI 研究人员使用原始的策略梯度算法、仅对价值函数基线和奖励折扣进行了强化，训练了一个小型的、全连接的架构作为一个简单的基线。

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    ggplot2优雅绘制热图添加双箭头注释

    ❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制热图并添加双向箭头添加注释，下面小编通过一个案例来进行展示，图形仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢。。...library(tidyverse) library(readxl) library(magrittr) library(grid) library(cowplot) 导入数据 # 从Excel文件中读取数据...color="black",face="bold"), # 自定义图例文本 legend.position =c(-0.2,0.9), # 设置图例位置 legend.spacing.x...= unit(0.01,"in"), # 设置图例内部的水平间距 plot.margin = ggplot2::margin(10,60,10,60)) # 设置图的边距 添加注释...# 使用cowplot的ggdraw和draw_plot函数来组合图形和其他元素 ggdraw(xlim = c(0, 1.1), ylim = c(0,1))+ # 设置绘图区域的界限 draw_plot

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    「R」ggplot2数据可视化

    最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签（还有图例）。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...Faculty Salary by Rank and Sex.png 图例 图例是指如何用颜色、形状、尺寸等视觉特征表示数据特征的指南。标题和位置是最常用的定制特征。...当更改图例的标题时，必须综合考虑颜色、填充、尺寸等等。可以通过fill="mytitle"加到labs()函数中来改变标题。 标题的位置由theme()函数中的legen.position选项控制。...theme(legend.position=c(.1,.8)) # 图例的左上角分别距离左侧边缘10%，底部边缘80% 标尺 ggplot2包使用标尺把数据空间的观察值映射到可视化的空间中。...将多个ggplot2包的图形放到单个图形中最简单的方式是使用gridExtra包中的grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。 让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形中。

    7.4K10

    一作解读|Nat. Biotechnol.：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用

    我们基于地块2的根系微生物组数据，采用机器学习的随机森林方法，在门、纲、目、科、属和OTUs层面分别建立预测模型，其中在科水平判别的准确率高达83.7%(附表5)。...我们将地块I的样品作为测试集，应用随机森林模型预测准确率为86%，其中籼稻预测准确率为94.5%，粳稻的准确率为77.5%(图2c；附表5)。...基于地块2中籼粳稻科水平相对丰度建立随机森林模型中贡献度最高的18个科。生物标记分类按贡献度降序排列。插图代表10倍交叉验证错误率以评估特征贡献度和选择适合的特征数据。图例为科按门水平着色。 b....用varImpPlot函数导出特征在分类中的重要性。使用R v.3.5.1中的ggplot2 v.2.2.1包可视化特征的重要性和交叉验证曲线。...用t检验评价NRT1.1b中的功能单核苷酸多态性与氮相关功能之间的相关性，并在R中的ggplot2进行可视化。

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    相关矩阵可视化-神颜R包！

    导语 GUIDE ╲ ggcorr是一个可视化函数，可以用于将矩阵绘制为ggplot2图片 背景介绍 在进行生物信息学分析的过程中，经常需要通过计算得到一些连续变量的相关性矩阵，这种相关系数可以通过...它使用ggplot2包中的“grammar of graphics”来实现可视化，其结果在图形上接近corrplot函数的结果。...如果大家想了解ggcorr的最新版本，可以访问https://github.com/briatte/ggcorr，同时也可以查找到关于如何使用它的许多例子。...在相关系数的中断处显示的位数，默认为2 name = "",##图例的名称 low = "#3B9AB2",##低相关系数颜色 mid = "#EEEEEE",##中相关系数颜色 high...，默认在下 legend.size = 9,##图例标题和标签的大小 ... ) 02 绘图实例 使用自带的mtcars数据作为样本 ##获取mtcars数据## data=mtcars ##查看数据格式

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