尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...1.Linux已安装Apache2服务并正常运行 2.R已安装完成并正常使用 2.Package的安装 ---- R的Package安装主要分为在线安装和离线安装两种方式，如下： 1.在线安装 在R的控制台输入...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
在golang中，所有源文件都属于一个包，golang的包具有以下特性： 包可以被其他包引用 每个golang程序只有一个main包 包的主要用途是提高代码的可复用性 本节，我们将介绍包的相关概念以及使用方法...使用GOPATH时，golang会在以下目录中搜索包： GOROOT/src：该目录保存了Go标准库里代码。 GOPATH/src：该目录保存了应用自身的代码和第三方依赖的代码。 2....包的使用 （1）main包与包的引入 a....编译 golang中go build 命令主要用于编译代码。在包的编译过程中，若有必要，会同时编译与之相关联的包。...Go Modules可以轻易地进行一个包的依赖管理和版本控制，go build和go install将自动使用go.mod中的依赖关系，减少了GOPATH管理时的复杂性。
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。...： getOption('timeout') # [1] 60 options(timeout=100) 以上，就是这一次 Bioconductor R 包安装和使用的全部内容，希望对大家有所帮助
Golang中log日志包的使用 强烈推介IDEA2020.2破解激活，IntelliJ...IDEA 注册码，2020.2 IDEA 激活码 文章目录 1.前言 2.log包介绍 3.log包的使用 3.1 日志输出方法 3.2 自定义创建日志对象 3.3 封装自定义日志包 3.4...2.log包介绍 在Golang中记录日志非常方便，Golang提供了一个简单的日志记录包log，包中定义了一个结构体类型 Logger，是整个包的基础部分，包中的其他方法都是围绕这整个结构体创建的。...3.log包的使用 3.1 日志输出方法 log包中定义了如下的一套日志信息输出方法： func (l *Logger) Print(v ...interface{ }) //直接打印输出 func...，就可以直接通过log包名调用方法，默认就是使用的这个初始化的std结构体的对应方法，如： log.Println("hello,world~") 如果默认提供的日志配置不能满足您的需求，我们就可以自己去主动调用这个
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...如何验证你的java环境变量是否配置成功了呢？...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
下面是如何使用样本数据集exrates1准备数据的说明。 图1提供了该数据集中时间序列的可视化。...此函数仅产生SV流程的实现，并返回svsim类的对象，该对象具有自己的print，summary和plot方法。 下面给出了使用svsim的示例代码，该模拟实例显示在图2中。...R> par(mfrow = c(2, 1))R> plot(sim) 运行采样器 函数svsample，它用作C语言中实际采样器的R-wrapper 。...，（5）运行时中的采样运行时，（6）先验中的先验超参数，（7）细化中的细化值，以及（8）这些图的汇总统计信息，以及一些常见的转换。...R> plot(res, showobs = FALSE) 为了提取标准化残差，可以在给定的svdraws对象上使用残差/残差方法。使用可选的参数类型，可以指定摘要统计的类型。
在生物信息学分析中，基因组污染是一个常见的问题。污染可能来自于实验过程中混入的其他生物序列，导致结果不准确。...FastQ Screen FastQ Screen 是一个广泛使用的工具，专门用于检查FastQ格式的测序数据中是否存在其他物种的污染。...它基于k-mer匹配算法，通过与数据库中的序列进行比对，快速识别样本中的不同物种。 功能特点 • 高效分类：Kraken能够对大量序列进行超快速分类，并且内存占用较低。...• 分类精准：它能有效区分不同物种的序列，帮助识别样本中的污染源。 缺点 • 数据库依赖：与DeconSeq类似，Kraken的效果依赖于所使用的参考数据库。...BBSplit BBSplit 是BBTools软件包中的一个工具，专门用于将测序读段比对到多个参考基因组，并根据比对结果将读段划分到不同的文件中，适合去除多种来源的污染。
Atomic包介绍 在Atomic包里一共有12个类，四种原子更新方式，分别是原子更新基本类型，原子更新数组，原子更新引用和原子更新字段。Atomic包里的类基本都是使用Unsafe实现的包装类。...关于该方法的更多信息可以参考并发网翻译的一篇文章《AtomicLong.lazySet是如何工作的？》...那么问题来了，如何原子的更新其他的基本类型呢？...Atomic包里的类基本都是使用Unsafe实现的，让我们一起看下Unsafe的源码，发现Unsafe只提供了三种CAS方法，compareAndSwapObject，compareAndSwapInt...，那么就需要使用原子更新字段类，Atomic包提供了以下三个类： AtomicIntegerFieldUpdater：原子更新整型的字段的更新器。
本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名） 体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...， 在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算； 然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）
对于de novo motif分析而言，我们只需要提供序列就可以了。由于peak的长度范围存在一定的波动，通常选取peak中心，即峰值两侧固定长度的序列用于下游的motif分析。...同时为了提高运行效率，有时还会只挑选部分peak进行分析，比如按照p值或者富集倍数挑选最显著的1000个peak的序列来进行motif预测。准备好输入序列之后，就可以进行motif分析了。...2. motif location 提供了motif在输入序列上的位置信息，示意如下 ?...在线工具最大支持80M的输入序列，更大的文件就需要本地版软件来运行，基本用法如下 meme \ input.fna \ -oc out_dir \ -dna \ -mod zoops \ -nmotifs...3 \ -revcomp meme的算法使得这个工具可以同时得到motif和motif在输入序列上的位置两种信息，在输出多个motif时，在输入序列上sites越多的motif优先输出，所以通常情况下只需要参考前
,主要功能是挖掘相比control, 在另外一个集合中相对富集的motif 将contorl对应的序列集合称之为negative sequences, 将另一组称之positive sequences...如果你只提供了一个序列集合，则采用碱基随机抽样的方式根据你提供的序列模拟出一组contorl序列，这种方式构建的序列集合也称之为shuffled sequences。...在线工具的网址如下 http://meme-suite.org/tools/dreme 同时提供control和input序列集合就可以了，需要注意的是，两个集合中的序列个数必须一致，序列的长度在100bp...同时在输入的序列和其反向互补链上查找motif, 输出结果中RC Logo代表反向互补链上的motif。点击每个More可以查看每个motif的具体信息，示意如下 ?...给出了该motif和对应的碱基组合在两个序列集合中次数的个数统计和对应的p值等信息，需要注意的是，这里的个数统计不是简单的统计该字符在输入序列中出现的次数，而且在分析总的motif和对应的各种碱基组合的次数时是独立的操作
右键项目工程，点击Java Build Path 点击Add Library，选择Server Runtime 选择Tomcat版本 此时就看到拥有了Tomcat的jar包了
本周，我们将讨论 GraphQL 的好处，并学习如何在 Swift 中使用它。基础知识首先介绍一下 GraphQL。GraphQL 是一种用于 API 的查询语言。...模式文件包含所有你可以使用该端点进行的类型和查询。让我们来看一个模式文件的例子。...GraphQL 自定义类型中的每个字段都必须声明其类型。默认情况下，每个字段都可以为 nil。带有感叹号的字段不能为 nil。我使用星球大战 API 来向你展示本文中的示例。让我们继续进行一些查询。...the Clones" }, { "title": "Revenge of the Sith" } ] } }}如你所见，我们使用模式文件中的数据类型构建我们的查询...这个脚本下载模式并为你的查询生成 Swift 类型。你可以在这个脚本中轻松更改 GraphQL 端点以连接到你的 GraphQL 后端。我们已准备好使用 ApolloGraphQL 的项目。
如何使用flask 中的Blueprint 在 Flask 中，Blueprint 是一种将应用程序组织为模块化结构的方式。...使用 Blueprint 可以将应用程序分成多个部分，每个部分有自己的视图函数、模板、静态文件等。...以下是在 Flask 中使用 Blueprint 的一些步骤 创建一个 Blueprint 对象： from flask import Blueprint bp = Blueprint('bp_name...使用 Blueprint 提供的静态文件和模板： bp = Blueprint('bp_name', __name__, static_folder='static_folder', template_folder...总结 使用 Blueprint 可以将应用程序分成多个模块，每个模块都有自己的视图函数和模板，可以方便地进行维护和扩展。
需求 使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...R语言的 XML包 使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"/.../table") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3)...结果以数据框的形式存储 以上功能使用python的BeautifulSoup模块应该也可以实现，如果有时间回头看一下自己之前写的利用python的BeautifulSoup模块抓取火箭当家球星哈登数据的那篇笔记
其实学一门新语言，或是接触一个新东西，真的要注意其自带的帮助文档，比如各种manual、内嵌的帮助命令等等，尤其是是在Linux/UNIX领域。...比如学习Python，你在交互式的Python shell中键入help时，会提示： >>> help Type help() for interactive help, or help(object...那么你如果在意的话，就会很容易了，要么键入help()，要么键入help('modules')之类的。
让我们从一个可视化的例子开始。 下面的图1显示了航空公司乘客的时间序列。可以看到在整个序列中变化是不同的。在该系列的后一部分方差更高。这也是数据水平跨度比前面的数据大。...方差的变化对预测会产生很大的影响。它会影响模型的拟合从而影响预测性能。但是只靠人眼查看方差是不现实的，所以如何更系统地检测和处理异方差问题呢?...检测异方差性 你可以使用统计检验来检查时间序列是否为异方差序列。其中包括以下内容。...这些函数的输出是相应测试的p值。 下面介绍如何将此代码应用于图1中的时间序列。...： 如果方差不是恒定的则时间序列是异方差的; 可以使用统计检验来检验一个时间序列是否为异方差序列。
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