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如何快速重命名Gff3文件基因ID名称

使用EVM或者maker进行基因注释后,通常下一个需求就是对注释gffID进行重命名,一般我们会按照物种名称,按照基因在染色体位置进行命名。这个该如何实现呢?...gFF 文件格式介绍 gff全称为general feature format,gff文件是一种用来描述基因组特征文件,现在我们所使用大部分都是第三版(gff3)。...gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff3个版本中信息都是相同,只是名称不同: 第9列attributes内容存在很大版本特异性。...type:类型,此处名词是相对自由,建议使用符合SO惯例名称(sequenceontology),如gene,repeat_region,exon,CDS等。...另外,在基因结构注释gff文件,基因包含mRNA,mRNA包含exon, CDS, UTR等信息,同时在注释文件除基因行外,其他行在第9列会通过Parent指明该行从属上一级ID,也就是一个基因

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如何使用find和locate 命令在Linux 查找文件目录

使用 find 命令在 Linux 查找文件目录名称查找文件 按部分名称查找文件 按大小查找文件 使用时间戳查找文件 按所有者查找文件 按权限查找文件名称查找目录 使用 locate 命令在...Linux 查找文件目录名称查找文件 按部分名称查找文件 限制搜索结果 显示匹配条目的数量 总结 find命令是 Linux 中最重要和最常用命令之一。...1使用 find 命令在 Linux 查找文件目录 Linux find 命令是一个强大工具,它使系统管理员能够根据模糊搜索条件定位和管理文件目录,它支持按文件文件夹、名称、创建日期、修改日期...find 命令示例将搜索所有小于 100 KB 文件,注意- 符号使用find /home -type f -size -100k 如何在 Linux 查找特定大小文件?...find /home -type f -perm -644 此示例显示/home目录至少具有 644 权限所有资源,这意味着,与权限文件,例如777,745,666,655,654,等,将匹配,

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如何使用find和locate 命令在Linux 查找文件目录

使用 find 命令在 Linux 查找文件目录 Linux find 命令是一个强大工具,它使系统管理员能够根据模糊搜索条件定位和管理文件目录,它支持按文件文件夹、名称、创建日期、修改日期...find 命令用于查找文件目录并对其进行后续操作,它递归地搜索每个路径文件目录,因此,当find命令遇到给定路径目录时,它会在其中查找其他文件目录。...find 命令示例将搜索所有小于 100 KB 文件,注意- 符号使用find /home -type f -size -100k 如何在 Linux 查找特定大小文件?...find /home -type f -perm -644 此示例显示/home目录至少具有 644 权限所有资源,这意味着,与权限文件,例如777,745,666,655,654,等,将匹配,同时与权限文件...换句话说,您可以find通过使用-type d标志(d表示目录)阻止Linux 命令搜索目录以外其他文件类型。

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如何使用.gitignore忽略Git文件目录

通常,在项目上使用Git工作时,你会希望排除将特定文件目录推送到远程仓库库情况。.gitignore文件可以指定Git应该忽略未跟踪文件。...在本教程,我们将说明如何使用.gitignore忽略Git文件目录。包括常见匹配模式*星号,斜杠/,#井号注释,?...一些常见例子包括:运行时文件,例如日志,锁定文件,缓存或临时文件具有敏感信息文件,例如密码或API密钥。已编译代码,例如.class或.o。...但是,你可以在仓库不同目录创建多个.gitignore文件。.gitignore文件模式相对于文件所在目录匹配。 在子目录文件定义模式优先于高于根目录模式。...该文件可以命名为任意名称,并存储在任何位置。保存此文件最常见位置是主目录。你必须手动创建文件并配置Git使用它。

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如何使用ShellSweep检测特定目录潜在webshell文件

关于ShellSweep ShellSweep是一款功能强大webshell检测工具,该工具使用了PowerShell、Python和Lua语言进行开发,可以帮助广大研究人员在特定目录检测潜在webshell...功能特性 1、该工具只会处理具备默写特定扩展名文件,即webshell常用扩展名,其中包括.asp、.aspx、.asph、.php、.jsp等; 2、支持在扫描任务中排除指定目录路径; 3、在扫描过程...,可以忽略某些特定哈希文件; 运行机制 ShellSweep提供了一个Get-Entropy函数并可以通过下列方法计算文件内容熵: 1、计算每个字符在文件中出现频率; 2、使用这些频率来计算每个字符概率...(这是信息论公式); 工具下载 广大研究人员可以直接使用下列命令将该项目源码克隆至本地: git clone https://github.com/splunk/ShellSweep.git 相关模块...我们可以直接给ShellScan.ps1脚本传递一些包含webshell目录,任何大小均可,大家测试时可以使用下列代码库: tenncwebshell: https://github.com/tennc

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Python中使用deepdiff对比json对象时,对比时如何忽略数组多个不同对象相同字段

最近忙成狗了,很少挤出时间来学习,大部分时间都在加班测需求,今天在测一个需求时候,需要对比数据同步后数据是否正确,因此需要用到json对比差异,这里使用deepdiff。...一般是用deepdiff进行对比时候,常见对比是对比单个json对象,这个时候如果某个字段结果有差异时,可以使用exclude_paths选项去指定要忽略字段内容,可以看下面的案例进行学习:...那么如果数据量比较大的话,单条对比查询数据效率比较低,因此,肯呢个会调用接口进行批量查询,然后将数据转成[{},{},{}]列表形式去进行对比,那么这个时候再使用exclude_paths就无法直接简单排除某个字段了...从上图可以看出,此时对比列表元素的话,除非自己一个个去指定要排除哪个索引下字段,不过这样当列表数据比较多时候,这样写起来就很不方便,代码可读性也很差,之前找到过一个用法,后来好久没用,有点忘了,今晚又去翻以前写过代码记录...,终于又给我找到了,针对这种情况,可以使用exclude_regex_paths去实现: 时间有限,这里就不针对deepdiff去做过多详细介绍了,感兴趣小伙伴可自行查阅文档学习。

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如何在linux重命名文件目录

你可以使用GUI文件管理器或命令行终端重命名文件。 在本教程,我们将向你展示如何使用mv和rename命令重命名文件目录。...在以下示例显示如何使用Bash for循环将重命名当前目录所有 .html文件扩展名更改为.php。...我们也可以让mv结合find命令来实现与上面相同功能。 find ....字符串{}是当前正在处理文件名称。 从上面的示例可以看出,使用mv命令重命名多个文件并不是一件容易事,因为它需要你很好地了解Bash脚本。...使用rename命令重命名文件 rename命令用于重命名多个文件。此命令比mv需要正则表达式一些更高级基本知识。 rename命令有两个版本,语法不同

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Linux文件系统探索之旅:发现、搜索、移动

常用选项: -i :忽略大小写不同,所以大小写视为相同 -n :顺便输出行号 -v :反向选择,亦即显示出没有 ‘搜寻字符串’ 内容那一行 1.2 which 作用:which 命令用于定位可执行文件路径...即使系统中含有网络文件系统( NFS), find命令在该文件系统同样有效,只你具有相应权限。...语法: mv [选项] 源文件目录 目标文件目录 mv cs mvsc :将cs目录及其子目录文件移动到当前目前目录下,实现重命名 功能: 视mv命令第二个参数类型不同(是目标文件还是目标目录...), mv命令将文件重命名或将其移至一个新目录。...当第二个参数是已存在目录名称时,源文件目录参数可以有多个, mv命令将各参数指定文件均移至目标目录

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【Linux修炼】3.常见指令(下)

重要几个热键 08. 关机 以下命令作为扩展: 01. find指令:—name Linux下find命令在目录结构搜索文件,并执行指定操作。...Linux下find命令提供了相当多查找条件,功能很强大。由于find具有强大功能,所以它选项也很多,但在这里我们只需要了解搜索功能。...即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统同样有效,只你具有相应权限。...补充:uniq指令 uniq指令可以将文件相邻重复值进行去重 但如果我们想将反是重复值都去掉,这时就可以sort和uniq一起使用,即先用sort让值相同值相邻,然后再利用uniq进行删除相邻重复值...此外,对于压缩包,我们了解到还有rar压缩包等,这些在网上搜命令都是可以使用方式和这两个相同,因此,就需要小伙伴们自己去了解啦。

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Linux常见指令(三)

Linux常见指令 大范围查找指定文件——find指令(常用选项) 搜索命令路径——which指令 指令重命名——alias指令 在特定路径下查找指定文件——whereis指令 在文本找字符串,并且打印行...find -name会在你指定目录里面找所有同名文件。 然后以递归形式展示。...(ls也是被这样重命名) 在特定路径下查找指定文件——whereis指令 查找范围:which<whereis<find 语法:whreris [文件] 功能:在家目录,还有压缩包和文档里面查找同名指令或者是文件或文档...在文本找字符串,并且打印行——grep指令(常用选项) 语法: grep [选项] [‘搜寻字符串’] [文件] 功能: 在文件搜索字符串,将找到行打印出来 常用选项: -i :忽略大小写不同...(create 意思) -x :解开一个压缩文件参数指令 -t :查看 tarfile 里面的文件 -z :使用gzip算法进行压缩 -j :使用bzip2算法进行压缩 -v :压缩过程显示文件

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linux基础操作

命令获取帮助方法 方式一: 利用man获取帮助 man 命令/文件信息 --- 获取帮助内容 方式二: 利用help获取帮助 Linux系统环境: 会存在一些内置命令, 内置命令介绍: · 不同版本...Linux系统都会具有命令 cd · 不需要部署任何软件程序系统就具有的命令 help cd 04....目录相关命令操作 · 切换目录方法: cd 目录信息 切换目录技巧: 相对路径方式切换目录: 相对当前路径位置进行目录切换 建议: 在相同目录结构中进行操作 绝对路径方式切换目录: 从根目录开始进行目录切换...备份文件 cp -r oldgirl backup/ 备份目录 · 数据移动操作: mv-move 移动数据信息: mv ting01.txt /tmp/ 重命名文件信息...根据文件名称查找数据信息 find命令可以查找指定数据信息 ① 根据文件名称查找数据 find /ting/ -name "文件名称" find /etc/ -name "ifcfg-eth0

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【Linux从青铜到王者】第一篇:Linux常见指令

语法: mv [选项] 源文件目录 目标文件目录 功能: 视mv命令第二个参数类型不同(是目标文件还是目标目录), mv命令将文件重命名或将其移至一个新目录。...当第二个参数类型是文件时, mv命令完成文件重命名,此时,源文件只能有一个(也可以是源目录名),它将所给文件目录重命名为给定目标文件名。...当第二个参数是已存在目录名称时,源文件目录参数可以有多个, mv命令将各参数指定文件均移至目标目录。...即使系统中含有网络文件系统( NFS), find命令在该文件系统同样有效,只你具有相应权限。...21.grep指令 语法: grep [选项] 搜寻字符串 文件 功能: 在文件搜索字符串,将找到行打印出来 代码如下(示例): 常用选项: -i :忽略大小写不同,所以大小写视为相同

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Linux文件操作命令

文件命名规则 (1)文件命名规则 Linux系统文件名称最长可以有256个字符,文件名可以由字母,数字,下划线,减号及一些特殊符号(不推荐使用)。...Directory:复制文件新位置,如果此参数是一个新目录名,则将文件复制到新位置时重命名文件 【示例】: (1)复制并重命名文件 将/etc/samba/smb.conf备份到当前目录,...,要配合选项r和f # rm -rf test (3) 删除目录所有文件时,可以使用*表示所有文件,例如删除当前目录 所有文件目录 # rm -rf * (4)有时候你会遇到想要删除一些为只读权限文件...使用名称: -gidn :寻找 群组 ID 为 n 文件 -group name :寻找群组名称为 name文件 -uidn :寻找拥有者 ID 为 n 文件...-user name :寻找使用名称为 name 文件 -name file :寻找档名为 file 文件名称(可以使用万用字符) -type type :寻找档案属性为 type 档案

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用 NodeJS 重命名系统文件

这两个函数都会给你相同结果,只不过是用了两种不同方式去做。同步 fs.renameSync() 版本将阻塞你代码并等待文件成功重命名或发生错误然后再继续运行。...异步版本fs.rename()不会阻塞你代码,而是在删除文件时返回一个回调函数。 下面将向你展示如何使用这两种方法。...要使下面的代码生效,请确保安装了Node.js,并把要重命名文件放在项目目录目录。在这个例子,我们文件是一个名为 "your-file.png" PNG图像文件。...我们使用 Path 模块来获取想要更改文件的当前路径。我们还创建了一个路径,其中包含希望新文件具有名称。 然后,我们使用 fs.rename() 函数。将两个文件路径传递给函数,并返回一个回调。...并且目录文件具有名称。 结论 Node.js 文件系统(Fs)核心模块还有很多有用方法。可以通过查看文档获取更多信息。

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Linux下常用基本指令大全

视 mv 命令第二个参数类型不同(是目标文件还是目标目录), mv 命令将文件重命名或将其移至一个新目录。 2....当第二个参数类型是文件时, mv 命令完成文件重命名,此时,源文件只能有一个(也可以是源目录名),它将所给文件目录重命名为给定目标文件名。 3....当第二个参数是已存在目录名称时,源文件目录参数可以有多个, mv 命令将各参数指定文件均移至目标目录。...其实 tail 是默认从文件读取数据,head向管道输送了10行,tail再从中拿尾部10行。 我们再拓展一下,如何从拿到如何从1000行1010行逆置以后拿到前三行?...i :忽略大小写不同,所以大小写视为相同 -n :顺便输出行号 -v :反向选择,亦即显示出没有 '搜寻字符串' 内容那一行 案例: 筛选出含 ‘999’ 内容

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【Linux】Linux基本指令大全-(2)

绝对路径:从 / (根目录)开始定位到指定位置,具有唯一性路径 相对路径:我们以自己当前所处路径为起始参照位置,来进行特定文件定位路径 使用场景: 绝对路径往往比较长,但是不变,一般用在一些固定场景...-r 把指定文档或目录日期时间,统统设成和参考文档或目录日期时间相同。 -t 使用指定日期时间,而非现在时间。...语法: mv + [选项] + 源文件目录 + 目标文件目录 功能: 1. 视mv命令第二个参数类型不同(是目标文件还是目标目录),mv命令将文件重命名或将其移至一个新 目录。...当第二个参数是已存在目录名称时,源文件目录参数可以有多个,mv命令将各参数指定文件均移至 目标目录。...即使系统中含有网络文件系统( NFS),find命令在该文件系统同样有效,只你具有相应权限。

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linux中文件重命名_如何在Linux重命名文件

但是,如果您想重命名多个文件,则使用命令行是一种更好方法。 在本教程,我们将讨论在Linux重命名文件4种不同方式。 1.使用mv命令 (1....虽然mv命令可用于移动多个文件目录,但我们只能为源和目标分别输入一个文件名。 因此,要将文件OldName.txt重命名为NewName.txt,我们使用以下命令。...mv命令可以用作bash循环一部分,也可以与find命令一起使用,以一次重命名多个文件。 2.使用重命名命令 (2....这使我们进入了重命名实用程序。 要使用重命名命令,我们使用apt或您Linux发行版具有的任何软件包管理器将其安装在系统上。...基于Linux系统提供了多种选项来重命名Linux文件。 可以使用其中任何一种来满足他们需求和喜好。 我们希望本教程能够帮助您了解在Linux重命名文件不同方法。

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【细品C++】函数重载(函数名字修饰)

相较于C,函数重载作为C++新加功能,解决了在某些需要频繁调用相同处理方式使用处理不同类型数据函数时,C语言函数调用复杂或者实现复杂痛点。希望本篇文章能对你函数重载学习有所帮助。...,如果具有相同名字而形参不同(参数个数,类型,或类型顺序),则称之为重载函数。...,实际类型相同,还是重命名。...函数重载实现本质——名字修饰(name Mangling) 首先,我们先了解一下C/C++是如何做到识别全局域中函数。在C/C++,编译一个文件需要经历以下几个阶段:预处理、编译、汇编、链接。...可以看到,在进行汇编时候生成了一个叫做符号表东西,对于C来说,符号表记录函数信息只有函数名称及其地址(源文件只存在声明函数,也会生成地址,最后地址链接时进行重定位)。

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Linux基本指令讲解

-r 把指定文档或目录日期时间,统统设成和参考文档或目录日期时间相同。 -t 使用指定日期时间,而非现在时间。...语法: mv [选项] 源文件目录 目标文件目录 功能: 若mv命令两个参数类型不同(是目标文件还是目标目录),mv命令将文件重命名或将其移至一个新目录。...当第二个参数类型是文件时,mv命令完成文件重命名,此时,源文件只能有一个(也可以是源目录名),它将所给文件目录重命名为给定目标文件名。...Linux下find命令在目录结构搜索文件,并执行指定操作。...例如: alias ls -a la 16 grep指令 语法: grep [选项] 搜寻字符串 文件 功能: 在文件搜索字符串,将找到行打印出来 常用选项: i :忽略大小写不同,所以大小写视为相同

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