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Garnett

对细胞进行分类:接下来,Garnett将分类器应用于待测组细胞,以分配细胞类型。Garnett可以选择将分类扩展到相似的细胞,以得到同一种细胞的亚型。 ?...classifier <- readRDS("path/to/classifier.RDS") 1.2建立自己的分类器 如果针对您的组织类型不存在分类器,或者您的数据中不包含预期的细胞类型,则您需要生成自己的分类器...每个细胞类型定义均以 “>”符号和单元格类型名称开头,后接一系列带有定义信息的行。定义行以关键字和“:”开头,条目之间用逗号分隔。 如: ?...如果您的物种没有AnnotationDb类包,请参见 此处。 cds_gene_id_type:此参数告诉Garnett CDS对象中基因ID的格式。它应该是中的值之一columns(db)。...marker_file_gene_id_type:与上述类似,此参数告诉Garnett标记文件中基因ID的格式。

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    生信中常见的数据文件格式

    如果是记录某些位点或者区域碱基的变化,就是VCF⽂件格式。如果对参考基因组上⾯的各个区段标记它们的性质,⽐如哪些区域是外显⼦,内含⼦, UTR等等,这就是gtf/gff格式。...如果只是为了单纯描述某个基因组区域,就是bed格式⽂件,记录染⾊体号以及起始终⽌坐标,正负链即可。...其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示,最初由Sanger开发,目的是将FASTA序列与质量数据放到一起,目前已经成为高通量测序结果的事实标准。...如36M表示它没有插入或删除。 由于sam格式的文件通常都非常大,所以为了节省存储空间而将sam转换为二进制格式以便于存储,也就是bam文件。...第七列是strand, 代表正负链的信息, +表示正链,-表示负链,?表示不清楚正负链的信息,当正负链信息没有意义时,可以用.填充。

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    生信分析中常见的数据文件格式

    如果是记录某些位点或者区域碱基的变化,就是VCF⽂件格式。如果对参考基因组上⾯的各个区段标记它们的性质,⽐如哪些区域是外显⼦,内含⼦, UTR等等,这就是gtf/gff格式。...如果只是为了单纯描述某个基因组区域,就是bed格式⽂件,记录染⾊体号以及起始终⽌坐标,正负链即可。...其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示,最初由Sanger开发,目的是将FASTA序列与质量数据放到一起,目前已经成为高通量测序结果的事实标准。...下面就是fasta格式的案例: 3.SAM/BAM 当我们测序得到的fastq数据map到基因组之后,会得到一个以sam或bam为扩展名的文件。...如36M表示它没有插入或删除。 由于sam格式的文件通常都非常大,所以为了节省存储空间而将sam转换为二进制格式以便于存储,也就是bam文件。

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    1024程序员节|AI是如何成为“第一生产力”的

    由于JAVA的纯面向对象的特点,对我这种主打Python的人简直太折磨了,在一层一层梳理完代码逻辑性后,要是想优化代码的话还要跳转到ChatGPT之类的大模型,让它帮我生成对应的JAVA语句。...可以看出,腾讯云AI代码助手能够细致地检查简单的代码逻辑以及修正方法间的指代错误,将函数内参数item和外部变量index更改为更加便于区分的名称。...当时我们选用的就是DVC,DVC可以直接作为VSCode的扩展管理历史版本的代码和数据,使用上来说还是相当方便的,网上教程也有很多。...容器化技术:将应用程序和其依赖的环境打包成一个容器,以便在不同的环境中一致运行。主要工具就还是屡见不鲜的Docker,配合Kubernetes等容器编排工具,能实现大规模的应用部署和管理。...由于当时自身的实力和项目开发难度非常不匹配,当时的我遭受了巨大的打击,每天下班回家后也加紧利用补习检测技术不敢放松,利用腾讯云AI代码助手调试优化代码后一跑就是一晚上,早上起来碰一碰电脑都能取暖了,但还是要背着我那发烫的笔记本去公司继续写码测试

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    视频技术快览 0x2 - 视频传输和网络对抗

    在传输的时候通常不会直接将编码码流进行传输,而是先将码流打包成一个个 RTP 包再进行发送。...RTP 包包括两个部分: RTP 头部 字段占用的位数和具体的含义 RTP 扩展头 当扩展头标志位 X 为 1 的时候,说明有 RTP 扩展头 RTP 扩展头平时很少用,主要是用来给用户自定义扩展使用的...包,那有效载荷就是经过 H264 编码的码流;如果是 VP8 编码呢,那就是 VP8 码流 有了 RTP 协议,就能够将码流打包成 RTP 包发给接收端了。...字段的值不同 这种打包方式主要用于将 NALU 数据打包成一个 RTP 包时大小大于 1500 字节的时候,这是经常使用的视频 RTP 打包方法 怎么选择使用哪种方式打包呢?...# 码控算法 好的带宽预测算法还只是开始,如何在预测出带宽之后能够控制数据的发送码率,使其尽量符合当前的网络带宽也是非常重要的。

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    Android中常见的第三方库(so、jar、aar)区别及打包

    Android中常见的第三方库包括:*.so、*.jar、*.aar,一般来说.so是C或C++语言的内容打包成的库,由于本项目是java语言,所以此处不探究so。...JAR(Java Archive,Java 归档文件)是与平台无关的文件格式,它允许将许多文件组合成一个压缩文件。...Jar的优点:安全性、减少下载时间、传输平台扩展、包密封、包版本控制、可移植性。...打jar包时,项目里的res文件是用不了的,若想用图片文件,可以将图片文件放进assets文件里面打进jar包再进行调用,但必须注意jar里面assets文件夹里面的文件不能和调用项目里面assets文件夹里面的文件重名...2、打aar包方法: 先把想要打包成sdk的项目做成Android libraries B,不要建成Android project ; 然后建立一个新的

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    Garnett构建自己的分类器以定义细胞类型

    如果您的组织类型不存在分类器我们的仓库中,或者数据中不包含您期望的细胞类型,那么您需要生成自己的分类器。 训练分类器的第一步是加载单细胞数据。...但是,通常我们不建议使用这些规范,因为它们不会考虑每个细胞中的read深度和总体表达。数据值与输入数据的单位相同。 定义元数据 除了表达式信息之外,您还可以使用元数据进一步细化细胞类型定义。...添加注释 与R代码类似,我们已经包含了一个注释字符#,这样您就可以在您的标记文件中添加注释/注释。任何在同一条线上的#之后的内容都会被忽略。...在我们的示例中,我们将删除ACTN、ACTB和PTPRC以得到最终的“pbmc_test”。txt的标记文件。 默认情况下,Garnett 将基因id转换成ENSEMBL用于分类器。...在这些情况下,可以在train_cell_classifier和check_marker中使用参数classifier_gene_id_type来指定不同的ID类型。

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    PKCS#12

    它通常用于在不同系统或应用之间安全地传输私钥和证书,并支持证书链的存储。PKCS12文件的扩展名通常为 .p12 或 .pfx 。...因此常用于: 证书颁发机构(CA):CA通常使用PKCS12格式来分发证书和私钥给最终用户或服务器。...邮件加密:电子邮件客户端(如Outlook、Thunderbird)使用PKCS12文件来存储和管理S/MIME证书和私钥,以实现电子邮件的加密和签名。2....消息认证码(MAC):文件可以包含一个MAC,用于验证文件内容是否被篡改。MAC通常使用HMAC算法生成。...示例在Go语言中生成PKCS12证书通常涉及以下几个步骤:生成私钥和公钥对创建证书模板签署证书将私钥和证书打包成PKCS12文件我们可以使用Go的标准库和第三方库来完成这些任务。

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    听GPT 讲Istio源代码--pilot(3)

    变量定义了支持的HTTP状态码。...processExtensionProvider函数是扩展提供者的处理函数,用于将扩展提供者的配置转换为External Authorization配置。...notAllTheSame函数用于检查是否所有的Extension Provider具有相同的扩展配置。 getExtAuthz函数用于获取使用的扩展配置。...AppendDebugf方法用于将格式化的调试信息追加到日志中,以方便调试和排查问题。 AppendError方法用于将错误信息追加到日志中,以记录授权过程中出现的错误。...它们用于确定哪些流量应该被路由到透明代理链中。 inboundChainConfig结构体用于定义入站链的配置。它包含了一些属性,如监听器名称、目标过滤链匹配、统计前缀等。

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    Envoy 架构及其在网易轻舟的落地实践

    大部分情况下,如果要做 Envoy 相关的工作,LDS/CDS/RDS/EDS 四种 DS 协议是必须了解的。 ?...一般情况下,是用户修改了 K8s 集群中的一些 CRD 资源亦或者注册中心有配置更新才会触发配置更新;之后 Pilot watch 到相关变化变更将相关变化抽象成各种 Envoy 中对应的资源,如 Listener...Envoy 内置了 WASM 虚拟机,开发者可以将自己的功能扩展使用如 C++、Go 、AS 等各种语言开发,然后编译成 WASM 字节码文件。之后,Envoy 动态的加载文件就可以实现功能的增强。...其次是日志,Envoy JSON 日志存在性能问题,普通的文本日志解析起来又差一些。所以这里有一个取巧的办法,使用文字字符串拼接成 JSON 格式字符串。...得益于 Envoy 强大的 L4/L7 Filter 扩展机制,开发者可以很轻松地在不侵入 Envoy 源码的前提下,扩展出各种流量治理能力。

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    ——HyperLeger Fabric智能合约(链码)

    因此,系统链码内置为Peer节点的可执行文件中,不遵循用户链码的生命周期,安装、实例化、升级不适用于系统链码。 系统链码用于减少Peer节点与用户链码进行gRPC通信的开销,同时权衡管理的灵活性。...2、打包链码 链码包由三个部分组成: A、由ChaincodeDeploymentSpec(CDS)格式定义的链码。...CDS根据代码及其它属性(如名称与版本)定义链码包; B、一个可选的实例化策略,能够被用作背书的策略进行描述; C、拥有链码的实体的一组签名。...如果创建了一个没有签名的链码包,不能被其它所有者使用signpackage命令进行签名。 -i选项是可选的,允许为链码指定实例化策略。实例化策略与背书策略有相同的格式,指定哪些身份能够实例化链码。...4、安装链码 安装交易将链码的源代码打包成ChaincodeDeploymentSpec(CDS)的规定的格式,然后安装到通道中的背书节点上。

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    常用loader以及webpack的Vue安装

    我们还是先创建一个less文件,依然放在css文件夹中 没装loader的情况下 首先,还是需要安装对应的loader ,注意:我们这里还安装了less,因为webpack会使用less对less文件进行编译...name:获取图片原来的名字,放在该位置 hash:8:为了防止图片名称冲突,依然使用hash,但是我们只保留8位 ext:使用图片原来的扩展名 另外上面我们需要用[]取值,如果我们直接用...name他就真的就是命名就是“name” 总结一下: 普通图片打包对于limit限制大小以内的可以直接base64转码成一个字符串无需单独打包成一个文件放在打包文件夹,自然无需重新配置路径 如果要打包超过...那么由于不是所有的浏览器都支持ES6语法的,可能在这些浏览器就无法使用,为了让适用性更高,我们就可以把ES6打包成ES5。 如果希望将ES6的语法转成ES5,那么就需要使用 。...所以,下面我们需要学习一下如何在我们的webpack环境中集成Vuejs.我们希望在项目中使用Vuejs,那么必然需要对其有依赖,所以需要先进行安装 注:因为我们后续是在实际项目中也会使用vue的,所以并不是开发时依赖下载时候不必

    4.3K10

    在VScode中使用Foundry

    在开发 Solidity 合约时,VSCode 提供了强大的支持,特别是通过安装 Solidity 扩展并与 Foundry 配合使用,可以显著提升开发效率。...配置 Solidity 扩展与 Foundry 配合使用为了让 Solidity 扩展与 Foundry 工具链配合工作,可能需要调整一些 VSCode 的配置,确保可以正确地加载依赖项、使用正确的编译器和格式化代码...配置依赖项目录为了确保 VSCode 扩展能够找到你的 Solidity 依赖项(如 OpenZeppelin 合约),你需要在 .vscode/settings.json 文件中进行以下配置:操作步骤...lib 目录是存放依赖项的目录。3. 启用格式化器Foundry 提供了内置的 Solidity 格式化器,可以在保存时自动格式化代码。要启用该功能,按照以下步骤配置 VSCode。..."solidity.formatter": "forge", ......}这样,VSCode 会在保存文件时自动使用 Foundry 的格式化工具来格式化 Solidity 代码。4.

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    vscode运行python_vscode python 调试

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 Vscode+python+flake8 安装 配置 使用 总述 Vscode+python环境下,配置flake8与yapf,以及使用方法 1.1....,扩展性强。...3.1. yapf使用 1、在VS Code中,打开某个python文件,如下: 按下快捷键 Alt+Shift+F ,即可自动格式化代码,效果如下: 3.2. flake8使用 1、保存/...,格式不同而已 3.3. flake8命令行详解 1、McCabe 复杂度默认情况下是不会输出的,必须携带参数 flake8 a.py –max-complexity=5 2、以通过 –ignore...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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    看完这 18 个问题,你也能打造企业级 Pipeline

    Pipeline一般的应用是来做集成构建的,也就是把源码打包成制品,所以pipeline中涉及的最基础的工具一定是源码仓库和制品仓库,以及构建过程中使用的每种语言的打包工具。...打包工具:如mvn、go、npm、docker等 7 Pipeline 中涉及到的进阶工具链?...如何在 Pipeline 中实践? DevOps成熟度标准中建议做到一次构建,多次部署。目的是为了在测试环境测过的包可以在不改变任何环境和依赖的情况下发布到生产线上。...此触发方式使用的较少,最佳实践以webhook的方式触发构建更方便,但是在少量特殊场景,如每天需要构建,但是版本不发生变化时不构建可以应用此触发器 ?...(语法获取可以使用片段生成器,搜input) ? 18 什么情况下需要使用多分支 Pipeline?

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    超级账本——Hyperledger Fabric

    (比如在链码交易中),或者系统中指定角色的所有者(比如,在配置交易中的组织管理员) 同属于一个Channel中的组织,将需要参与到Channel中的交易的所有身份MSP共享到Channel里,不在Channel...使用 Peer 节点本地 MSP 来判定谁被授权操作的例子就是在 Peer 节点上安装链码 Orderer节点 MSP:就像 Peer 节点,排序节点也是由一个单独的组织所有,因此具有一个单独的 MSP.../network.sh down 停止区块链网络 Channel Channel是通信的基本网络,作为整个区块链系统的子网络 使用官方命令....path 把path对应的链码打包为CDS(Chaincode Deployment Spec)格式,命名为name,版本为ver,安装到当前节点上 peer chaincode instantiate...-n name -v ver -o orderer.example.com:7050 -C channelName 初始化name对应的CDS格式链码,通过orderer节点安装到channelName

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    VS code 插件配置手册

    ++支持 此扩展的预览版本为C / C ++添加了对Visual Studio Code的语言支持,包括: 语言服务: 代码格式(clang格式) 自动补全 符号搜索 签名帮助 快速信息 转到定义/声明...查看定义/声明 类/方法导航 调试: 支持调试Windows、Linux和macOS应用程序 断点 变量查看 逐行代码调试 支持多线程调试 支持核心转储调试 安装 在VSCode的扩展插件中找到C/C...Remote VSCode插件---远程编辑文件 此扩展允许您轻松地获取并编辑远端文件,而不是使用命令行和 vi 编辑远端文件这种原始的操作。...安装 在VSCode的扩展插件中找到Remote VSCode插件并进行安装; ?.../main.cpp Ftp Sync插件--—远程代码的同步 此扩展允许您轻松地将项目文件 通过FTP与远端同步。 安装 在VSCode的扩展插件中找到Ftp-Sync插件并进行安装; ?

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    最强开源编辑器,五步教你用 VSCode 进行 Python 开发!

    它是微软出品的一款可扩展的轻量级开源编辑器,并且支持全平台系统。这些特性使得 VSCode 颇受欢迎,这也使其成为了一个很棒的 Python 开发平台。...在本文中,你将学到如何在 VSCode 中进行高效的 Python 开发,其中包括: 安装 VSCode 安装插件让 Python 开发更便利 编写一个简单的 Python 应用 学习如何在 VSCode...工作区设置以 json 格式保存在项目目录下.vscode 文件夹中。 写个 Python 程序 让我们从一个 Python 程序开始探索如何在 VSCode 中进行 Python 开发。...VSCode 自动按照 Python 语言重新确定了格式,你可以在窗口左下角验证当前编程语言的正确性。...代码 如何在 VSCode 中使用 Git 和 GitHub VSCode 已经成为了我进行 Python 甚至其他项目开发时最常用的编辑器,推荐给你,希望你也可以试试看~

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    就想把表达矩阵区分成为蛋白编码基因和非编码有这么难吗?

    GTF和GFF格式是Sanger研究所定义,是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式。...比如序列的哪里到哪里是基因,是转录本,是外显子,内含子或者CDS等等,已经成为序列注释的通用格式,许多软件都支持输入或者输出gff格式。...==开放读码框====ORF== 开放读码框是从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列;不是所有读码框都能被表达出蛋白产物,或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白。...内含子和外显子指的就是一个开放阅读框(ORF)内编码的部分和不编码的部分。...基于翻译上的概念 mRNA 包括 UTR 和 CDS ==UTR==:UTR,Untranslated Regions一班指的是一个转录本(transcript)3'和5'不参与编码的区域即非翻译区,是信使

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