首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

多维学通路分析RActivePathways使用方法及Cytoscape绘制网络实用教程

今天来介绍一下这个R使用方法和使用输出文件进行Cytoscape绘制网络。...下面这个就是ActivePathways工作对乳腺癌样本分析绘图,下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点为饼网络~ R介绍 ActivePathways输入文件只需要两类,一个是...R示例文件: (1)Adenocarcinoma_scores_subset.tsv 关于该文件NA值,在下面R程序中有做处理 (2)hsapiens_REAC_subset.gmt 1....可以看到展示初步网络,此时节点信息还不完全。节点越大代表富集基因越多,节点颜色代表P值显著性。 3. 调整网络 (1)上传(文件>导入>表>文件)子文件(subgroups.txt)。...(2)在“style”面板下,设置image/Chart1使用,重置节点信息。

1.8K31

R语言meta分析(2)单个率Meta分析

R语言meta分析⑴meta 介绍 在科学研究,设立对照是一项基本原则,如病例对照研究病例和对照、队列研究 暴露和非暴露,临床随机对照试验试验 和对照。...本文结合编程和Meta分析程序,以实例说明R软件在单个率Meta分析应用,以期为今后Meta分析提供方法学指导。...再看合并率患病率= 0.1893, 95% CI: 0.1175-0.2736。 下图所示为Meta分析森林。...森林绘制 具体命令如下:forest(meta1) 从森林图中,非常简单和直观地看到Meta分析统计结果 ?...总结 本文结合实例,介绍了在R软件如何实现单个率资料Meta分析,由于单个率Meta分析各原始文献为单个率,稳定性可能不同于具有两个研究,因此在合并时统计学异质性可能会比较大,当异质性较大时

5.5K21
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

R语言meta分析⑴meta

从那时起,meta分析不仅成为医学基本工具,而且在经济学,金融学,社会科学和工程学也越来越受欢迎。负责制定循证医学标准组织,如英国国家健康和护理卓越研究所(NICE),广泛使用meta分析。...然而,R同样是做meta分析绝佳平台,因为统计分析正是R语言强项,并且R语言上已经包含了许多针对meta分析软件,可以满足meta分析各个方面需求。...②森林绘制 森林绘制用forest()命令,具体命令如下: jpeg("picture.jpeg", height=7600,width=4800, res=360) forest(meta1...漏斗对称,也表明不存在发表偏倚 ④敏感性分析 敏感性分析目的是可以粗略地看出每个研究对总估计效应影响有多大。meta命令是metainf()。...而对其绘制敏感性分析森林,具体代码是forest(metainf(meta1,pooled= fixed)。 ?

3.1K40

R语言网状Meta 分析-原理和实战

R语言用户无需在OpenBUGS,WinBUGS或JAGS编程便可以实现这些功能同时输出美观可视化结果,从而最大限度地减少了用户所需编程。...通过组合几个功能,几乎所有网络meta分析所需要输出都可以在R获得。...netmeta netmeta 程序是目前唯一一个基于频率学派研发、且未使用回归模型就能一次性完成网状 Meta 分析程序。...在图形方面,netmeta 程序已可绘制森林;网状 Meta 分析建议绘制网状关系可通过network 程序等来实现 。...尽管该程序包在使用方面存在诸多优点,但对 于间与异质性与一致性鉴别仍有所欠 缺,同时,对相关性考量也未引入到该程序。 主要代码: net1<-netmeta(TE=data ?

3.4K62

R语言meta分析(7)诊断性meta分析(meta4diag

R语言meta分析(7)诊断性meta分析(meta4diagmeta4diag程序R软件中专用于实现诊断准确性试验(diagnostic test accuracy,DTA) Meta分析程序...R语言作为一款功能强大统计和制图软 件,可独立完成诊断试验Meta分析所有统计学 分析,用于诊断性试验Meta分析程序诸多且 使用方法多样,其方法主要分为频率学派与贝 叶斯学派,meta4diag...程序就是典型基于贝叶 斯框架下完成,其数据合并采用INLA法,该 程序专用于DTA Meta分析而研发,本文将以 Walusimbi等发表文章GeneXpert数据为例,来演示该程序使用方法...合并敏感 度与特异度(森林) 为了充分展示单个研究及合并敏感 度与特异度,该程序森林图形式进行展示。...森林显示是单个效应量 合并,accuracy.type可选参数与fitted( )相同, nameShow和ciShow表示研究名称和置信区间是否 在图形显示以及它们对称方式,其他图形相 关参数可根据需要调整

2.7K11

森林(Forest Plot)全部绘制技巧都在这了

今天这篇推文,小编就带大家了解一下森林(Forest Plot) 绘制方法,主要内容如下: 森林(Forest Plot)简单介绍 R-森林(Forest Plot)绘制方法 Python-...森林(Forest Plot)绘制方法 森林(Forest Plot)简单介绍 森林(Forest Plot) 常用于Meta分析结果展示使用。...下面小编就介绍下如何使用R和Python绘制森林(Forest Plot),可视化结果可能会有所不同。...R-森林(Forest Plot)绘制方法 使用R绘制森林(Forest Plot)方法比较多,这里重点介绍R-forestplotR-ggforestplot绘制。...R-forestplot绘制 这一部分我们直接使用提供数据进行绘制,重点在于展示forestplot中一些绘图参数设置。

27.4K86

R语言实现meta分析过程可视化展示

今天我们给大家介绍一个在R语言中进行meta分析工具metafor。我们通过这个把相应meta分析常规一些图为大家介绍下。 1....森林,主要是对研究一致性进行评估可视化展示形式,以竖线为界,总结结果在线左认为是研究因素降低,或者对研究因素不利。此处我们使用自带的卡介苗抵抗肺结核(TB)研究数据进行森林他绘制。...以上森林对子集合照样做了相关分析。如果一个整体进行累积结果展示。...就叫他履带吧,这个其实就是森林一种,去掉了所有的标签,但是如果在研究数量比较大时,此就发挥了它作用。...L’Abbe,同样是异质性可视化定性。图中圈大小代表了研究样本大小。横轴是对照效应值对数,纵轴是实验效应值对数。分布在对角实线代表没有差异研究,分布在线下代表风险比对照小。

3.6K31

R-forestplot| HR结果绘制森林

上一篇简单介绍了COX生存分析结果绘制森林Forest plot(森林) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合基本信息以及点估计值(置信区间区间)结果直接绘制森林方法。...数据准备 #载入R library(forestplot) #数据来源:https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/ data...绘制森林 2.1 简单森林 对数据进行部分修改,方便行名和列名字输出 ## 构建tabletext,更改列名称,展示更多信息 np <- ifelse(!...如上图所示基本信息OK了,但是可以在以下几个方面进行优化: 添加线条,区分Subgroup 更改箱线图宽度,颜色和大小 更改字体大小,更易区分 添加标题和横坐标轴标示 2.2 优化森林 ##..."31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")), #fpTxtGp函数

2.8K10

Forest plot(森林) | Cox生存分析可视化

Meta分析结果使用森林进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林展示。...之前分享过绘制KM曲线R|生存分析(1),诺莫图展示COX结果Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化,本文将简单介绍如何使用R-survminer绘制Cox生存分析结果森林...准备数据 同样使用上次绘制诺莫图使用TCGA-LIHC队列临床数据, #载入R函数 library(survival) library(survminer) ## 读取LIHC数据 LIHC...好吧,虽然不显著,但是不影响后续森林绘制。 绘制森林 1 ggforest绘制基础森林 #基础森林 ggforest(model, data = LIHC) ?...只需cox回归模型以及数据集即可完成森林绘制,但是可以从以下几个方面去优化COX结果森林: A:森林标题 B:调整前三列距离,防止过宽或过窄(重叠) C:字体大小以及HR小数位数 D:变量名称调整

2.5K21

R语言meta分析(5)累积Meta分析

R语言meta分析(1)meta R语言meta分析(2)单个率Meta分析 R语言meta分析(3)亚组分析 R语言meta分析(4)网状Meta 分析 R语言meta分析(5)累积Meta分析...在临床试验,不断有新试验纳入,这导致meta分析成为了一个动态连续系统 , 一些学者在 meta分析基 础上对此提 出了累积meta分析( cumulative meta analysis )...累积变量最常见模式是按照年代顺序排列,此时结果会显示证据是如何随时间累积而变化。当然,单个原始研究也可以按照其它变量(如样本量大小、研究质量等)进行排序,逐步引人meta分析。...、 绘制森林、异质性检验和统计模型选择等,最 终获得合并效应量估计和检验; ⑥敏感性分析, 用于评价 Meta 分析结果真实性, 如通过选择不 同模型或排除某项研究, 来考察 Meta 分析结论...3、累积meta分析“累积”方式都有哪些?所谓累积方式就是按照某种顺序而已,这些顺序有:单篇文章发表顺序、单篇文章样本量大小、单篇文章疗效差异、单篇文章质量评分等等。

1.5K20

分布式因果推断在美团履约平台探索与实践

本文将重点为大家分享如何设计实现一个分布式因果森林算法,以及因果效应评估方面的经验技巧,将我们在分布式因果推断领域一些探索和内部实践经验分享给大家。 1 美团履约因果推断工具 2....(2)树生长 将整个森林看做一张,采用深度优先搜索待分裂节点,一次迭代一节点,由maxMemoryInMB参数控制节点数。...以1亿条样本100棵树森林举例,每一轮迭代就是1亿个长度为100int数组创建与垃圾回收。实际测试我们也发现策略二效率不如方案一高。那么策略一又如何呢?...理想情况下,每个ITE分桶实验样本占比应该和随机试验实验样本占比一致,此时ITE正交于treatment。比如,随机实验实验比对照为1比1,那么trtRatio就应该在1/2附近浮动。...代表前t个样本treatment样本数量。 代表前t个样本control样本数量。

19510

可能会用到30个R语言~第四期

,坐标轴好多可选 4 r3dmol 在 YuLabSMU 公众号看到推文 在R对分子结构进行3D可视化 5 epiR 该集合了流行病学诸多描述性分析函数。...19 tastypie 绘制漂亮R版 公众号 R语言统计与绘图 推文 tastypie,绘制漂亮R ? image.png ?...速度 22 ezcox 公众号 优雅R 看到推文 还在手动绘制生存分析森林?...不妨试试ezcox 很方便做Cox回归分析模型和森林 23 ggstream 公众号 DataCharm 看到推文 河流绘制技巧分享 之前有人在公众号留言问过鱼型,但是自己也不知道,不过好像就是这个...()更改颜色的话是不能按照不同数据集来修改,这个时候可以用这个函数 如下代码 library(ggnewscale) library(ggplot2) df1<-data.frame(A=1:

1.3K10

RNAseq|批量单因素生存分析 + 绘制森林

生存分析作为转录文章VIP,太常见了,那么如何批量得到所有候选基因单因素结果以及可视化结果呢?...本文将分别使用循环方式 和ezcox进行批量单基因生存分析,以及使用ggplot2 和forestplot绘制单因素生存分析森林。...,包括添加更多信息,调整小数位数等;2,使用 ezcox 一行输出 ezcox是ShixiangWang大佬 开发R,一行代码输出所需结果 ,参考使用 ezcox 进行批量 Cox 模型处理 -...三 绘制森林 对于单因素结果,经常出现可视化方式就是绘制森林 。可以使用经典forestplot-R绘制(封装),或者使用ggplot2绘制(自由设置)。...forestplot 查看 或者 R-forestplot| HR结果绘制森林 2, ggplot2 方式绘制自由度较高,需要对ggplot2有基本了解,ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot

1.3K50

网状Meta分析之R语言‘gemtc’实战(3)

这次和大家分享还是基于R‘gemtc‘网状Meta分析,之前已经讲解过如何导入数据以及使用固定效应模型去分析。...这一次主要内容是使用随机效应模型去进行网状Meta分析,同时包括一致性检验和概率排序结果。 1. 首先利用之前数据network_b_bin去构建随机效应模型。...绘制森林 forest(relative.effect(mcmc_b_bin_re, t1="A"), digits=3) ? 5....另外mcmc_b_bin_fe这个文件是在上一期内容中就已经创建好,大家可以查阅往期内容网状Meta分析之R语言‘gemtc’实战(2)。 ?...从结果可以看出,疗效最好是E,接下来依次为C,B,D,A。其中A是安慰剂。 好了,以上就是使用‘gemtc’进行网状Meta分析最后一部分内容,希望大家能喜欢!有问题欢迎在留言区进行讨论。

2.4K30

整合单细胞和空转数据多种方法之CellTrek

然后提取其中空间转录数据构建一个多元随机森林模型(RF),其中空间坐标是结果,潜在特征是预测因子; 对ST数据进行二维空间插值以增强STspots。...然后,将训练好RF模型应用于共嵌数据(ST插值),以生成RF距离矩阵,该矩阵将使用最近邻对(MNN)转换为稀疏; 最后基于稀疏,将单细胞转录数据套入RF模型,构建Spot-Cell表达相似性矩阵...众所周知,10X空转数据一个spots不是单细胞分辨率,而是包含十余个细胞混合点。而CellTrek算法可以充分利用单细胞转录数据,将单细胞信息映射至空间转录切片上 。...CellTrek代码实现 CellTrek安装比较简单: library(devtools) install_github("navinlabcode/CellTrek") R加载: library...目标细胞类型空间加权共表达分析 # 基于CellTrek结果,我们可以使用SCoexp模块进一步研究感兴趣细胞类型共表达模式。

1.2K20

基于QC样本代谢学数据校正(statTarget)

通过重复使用同一个质控样本来跟踪整个数据采集过程行为, 已经被大多数分析化学领域专家推荐和使用。...质控样本被用于评估整个质谱数据在采集过程信号漂移, 这些漂移进一步能够被精确算法所识别,校正,提高数据质量。...statTarget是如何工作 statTarget包括两方面内容 一个是信号校正(见后面的shiftCor函数)。其包括基于QC样本进行信号校正集成学习方法。...生物标记物分析:ROC, Odd ratio(优势比), P值多重校正,箱线图和火山。 信号校正 文件准备 Meta file 该文件包含样品名称,分组信息,批次和进样顺序。...1.Class:QC样品此处标为NA 2.Order:进样顺序 3.Batch:样本批次信息 4.Meta文件和Profile文件样品名称必须一致 代码实例 ## Examples Code

1.7K30
领券