主要功能是可以把html文件保存为 png 或者 pdf 格式 2 pez 系统全面的系统发育R包 3 ggprism 在 YuLabSMU 公众号看到的推文 用ggplot2出GraphPad prism...公众号 小白鱼的生统笔记 推文 12 prettydoc 漂亮的rmarkdown风格，公众号 育种数据分析之放飞自我 推文 炫酷rmarkdown不同风格 13 DataEditR 类似于excel的功能...24 ggnewscale github主页 https://github.com/eliocamp/ggnewscale 比如两组数据同时画到一张图上，每组数据都分别映射颜色，这个时候如果要用scale_color_manual...()更改颜色的话是不能按照不同的数据集来修改的，这个时候可以用这个包中的函数 如下代码 library(ggnewscale) library(ggplot2) df1<-data.frame(A=1:...，是不能运行下一步命令的，这个包里可以将时间比较长的命令放到后台 30 paletteer 功能强大的配色R包 公众号 R语言统计与绘图 最强配色R包，1个包，2100来个调色板 欢迎大家关注我的公众号
，可以直观展示数据的动态变化过程，最后我们可以将动画保存为GIF、视频或动画网页，以便在RStudio或笔记本之外使用。...如下面这个例子以动态图展现了历年来诺贝尔获奖者出生地的变化情况，《利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况》一文中有更详细的事例展示如何使用此包。 ?...可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。...geoms都可以用于地图可视化，可以在地图上绘制等高线图或散点图。...可以使用GGally快速绘制模型的系数，或者在地图上绘制网络，如下面的图片所示。 ?
GraphPad Prism在2022年12月7日发布了Prism 9.5版本。主要更新内容： 1. 新增配色方案 2. Prism Cloud Early Access 3. 数据化功能改进 4....Prism安装包+教程⭐️⭐️⭐️ 图片 01 GraphPad Prism 9.5核心新功能 【1】 新增配色方案 在Prism 9.5中，引入了另外三种“色盲安全”配色方案，可以实现相同的目标，...> 在Prism 9.5中，新添加的其他六种配色方案分别代表了不同历史时期的色彩主题。...Windows：如果已经存在同名的配色方案，Prism将用新配色方案替换旧配色方案，这可能导致意外丢失旧的配色方案。 【2】更高的数据上限 对多变量数据表进行了许多重大改进。...使用标准结构可以分析更大的数据集，并执行新的和改进的分析： 提高数据列的上限：在每个数据表中最多输入1024列数据。 自动识别变量类型：将多变量数据表中的变量识别为连续值，分类值或标签值。
1初识ggplot2绘制几何对象 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 ggplot2学习笔记之图形排列 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 一个震撼的交互型3D可视化...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...用geom_gene_label()标记基因 把基因名字所在的列名字映射到label属性可以在图上标记每个基因的名字。...正负链基因分开展示 forward属性可以用于在同一张图分开正负链基因的展示。...使用geom_subgene_label()给子区域在图上加标签，它的工作原理类似于geom_gene_label()，但主要的区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax
幸运的是，在过去10年里，R社区一直在努力为ggplot2构建扩展包，到如今已有超过40个扩展包可供使用，今天为要介绍的是大家比较钟爱的12个ggplot2扩展包，想要查看所有ggplot2扩展包的介绍及使用例子...如下面这个例子以动态图展现了历年来诺贝尔获奖者出生地的变化情况，《利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况》一文中有更详细的事例展示如何使用此包。 ?...可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。...geoms都可以用于地图可视化，可以在地图上绘制等高线图或散点图。...可以使用GGally快速绘制模型的系数，或者在地图上绘制网络，如下面的图片所示。 ?
1.名称：ggplot2包 简介：将绘图与数据分离，按图层作图，一个语句代表了一张图；将常见的统计融入了绘图中。...缺点：它的p值可能和直接的R统计结果有一点点差异。 3.名称：RColorBrewr包 简介：提供3套配色方案，连续型，渐变色；极端型可生成离群点；离散型形成彼此差异明显的颜色标记分类数据。...4.名称：ggsci包 简介：ggsci提供了包括nature/cell/JCO等多个顶刊的推荐配色方案，使用palette可以直接在ggplot2基础上添加配色，告别审美不过关的问题，用顶刊的逼格弥补自己的审美...5.名称：ggannotate包 简介：在github上，对于ggplot2觉得调legends的位置，图形形状觉得费力的同学，可以使用ggannotate进行交互式修图，让你使用R有一种使用Graphpad...16.推荐：suevminer 简介：这个是做生存分析里面最基础的R包了。可以根据数据绘制出你想要的结果，还能通过选择pval=TRUE会显示两组差异检验结果的pvalue。可谓是集大成于一体了。
初识ggplot2绘制几何对象 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 ggplot2学习笔记之图形排列 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 一个震撼的交互型3D可视化...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...用geom_gene_label()标记基因 把基因名字所在的列名字映射到label属性可以在图上标记每个基因的名字。...正负链基因分开展示 forward属性可以用于在同一张图分开正负链基因的展示。...使用geom_subgene_label()给子区域在图上加标签，它的工作原理类似于geom_gene_label()，但主要的区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax
互逆配色方案（Diverging colormaps）：一般由两组互补的颜色所组成，表示数据相反的两个部分，如RdBu. ?...配色方案：ncl_default 使用 CMasher 包处理配色方案 在科学研究过程中，数据的呈现常常会使用各类颜色。...颜色提供了一个新的维度，以便能在同一张图上呈现出更多、更复杂的数据，而无需考虑三维图、子图、交互图。...然而许多时候对颜色如何影响可视化数据的解释往往是低估的，很多时候错误的绘制会给读者带来困扰，因此选择正确的颜色是至关重要的。...https://doi.org/10.21105/joss.02004 CMasher 内置配色方案 CMasher 内置配色方案的使用需在方案名称前添加cmr.
柱状图一般是一个分类型变量不同类别间的比较，雷达图可以是多个数值不在同一个scale之下；更具体地说，柱状图一般是横向比较，雷达图既可以多个观测之间的纵向比较，也可以是一个观测在不同变量间的横向比较。...在实际的数据可视化中，往往不是孤立地用一个基本图形，把多个图形组合、邻接，能交叉对比出更多的信息。比如在柱状图上叠加折线图，在地图上叠加散点图，把多个柱状图放在一起对比等等。...视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形 常用配色 史上最全的图表色彩运用原理 对于一个直男来说，配色方案一直是很苦恼的问题。...有条件的话最好找设计师参考，没有的话最简单的方法就是参考比较成功的可视化作品的配色风格。 配色方案没有具体的规律总结，主要靠感觉。下面贴一些配色方案自行体会即可。 ? 调色板 ?...bootswatch 可在bootswatch上参考相关的CSS配色方案。 常用工具 数据可视化的工具很多，也有不多人已经总结过，这里就大致提一下。
伦敦的地铁路线图图可谓是地铁路线图的鼻祖。多年来，它形成的配色与排版方案，造就了它独特的外观和风格，但最令人惊叹的，还是其神来之笔的设计思路。 拥有13条路线，300多个站点，伦敦地铁的结果复杂至极。...： http://rpubs.com/keithmcnulty/tubemap 在绘制这张图时，我们完全不考虑地铁图的地理位置意义，将Beck的设计原则发挥到极致，并借助数据科学方法以最美观的方式将地铁图可视化...2、地理位置完全精确的地铁图方案 让我们看看另一个极端：完全遵从地理位置。 我们将主要使用ggplot2，当然这里还需要一些其他的库。...stations.csv") connections <- read.csv("connections.csv") lines <- read.csv("lines.csv") 为了完全遵从地理位置，我们可以将这些站点直接绘制在一张伦敦地图的相应位置...然后，将数据转换成 ggplot2 可以使用的格式。
柱状图一般是一个分类型变量不同类别间的比较，雷达图可以是多个数值不在同一个scale之下；更具体地说，柱状图一般是横向比较，雷达图既可以多个观测之间的纵向比较，也可以是一个观测在不同变量间的横向比较。...桑基图主要的用法是表征流量在各个层级的流动关系，上一层如何向下一层分散，下一层如何由下一层汇聚。...在实际的数据可视化中，往往不是孤立地用一个基本图形，把多个图形组合、邻接，能交叉对比出更多的信息。比如在柱状图上叠加折线图，在地图上叠加散点图，把多个柱状图放在一起对比等等。...视频教程：R语言recharts包绘制交互式图形 常用配色 史上最全的图表色彩运用原理 对于一个直男来说，配色方案一直是很苦恼的问题。...有条件的话最好找设计师参考，没有的话最简单的方法就是参考比较成功的可视化作品的配色风格。 配色方案没有具体的规律总结，主要靠感觉。下面贴一些配色方案自行体会即可。
演示数据 使用survival包中的lung数据集用于演示，这是一份关于肺癌患者的生存数据。time是生存时间，以天为单位，status是生存状态，1代表删失，2代表死亡。...，自定义颜色，brewer palettes中的配色，等 ggtheme = theme_bw() # 支持ggplot2及其扩展包的主题 ) 累积事件曲线： ggsurvplot...增加 risk table 增加多种自定义选项： ggsurvplot( fit, data = lung, size = 1, # 更改线条粗细 # 配色方案...如果你的分类变量是多个组别的（常见的都是两组比较的），会自动画出多条生存曲线。...surv.median.line = "hv", palette = "jco", add.all = TRUE) 多个生存函数画在一起 比如把PFS和OS的生存曲线画在一张图上
它可以帮我们更加方便的发现最显著、差异最大的基因。 在R语言中实现火山图方式很多，今天我们主要介绍ggplot2中怎么实现火山图的绘制，其实火山图和散点图类似。...其次，将数据导入R语言，并调用ggplot2进行图像的绘制，具体代码如下： a=read.csv("G:/test.csv")#读入数据 vp=ggplot(a,aes(dif,-1*log10(fdr...)))#获取绘图的数据 vp+geom_point()#绘制黑色的火山图 ?...vp+geom_point(aes(color =group))#自动配色绘制火山图 ?...它的X轴是基因在两组样本中的丰度（表达）平均值，Y轴是表达差异倍数。MA plot充分展示了基因丰度（表达）和表达变化之间的关系。
看到不同了吗？如果数据是随机排列的，会很难发现战略上的关键点。 4）显示数据标记。 如果你是在绘制一段时间内的趋势图，加上标记会非常有用，因为它能清晰展示出数据间隔之间的逐步变化。...在下面的例子中，我们要绘制MQL在特定某一周的增长，把客户的不同来源划分成9个种类。添加标记有助于分清不同日期之间的数据变化，从而更容易得出到底哪种渠道增加客户的效果更好。 之前： ?...第二张图， MQL总量增加的变化更为明显：总共新增了超过1500个 MQL ，而且随着时间的推移新增的数量加速增长。 之前： ? 之后： ? 6）删去多余的数字 不是所有的数据都要放在图上。...可视化的堆叠能更容易看出不同类别间的总体趋势，分组图更容易比较同一个类别的不同的单个数据。根据你想要回答的问题，选择最合适的方式。 假设你在绘制每个月的客户增长图，根据客户所在的不同行业来分类。...9）调整所用的配色方案 我们不一定都是艺术家。但我们中的大多数人都可以判断出某个配色方案的使用是否恰当。如果你展示一组数据，有几个选项，就选择一个配色方案，能够明确辨别出不同的选项。
下面这个例子，表明如何选择不同的图表让你的报告变得清晰。...如果你是在绘制一段时间内的趋势图，加上标记会非常有用，因为它能清晰展示出数据间隔之间的逐步变化。在下面的例子中，我们要绘制MQL在特定某一周的增长，把客户的不同来源划分成9个种类。...第二张图， MQL总量增加的变化更为明显：总共新增了超过1500个 MQL ，而且随着时间的推移新增的数量加速增长。 之前： 之后： 6）删去多余的数字 不是所有的数据都要放在图上。...可视化的堆叠能更容易看出不同类别间的总体趋势，分组图更容易比较同一个类别的不同的单个数据。根据你想要回答的问题，选择最合适的方式。 假设你在绘制每个月的客户增长图，根据客户所在的不同行业来分类。...之前： 之后： 9）调整所用的配色方案 我们不一定都是艺术家。但我们中的大多数人都可以判断出某个配色方案的使用是否恰当。如果你展示一组数据，有几个选项，就选择一个配色方案，能够明确辨别出不同的选项。
前面给大家介绍 ☞【R绘图】散点图+直方图（密度图） 今天小编给大家介绍第二种方法，绘制散点图，并且在散点图上添加直方图和密度曲线。我们还是使用☞【R绘图】散点图+直方图（密度图）里面使用的数据。...这次我们使用的R包叫ggExtra #安装相应的R包 BiocManager::install("ggExtra") BiocManager::install("ggplot2") #加载相关的包 library...(ggplot2) library(ggExtra) #加载数据 load("data.RData") #绘图 p <- ggplot(sat.act, aes(SATV, SATQ)) + #横轴是...SATV，纵轴是SATQ geom_point(aes(colour=factor(gender))) + #添加点，按照性别使用不同的颜色 stat_smooth(method=lm)+...(fill = "green"), #指定颜色 yparams = list(fill="orange"), #指定颜色 ) 2.添加直方图 #在散点图上添加
与基础图形不同的是，要调用ggplot2函数需要下载并安装该包 > install.packages("ggplot2") 第一次使用前还要进行加载 > library(ggplot2) 本次教程中，将用三个数据集解释...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。...最后，将研究如何调整ggplot2图形的外观，包括修改坐标轴和图例、改变配色方案以及添加注释。...函数ggplot()指定要绘制的数据源和变量，几何函数则指定这些变量如何在视觉上进行表示(使用点、条、线和阴影区)。表1列出了几种常见的几何函数（目前有37个几何函数可供使用）。 表1，几何函数 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。
导语 GUIDE ╲ ggeconodist是开发者受Economist杂志独特风格的启发，开发的一款与普通绘制的箱型图不同风格的R包。...背景介绍 作为大家做生物信息学绘图的重要工具，R包的主要功能不仅仅是展示数据，如何做出更漂亮的图片也是重要的一部分。...使用R中自带的数据集看看ggeconodist的基本功能吧 ##普通boxplot boxplot(Petal.Width~Species,iris,col="#b07aa1") ##使用ggeconodist...##使用mammogram_costs数据 ggplot(mammogram_costs, aes(x = city)) + geom_econodist( aes(ymin = tenth...，在本文中介绍的ggeconodist就是一个很好的例子，使用不同的函数，让你的图片在茫茫图海中脱颖而出！
上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后，好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色，今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 ！ 不管我们做什么组学分析，分析到最后总是躲不过富集分析。...使用Y叔的" clusterProfiler "进行完富集分析后，可以直接使用 dotplot 绘制气泡图，而且配色还十分的好看。 ?...准备好输入文件后，输入以下代码 ： ## 导入R包 library("ggplot2") ## 导入数据 data <- read.table("input.txt",header = T,sep="...\t") ## 绘制气泡图 p <- ggplot(data, aes(x = Enrichment, y = Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point...这样我们就完成气泡图的上色过程啦！ 如果想要更改其他颜色，可以在scale_color_gradient 函数中修改。 参考资料： ggplot2|详解八大基本绘图要素
为了鼓励科研者使用箱线图，2014年的Nature Method专门推出2篇文章详细论述了使用箱线图的好处，并发布了一个在线绘制箱线图的工具[1]。...子图a是4套模拟数据集的真实分布模式，差别较大；但体现在b, c, d图上时，不同类型的图传达出的主要信息不同，我们也会得出不同的第一印象： ? 用柱状图展示时，四个柱子分别对应于4套模拟数据集。...如果两个箱体上的字母不同，则代表两组样品的多样性存在显著差异。...这个图除了可以用函数ggbeeswarm绘制，还可以利用ggplot2包的 geom_boxplot+geom_jitter生成。 ?...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大的在线绘图网站-ImageGP
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
