《线性模型在动物育种值预测中的应用》 第二章:亲属间的遗传协方差,P19
1, 概念定义
近交系数: 近交系数(inbreeding coefficient)是指根据近亲交配的世代数,将基因的纯化程度用百分数来表示即为近交系数...两者的区别和联系:
近交系数是个体的值
亲缘系数是两个个体之间的值
两者的计算方法:
可以使用通径分析的方法进行计算
也可以采用由系谱构建亲缘关系A矩阵的形式进行计算, 这种方法在数据比较大时更为方便...个体5和6的近交系数为0.125.
5, 计算亲缘系数
根据计算的亲缘关系A矩阵,这个矩阵时个体间的方差协方差矩阵, 对角线为每个个体的方差, 非对角线为个体间的协方差....:
#1 计算出矩阵的行, 确定循环数
#2 计算出个体的ID名在矩阵中的顺序, 因为有些ID可能是字符或者没有顺序, 主要用于后面的个体编号的确定
#3 为了计算更快, 我们生成一个6*6的矩阵
#4...写一个循环, 因为矩阵时对称的, 所以我再第二个for循环时从i开始, 而不是从1开始, 后面mat[j,i] = mat[i,j]再赋值, 这样更快.
#5 生成的mat矩阵查看
#6 根据ID生成两列