所以在画图的时候，也需要区分这三类。下面这张表就是GO富集分析得到的结果，我们可以根据ONTOLOGY这一列来分组，就可以得到BP，CC和MF三个组。然后取每一个组的前10个条目或者前5个条目来绘制柱形图或者气泡图。
gt包所做的一切都是为了更简单地生成好看的展示表格。展示表格？是的，我们正在尝试将数据表格（如tibbles、data.frame）和你在网页、期刊文章或者杂志中的表格区分开来。后面这种表格可以称为展示表格、汇总表格或者真实的表格。下面是一些网站上的例子：
根据美国数据库营销研究所Arthur Hughes的研究，客户数据库中有三个神奇的要素，这三个要素构成了数据分析最好的指标：最近一次消费(Recency)、消费频率(Frequency)、消费金额(Monetary)。
本文主要讨论ggplot2是如何通过颜色信号来对多边形进行填充的底层理念，这也是想要进阶R语言数据可视化过程中必须搞明白的关键环节。 ggplot2所有图层对象中，geom_ploygon（）几何图层对象最为复杂，也最为特殊： 复杂在哪儿呢？ 这种几何对象所定义的多边形（特别是在地理信息数据里面），领土边界是基于行政区划、行政区划再细分为单个多边形（也就是group），单个多边形又是一组经纬度坐标点构成（按照order排序）。 所以说geom_ploygon()所要显式声明的参数至少需要四个： data(地
reads计数数据（测序的短片段），会匹配到基因。若匹配到，则匹配到的基因会count+1。（一个基因对应4个read，即count为4）
分别是ggplot2 用来画图RColorBrewer 用来生成颜色dplyr 用来整理数据
ST结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)的优势使基因表达谱能够直接在组织内与二维空间信息相结合。与scRNA-seq分析中的聚类方法相比，ST在评估基因表达、空间定位和组织学信息时需要更全面和综合的考虑。许多原位捕获技术，如10X Genomics Visium，利用5000个直径为55-100µm的SPOT来记录6.5 × 6.5 mm捕获区域内的mRNA位置。这种方法容易在一个SPOT中包含多个同质或异质细胞(每个斑点1-10个细胞)，这使得在混合SPOT中区分细胞身份变得困难。用于ST分析的传统生物信息学工具通常考虑图像分析、细胞类型鉴定、反卷积、空间分布、细胞-细胞通信、空间表达模式、调节因子在空间位置的相互作用和亚细胞分辨率。大多数用于ST数据中细胞类型鉴定的工具要么基于细胞类型映射，要么基于细胞类型反卷积。细胞类型定位方法通常根据基因表达或结合成像数据或邻近点推断出最可能的细胞类型，而失去了实际的细胞组成。细胞型反卷积方法一般依靠scRNA-seq数据作为参考来推断每个SPOT或位置的细胞组成，但不考虑SPOT的位置和形态特征，可能忽略了空间结构对细胞组成的影响。此外，目前还没有有效的方法来高分辨率重建同一点不同细胞类型的表达矩阵，这限制了对同一点不同细胞类型之间相互作用的研究以及空间建筑中特定细胞类型标记物潜在靶标的识别。在这里，文章开发了Cottrazm，一个集成的工具框架，能够基于10x Genomics Visium平台的空间转录组学构建肿瘤边界周围的微环境。Cottrazm确定连接恶性和非恶性细胞SPOT的肿瘤边界(Cottrazm- boundarydefine)。根据形态学调整后的表达矩阵的聚类和肿瘤的高CNV特征确定肿瘤核心的SPOT。其次，利用六边形系统连续外推肿瘤核心spot的相邻spot，并计算相邻点到肿瘤质心的UMAP距离。该方法能够确定相邻点是肿瘤还是边界(Bdy)。
写论文画图的时候小提琴图，热图，箱线图，画来画去都长得差不多，是不是觉得很烦恼？今天小编为大家介绍一个可以让科研论文统计绘图颜值提升好几个level的R包：ggstatsplot。
通常 dplyr 和 R 更适合对列进行操作，而对行操作则显得更麻烦。这篇文章，我们将学习围绕rowwise() 创建的 row-wise 数据框的 dplyr 操作方法。
作者，追风少年i~国庆前的最后一弹，分享一个简单的内容，空间轨迹向量场。其中关于空间轨迹，我也写了很多，文章放在下面，供大家参考时空轨迹分析导论空间转录组之空间基因和细胞轨迹单细胞个性化分析之轨迹分析篇图片首先我们来解读以下这个图片，这个地方类似于基因、细胞类型或者通路的区域转换（细胞迁移）。为了探索代谢改变区域中迁移基因表达特征的富集，确定了特定基因表达特征的低富集和高富集之间的定向梯度的空间方向。 简化后，每个点的方向向量是基于其局部邻域中所研究的基因表达特征的分级富集。这些向量场计算使我们能够近似
2023-11-10，Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增 12 个工具。
本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly[1]），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
ggstatsplot是ggplot2包的扩展包，可以同时输出美观的图片和统计分析结果，对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用。
数据科学和机器学习之间区别的定义：数据科学专注于提取洞察力，而机器学习对预测有兴趣。我还注意到这两个领域大相径庭：
饼图（pie chart）被广泛地应用于各个领域，用于表示不同分类的占比情况，通过弧度大小来对比各种分类。饼图通过将一个圆饼按照分类的占比划分成多个切片，整个圆饼代表数据的总量，每个切片（圆弧）表示该分类占总体的比例，所有切片（圆弧）的加和等于100%。
人生之路曲折盘恒、错综复杂，看似一条路的终点其实也是另一条路的起点。人生没有永远的高居临下，也没有永远的低谷失意，一路走下去才是人生的本意。其实无论发生任何事，都是教我们如何做人，低调前行是最为稳妥的做法，平凡就很好。
STARTRAC是发表于2018年的NATRUE 文章（Lineage tracking reveals dynamic relationships of T cells in colorectal cancer）中的分析方法，可以应用于单细胞免疫组库数据来揭示T细胞动态变化的分析。原理假设认为克隆型一致的细胞来源一致，可以定量刻画T细胞的组织分布、克隆扩增、组织迁移和状态变化等。
对二代测序结果的分析需要将基因、转录本、蛋白质等与功能或调控信息相关联。为了对基因列表进行功能分析，我们通常需要获得与我们希望使用的工具兼容的基因标识符。在这里，我们讨论了您可以获得基因注释信息的方法以及每种方法的一些优缺点。
clusterProfiler4.0同步支持最新版GO和KEGG数据，支持数千物种的功能分析，应对不同来源的基因功能注释（如cell markers, COVID-19等）提供了通用的分析方法，适用各类组学数据（RNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq…）。新版本尤其实现多组数据间自由比较，如不同条件、处理等，并内置系列流行辅助工具，如数据处理包dplyr、可视化包ggplot2等，方便分析人员用熟悉的方式自由探索，实现数据高效解读。
单细胞代码解析-妇科癌症单细胞转录组及染色质可及性分析1：https://cloud.tencent.com/developer/article/2055573
大型数据集通常是高度结构化的，结构使得我们可以按不同的方式分组，有时候我们需要关注单个组的数据片断，有时需要聚合不同组内的信息，并相互比较。
CellTrek发表于2022年的Nature Biotechnology，题为《Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues》。CellTrek可以结合单细胞和空间转录组数据准确地定位组织内单个细胞的位置，并构建空间细胞图谱。gitHub在https://github.com/navinlabcode/CellTrek
因为最近事情略多，最近更新的不勤了，但是学习的脚步不能停，一旦停下来，有些路就白走了，今天就盘点一下R语言和Python中常用于处理重复值、缺失值的函数。 在R语言中，涉及到数据去重与缺失值处理的函数一共有下面这么几个： unique distinct intersect union duplicated #布尔判断 is.na()/!is.na() #缺/非缺失值 na.rm=TRUE/FALSE #移除缺失值 na.omit(lc) #忽略缺失值 complete.
发文章，写论文，分组统计检验直方图是最常见和最实用的，你是否还在烦恼如果把图画好，帮你解决困难啦！这里分享下同事新鲜写就的绘图脚本，自带了示例数据，可以一键出图，助力你的科研和学习。
数据分析有一半以上的时间会花在对原始数据的整理及变换上，包括选取特定的分析变量、汇总并筛选满足条件的数据、排序、加工处理原始变量并生成新的变量、以及分组汇总数据等等。这一点，我想大部分使用EXCEL的童鞋都深有体会，写论文时，这么多的数据进行处理，手动汇总、筛选、变换，工作量实在是太大。而本文介绍的dplyr包简直就是Hadley Wickham （ggplot2包的作者，被称作“一个改变R的人”）大神为我们提供的“数据再加工”神器啊。 本文试图通过一个案例，对神奇的dplyr包的一些常用功能做简要介绍
那么要怎么根据手上的三组数据来获得一个相对可靠的排名来进一步确定要研究的对象呢？排名整合就可以帮助处理这种问题。
熟悉ggplot2绘图，有一本书，可以介绍大家使用，《R数据可视化手册》第二版
最近在使用ggplot2对箱线图叠加点图是发现奇怪的现象，只要我改变点的形状，绘图就出问题了。
柱状图绘制 柱状图也是较为常见的一种数据展示方式，可以展示基因的表达量，也可以展示GO富集分析结果，基因注释数据等。 常规矩阵柱状图绘制 有如下4个基因在5组样品中的表达值 data_ori <- "Grp_1;Grp_2;Grp_3;Grp_4;Grp_5 a;2.6;2.9;2.1;2.0;2.2 b;20.8;9.8;7.0;3.7;19.2 c;10.0;11.0;9.2;12.4;9.6 d;9;3.3;10.3;11.1;10" data <- read.table(text=data_ori
数据处理在数据分析流程中的地位相信大家都有目共睹，也是每一个数据从业者面临的最为繁重的工作任务。 在实际应用场景下，虽然SQL（SQL类专业的etl语言）是数据处理的首选明星语言，性能佳、效率高、容易培养数据思维，但是SQL没法处理构建全流程的数据任务，之后仍然需要借助其他数据分析工具来对接更为深入的分析任务。 R语言作为专业的统计计算语言，数据处理是其一大特色功能，事实上每一个处理任务在R语言中都有着不止一套解决方案（这通常也是初学者在入门R语言时，感觉内容太多无从下手的原因），当然这些不同方案确实存在
Giotto|| 空间表达数据分析工具箱 Seurat 新版教程：分析空间转录组数据(上) Seurat 新版教程：分析空间转录组数据(下) scanpy教程：空间转录组数据分析 10X Visium:空间转录组样本制备到数据分析 空间信息在空间转录组中的运用 定量免疫浸润在单细胞研究中的应用
假设一共1000个细胞，每个细胞只有一个基因（基因Ⅰ）的表达，那么这些细胞会分布在以基因Ⅰ为x轴的一维坐标轴上；如果每个细胞有两个基因（基因Ⅰ、基因Ⅱ）表达，那么这些细胞会分布在以基因Ⅰ为x轴（y轴），基因Ⅱ为y轴（x轴）的二维平面上；如果每个细胞有三个基因（基因Ⅰ、基因Ⅱ、基因Ⅲ）表达，以此类推……
给学徒们收集整理了几套带GitHub源代码的文献图表合辑，让优秀者一点一滴拆解开来分享给大家。（全部的代码复制粘贴即可运行，欢迎尝试以及批评指正）
如果是要去除包含缺失值的行，直接使用na.omit()函数就可以了，但是如果要去除含有缺失值的列呢？
用R画带ErrorBar的分组条形图 本文介绍了如何用R画出带error bar的分组条形图。 笔者近期画了一张带error bar的分组条形图，将相关的代码分享一下。 感谢知乎网友青山屋主的建议，提示笔者要严谨区分技术重复和生物学重复，所以笔者对文章做修改后重发。如果各位有任何建议，欢迎指正。 本文旨在给出一种利用R对生物学重复数据画带error bar的分组条形图的方法。 所用数据是模拟生成的：分成三个组，每个组进行了若干次生物学重复；测量的是3种基因的表达量。数据的部分内容如下： ## g
接上文，Kaplan-Meier曲线有助于可视化两个分类组之间的生存差异，当你设置参数pval = TRUE时，可以获得的对数秩检验值有助于探讨不同组之间的生存率是否存在差异。 但这并不能很好地评估连续性定量变量的对生存的影响。比如你的某一个node属性取值范围是0-33，这将导致生存曲线图上出现33条生存曲线。如果遇到分组过多或者想要评估多个变量如何协同以影响生存。 例如，比如当希望同时检查种族和社会经济状况对生存的影响时就可能需要换种生存分析方法。
logFC是log fold change的缩写，也就是log之后的差异倍数。这个差异倍数意思是某个基因在A组表达量的平均值是B组表达量平均值的几倍。
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集（2013）。
但是有时，我需要将箱子中默认的中位数那条线，改为平均值。下面代码数据来源于上一篇博客：配对样本检验及绘图 - 简书 https://www.jianshu.com/p/e5a24590b5f6
DESeq2工作流程的下一步是QC，它包括样本级和基因级的步骤，对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本/重复 看起来很好。
我经常使用R的dplyr软件包进行探索性数据分析和数据处理。 dplyr除了提供一组可用于解决最常见数据操作问题的一致函数外，dplyr还允许用户使用管道函数编写优雅的可链接的数据操作代码。
数据框函数- 排序arrange()和desc参数、distinct()去重复、mutate()数据框新增列
fuzzyjoin包是dplyr连接操作的变体，它可以支持模糊（匹配）连接，比如忽略单词之间的大小写，根据正则表达式进行连接，忽略单词的拼写错误等。
许多Functional Class Scoring (FCS)方法，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision, VAM, gficf, pagoda2和Sargent，都会受数据集组成的影响，数据集组成的轻微变化将改变细胞的基因集富集分数。
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