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跟着Nature Genetics学作图:使用ggarrange函数ggplot2多个进行组合

/zenodo.org/record/6332981#.YroV0nZBzic https://github.com/Jingning-Zhang/PlasmaProtein/tree/v1.2 今天推文重复一下论文中...Figure1,涉及到5个图,分别是折线图,韦恩图,散点图,频率分布直方图,最后一个知识点是如何将这5个图组合到一起 image.png 首先是定义作图主题内容 library(ggplot2)...,如果按照他主题来做出图没有横纵坐标轴 第一个折线图代码 library(readxl) df.peer <- read_excel("data/20220627/Fig1.xlsx", sheet.../reference/label_number.html image.png 第二个韦恩图代码 他这里韦恩图是借助ggforce这个R包直接画了两个圆 df.venn <- read_excel...data/20220627/Fig1.xlsx", sheet = "1b") library(ggforce) p2 <- ggplot(df.venn, aes(x0 = x, y0 = y, r

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如何使用RESTler云服务REST API进行模糊测试

RESTler RESTler是目前第一款有状态针对REST API模糊测试工具,该工具可以通过云服务REST API来目标云服务进行自动化模糊测试,并查找目标服务可能存在安全漏洞以及其他威胁攻击面...RESTler从Swagger规范智能地推断请求类型之间生产者-消费者依赖关系。在测试期间,它会检查特定类型漏洞,并从先前服务响应动态地解析服务行为。.../build-restler.py --dest_dir 注意:如果你在源码构建过程收到了Nuget 错误 NU1403的话,请尝试使用下列命令清理缓存...C:\RESTler\restler\Restler.exe compile --api_spec C:\restler-test\swagger.json Test:在已编译RESTler语法快速执行所有的...语法,每个endpoints+methods都执行一次,并使用一组默认checker来查看是否可以快速找到安全漏洞。

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Rggplot2数据可视化

分组指的是在一个图形显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。...用几何函数指定图类型 ggplot()函数指定要绘制数据源和变量,几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示。目前,有37个几何函数可供使用。以下列出常用函数。...选项 详述 color 点、线和填充区域边界进行着色 fill 填充区域着色,如条形和密度区域 alpha 颜色透明度,从0(完全透明)到1(不透明) linetype 图案线条(1=实线,...分组 在R,组通常用分类变量水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型视觉特征分组变量来完成。...将多个ggplot2图形放到单个图形中最简单方式是使用gridExtra包grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。 让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形

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OpenGL 学习系列 --- 纹理

纹理映射在 OpenGL 渲染管线上体现:在渲染管线,先进行顶点着色器,绘制出物体大致形状,之后会进行光栅化,将物体光栅化为许多片段组成,然后再进行片段着色器,将图形每个片段进行着色。...那么就需要在 顶点着色器 中将纹理坐标传入,在光栅化阶段,纹理坐标将根据 顶点着色处理以及 片段和各顶点位置关系 插值产生,然后才是将插值计算后结果传入到片段着色。...使用纹理后片段着色器要使用 texture2D 函数给颜色赋值。 texture2D函数作用就是采样,从纹理采取像素赋值给 gl_FragColor变量,也就是最后颜色。...把一些纹理所做操作提取到函数里,最后再加载纹理,并绑定到纹理目标上。 使用glUniform1i函数为采样器进行赋值为 0 ,这是和激活纹理单元相对应。...通过 glGenTextures 函数生成 int 类型值就是纹理,通过 glBindTexture 函数将纹理目标和纹理绑定后,纹理目标所进行操作都反映到纹理上。

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R for data science (第一章) ②

使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用方法是将绘图分割为多个子图,每个子图显示一个数据子集。...每个图使用不同可视对象来表示数据。 在ggplot2语法,我们说它们使用不同geom。 geom是绘图用于表示数据几何对象。 人们经常根据情节使用几何类型来描绘情节。...这里,4代表四轮驱动,f代表前轮驱动,r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪,我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意,此图包含同一图表两个geom!...我们将很快学会如何在同一个地块中放置多个geoms。ggplot2提供超过30个geoms,扩展包提供更多(请参阅https://www.ggplot2-exts.org)。...image.png 如果将映射放在geom函数ggplot2会将它们视为图层本地映射。 它将使用这些映射来仅扩展或覆盖该层全局映射。 这使得可以在不同层显示不同aesthetics。

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空间地理数据可视化之 ggplot2 包及其拓展

其中,aes() 用于将数据变量映射为对象视觉属性; 可选元素,如标尺、标题、标签、图例和主题等。 我们可以使用 geom_sf() 函数和一个简单特征对象( sf 类)来创建地图。...更多设置 在 ggplot() ,离散变量默认色标是 scale_*_hue() ,这里 * 表示颜色(为点和线等特征着色)或填充(为多边形或柱状图着色); scale_*_grey() 用来改变灰色颜色默认比例...图像保存 要保存用 ggplot2 绘制图,我们可以使用 ggsave() 函数。...创建1974年北卡罗来纳州婴儿猝死地图 例子2: 或者使用该包自带函数plot_ly()进行可视化。...本篇是空间地理数据可视化系列第二期,主要由 林华师 制作。本系列宗旨是带你系统学习如何使用 R 对空间地理数据进行可视化。下一期将会继续介绍其他可视化 R 包,敬请期待。

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4.QOpenGLWidget-三角形进行纹理贴图、纹理叠加

,等同于openglGL_NEAREST Linear : 线性过滤,将最接近2*2个颜色,计算出一个插值,速度慢,画面好,等同于openglGL_LINEAR //下面4个多级远纹理参数只能用在缩小方式参数...1上面 NearestMipMapNearest : 使用最邻近多级远纹理来匹配像素大小,并使用邻近插值进行纹理采样,等同于GL_NEAREST_MIPMAP_NEAREST NearestMipMapLinear...: 在两个最匹配像素大小多级远纹理之间进行线性插值,使用邻近插值进行采样,等同于GL_NEAREST_MIPMAP_LINEAR LinearMipMapNearest : 使用最邻近多级远纹理级别...,并使用线性插值进行采样,等同于GL_LINEAR_MIPMAP_NEAREST LinearMipMapLinear : 在两个邻近多级远纹理之间使用线性插值,并使用线性插值进行采样,GL_LINEAR_MIPMAP_LINEAR...缩小之多级远纹理 当纹理大于渲染屏幕时,使用纹理缩小算法(minifying)来渲染屏幕,就可以设置NearestMipMapNearest 等4个参数,比如在一个场景,由于远处物体只占有很少片段

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谷歌:计算机视觉模型可在无监督情况下跟踪对象并对视频着色

在“Tracking Emerges by Colorizing Videos”一文,我们引入了一种卷积网络,可以对灰度视频进行着色,但受限于从单个参考帧复制颜色。...在这样做过程,网络会自动学习,在没有监督情况下自动跟踪对象。重要是,尽管该模型从未被明确地训练过,但它可以跟踪多个物体,跟踪遮挡,并且在不需要任何标记训练数据情况下保持稳健变形。 ?...在公开发布学术数据集DAVIS 2017上进行跟踪预测示例。学习了着色视频后,无需监督即可自动生成跟踪机制。...我们对视频进行脱色,然后添加着色步骤,因为可能有多个具有相同颜色对象,但通过着色,我们可以教机器跟踪特定对象或区域。...我们希望该模型能够学习如何跟踪区域以准确恢复原始颜色。我们主要观察结果是需要跟踪对象进行着色,这将导致对象跟踪模型自动学习。 ? 我们使用DAVIS 2017数据集中视频来说明视频重新着色任务。

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Day7:R语言课程 (R语言进行数据可视化)

学习目标 使用扩展包“ggplot2”绘制图表。 使用“map”函数进行数据结构迭代。 导出在R环境之外使用图片。...1.设置数据框以进行可视化 在本课需要制作与每个样本平均表达量相关多个图,还需要使用所有可用metadata来适当地注释图表。 观察rpkm数据。...使用R base包提供函数'mean()': mean(rpkm_ordered[,"sample1"]) 只想要其中一个样本(数据框1列)平均值,可以这样实现,但要从所有12个样本获取此信息该如何实现...ggscatter1.1 也可以基于细胞类型进行着色color =celltype。尝试不同东西,在图上同时显示细胞类型和基因型。...注意:不限于上面指定颜色,你可以使用十六进制代码选择许多颜色,获取有关R调色板更多信息:http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_(ggplot2)/。

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冲击图(alluvial diagram)是流程图

/ggalluvial/vignettes/ggalluvial.html 安装 以下三种方装方式,三选1: 显示帮助文档 使用vignette查看演示教程 接下来我们演示均基于此官方演示教程,我主要贡献是翻译与代码注释...基于ggplot2冲击图 原作者:Jason Cory Brunson, 更新日期:2018-02-11 1. 最简单示例 基于泰坦尼克事件人员统计绘制性别与舱位和年龄关系。...展示性别与舱位和年龄关系及存活率比例 我们发现上图居然画是宽表格模式下数据,而通常ggplot2处理都是长表格模式,如何转换呢?...三类型间关系,按重点着色 Titanic按生存,性别,舱位分类查看关系,并按舱位填充色 4....长表格数据 主要列说明: x, 主要分类,即X轴上每个柱 stratum, 主要分类分组 alluvium, 连接图索引 5.

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数据处理神器tidyverse(2)ggplot2

在这里,你可以通过总结每年预期寿命并将结果输入ggplot而不必定义任何中间变量来dplyr操作与ggplot2进行一些巧妙组合。...发生这种情况是因为您现在每年都有多个平均预期寿命值,但您没有指定哪些值一起使用。...但是,如果您想使用数据框变量来定义geoms颜色(或任何其他美学特征),需要将它包含在aes()函数。...箱图 要为箱形图着色,请使用fill参数而不是col(或color /colour)参数。...自定义ggplot2 虽然我们在这里保留了默认ggplot2功能,但是你可以用ggplot2来做很多事情。 例如,通过练习,您将学习如何通过将多个层组合在一起来生成高度自定义绘图。

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绘制GGPLOT2双色XY区间面积图组合交叉折线图数据可视化

p=25075 本文显示如何填充 图表两条交叉线之间区域。 让我们尝试用ggplot2绘制这个图 ....首先,加载 ggplot2 并生成要在示例中使用数据框(我使用是稍微修改过数据集,因此最终结果会与原始图有所不同)。...在 ggplot2 可以填充两条线之间区域,但是由于我们需要线段具有不同颜色,因此需要一些额外工作。...geom_line + geom_line + geom_point 当我计划为上面使用 geom\_ribbon 生成着色时,交叉点也需要以 geom\_ribbon 形式呈现...> ggplot + geom_ribbon + geom_path + opts ---- 本文摘选《R语言绘制GGPLOT2双色XY-面积图组合交叉折线图数据可视化》

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绘制让人眼前一亮美图--你需要这个!

R安装 与常规R包不同,ggthemr没有在发布在CRAN上,因此我们需要使用devtoolsinstall_github()从github上安装: devtools::install_github...我们可以使用如下命令清除主题并返回到ggplot2默认设置: ##清除主题 ggthemr_reset() 由于ggplot2函数会存在一些bug,在绘图时候可能会返回错误(如:颜色名称未知),我们可以通过调用...04 布局设置 布局设置可以设置主题中网格线和文本外观和位置,可以通过我们个人喜好这些进行更改!...: ##先画一个标准图 ggthemr('dust') example_plot ##使图片变得更暗 darken_swatch(amount = 0.3) example_plot 图片进行校正...: 当我们已经确定了一个主题时候,如果我们想单独里面的颜色进行微调(互换),swatch()函数就可以实现这个功能,让我们看看前后对比图。

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R tips: R颜色配置方案

数据可视化不可避免就是要选择一些颜色方案,颜色方案除了手动设置之外,在R也有自动生成颜色方案工具。...RHCL配色方案 HCL本意是和RGB HSV等一样颜色空间术语,由于这里所用颜色方案在R是hcl.pals函数,所以就称为HCL配色方案了。...HCL相比较HSV等颜色空间一个重要优点就是颜色视觉明度是均一,在R也是推荐使用hcl颜色方案,不推荐使用rainbow等颜色方案了。...看一下颜色效果如何。...,常用于着色离散变量; sequential颜色方案色调较少,体现了颜色连续过渡,可以用于着色连续变量; diverging和divergingx也是颜色连续过渡,但是不同于sequential

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R在地图上绘制网络图三种方法

作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源 地理网络图与传统网络图不同,当引用地理位置进行节点网络可视化时,需要将这些节点放置在地图上,然后绘制他们之间连结...首先准备需要R包,当需要一次性加载多个R包时,我们可以利用pacman,它整合了library包一些相关函数,利用pacman包p_load函数可以自动加载需要R包,如果没有找到则会自动安装缺失...此外我们需要定义aesthetic来规定数据如何可视化地映射在地图上 对于节点(nodes):将各个地理坐标映射到画板x、y位置,并且节点大小取决于权重大小; 对于连线(edges):使用edges_for_plot...方法二:ggplot2+ggraph ggplot2有一个名叫gggraph扩展包(点我了解更多ggplot2扩展包)专门为网络图绘制添加了geoms美学,它可以帮助我们节点和连线使用单独标度...gggraph包geom_edge_arc和geom_node_point函数进行绘图 ggraph(lay)+ country_shape+ geom_edge_arc(aes(color=category

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