晚上想起上午时候提示我没有tbl_summary函数，查到是gtsummary包的，习惯性看了下包的功能，这不是也可以绘制三线表？ 惊了，于是有了这篇分享。...1 下载R包，数据 使用内置数据集演示 #install.packages("gtsummary") library(gtsummary) #查看内置数据集 head(trial) ?...2 绘制table1 2.1 简单表格 #先选择部分变量进行展示 trial2 % select(age, grade, death, trt) # 绘制 table1 <- tbl_summary...可以看到连续型变量使用的是中位数（四分位数），分类变量使用的 个数（比例）。 但是不是缺点什么？ 文献中的表1，是不是会有分组？是不是会有总体描述？是不是会有P值？是不是会有mean(sd) ？...} ({sd})") ) %>% add_p(test = list(all_continuous() ~ "t.test")) # 添加P值 就可以根据需求，结合着使用就可以绘制文献中的 “
自动检测数据集中的连续、多分类和二分类变量，选择合适的描述性统计方法，还包括每个变量的缺失值。 绘制回归模型结果。...本期目录： 安装 tbl_summary 基本使用 自定义输出 修改统计方法 同一个变量展示多个统计量 交叉表 和compareGroups包进行比较 安装 # 2选1 install.packages...("gtsummary") remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary") tbl_summary 自动计算描述性统计指标，支持连续型变量、分类变量，生成的表格支持自定义细节...： trial2 %>% tbl_summary( by = trt, # 分组 # 根据变量类型选择显示方式，和case_when()的使用非常像哦 statistic...trial2 %>% tbl_summary( by = trt, # 分组 # 根据变量类型选择显示方式，和case_when()的使用非常像哦 statistic
文章 1、在ggplot2散点图中自动添加回归系数或回归方程、R2、P值等 有时候使用ggplot2绘制散点图展示两组变量的关系时，同时也做了一些描述二者关系的统计，如相关性分析、回归分析等，并期望将相关系数或回归方程...2、学习如何分析肿瘤空间异质性 分析肿瘤空间异质性是历来研究的热点，但也是难点。...因此，今天为大家深度解读一篇2021年6月发表在《Cancer Discovery》(IF=39.397；中科院1区)上的文章，学习作者如何利用公共数据探索空间异质性的分子特征。...3、gt[14] - 表格制作神器 使用gt包，任何人都可以使用R编程语言制作好看的表。gt的哲学是：我们可以用一组内聚的表部件来构造各种各样的有用的表。...这包括表头、存根、列标签和跨组列标签、表主体和表脚。 4、gtExtras[15] gtExtras的目标是提供一些额外的辅助函数来帮助使用gt创建漂亮的表。
生信科技动态 1、Nature | 基因突变不是随机的 自20世纪上半叶起，突变的随机性就一直是生物演化理论的重要基础。...在一篇发表于《自然》杂志的论文中，一支国际研究团队通过对模式植物拟南芥的研究提出，突变的诞生不是完全随机的，相反，突变出现的区域有着明显的规律性。...在每个阵列中，包含2万到4万个柱子，每个珠子中，可以检测到的DNA序列，约为165-421个。...4、2021年人工智能研究成果盘点 文章 1、GitHub，版本控制与协作[3] 本文介绍如何使用GitHub进行版本控制与协作。...4、gtreg - Regulatory Tables For Clinical Research with 'gtsummary'[7] library(gtreg) gtsummary::theme_gtsummary_compact
现在，科学与伪科学都在期刊里泛滥，阴性结果被大量隐藏，但期刊开放让整个科学环境在逐步面向更广泛大众，但科学技术的专业性审稿人也未必能把握发表的界限，一切公开透明是很好的方式：科学期刊编辑把握创新性和文章整体质量...值得关注的是本系列研究中的方法学论文，相关研究的读者可以深入看看：来了一种新工具——验证风险函数（BPRF，一种Meta分析方法），可对暴露于有害或保护性风险因素后特定健康结局进行评估。...开发已经非常成熟了，现在Python环境也可以使用Shiny进行可视化，该推文则是具体的入门教程。...即开发者提供，但由用户决定是否以及如何展示进度条。这与该作者开发的另一个流行包future的设计哲学一致。...本推文通过具体示例介绍了利用gtsummary包进行快速回归建模并输出统计结果的方法。
作为一个数据分析师，我对这些趋势很好奇，并且更重要的是，我希望通过分析得到如何提高视频流行度的一些建议。 为了回答这个问题，我设计了一个shiny应用，来帮助我更好地理解这些数据。 ?...在我的shiny应用中，用一个饼图展示了特定地点和时间下，不同类别的市场份额。 ? 从上面的饼图中，我们可以看到“娱乐”类别的份额最大。这可以理解，因为大多数人上YouTube是为了找点乐子。...▍热门视频随时间的变化 视频的流行趋势如何随时间改变也很重要，这成为我制作的第二个标签。由于数据的数量发生了很大的变化，我只选择了2017年11月到2018年6月的数据进行分析 ?...一个可能的原因是，人们在假期（圣诞节和夏天）对游戏类视频的兴趣会更强一些，尤其是对于放假的小孩来说。在这些时间段在游戏类视频中增加广告投入可能会带来更好地效果。...Shiny app 对此进行了直接的可视化，用户还可以进行交互使用，它还能帮助YouTube的决策者更好地理解用户行为习惯并制定策略。
因此，让我们制作一个 Shiny 应用！ 原型 在构建复杂的应用程序时，我强烈建议读者尽可能简单地开始，这样你就可以在开始做更复杂的事情之前确认基本的机制是正常工作的。...制作第一个原型时，面临的挑战是“尽可能简单”。快速让基础功能工作和规划 Shiny 应用的未来之间存在着复杂关系。...这是一种合理的通用模式：我们可以在数据分析中创建变量，以将分析分解为多个步骤，并避免多次重新计算，而响应式表达式在 Shiny 应用程序中扮演相同的角色。...通常，在启动 Shiny 应用程序之前花一点时间清理分析代码是个好主意，因此，在增加反应性的复杂性之前，我们可以在常规 R 代码中考虑这些问题。...该应用程序的第一个问题是它在表格中显示了很多信息，我们可能只需要突出显示。要解决此问题，我们首先需要弄清楚如何截断表。
上面是shiny团队的稿件 l4-反应输出 了解小工具如何和反应输出联系，反应输出即无何时用户改变小工具都会自动更新的对象 展示反应输出 是时候给app注入灵魂了，此篇介绍如何构建一个反应输出在app中展示...告诉shiny如何在server函数构建对象，该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步：加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族，将R对象转换成在UI中的输出，每个函数创建特定类型的输出...，包含所有用来更新app中R对象的代码，每个R对象在list中要有自己的条目（名字） 在server函数中，可以通过在output定义一个新元素来创建条目，如下，元素名字应该与ui中反应元素使用的参数一致...当用户改变小工具，shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出，重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应，通过连接input列表中的值到output中的对象。...）app 在server中使用render*函数告诉Shiny如何构筑你的对象 在每个render*函数中，用{}抱住R表达式 将render* 表达式的结果保存到output列表，每个反应对象对应其中的一个条目
在前面的文章中，我们介绍了如何创建用户界面。现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端的讨论，它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩如生。 在 Shiny 中，我们使用响应式编程表达服务逻辑。...这使得编写 Shiny 应用的流程变得相当简单，但是要花一些时间才能了解它们如何组合在一起。 这部分内容将对响应式编程进行简要介绍，指导读者在 Shiny 应用中使用最基本的响应式编程。...这保证了每个线程都有一个唯一的状态，同时隔离了在函数内部创建的变量。这也正是我们为什么基本上只在 Shiny 的 server 函数内使用响应式编程的原因。...#> Error: Attempted to assign value to a read-only reactivevalues object 发生此错误的原因是 input 如果在内部被修改就不能反应用户在浏览器中的输入...，从而造成了不一致性，这是 Shiny 所不允许的。
上面是shiny团队的稿件 l5-更复杂的反应app 创建一个更复杂的依赖R脚本和额外数据的有灵魂的（能反应的）app 使用R脚本和数据 此篇旨在展示如何载入数据，R脚本，包，用来构建app。...地区分布图使用颜色展示变量的地区差异 此例中，helpers.R 将会创建一个percent_map ，一个设计用于匹配counties.rds数据的函数，下载 脚本将会使用maps和mapproj包，...，还载入了两个包library(maps)和 library(mapproj) 使用shiny也会这样调用这些函数，但是写法略有不同 source和readRDS需要文件路径，文件路径的使用方式在shiny...shiny只会运行这些代码一遍，包含了所有你在server函数中的表达式要调用的东西。 在server函数中定义用户特定的对象，当时不包含在render*函数之中，这种对象是每个用户都需要个人副本的。...构建参数值 如何放置这些设置参数的代码 赶紧先自己做做吧 回顾 如今，你已经可以使用R脚本，数据集，包创建复杂的app了 有几个要点 对于shiny app 来说，app.R脚本所在的路径就是工作目录
R Shiny中的req函数和validate函数 R Shiny常常让人崩溃，特别是在弹出一般性错误提醒而程序员又一头雾水的时候。...，可以在操作系统中把它们设置为环境变量。...R Shiny中的HTML标签（以在Shiny应用程序中播放音频为例） R Shiny中有110种HTML标签，可以为各种各样的HTML命令，如格式化，提供快捷方式。...然而，大部分人都没有充分利用这些标签。比如创建了一个shiny应用程序，该程序在执行某个任务时需要花费大量的时间。...用户希望在等待完成该任务的过程中，能够执行其他的多项任务，所以可以利用tags$audio这一标签，让该应用程序在完成任务时播放胜利号角来提醒用户。
后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！...上面是shiny团队的稿件 shiny是一个直接用R来制作交互式网页应用 (interactive web applications (apps)) 的R包 一、欢迎使用shiny 如下就是一个简单朴素的...当shiny app启动后，R的会话框会变成忙碌状态，不能运行任何其他代码，R会监控app并处理app的反应。...") 结果是这样的 在Rstudio里面，会自动识别Shiny app 脚本，显示一个Run App 的按钮，如图，快捷键是Command+Shift+Enter (Windows: Control+...Shift+Enter) 点击灰色的向下展开小箭头还有更多惊喜哦 一个个点点看 5.回顾一下怎么创建一个app 创建一个以myapp为名的路径（文件夹） 保存app.R到myapp文件夹中 使用runApp
在单细胞水平应用HTS，可以提供全面的分子表型，并捕获异质性的反应，而传统的HTS无法识别这些反应。...在scRNA-seq数据集中，细胞群体的基因表达谱通常在多个干扰条件下观察到，每个细胞都带有其实验条件和干扰的标签，其中实验协变量以分类标签的形式捕获，而干扰则使用连续值进行捕获。...给定一个包含多个干扰和协变量的单细胞数据集，CPA首先使用编码器神经网络将细胞的基因表达分解为一系列可学习的加性特征，这些特征对应于基线状态、观察到的干扰和观察到的协变量。...为了评估CPA在提供协变量和干扰信息时是否能够解耦这些信息，作者训练了两个模型：（i）只提供干扰标签的模型，（ii）同时提供干扰和细胞类型标签的模型。...然后，我们检查了使用这些模型获得的基线潜在表示，这是在通过对抗训练将协变量和/或干扰信息转移到相应的特征中后剩余的潜在信息。
此篇将教你如何用反应表达式精简你的app 反应表达式使你能控制何时更新何处的代码，防止不必要的运算拖慢app的速度 准备工作 在工作目录创建一个名为stockVis的文件夹 下载这两个文件并放到stockVis...，意味着在server函数中你可以使用input 和 adjust找到他们。...，反应表达式会返回保存的值，不做任何计算 此举能够被用作防止shiny重新运行不必要的代码 思考如下stockVis app中，反应表达式如何生效 server <- function(input, output...shiny会重建对象，一旦： 对象的render*函数中，input值改变了 对象的render*函数中，反应表达式过期了 将反应表达式作为一条链中的连接，把input值和output对象连了起来。...，让用户能切换价格是否适应通货膨胀 helper.R 中的adjust函数使用由圣路易斯联邦储备银行提供的Consumer Price Index 数据，将历史价格转为当前价格，是如何用代码实现呢？
2.在server中构建响应式对象并调用控件的值。 步骤1：将R对象添加到UI Shiny提供了一系列函数，可将R对象转换为用户界面的输出。每个函数都会创建特定类型的输出。 ?...每个*Output函数都需要一个参数：一个Shiny将用于反应的元素名称的字符串。 步骤2：提供R代码来构建对象。 在ui中设置Shiny在哪里显示对象后，接下来，需要告诉Shiny如何构建对象。...可以通过server中的output定义一个输出元素，元素名称应与ui中创建的反应性元素的名称一致。...在server中添加renderText函数并添加固定的一段文字，则返回这一段文字。...响应第二个控件：在ui中添加range的textOutput,并在server中添加output为input$range。
由于我们发现自己在工作中越来越多地使用这些模型，我们开发了一套R shiny工具来简化和加速与对象交互的lme4常见任务。...shiny的应用程序和演示演示此应用程序功能的最简单方法是使用Shiny应用程序，在此处启动一些指标以帮助探索模型。 在第一个选项卡上，该函数显示用户选择的数据的预测区间。...在第三个标签上有一些方便的方法，显示效果的影响或程度predictInterval。对于每种情况，最多12个，在所选数据类型中，用户可以查看更改固定效应的影响。...这允许用户比较变量之间的效果大小，以及相同数据之间的模型之间的效果大小。预测预测像这样。...线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型（GLMM）和线性混合模型（LMM）R语言基于copula的贝叶斯分层混合模型的诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型中畸形拟合
后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！...上面是shiny团队的稿件 l2-shiny的页面布局 基于上篇对shiny app 结构的了解 是时候开始从零构建一个shiny app了 二、构建一个用户界面 此篇旨在如何构建app对用户界面，如何布局用户界面然后加文字图片和其他...其他面板的文字亦是如此 要添加更高级的内容，使用Shiny的HTML标签函数，这些函数对应HTML5的标签，如下对照表 3.标题 创建标题元素： 选择一个标题函数（e.g. h1 or h5） 给一段想在标题中显示的文本...align = "center"，通常HTML的标签属性都能在shiny的标签函数中找到 ?...格式化文本 shiny 提供了许多标签函数格式化文本，跑例子是最简单的了解他们的fangfa 试试把下面的代码粘贴到app中的合适位置 ui <- fluidPage( titlePanel("My
上面是shiny团队的稿件 L7-如何分享你的app 分享你的app 你现在能构建一个实用的shiny app，但是如何分享给别人呢？...要使用GitHub，您需要注册（免费）并选择一个用户名。 要通过GitHub共享应用，请在GitHub上创建项目存储库。然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...您可以使用同一台Shiny Server在多个网页上托管多个Shiny应用程序，并且可以从防火墙后面部署这些应用程序。...RStudio Connect 如果您在营利性环境中使用Shiny，则可能需要为自己提供大多数付费服务器程序随附的服务器工具，例如 密码认证 SSL支持 管理员工具 优先支持 如果是这样，请查看RStudio...Connect，这是您的团队在R中创建的工作的发布平台。
演讲的重点主要是我对于PCA的理解，而这篇文章中，我将主要介绍我是如何实现PCA的，以及我是如何制作演讲中使用到的图表的。...在Stack Overflow中，我们公开了大量数据，但流量数据（即哪些用户访问过哪些问题）是没有公开的。...我还制作了一个名叫Shiny的应用程序，在上面你可以随意选择你想研究的主成分。而且我敢打赌，只要你用过一次Shiny，你就能想象到我是如何开始这项研究的！...由上我们可以看到描述Stack Overflow标签的高维数据是如何投影到前两个主成分的。...可以注意到我已在每个轴中添加了方差百分比，同时这些数字并不是很高，这也与我们现实生活中的情况相吻合，即事实上Stack Overflow的用户之间差异很大，如果你想将这些主成分中的任意一个用于降维或作为模型中的预测变量
在探讨广义加性模型（GAMs）的效应时，确实需要注意其可视化表示的局限性和如何更全面地理解模型结果。...比较不同条件下的效应：通过计算和比较不同治疗组或不同协变量水平下的效应，可以更深入地了解预测变量如何影响响应变量，以及这些影响在不同条件下如何变化。...当然，我们可以很容易地将这些图拆分为： 在探索广义加性模型（GAMs）时，了解平滑函数斜率的变化对于深入理解模型行为及其在不同协变量水平下的影响至关重要。...这些模式在实际应用中是否有合理解释？ 是否存在数据点稀疏的区域，且该区域函数的不确定性相应增加？ 是否有明显的异常点，导致函数反应异常强烈？...我们可以从我们之前制作的 GAM 中重新制作浓度效应的图之一 plot_predictions 我们可以生成完全相同的图，但现在有了 GLM。
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