如何合并2个矩阵以获得单个data.frame_如何从成对相关data.frame中获得相关矩阵？_在MySQL中合并两个查询以获得单个结果 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R语言数据集合并、数据增减、不等长合并

cbind 列合并 merge 按照指定列合并矩阵或者数据框一、数据合并 1、merge()函数最常用merge()函数，但是这个函数使用时候这两种情况需要注意： 1、merge(a,b)，纯粹地把两个数据集合在一起...，一般用left_join(x,y,by="name") 以x为主，y中匹配到的都放进来，但，y中没有的则不放过来。...和rbind函数 cbind()和rbind()，cbind()按照纵向方向，或者说按列的方式将矩阵连接到一起。...rbind()按照横向的方向，或者说按行的方式将矩阵连接到一起 rbind/cbind对数据合并的要求比较严格：合并的变量名必须一致；数据等长；指标顺序必须一致。...#————————————————————————————不等长合并 #如何解决合并时数据不等长问题——两种方法：do.call函数以及rbind.fill函数（plyr包） #rbind.fill函数只能合并数据框格式

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R语言︱list用法、批量读取、写出数据时的用法

如果被赋值的元素原来不存在，则列表延伸以包含该新元素。...list中的单个单词 unlist(Job_Pwordseg.ct[1])[1]#可以得到单个单词，向量形式 #2、data.frame法，批量处理时，因为不等长而无法合并 data.frame(Job_Pwordseg.ct...——不等长合并两种方法：c()，可以将list[1] 和list[2]进行直接合并，可以兼容不等长，当然合并之后，还有list文件； rbind.fill函数，不等长合并函数，在plyr包中。...(t(data.frame(Job_Pwordseg.ct[1]))) #A [,1] [,2] [,3] #职位描述 Android #4、list中字符的合并用c c(Job_Pwordseg.ct...#如何解决合并时数据不等长问题——两种方法：do.call函数以及rbind.fill函数（plyr包） #rbind.fill函数只能合并数据框格式 #do.call函数在数据框中执行函数（函数，数据列

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这个WGCNA作业终于有学徒完成了！

GSE106292_Human_Matrix_final.csv',sep = ',',row.names = 1)#rna-seq的数据以 Excel表格形式上传了，因此上一步通过dat=exprs(a)并不能获得表达矩阵信息...经过查阅资料搜多到相关解释：WGCNA 被设计成一种无监督的分析方法，根据基因的表达特征对基因进行分组，通过基因表达量上的差异过滤后的基因，很可能就会导致形成一组相关基因就形成单个（或几个高度相关的）模块...接下来再思考，那么如果不进行基因表达量上的差异来筛选基因，那么现在有20000多个基因，而且又有那么多表达量在很多样本中都为零的基因，我该如何过滤呢？见下图。...#选择有95%相关性的进行融合 MEDissThres = 0.15#0.15剪切高度可修改 ####可以完成相似模块的合并，剪切高度是0.15，也就是将相似性高于0.85的模块进行了合并 #...此处将融合高度设置为了0.15，完成相似模块的合并。剪切高度根据实际情况可修改。当剪切高度是0.15，也就是将相似性高于0.85的模块进行了合并。

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rbind的坑？

这两天在合并数据的时候发现了一个神奇的现象，rbind竟然可以合并不同列名的矩阵，而且不做任何提醒，在三个版本的R上都遇到了这个现象，看来不是个例。这样会明显造成数据错误呀！...rbind合并数据合并就出现我上面描述的现象啦！ #数据框合并报错，没问题！...rbind(df1, df2) Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names #矩阵和数据框合并...rbind(df1, matrix2) Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names # 矩阵合并...name test [1,] "A" "13" [2,] "B" "16" [3,] "c" "20" [4,] "A" "13" [5,] "D" "16" [6,] "c" "20" 如何避免呢

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R语言笔记-2

生信技能树-数据挖掘课程笔记数据框 #数据框的新建 df = data.frame(gene = paste0("gene",1:6),change = rep(c("up","down"),each...(genes = paste0("gene",1:6),count = rep(c("2","3"),each = 3)) df2 = data.frame(GENES = paste0("gene",...1:3),count = c(2,3,2)) df df1 df2 #数据框的连接 merge(df,df1,by="genes") #指定列名相同的genes列进行合并 merge(df1,df2,by.x...="genes",by.y="GENES") #指定列名不同的列进行合并输出结果：图片两个行数不同的数据框merge()，以交集的数据输出矩阵矩阵相当于二维的向量同向量，矩阵只允许有一种数据类型...(m1) as.data.frame(m1) #矩阵转为数据框输出结果：图片列表 #列表的构建 l = list(v = c(1,2,3),df = data.frame(num = c(1,2,3

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TCGA-miRNA数据整理

引言之前介绍过如何使用TCGAbiolinks下载TCGA数据并整理 , 那么如果手动整理又该如何呢? 下面以 miRNA 数据整理为例示范....需要注意的是，cbind函数要求合并矩阵行名保持一致。其中，合并数据为counts或RPM由read.table后的提取列1或2决定。...matrix, file = paste0(results_folder, "/matrix.csv")) 根据反馈修改小伙伴反馈表示 miRNA 数据并不一定存在一致的行名, 因此更换思路为按行名分组求和后合并矩阵..., 缺失值以 Na 填充....summarized_data % group_by(miRNA_region) %>% summarise_all(sum) 合并过程使用了for循环对第二列之后的列依次以

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「R」使用NMF包绘制热图

covariates <- data.frame(a, X$pData, c) 查看下生成的注释数据： head(rdata) #> Var Type #> 1 0.5827 X...该函数默认添加2个注释通道用来展示从最佳拟合结果中获得的簇（聚类数）和一致性矩阵的层次聚类。在图例中，这两个通道分别以_basis_和_consensus_命名。...或者设置Colv="consensus"让列以consensus矩阵排序每一列和为1（刻度化过）调色板使用RColorBrewer包提供的“Y10rRd”，有50个刻度如果想让coefmap()显示...单个拟合我们所用数据res设定的参数是nrun=10，因此包含了10次运行得到的最佳结果以及基于所有运行的一致性矩阵。...res2_7 <- nmf(X, 2:7, nrun=10, .options='v') 然后可以同样的画图 consensusmap(res2_7) 单个rank，多种方法可以比较同一rank不同方法的结果

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R-rbind.fill|列数不一致的多个数据集“智能”合并，Get！

Q：多个数据集，列数不一致，列名也不一致，如何按行合并，然后保留全部文件的变量并集呢？ A：使用 rbind.fill 函数试试！...数据集按列合并时，可以根据merge 或者 dplyr函数包的merge系列函数决定连接方式，达到数据合并的需求。...一生成数据 #生成随机数据 data1<- data.frame(x1=runif(5),x2= runif(5),x3= runif(5)) data2<- data.frame(x1=rnorm...(5),x4= runif(5)) data3<- data.frame(x3=rnorm(5),x5= rnorm(5)) ?...data1，data2，data3 列数不一致，列名也不一致，现在需要按行合并，可能的问题： 1）rbind：是根据行进行合并（行叠加）但是要求rbind(a, c)中矩阵a、c的列数必需相等。

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R语言 | 第一部分：数据预处理

1.创建数据集/矩阵【data.frame数据框、matrix矩阵、array数组】 #数据框：将字段以列合并在一起。...leadership <- data.frame(manager, date ,country, gender, age, q1,q2,q3,q4,q5, stringsAsFactors=F) #矩阵...：通过调整参数，控制矩阵样式。...levels = c("Male", "Man" , "Lady", "Female"),labels = c("Male", "Male", "Female", "Female")) #数据列表：可用于合并多个不同类型数据字段...(ID,name) ID<-c(4,5,6)name<-c("Sun","Frame","Eric")student2<-data.frame(ID,name)total<-rbind(student1

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RNA-seq入门实战（三）：在R里面整理表达量counts矩阵

group_list) 这里给样品名加上_1、_2表示重复样品，根据这两类细胞的多能性状态将其分组为naive和primed fix(nlgl)编辑构建样品名和分组信息 2. counts与TPM转换基因表达量一般以TPM...下面展示转化ID并合并所有重复symbol的方法，其他基因名去重复方法参见Ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法 - 简书 (jianshu.com) #合并所有重复symbol...symbol"] #匹配counts行名对应的symbol table(duplicated(symbol)) #统计重复基因名 ###使用aggregate根据symbol列中的相同基因进行合并...(counts,'Group.1') tpm <- aggregate(tpm, by=list(symbol), FUN=sum) ###使用aggregat 将symbol列中的相同基因进行合并...这里只展示了获取基因表达的TPM值，如果还想了解如何获得FPKM值请参考文章：获取基因有效长度的N种方法中第二部分内容以及Counts FPKM RPKM TPM 的转化。

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R语言 | 第一部分：数据预处理

1.创建数据集/矩阵【data.frame数据框、matrix矩阵、array数组】 #数据框：将字段以列合并在一起。...leadership <- data.frame(manager, date ,country, gender, age, q1,q2,q3,q4,q5, stringsAsFactors=F) #矩阵...：通过调整参数，控制矩阵样式。...levels = c("Male", "Man" , "Lady", "Female"),labels = c("Male", "Male", "Female", "Female")) #数据列表：可用于合并多个不同类型数据字段...(ID,name) student2<-data.frame(ID,score) total_student<-merge(student1,student2,by="ID") 3.向数据集中增加行【

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快速掌握R语言中类SQL数据库操作技巧

初识R语言支持的数据类型 1.1 向量 Vector : c() 1.2 矩阵 Matrix: matrix() 1.3 数据框 DataFrame: data.frame() 1.4 时间序列 XTS...", "C.2", "C.3")) 定义矩阵行名和列名 1.3 数据框 DataFrame: data.frame() #其中" <- "是赋值的意思，将向量c(11:15)赋值给对象x > x <-...c(11:15) > y <- c(1:5) #将向量x和y合并存储到数据框中，并重命名为xf和yf > data.frame(xf = x, yf = y) xf yf 1 11 1...例如：合并来源不同，结构相似的两个表格 3.1 向量合并 #一维向量合并直接将要合并的变量以","分割放到c()中即可。...<-c(8,22,7,6) > student1<-data.frame(ID1,name) > student2<-data.frame(ID2,score) #按照行合并student1和student2

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R语言数据结构(三)数据框

R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。关于数据结构的使用，我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。...row.names: 可以是NULL、单个整数或字符字符串，用于指定用作行名的列，或者是字符或整数向量，提供数据框的行名。 check.rows: 若为TRUE，则会检查行的长度和名称是否一致。...若为TRUE，则会检查数据框中变量的名称，以确保它们是符合语法规范的变量名称且不重复。必要时，会进行调整（通过make.names函数）。...# 1 Charlie 22 # 2 David 23 # 按行合并两个数据框 d3 <- rbind(d1, d2) # 查看合并后的数据框内容 d3 # name age # 1...# 2 Bob FALSE 21 London 删除数据框下面示例代码展示了如何使用负数索引和subset()函数在R语言中删除数据框中的行或列，并在每个操作后注释了相应的输出结果。

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

(矩阵中高达90%的数据的数值为0)。...考虑到10X数据每一批的cellbarcode是有重叠的，所以在合并数据前，需要把批次信息与barcode信息合并一起。...molecules1) %in% colnames(molecules3)) sum(colnames(molecules2) %in% colnames(molecules3)) 检查无误，把它们组合起来: # 获得大的表达矩阵...all_molecules <- cbind(molecules1, molecules2, molecules3) # 获得大的数据矩阵 all_cell_anns <- as.data.frame...SingleCellExperiment对象的优势是可以正常矩阵、稀疏矩阵格式存储数据，还可以以HDF5格式在磁盘存储和访问大的非稀疏矩阵而不用全部加载到内存中。

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R语言基础提升与总结

字符串的长度区分字符型向量/字符串/字符y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")y：字符型向量"jimmy 150"：字符串，一个引号内的所有东西引号内的单个字母...do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵的概念基因表达的数据通常使用表达矩阵来表示其中矩阵的行代表某个基因在不同样本（不同处理，或时间点等）中的表达水平列表示某个样本中各个基因的表达水平...4.2 如何把基因和count变为数据框的列名？...each = 3)) #数据框新增一列#变形的函数完成宽数据变长数据的操作pdat = dat%>% **pivot_longer**(cols = starts_with("gene"),#需要合并的列...douhua.txt") #删掉了就不存在啦## 可以批量的新建和删除f = paste0("douhua",1:100,".txt")file.create(f)file.remove(f)8 思考题：如何挑选出一个表达矩阵里方差最大的基因

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R语言中回归和分类模型选择的性能指标

标准偏差定义为在离散设置下，可以计算为请注意，R函数 sd 计算总体标准差，该标准差用于获得无偏估计量。...总是预测阴性分类（即未发现肿瘤）的分类器的准确性如何？这将是90％。但是，这可能不是一个非常有用的分类器。因此，灵敏度和特异性通常优于准确性。...通过计算平衡精度，可以将灵敏度和特异性合并为一个数量平衡精度是更适合于类别不平衡的问题的度量。 ROC曲线下方的区域评分分类器是为每个预测分配一个数值的分类器，可用作区分这两个类的临界值。...对于评分分类器，我们通常希望确定的模型性能不是针对单个临界值而是针对多个临界值。这就是AUC（ROC曲线下方的区域）出现的位置。此数量表示在几个截止点的灵敏度和特异性之间进行权衡。...不能完全分离的分类器需要牺牲特异性以提高其灵敏度。因此，它们的AUC将小于1。

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型图片新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...df1[,3] df1[,ncol(df1)] #ncol()函数统计列数，一共多少列，就是取最后一列 #如何取数据框除了最后一列以外的其他列？...#merge函数可以进行两个数据框的左右连接 merge(test1,test3,by.x='name',by.y = 'NAME', all.x = TRUE,sort = T) #左连接，即新合并的数据框中...新的数据框中没有的数据显示NA，sort表示按列排序 merge(test1,test3,by.x='name',by.y = 'NAME', all.y = TRUE,sort = T)#右连接，即新合并的数据框中...#矩阵的新建和取子集 m <- matrix(1:9, nrow = 3) colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名 m m[2,] #矩阵取子集不支持使用$ m[,

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DESeq2差异表达分析

在前文scRNA-seq marker identification(二)，我们我们提到了差异分析，下面我们来详细了解下学习目标了解如何准备用于pseudobulk差异表达分析的单细胞RNA-seq...我们将使用与其余工作流相同的数据集，现在已将其多路分解为单个样本，以便使用复制来进行差异表达分析。我们将把它作为 SingleCellExperient 对象导入。...为此，我们将以匹配样本ID的因子级别的顺序，对单个细胞元数据中的样本进行重新排序，然后只从与该样本对应的第一个细胞中提取样本信息。...这个聚合的输出是一个稀疏矩阵，当我们快速查看时，我们可以看到它是一个基于细胞类型的基因-样本矩阵。例如，在B细胞中，样本 ctrl101 的NOC2L基因有12个相关计数。...我们将把状态信息合并在一起。

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R In Action|创建数据集

函数c()用来创建向量：示例如下： a <- c(1:10) b <- c("A","B") d <- c(TRUE,FALSE) 注：单个向量中的数据必须拥有相同的类型或模式(数值型、字符型或逻辑型...dimnames包含了可选的、以字符型向量表示的行名和列名。...data.frame()创建： mydata <- data.frame(col1, col2, col3,…) 其中的列向量col1, col2, col3,… 可为任何类型(如字符型、数值型或逻辑型...列表允许你整合若干（可能无关的）对象到单个对象名下。...1)向量：a[2];d[1] 2)矩阵：使用下标和方括号来选择矩阵中的行、列或元素。X[i,]指矩阵X中的第i 行，X[,j]指第j 列， X[i, j]指第i 行第j 个元素。

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玮瑜课程

(ID_symbol$ID,gene_symbol)rm(ID_symbol,symbol,symbol1,gene_symbol)4.将表达矩阵与基因名合并exp <- as.data.frame(exp...)#merge函数只对两个data.frame进行合并exp1 <- merge(ID_gene_symbol,exp,by.x = 1,by.y = 0)exp2 <- distinct(exp1,gene_symbol...keytype = "ENTREZID")#keys和keytype需对应gpl$gene <- x2$SYMBOL#在gpl表中加上探针对应的基因名称#将表达矩阵和平台信息合并...exp <- as.data.frame(exprset)exp.pl <- merge(gpl,exp,by.x = 1,by.y = 0)#将平台信息和含探针信息的表达矩阵按照探针合并exp.pl1...annotation_col = annotation_col1, show_colnames = F, scale="row",#以行标准化

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