同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用,但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
原文地址:https://suzan.rbind.io/2018/02/dplyr-tutorial-3/ 作者:Suzan Baert 这是系列dplyr系列教程中的第三篇博客文章。 在这篇文章中,我们将介绍如何挑选您的数据。 除了filter的基础知识外,它还介绍了一些更好的方法,用near()和between()挑选数字列,或用正则表达式过滤字符串列。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格,所以先插这个课,「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO(世界卫生组织)的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。
先前已经讲过R语言生成测试数据、数据预处理和外部数据输入等内容,但这仅仅是第一步,我们还需要对数据集进行筛选、缺失值处理等操作,以便获得可以应用于建模或者可视化的数据集(变量)。接下来就以鸢尾花测试数据集进行进一步的数据管理和筛选操作。
dplyr中的across函数取代了之前的xx_if/xx_at/xx_all,用法更加灵活,初学时觉得不如xx_if/xx_at/xx_all简单易懂,用习惯后真是利器!
之前写 datamash 的使用教程 linux 极简统计分析工具 datamash 必看教程,收到了一位读者的私信,内容如上。
数据分析有一半以上的时间会花在对原始数据的整理及变换上,包括选取特定的分析变量、汇总并筛选满足条件的数据、排序、加工处理原始变量并生成新的变量、以及分组汇总数据等等。这一点,我想大部分使用EXCEL的童鞋都深有体会,写论文时,这么多的数据进行处理,手动汇总、筛选、变换,工作量实在是太大。而本文介绍的dplyr包简直就是Hadley Wickham (ggplot2包的作者,被称作“一个改变R的人”)大神为我们提供的“数据再加工”神器啊。 本文试图通过一个案例,对神奇的dplyr包的一些常用功能做简要介绍
通过 gather ,并设定key(原先的列),与value(原先的数据),并通过 - (原先的行),对数据框进行转换。
首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件;然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码
数据操作中排序和去重是比较常见的数据操作,本专题对排序和去重做专门介绍,并且给出一种不常用却比较有启发意义的示例:多列无序去重
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
整理数据的本质可以归纳为:对数据进行分割(Split),然后应用(Apply)某些处理函数,最后将结果重新组合(Combine)成所需的格式返回,简单描述为:Split - Apply - Combine。plyr包是Hadley Wickham为解决split – apply – combine问题而写的一个包。使用plyr包可以针对不同的数据类型,在一个函数内同时完成split – apply – combine三个步骤。plyr包的主函数是**ply形式的,函数名的第一个字符代表输入数据的类型,第二个字符代表输出数据的类型,其中第一个字符可以是(d、l、a),第二个字母可以是(d、l、a、_ ),不同的字母表示不同的数据格式,d表示数据框格式,l表示列表,a表示数组,_则表示没有输出。
上次推文,我们通过数字和字符进行了简单的行筛选,今天我们继续来探讨 filter()的进阶用法
本示例数据集很小,实际中数据量很大,可以根据使用filter()函数筛选出后续需要的“行”子集。
在处理数据时,过滤数据是最基本的操作之一。 如果想删除一部分无效或者根本不感兴趣的数据。 dplyr有filter()函数来做这样的过滤。 使用dplyr,可以帮助使用者像使用SQL或者传统BI工具以简单且更直观的方式进行过滤。
https://r4ds.had.co.nz/transform.html#grouped-summaries-with-summarise
有时候两个数据框并没有很好地保持一致,不能简单地使用cbind()和rbind()函数,所以他们需要一个共同的列(common key)作为细胞融合的依据。最常用的内置函数为merge()和dplyr()包中的*_join(系列函数。
## 0、Rstudio界面介绍及快捷键 # 运行当前/选中行 ctrl+enter # 中止运行 esc # 插入 <- Alt+- # 插入 %>% Ctrl+Shift+M # 快捷注释(支持多行选中)ctrl+shift+c 快捷注释后,如取消注释ctrl+shift+c # Rstudio自动补全 tab x <- 5 ## 1、生成数据 set.seed(0) set.seed(1) c() seq() #生成等差数据 rep() #重复生成数据 rep(1:10,
这个包以一种统一的规范更高效地处理数据框。dplyr 包里处理数据框的所有函数的第一个参数都是数据框名。
本文介绍了如何使用dplyr和data.table两个R包进行数据清洗、数据加工和数据分析,通过几个实际案例展示了dplyr和data.table的常用功能和高效操作。
有5个基础的函数: - filter - select - arrange - mutate - summarise - group_by (plus)
除了选择已存在的列,另一个常见的操作是添加新的列。这就是mutate()函数的工作了。
大家好,本文为R语言数据处理120题系列完整版本。作者精心挑选120道数据处理中相关操作以习题形式发布,一共涵盖了数据处理、计算、可视化等常用操作,并对部分题目给出了多种解法与注解。动手敲一遍代码一定会让你有所收获!
(1)在Rstudio程序设置中设置,可以用options()$repos来检验,但有时候还是不能成功,也不能下载Bioconductor的包
介绍tidyr包中五个基本函数的简单用法:长转宽,宽转长,合并,分割,NA简单填充。
citation("ggplo2")取包引用信息,RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。
我们(RStudio Team)今天很高兴的宣布一个新的项目sparklyr(https://spark.rstudio.com),它是一个包,用来实现通过R连接Apache Spark。
有人喜欢用 Excel 的 vlookup 函数来处理。但对于生信人来说,这显然不够优雅,因为我们有更好的办法。
tidyverse系列应该算是R语言数据分析中的瑞士军刀了,统一的格式,简洁的代码,管道符便于阅读的形式,都能让大家快速上手。R数据科学就是专门讲这个系列的,但是对于很多函数的用法和细节问题,都没有说,所以在使用时还是会经常遇到各种问题。
在我练习select()时,想选择刚新增的列,发现报错。然后发现运行mutate(test, new = Sepal.Length*Sepal.Width)后,查看test后发现test本身没有变。
在数据分析中,往往会遇到各种复杂的数据处理操作:分组、排序、过滤、转置、填充、移动、合并、分裂、去重、找重、填充等操作。这时候R语言就是一个很好的选择:R可以高效地、优雅地解决数据处理操作。(本章节为R语言入门第二部分总结篇:数据操作)
在这个过程中你可能会发现问题,例如下次在进到rstudio的话,查看镜像,又不在了,怎么办呢
通过比较图7.6和图7.13,很明显基于read的过滤比基于UMI的分析去除了更多的细胞。如果您返回并比较结果,您应该能够得出结论,ERCC和MT过滤器对于基于read的分析更严格。
一旦基因的表达被定量了,就将其概括为表达矩阵,其中每行对应于基因(或转录物),并且每列对应于单个细胞。通过检查该矩阵,去除在读取QC或mapping QC步骤中未检测到的劣质细胞。在此阶段未能移除低质量细胞可能会增加技术noise,这可能会模糊下游分析中感兴趣的生物信号。
核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。
本文目的 (1)绘制生存分析图 (2)临床参数相关分析 加载所必须的包 # =============================================================
在开发 UCSCXenaShiny 的基础上,我将其中支持的 UCSCXena TCGA/CCLE 单基因数据下载函数进行了整理,构建了一个单一的入口。这样即使用户无需加载 Shiny,也能够简单自在的下载 癌症单基因数据了。
The package tidyverse includes several useful packages using in data analysis,
这次的作业主要是以对一个非常简单的数据分析问题进行实践的形式呈现出来,对于《R语言实战》第一二章的内容已经体现在了对问题的解析的过程中,所以就不再将学习的过程贴出来了。
TCGA数据下载就易用性来说,RTCGA包应该更好用,且由于是已经下载好的数据,使用比较稳定。但是也由于是下载好的数据,不能保证数据都是全新的。TCGAbiolinks包是实时调用GDC的API,所以可以获取最新的数据。
因为最近事情略多,最近更新的不勤了,但是学习的脚步不能停,一旦停下来,有些路就白走了,今天就盘点一下R语言和Python中常用于处理重复值、缺失值的函数。 在R语言中,涉及到数据去重与缺失值处理的函数一共有下面这么几个: unique distinct intersect union duplicated #布尔判断 is.na()/!is.na() #缺/非缺失值 na.rm=TRUE/FALSE #移除缺失值 na.omit(lc) #忽略缺失值 complete.
TASSEL有对结果进行可视化的模块,包括qq图和曼哈顿图,但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果,使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。
Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合,里面包括了readr,tidyr, dplyr,purrr,tibble,stringr, forcats,ggplot2 等包。https://github.com/tidyverse/
由于业务中接触的数据量很大,于是不得不转战开始寻求数据操作的效率。于是,data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求。
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