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Nat. Mach. Intel. | 基于图神经网络在单细胞ATAC-seq数据上推测转录因子调控网络

本文介绍由北京卫生服务与输血医学研究所、北京放射医学研究所的Xiaochen Bo研究员团队和Hebing Chen研究员团队联合发表在Nature Machine Intelligence的研究成果。作者开发了一个名为DeepTFni的新计算方法,可在scATAC-seq数据上推测转录因子调控网络(TRN)。通过使用图神经网络,DeepTFni在TRN推测中具有出色的性能,且该方法适用于有限细胞数目情况。此外,通过应用DeepTFni,作者识别了组织发育和肿瘤发生中的枢纽TF,并揭示了混合表型急性白血病相关基因对TRN发生显着改变,而在信使RNA水平上仅存在中度差异。DeepTFni网络服务器易于使用,并为几种流行的细胞系提供预测的TRNs。

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度量是这样炼成的,中国农业银行度量平台建设的思考与实践

随着软件工程实践的不断深入,人们逐步认识到软件质量和软件生产过程密切相关。像传统制造业一样,只有提高软件生产过程能力才是企业长期、稳定地开发高质量软件产品的保障。那么,对于软件过程的现状和改进的效果如何进行检查?答案是只有通过度量。 软件度量是对软件开发项目、过程及其产品进行数据定义、收集以及分析的持续性定量化过程,能够解决软件项目中很多问题,是软件研发中重要的一环。通过研发度量建立有效的控制、监督、分析和反馈机制,“数”说研发,让目标更明确、现状更清晰、改进更精准。 一、农行研发度量面临的挑战 1、数据量

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教你如何预测参与调节差异基因的转录因子

KnockTF(http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php)数据库就是基于这个目的构建的数据库。关于这个数据库,我在很久前的文章【这个网站提供了多种数据分析工具——增强子,非编码RNA转录信息等】中有提到,这个数据库收录了目前公共数据库当中敲减该转录因子后做的表达谱(芯片、二代测序)的数据,进而来反映这个转录因子变化后对于基因表达的影响。KnockTF不仅提供了感兴趣的TFs靶基因的全面基因表达信息,还收集了TFs上游通路信息以及下游靶基因的各种功能注释和分析结果,包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、层次聚类分析和差异表达分析。KnockTF进一步提供了有关TFs与启动子、超级增强子和靶基因典型增强子结合的详细信息。构建TF差异表达基因网络,对感兴趣的基因集进行网络分析,如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。KnockTF将有助于阐明TF相关功能并挖掘潜在的生物学效应。

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对差异表达基因执行转录因子富集分析

我们获得的差异基因【学习:一文就会TCGA数据库基因表达差异分析,GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析,TCGA数据库:GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析】,下游除了富集分析【学习:clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析;FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具】等以外,如果我们想找到参与调控这些差异基因的转录因子,作为研究的上游机制,是一个思路。而很多转录因子预测的数据库是基于转录因子的Chip-seq的数据来进行构建的,这样的结果能说明某一个转录因子结合某一段序列,但是结合并不一定说明可能影响这个基因的表达,所以最好做一个这个转录因子导入/导出的表达数据来说明对于基因表达的影响。

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