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如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

做归一化的方法也很多,有根据中位数进行归一化,即将每个样本中所有基因的表达值的中值转换到同一水平。...如下图所示 除了中位数标准化之外,我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化: z-score=(表达量-均值)/标准差 那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...函数,使用z-score的方法来对表达谱矩阵进行标准化 #为了保证随机数保持一致,这里设置一下种子序列 set.seed(123) #随机生成100个数,构造一个10X10的矩阵 data=matrix...) #每一行基因表达值除以这一行的标准差 data2=sweep(data1,1,rowsd,'/') data2 得到的结果如下 如果对R里面scale这个函数比较熟悉的小伙伴,可能已经发现了,scale...=t(scale(t(data))) data3 得到的结果如下,有兴趣的小伙伴可以去对比一下跟使用sweep函数得到的结果。

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使用R中merge()函数合并数据

大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 使用R中merge()函数合并数据 在R中可以使用merge()函数去合并数据框,其强大之处在于在两个不同的数据框中标识共同的列或行。...如何使用merge()获取数据集中交叉部分 merge()最简单的形式为获取两个不同数据框中交叉部分。举例,获取cold.states和large.states完全匹配的数据。...如何理解不同类型的合并 merge() 函数支持4种类型数据合并: Natural join: 仅返回两数据框中匹配的数据框行,参数为:all=FALSE....,所以R基于两者state的name进行匹配。...总结 本文详细介绍R中merge()函数参数及合并数据类型。利用sql的表连接概念进行类比,简单易懂。

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    R中的sweep函数

    函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具,一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一行的均值,MARGIN=1,对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一,通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一列的均值,MARGIN=2,对列做操作 sweep(M,2,

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    如何使用Grid中的repeat函数

    使用minmax()函数 minmax() 函数本身需要两个参数--最小值和最大值,中间用逗号隔开。因此,通过 minmax(),我们可以在灵活的环境中为轨道设置一系列可能的尺寸。...我们很快就会看到如何获得更好的效果。 使用min()或者max() minmax() 函数的参数也可以是 min() 或 max() 函数。这两个函数都接收两个参数。...min()函数应用两个值中较小的值,而 max() 函数应用较大的值。这在响应式环境中非常有用。...在上图中,你可以看到末端列行的编号仍然是 8,而 8 则堆叠在网格行 7、6 和 5 的上方。 那么我们该如何看待这一切呢?...在大多数情况下,你不需要对 repeat() 进行过多的深入研究。

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    「R」tidyverse 中的公式函数

    本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数(单侧公式)不太熟悉,所以通过本文分享一下我的心得。...公式的左侧内容对于构造匿名函数没有用,所以这里都是用单侧公式。 这段文档不仅告诉了我们如何通过公式构造匿名函数,还提供了一些快捷方式说明。 下面我们通过一些例子来进行讲解。...公式函数用法 核心是什么 公式函数的优点在于提供了一种构造匿名函数的简洁方式。而核心在于在同一行代码表示如何使用输入构造出输出。...这里值得注意的是,当匿名函数只有一个参数时,我们用 .x 表示函数的输入参数。如果进行拓展,2 个参数时使用 .x 与 .y,3 个参数时使用 ..1, ..2, ..3 等。...基本用法 假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理,在不使用 scale() 函数的情况下,我们可能会手写一个函数: scale2 <- function(x) { (x - mean

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    R中的替换函数gsub

    R中gsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...vector举例如下: > x R Tutorial","PHP Tutorial", "HTML Tutorial") > gsub("Tutorial","Examples",x) #将...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数,结合正则表达式。...,我们知道组织病理分期分成stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 我们使用gsub函数...,并转换成因子 我们还是使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A,B或者C等字母,例如Stage IIIA,Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage

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    Power Pivot中如何不使用Filter函数进行同样效果的筛选?

    使用TREATAS链接关系函数进行平行筛选 Calculate(Sum('表1'[成绩]),Treatas({"张三","李四","王五"},...'表1'[姓名] ) ) 通过treatas函数把指定表的表达式对应到关系列上,然后通过关系筛选出关系列对应的值得数据来进行计算...使用TREATAS链接关系函数进行叠加筛选 Calculate(Sum('表1'[成绩]),Treatas({("数学",90),...使用现有条件列或者条件表来进行筛选 同理我们现在有一个条件表 表2 ? 那我们需要根据条件表的列或者条件表的整体来进行求和。 根据表条件求和 我们可以直接在上面那个公式的基础上使用替换方式。...如果觉得有帮助,那麻烦您进行转发,让更多的人能够提高自身的工作效率。

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    使用 RNN 进行情感分析的初学者指南

    在 Keras 中,我们可以使用pad_sequences()函数来达到此目标。现在设置max_words变量的值为 500。...RNN 模型 我们开始在下面的代码单元中创建模型架构。...我们已经从 Keras 中导入了一些你可能会用到的网络层,当然你也可以使用任何你喜欢的网络层或者转换器。...训练及评估模型 我们需要先对模型进行编译,包括指定损失函数,训练中想采用的优化器和用于测量的评价指标。设置好合适的参数,其中包含至少一个度量指标:准确率。...总结 创建模型的方法有很多种。我们可以尝试不同的架构,网络层及参数,从而不断提高模型的准确率。在这一过程中,我们可以思考,在避免消耗长时间训练的前提下,我们还能做怎样的提升?我们应该如何避免过拟合?

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    pythondecode函数的用法_如何使用python中的decode函数?

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 我们在使用Python的过程中,是通过编码实现的。编码格式是可以设定的,如果我们想要输入时编码格式时字符串编码,这时可以使用python中的decode函数。...decode函数可以以 encoding 指定的编码格式解码字符串,并默认编码为字符串编码。 1、decode函数 以 encoding 指定的编码格式解码字符串,默认编码为字符串编码。...4、使用实例 u = ‘中文’ #指定字符串类型对象u str = u.encode(‘gb2312’) #以gb2312编码对u进行编码,获得bytes类型对象str u1 = str.decode(...‘gb2312’)#以gb2312编码对字符串str进行解码,获得字符串类型对象u1 u2 = str.decode(‘utf-8’)#如果以utf-8的编码对str进行解码得到的结果,将无法还原原来的字符串内容...以上就是Python中decode函数的使用方法。

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    【R语言】rep函数的使用

    我们在做数据分析的时候,经常需要产生一些重复序列。例如,做差异表达分析时需要用到的分组变量,绘制ceRNA网络的节点文件中的RNA type列等等。...今天小编就来给大家介绍一下R中生成重复序列的函数rep。你可以把它看作时repeat这个英文单词的缩写,就很容记住了。...函数形式:rep(x, time = , length = , each = ,) 参数说明: x:代表的是你要进行复制的对象,可以是一个数字,一个字符,或者是一个向量。...times:代表的是复制的次数,只能为正数。 负数以及NA值都会为错误值。复制是指的是对整个向量进行复制。 each:代表的是对向量中的每个元素进行复制的次数。...)中的每个元素复制两次 [1] 1 1 2 2 3 3 4 4 从上面的例子我们可以看出,times这个参数控制整个数组循环几遍,而each这个参数控制数组中每个element循环几遍。

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    R中的stack和unstack函数

    我们用R做数据处理的时候,经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框(dataframe)转换成列表(list),或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠,就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢?下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息,将第一列的数据划分到各个组,是一个去堆叠的过程。...stack函数的时候,也可以对组进行操作,比如筛选和过滤 stacked_df1 = stack(unstacked_df, select = -ctrl) stacked_df1 这段代码就在stack...,后面小编会使用这两个函数来给大家举个真实的应用案例,敬请期待。

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    R中的grep和grepl函数

    在日常数据分析的过程中,我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西,或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数,grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的,在linux中模式匹配也用grep这个函数,前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。 这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置,grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数 参考资料: ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数

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    「R」使用modules包来组织R的函数集合

    安装和使用 直接从CRAN下载即可: 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import(),用于替换library()加载包。...基于上面的思想,我将去年写的R包安装以及TCGA样本名重过滤等几个函数单独通过GitHub page进行了部署。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install(),它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查,优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者,特别是 初学者简便地下载、安装包。...package keeps a record of temporary installation path 45* DONE (ggplot2) 考虑到该函数的常用性,如果你觉得这个函数好用,可以使用下面的命令将其保存到本地并进行配置

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    在 Python 中如何使用 format 函数?

    前言 在Python中,format()函数是一种强大且灵活的字符串格式化工具。它可以让我们根据需要动态地生成字符串,插入变量值和其他元素。...本文将介绍format()函数的基本用法,并提供一些示例代码帮助你更好地理解和使用这个函数。 format() 函数的基本用法 format()函数是通过在字符串中插入占位符来实现字符串格式化的。...下面是format()函数的基本用法: formatted_string = "Hello, {}".format(value) 在上面的示例中,{}是一个占位符,它表示要插入的位置。...format()函数进行字符串格式化的基本用法。...我们学习了如何使用占位符插入值,并可以使用格式说明符指定插入值的格式。我们还了解了如何使用位置参数和关键字参数来指定要插入的值,以及如何使用特殊的格式化选项来格式化数字。

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