首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

BIB | PreDTIs: 利用梯度增强框架预测药物-靶点相互作用

今天给大家介绍Mohammad Ali Moni与Ulfarsson等人在Briefings in Bioinformatics上发表的文章“PreDTIs: prediction of drug–target interactions based on multiple feature information using gradient boosting framework with data balancing and feature selection techniques”。发现药物 - 靶点(蛋白质)相互作用(DTIS)对于研究和开发新的药物具有重要意义,对制药行业和患者具有巨大的优势。然而,使用实验室实验方法对DTI的预测通常是昂贵且耗时的。因此,已经为此目的开发了不同的基于机器学习的方法,但仍有需要提升的空间。此外,数据不平衡和特征维度问题是药物目标数据集中的一个关键挑战,这可以降低分类器性能。该文章提出了一种称为PreDTIs的新型药物 – 靶点相互作用预测方法。首先,蛋白质序列的特征载体由伪定位特异性评分矩阵(PSEPSSM),二肽组合物(DC)和伪氨基酸组合物(PSEAAC)提取;并且药物用MACCS子结构指数编码。此外,我们提出了一种快速算法来处理类别不平衡问题,并开发MoIFS算法,以删除无关紧要和冗余特征以获得最佳最佳特征。最后,将平衡和最佳特征提供给LightGBM分类器的以识别DTI,并应用5折CV验证测试方法来评估所提出的方法的预测能力。预测结果表明,所提出的模型预测显着优于预测DTIS的其他现有方法,该文章的模型可用于发现未知疾病或感染的新药。

01

LightGBM图解理论+视频+安装方法+python代码

LightGBM是个快速的,分布式的,高性能的基于决策树算法的梯度提升框架。可用于排序,分类,回归以及很多其他的机器学习任务中。 在竞赛题中,我们知道XGBoost算法非常热门,它是一种优秀的拉动框架,但是在使用过程中,其训练耗时很长,内存占用比较大。在2017年年1月微软在GitHub的上开源了一个新的升压工具--LightGBM。在不降低准确率的前提下,速度提升了10倍左右,占用内存下降了3倍左右。因为他是基于决策树算法的,它采用最优的叶明智策略分裂叶子节点,然而其它的提升算法分裂树一般采用的是深度方向或者水平明智而不是叶,明智的。因此,在LightGBM算法中,当增长到相同的叶子节点,叶明智算法比水平-wise算法减少更多的损失。因此导致更高的精度,而其他的任何已存在的提升算法都不能够达。与此同时,它的速度也让人感到震惊,这就是该算法名字 灯 的原因。 2014年3月,XGBOOST最早作为研究项目,由陈天奇提出 (XGBOOST的部分在另一篇博客里:https://blog.csdn.net/huacha__/article/details/81029680 2017年1月,微软发布首个稳定版LightGBM 在微软亚洲研究院AI头条分享中的「LightGBM简介」中,机器学习组的主管研究员王太峰提到:微软DMTK团队在github上开源了性能超越其它推动决策树工具LightGBM后,三天之内星了1000+次,叉了超过200次。知乎上有近千人关注“如何看待微软开源的LightGBM?”问题,被评价为“速度惊人”,“非常有启发”,“支持分布式” “代码清晰易懂”,“占用内存小”等。以下是微软官方提到的LightGBM的各种优点,以及该项目的开源地址。

02
领券