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    使用MutationalPatterns进行肿瘤突变频谱分析

    肿瘤突变频谱针对点突变进行定义,A,T,C,G四种碱基两两突变,共有4X3=12种排列,考虑到正负链碱基配对原则,正链上的A->C突变,对应负链上为T->G, 所以进一步转换成了一个组合的问题,所以某个位点的突变可以划分为以下...,即上下游各取一个碱基再加上突变位点的碱基,组成了3个碱基的motif, 可以有4X4X6=96种模式,每种模式的频率分布就是突变频谱。...突变频谱可以当做一个肿瘤样本的特征,进行样本间的比较。...该R包经典的使用场景如下 1....4. mutation singnature contribution 每个样本的突变频谱是不同突变特征组成的结果,通过如下代码可视化每个样本中不同突变特征的贡献率 plot_contribution(

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    如何使用Python对嵌套结构的JSON进行遍历获取链接并下载文件

    JSON可以形成嵌套结构,即数组或对象中包含其他数组或对象。...遍历JSON就是按顺序访问其中的每个元素或属性,并进行处理。遍历JSON有很多好处: ● 提取所需信息:我们可以从嵌套结构的JSON中获取特定信息,比如Alice喜欢什么书或Bob会不会跳舞等。...● 分析或处理信息:我们可以对嵌套结构的JSON中的特定信息进行分析或处理,比如计算Alice和Bob有多少共同爱好,或者按年龄排序所有人等。...下面通过一段代码演示如何遍历JSON,提取所有的网站链接,并对zip文件使用爬虫代理IP下载: # 导入需要的模块 import json import requests # 定义爬虫代理加强版的用户名...JSON进行遍历可以帮助我们更好地理解和利用其中包含的数据,并且提供了更多可能性和灵活性来满足不同场景下的需求。

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    如何使用Charles进行map local

    如何使用Charles进行map local 在 Charles 中进行 "Map Local" 操作可以让您将本地文件映射到远程服务器,以模拟网络请求和响应的过程。这对于测试和开发来说非常有用。...以下是使用 Charles 进行 "Map Local" 的详细步骤: 打开 Charles 首先,您需要打开 Charles 并启动代理。...在 "Edit Map Local Rule" 对话框中,您需要进行以下配置: Source:源是需要被映射的 URL,它可以是一个完整的 URL 或一个 URL 的一部分,可以使用通配符来匹配多个 URL...Protocol:协议是需要被映射的请求使用的协议。可以是 HTTP 或 HTTPS。 Port:端口是需要被映射的请求使用的端口。...您可以在浏览器中输入需要映射的 URL,Charles 将会拦截该请求并使用您配置的本地文件进行响应。

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    如何使用Arthas进行JVM取证

    概述 Arthas是开源的一款java诊断的工具,主要基于Instrument进行动态代理,以及JVMTI来与JVM进行通信交互。...sc、sm — 无源码情况下的基本信息获取 sc和sm的使用方法基本一致 -E 使用正则进行匹配 -d 打印详情 且类名和方法名都可以使用*作为通配符进行匹配 以哥斯拉的shell分析为例,可以通过sm...stack、trace — 入侵检测 stack和trace的使用方法也基本一致,stack/trace 类名 方法名即可 当一类新的攻击出现的时候,需要快速的通过rasp进行攻击利用捕获时就可以使用stack...然后使用watch returnObj 就可以当前的listener的信息了 ?...进行dump,然后配合Fernflower 进行反编译即可(jd-gui反编译这个class会报错) ?

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    如何使用Charles进行map remote

    如何使用Charles进行map remote 在 Charles 中进行 "Map Remote" 操作可以让您将远程服务器上的 URL 映射到另一个 URL 上。这对于测试和开发来说非常有用。...以下是使用 Charles 进行 "Map Remote" 的详细步骤: 打开 Charles 首先,您需要打开 Charles 并启动代理。...在 "Edit Map Remote Rule" 对话框中,您需要进行以下配置: Source:源是需要被映射的 URL,它可以是一个完整的 URL 或一个 URL 的一部分,可以使用通配符来匹配多个...您可以在浏览器中输入需要映射的 URL,Charles 将会拦截该请求并使用您配置的目标 URL 进行响应。...需要注意的是,如果您使用 "Map Remote" 规则映射了多个 URL,Charles 将会优先使用最后一个匹配的规则。

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    U平方Net:深入使用嵌套的U型结构进行显著目标检测

    作者的U2-Net的体系结构是一个两层嵌套的U型结构。...这种架构使作者能够从头开始训练一个深度网络,而不需要从图像分类任务中使用骨干。...为了方便在不同的环境下使用,作者对所提出的架构U2- Net (176.3 MB, 30 FPS在GTX 1080Ti GPU上)和U2- Net+ (4.7 MB, 40 FPS)两个模型进行了实例化...首先,U2-Net是一种为SOD设计的两层嵌套u型结构,它不使用图像分类中预先训练的骨干。它可以从零开始训练,以达到有竞争力的表现。第二,新架构允许网络深入,获得高分辨率,而不显著增加内存和计算成本。...作者的U2-Net的主要架构是一个两层嵌套的U结构。与作者新设计的RSU块嵌套的U结构使网络能够从浅层和深层捕获更丰富的局部和全局信息,而不考虑分辨率。

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    如何使用mitmproxy进行map remote

    如何使用mitmproxy进行map remote 使用 mitmproxy 进行 "Map Remote" 操作可以让您将远程服务器上的 URL 映射到另一个 URL 上。...以下是使用 mitmproxy 进行 "Map Remote" 的具体例子: 将远程 API 映射到本地服务器上 假设您正在测试一个 Web 应用程序,它使用远程 API 来获取数据。...您可以使用 mitmproxy 将远程 API 映射到本地服务器上,以便在测试期间使用本地数据。...将 CDN 上的资源映射到本地服务器上 如果您正在测试一个网站,该网站使用 CDN 来提供资源(例如图像、样式表等),则可以使用 mitmproxy 将这些资源映射到本地服务器上。...将某个网站的所有请求都映射到本地服务器上 如果您想要在测试期间将某个网站的所有请求都映射到本地服务器上,可以使用通配符来配置 "Map Remote" 规则。

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    如何使用HiBench进行基准测试

    本篇文章主要介绍如何使用HiBench对CDH集群进行基准测试 内容概述 1.编译环境准备 2.HiBench编译、配置说明及数据规模指定 3.HiBench使用 测试环境 1.CM和CDH版本为5.13.1...指定Scala版本 可以通过参数-Dscala=xxx来指定Scala的版本,版本有(2.10或者2.11),默认使用2.11版本进行编译,使用方式如下: [root@ip-172-31-30-69 ~...2.1版本进行编译,使用方式如下: [root@ip-172-31-30-69 HiBench]# mvn -Dspark=1.6 clean package (可左右滑动) 以下构建均是在root用户下操作...---- 在试用HiBench进行基准测试时,可以使用批量的方式运行也可以针对单个用例进行测试,可以挑选我们要测试的用例配置在${hibench_home}/conf/benchmarks.lst文件中...通过测试结果结合CM的监控数据对集群进行的各项指标进行分析,同时可以在所有的节点启用nmon脚本来监控服务的性能指标进行综合分析。

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