使用 Bash 脚本在 Linux 中删除早于 “X” 天的文件/文件夹 今天，我们将向你展示如何在 Linux 上使用 Tmpwatch 程序来实现这一目标。...另外，由于小时是默认参数，因此如果使用小时单位，那么无需在时间上添加后缀。 例如，运行以下命令以递归方式删除过去 5 个小时未访问的文件。...# tmpwatch -m 10 /home/daygeek/Downloads 如何使用 tmpwatch 命令删除超过 “X” 天未访问的文件 如果要使用天数删除文件，那么需要添加后缀 d。...# tmpwatch 30d /home/daygeek/Downloads 如何使用 tmpwatch 命令删除一段时间内未访问的所有文件 以下命令将基于修改时间（mtime）删除所有类型的文件，而不仅仅是常规文件...# tmpwatch -am 10 --nodirs /home/daygeek/Downloads 如何在 tmpwatch 中排除特定路径 以下命令将删除过去 10 个小时未被修改的所有文件，除了下面排除的文件夹
CentOS经过升级后，可能有多个内核，开机时可供选择，如果我们想删除旧内核，可以这么做： 1、查询目前系统中有哪些内核 rpm -q kernel 2、查询当前系统正在使用的内核 uname -a 3...、删除当前系统没有使用的内核 rpm -e kernel-x.y.z 举例如下： [image.png]
Linux软件安装 Conda的安装与使用 conda、miniconda（推荐） 和 anaconda 下载 通常服务器在国内的选择清华或者北外（搜conda清华） 打开之后往下翻，找到miniconda....sh 官网地址： wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh1.运行miniconda的安装脚本...create -n py2 python=2.7 创建成功最后会出现 3 个 done 删除已创建的小环境及安装的包 conda remove -n rna --all 如何重命名一个小环境呢？...先克隆一个新的，再删除掉旧的 conda create -n Python2 conda create -n py2 --clone Python2 conda remove -n Python2 -...fastqc 想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？
官网: https://www.anaconda.com/ conda的安装 下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径（回车） -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档 #...# 下载，其实不需要，只是为了让大家了解一下，服务器已经下载好了，直接cp或者软链接即可 # wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda.../Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ## 软链接即可 cd ~ ln -s /home/t_linux/Miniconda3-latest-Linux-x86_.../.bashrc ## 查看 conda 的帮助文档 conda --help 配置镜像 我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel...：conda remove -n 环境名 克隆环境：conda create -n 新环境名 -clone 旧环境名 查找软件：conda search 软件名 查找软件常用的链接： https
---- 1、安装到全局环境中 这里的全局环境是指R的默认包路径（在R中通过.Library查看），与之相反的是后文中使用renv所创建的隔离环境。...PrepareEnv还可以通过设置下面的两个参数之一来进行安装： force = TRUE表示强制安装，也就是会删除已存在的python环境和软件包 conda = NULL会重新下载安装miniconda...，此时也会删除已存在的python环境并重装 PrepareEnv函数的过程大致是： 寻找环境中可用的conda, 用户也可以手动设置conda路径： options(reticulate.conda_binary...python包版本，这里要求比较严格，以保证各软件兼容，如果找不到对应版本的包，则会使用pip自动下载。...，需要x86_64而当前安装的是arm64，解决办法是重新下载安装miniconda/anaconda，或者在R中使用以下命令重装miniconda: SCP::PrepareEnv( conda
选择Miniconda安装镜像浏览器搜索：学校+conda 比如 清华 conda 即是选择使用清华镜像安装miniconda获取Miniconda下载链接 选择“ Miniconda3-latest-Linux-x86...进入家目录cd ~2. wget -c 下载minicondawget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3...成功运行帮助文档，则表明安装完成conda --help配置miniconda中的下载路径用于miniconda 下载软件使用，通常需要bioconda，conda-forge，main三个链接1....配置镜像先添加main，其次conda-forge，最后bioconda，它们是有顺序的pkgs/main，cloud/conda-forge，cloud/biocondadefault是官方频道，删除它可使下载速度加快配置完成后会生成一个...更改镜像当下载缓慢问题时，可能需要更改conda中的下载路径 ping www.baidu.com删除原镜像配置文件 rm ~/.condarc使用conda config --add channels
使用命令行打开anaconda，这一步容易出错。直接win+R+cmd调用系统的Windows Powershell似乎不能顺畅运行。...这里提供最稳妥的方式，即打开开始/Anaconda Powershell Prompt (Miniconda)，默认路径一般是桌面，用下面的命令切换到上一步的文件夹路径处。...cd D:\python\d2l-zh # 你应当替换为自己的路径 有关anaconda命令行的小技巧，包括如何方便地打开Anaconda命令行。...出处：CSDN博主「宁萌Julie」：Anaconda安装和初步使用 你可能会遇到镜像源失效的问题，所以在这里交代关于镜像源的一些常用命令。...以网页形式跳出的jupyter notebook可能会以中文和英文形式出现，但是笔者甚至遇到了夹杂俄语的情况。
Conda之间的关系如下 当我们使用服务器分析数据，我们使用miniconda，如果在自己的电脑上使用anaconda。...第一步——conda的安装 打开termius，并登录服务器 #使用国内镜像下载conda，在家目录下输入 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda...创建环境时可以预先指定环境的依赖版本:conda create -n py2 python=2.7 删 删除已创建的小环境及安装的包conda remove -n rna –all 改 如何重命名一个小环境呢...先克隆一个新的，再删除掉旧的 conda create -n Python2 conda create -n py2 --clone Python2 conda remove -n Python2 –all...想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？
软件管理Miniconda1....下载miniconda：terminal登陆linux后输入wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64...安装miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh3. 输入自己的安装路径【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。...conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存【有个小技巧：vim 中移动光标比如到第9行，使用dd就可以快速删除整行】图片C: 删除隐藏的.condarc 、.conda.../anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yes`使用conda查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list安装软件
/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh ~/src$ bash Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh 配置conda...可以看到其很多版本，目前最高1.9（7/24/2018 4:23:35 PM ） 返回command line conda install samtools=1.9 -y 再安装一次1.8，看conda如何处理不同的版本...那如何执行呢，有两种方式 1手动输入路径 ~/miniconda3/bin/bwa 2每次手动输入比较麻烦，可以通过添加软链接方式执行，再看下环境变量 echo $PATH /home/kelly/bin...，解决方式和上面的bwa一样 第一，通过实际路径执行 ~/miniconda3/envs/python2/bin/macs2 第二，软链接ln ln -s ~/miniconda3/envs/python2.../home/kelly/miniconda3/envs/python2/bin/python 如何删除环境 conda remove -n python2 --all 或者 rm -rf ~/miniconda3
前言# python 虚拟环境的重要性已经无需多言了, 目前所有支持 python 虚拟环境的工具中最好用的应该就是 conda 了, 最重要的一点是可以一键创建不同版本的 python 环境以适应不同的需求...Anaconda 比较臃肿, 本文使用无 GUI 的 miniconda. 环境: win10 miniconda3-py11-23.5.2-0 1....最新版下载地址 选好路径直接下一步即可, 没有需要注意的自定义配置项 2....配置# 2.1 环境变量# 在用户环境变量 PATH 添加如下项, 我的安装路径是 D:\miniconda, 按实际情况修改 D:\software\miniconda D:\software\miniconda...pkg 存放路径 pkgs_dirs: - D:\software\python\pkgs 上述配置文件中主要配置了三项: conda 的清华国内源, 虚拟环境和 pkg 的存储路径 如不配置创建虚拟环境时可能会生成到用户目录下
服务器上跑, 用 wsl 会更顺滑一些, 虚拟环境同样选择更轻量的 miniconda 1.安装# 下载并安装, 一路 yes 即可 wget https://repo.anaconda.com/miniconda.../cloud/ # 不自动激活 base 环境 auto_activate_base: false # 虚拟环境存放路径 envs_dirs: - /home/lvbibir/miniconda3/...envs # pkg 存放路径 pkgs_dirs: - /home/lvbibir/miniconda3/pkgs EOF 为了不搞坏 conda 的默认 base 环境, 我们创建一个虚拟环境,...conda env list 删除虚拟环境, conda env remove -n py37 4.其他# conda 最为人诟病的点应该是包管理跟 pip 可能会产生一些冲突, conda 官方给出的最佳方案是...这是运行 pip 时的默认设置, 不应更改 不要将 pip 与 –user 参数一起使用，避免所有用户安装 总结一下就是不要来回地用 pip 和 conda, 专一一点 (笑
空格和中文2，添加环境变量 电脑->属性->高级系统属性->环境变量->**的用户变量->path->编辑->新建E:\Anaconda（Python需要）E:\Anaconda\Scripts...（conda自带脚本）E:\Anaconda\Library\mingw-w64\bin（使用C with python的时候） E:\Anaconda\Library\usr\bin（未找到，但是也能用...2）打开上一步生成的配置文件 C:\Users\Administrator就是Jupyter notebook的默认路径 3）在jupyter_notebook_config.py中找到...c.NotebookApp.notebook_dir = '’，在“ ”中添加自己想要的路径，保存关闭 4）在win开始菜单中找到jupyter notebook图标，右击>>属性>>快捷方式>...>目标，删除最后的 "%USERPROFILE%/"6，快捷键Ctrl + Enter，运行当前模块
exec -ti pycontainer bash miniconda 虚拟环境的管理以使用 Miniconda[2] 为例，在上面准备好的容器中，安装并初始化，使用 Quick command line...install[3] 中提供的 Linux 环境安装语句： $ mkdir -p ~/miniconda3 $ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3...$ rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh 因为本文准备的容器中只有 bash shell，使用如下命令进行初始化： $ ~/miniconda3/bin/conda init...上面 wget 的地址如果下载较慢，可改为使用清华大学开源镜像站中的地址 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3...，默认配置是不能直接访问的，需要调整配置以允许远程访问。
Conda环境 Conda简介 Conda是目前为止，最流行的Python软件包与管理环境。Conda分为 miniconda 与 anaconda 两种。...前者从名字上就能猜出是精简版，后者预装了很多常用的功能，但比较臃肿。实际工程中，一般都使用 miniconda，按需安装软件包，本文的下面篇幅也以 miniconda 为例进行说明。...一般来说，我们保持默认即可，但需要留意下最后一步会自动在.bashrc文件添加conda的PATH路径。如果conda的环境存在与你日常使用的程序有冲突的命令，就有可能会出现问题。...当然，还有一种方式是在添加PATH路径时选择no，然后在每次需要conda的时候手动找到conda下的active命令激活下。这种方式比较灵活，如果不嫌麻烦建议使用这种方式。...，或者默认模块安装的版本比较旧，可以先尝试升级解决： conda update conda 环境管理 conda环境中的虚拟环境比起原生Python更为强大，可以指定Python的版本，并自动安装相关的
一言以蔽之，Conda是Python中用于管理依赖包和虚拟环境的工具，Anaconda是一个带有Conda工具的软件包（附带了Conda、python和150多个科学软件包及其相关的包），而Miniconda...Python自带的包管理工具为pip，虚拟环境管理可以使用virtualenv（需要单独安装：pip install virtualenv），但是在这么一些情况下使用Miniconda能够比较方便的解决问题...至于需要下载哪个版本的Miniconda，需要根据使用Python版本的需求而定，详见：Miniconda，而Anaconda支持的Python版本信息则详见传送门。...删除虚拟环境： # 删除指定名称的虚拟环境 $ conda env remove -n myenv $ conda env list # conda environments: # root...查找包,下载包,更新包,删除包 https://www.jianshu.com/p/854b11a18bef Miniconda安装及其使用
linux如何安装软件--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”--第二步，给你的服务器下载conda的精华版--miniconda就可以。...--第三步，安装和配置miniconda--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个...日常生信使用小而精的Miniconda即可. conda介绍. ...如何将miniconda下载到服务器上百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda...不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！注意不要删除.sh结尾的脚本哈，要不还得浪费时间在下载上。
基于docker的生信基础环境镜像构建本文是《转录组RNA-Seq使用docker+bioconda实现分析环境搭建》一文的升级版，下面解决几个问题：Q：为什么不使用本地部署运行docker容器模式？...、安装、添加channel、删除安装文件（减小镜像体积）、初始化minicondaRUN aria2c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3...#或者使用已经构建好的镜像，直接拉取到本地docker pull doujiangbaozi/sliverworkspace:latestcondarc文件（可选，这里使用的是清华的源）.../anaconda/cloud pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud如何使用该镜像：推荐使用docker-compose...#用到的环境变量，以最简单的fastqc，multiqc为例export env=/root/miniconda3/envs #conda环境软件安装目录，最好挂载物理机volumeexport conf
] >>>（这里指定安装路径） /opt/module/miniconda3Preparing transaction: doneExecuting transaction: doneinstallation...yes# 查看conda的镜像channel配置conda config --show channels - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda.../pkgs/main - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free - defaults# 删除清华镜像,继续用默认的conda...workers：指定进程个数--timeout：worker进程超时时间，超时会自动重启--bind：绑定本机地址，即为Superset访问地址--daemon：后台运行# 登录Superset -- 使用你自己创建的管理员账号进行登录.../superset.sh# 使用superset.sh startsuperset.sh stop#!
软件安装下载miniconda国内镜像地址：wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shwget...://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装miniconda运行 bash...• SHELL：bash shell的全路径名• LOGNAME：当前用户的登录名• PS1：shell命令行界面的主提示符常见命令调用echo ①打印字符串 ②打印变量的值，变量调用要加 $chmod...脚本：为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名其他脚本：在Linux中使用其他编程语言，需要在 shebang(释伴) 中定义解释器，Python 是 python/python2.../python3， R 语言是 Rscript，用 which 命令找到解释器位置shebang扩展：如何解决不同的平台或者不同的设备下的差异?
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